# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.379 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.003 0.017 0.457 0.012 0.090 0.028 0.001 0.002 0.012 0.178 0.146 0.012 0.043 2 S 0.007 0.011 0.416 0.037 0.071 0.018 0.003 0.003 0.019 0.207 0.171 0.020 0.018 3 Q 0.042 0.014 0.291 0.026 0.043 0.016 0.024 0.022 0.130 0.181 0.055 0.054 0.103 4 V 0.124 0.010 0.142 0.008 0.011 0.007 0.092 0.155 0.214 0.028 0.009 0.053 0.147 5 H 0.138 0.021 0.051 0.020 0.009 0.009 0.097 0.195 0.217 0.024 0.011 0.169 0.039 6 F 0.101 0.008 0.068 0.005 0.014 0.008 0.081 0.283 0.211 0.007 0.018 0.023 0.175 7 T 0.094 0.010 0.129 0.062 0.017 0.006 0.060 0.159 0.267 0.028 0.038 0.094 0.036 8 R 0.016 0.008 0.314 0.016 0.030 0.008 0.008 0.009 0.160 0.255 0.050 0.060 0.065 9 E 0.005 0.021 0.427 0.013 0.021 0.004 0.002 0.001 0.029 0.316 0.091 0.005 0.065 10 M 0.001 0.037 0.612 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.010 0.279 0.013 0.029 0.005 11 P 0.001 0.009 0.811 0.001 0.035 0.004 0.001 0.001 0.002 0.069 0.034 0.001 0.035 12 E 0.001 0.008 0.214 0.005 0.203 0.019 0.001 0.001 0.001 0.143 0.398 0.006 0.002 13 E 0.001 0.002 0.082 0.002 0.165 0.008 0.001 0.001 0.001 0.119 0.613 0.001 0.006 14 F 0.004 0.008 0.280 0.006 0.059 0.004 0.001 0.001 0.006 0.416 0.170 0.031 0.013 15 T 0.011 0.015 0.542 0.012 0.007 0.002 0.003 0.001 0.015 0.102 0.028 0.026 0.237 16 L 0.092 0.015 0.253 0.020 0.003 0.001 0.030 0.002 0.046 0.067 0.009 0.308 0.155 17 E 0.154 0.004 0.112 0.069 0.001 0.001 0.046 0.006 0.066 0.031 0.003 0.106 0.402 18 C 0.356 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.121 0.010 0.073 0.002 0.001 0.257 0.136 19 T 0.641 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 0.101 0.008 0.019 0.001 0.001 0.058 0.127 20 A 0.762 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.079 0.006 0.008 0.001 0.001 0.073 0.065 21 K 0.787 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.063 0.004 0.008 0.001 0.001 0.070 0.059 22 F 0.562 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.089 0.010 0.021 0.002 0.001 0.064 0.220 23 R 0.369 0.001 0.041 0.048 0.002 0.001 0.039 0.005 0.044 0.022 0.005 0.313 0.112 24 Y 0.148 0.009 0.123 0.008 0.006 0.002 0.017 0.004 0.030 0.036 0.017 0.081 0.520 25 R 0.079 0.021 0.222 0.049 0.006 0.002 0.013 0.004 0.018 0.181 0.107 0.141 0.158 26 Q 0.002 0.006 0.491 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.303 0.065 0.047 0.061 27 P 0.001 0.005 0.241 0.014 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.357 0.313 0.015 0.031 28 D 0.002 0.006 0.215 0.022 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.275 0.013 0.043 29 S 0.009 0.005 0.348 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.436 0.021 0.113 0.029 30 K 0.046 0.006 0.280 0.038 0.004 0.001 0.003 0.001 0.011 0.066 0.008 0.055 0.482 31 V 0.332 0.006 0.073 0.026 0.002 0.001 0.031 0.003 0.017 0.006 0.003 0.275 0.224 32 T 0.579 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.033 0.003 0.010 0.003 0.001 0.234 0.123 33 V 0.643 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.041 0.004 0.005 0.001 0.001 0.064 0.235 34 H 0.614 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.026 0.002 0.006 0.001 0.001 0.284 0.052 35 V 0.320 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.003 0.002 0.048 0.590 36 K 0.162 0.005 0.091 0.029 0.005 0.001 0.008 0.001 0.006 0.022 0.081 0.364 0.225 37 G 0.021 0.003 0.026 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.736 0.045 0.065 38 E 0.007 0.001 0.024 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.808 0.039 0.007 39 K 0.089 0.009 0.159 0.016 0.018 0.003 0.010 0.001 0.009 0.153 0.252 0.128 0.154 40 T 0.341 0.007 0.118 0.006 0.001 0.001 0.058 0.003 0.014 0.018 0.010 0.164 0.260 41 E 0.433 0.008 0.021 0.018 0.001 0.001 0.104 0.002 0.011 0.009 0.001 0.245 0.147 42 V 0.339 0.004 0.013 0.006 0.001 0.001 0.126 0.005 0.015 0.002 0.001 0.140 0.350 43 I 0.218 0.005 0.054 0.074 0.001 0.001 0.088 0.008 0.029 0.002 0.005 0.189 0.324 44 F 0.140 0.011 0.124 0.061 0.004 0.001 0.045 0.007 0.035 0.030 0.041 0.226 0.277 45 A 0.030 0.006 0.233 0.074 0.006 0.002 0.006 0.002 0.026 0.280 0.139 0.050 0.147 46 E 0.003 0.004 0.333 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.515 0.030 0.045 0.010 47 P 0.006 0.015 0.593 0.019 0.016 0.005 0.001 0.001 0.011 0.101 0.062 0.013 0.159 48 Q 0.066 0.054 0.272 0.024 0.027 0.004 0.022 0.007 0.024 0.080 0.064 0.202 0.155 49 R 0.127 0.023 0.104 0.021 0.017 0.004 0.044 0.010 0.034 0.069 0.023 0.293 0.231 50 A 0.145 0.019 0.109 0.007 0.010 0.004 0.030 0.005 0.017 0.022 0.012 0.172 0.448 51 I 0.099 0.021 0.243 0.055 0.012 0.005 0.014 0.002 0.013 0.071 0.044 0.152 0.270 52 T 0.012 0.007 0.422 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.207 0.055 0.132 0.132 53 P 0.005 0.003 0.097 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.146 0.644 0.018 0.037 54 G 0.019 0.004 0.078 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.626 0.037 0.028 55 Q 0.168 0.007 0.252 0.017 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.113 0.021 0.217 0.183 56 A 0.458 0.002 0.047 0.014 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.008 0.001 0.092 0.354 57 V 0.756 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.117 0.085 58 V 0.728 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.051 0.002 0.002 0.001 0.001 0.105 0.105 59 F 0.745 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.058 0.003 0.003 0.001 0.001 0.051 0.131 60 Y 0.564 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.038 0.004 0.008 0.001 0.004 0.221 0.132 61 D 0.090 0.004 0.041 0.017 0.003 0.001 0.018 0.004 0.011 0.081 0.403 0.173 0.154 62 G 0.004 0.002 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.135 0.789 0.009 0.012 63 E 0.019 0.015 0.304 0.010 0.021 0.013 0.006 0.003 0.008 0.284 0.168 0.118 0.032 64 E 0.064 0.039 0.221 0.003 0.019 0.023 0.052 0.019 0.038 0.053 0.052 0.035 0.382 65 C 0.126 0.043 0.108 0.041 0.036 0.057 0.191 0.047 0.055 0.087 0.054 0.070 0.086 66 L 0.107 0.049 0.178 0.043 0.038 0.105 0.113 0.015 0.044 0.071 0.078 0.075 0.084 67 G 0.025 0.025 0.227 0.009 0.033 0.215 0.024 0.007 0.019 0.147 0.175 0.040 0.055 68 G 0.011 0.014 0.170 0.014 0.032 0.399 0.005 0.003 0.012 0.088 0.200 0.016 0.037 69 G 0.024 0.010 0.088 0.007 0.030 0.607 0.005 0.006 0.006 0.050 0.059 0.080 0.026 70 L 0.026 0.011 0.060 0.003 0.021 0.710 0.003 0.011 0.014 0.007 0.038 0.014 0.083 71 I 0.010 0.003 0.017 0.004 0.021 0.896 0.001 0.006 0.003 0.004 0.021 0.006 0.008 72 D 0.005 0.002 0.015 0.012 0.038 0.870 0.001 0.007 0.002 0.008 0.031 0.003 0.008 73 N 0.009 0.001 0.034 0.005 0.065 0.791 0.001 0.002 0.001 0.025 0.040 0.015 0.011 74 A 0.011 0.009 0.081 0.006 0.059 0.703 0.001 0.001 0.002 0.029 0.055 0.003 0.039 75 Y 0.020 0.033 0.185 0.013 0.061 0.449 0.001 0.001 0.002 0.077 0.079 0.046 0.032 76 R 0.005 0.019 0.289 0.003 0.039 0.245 0.001 0.001 0.001 0.095 0.227 0.030 0.046 77 D 0.001 0.003 0.067 0.001 0.017 0.080 0.001 0.001 0.001 0.082 0.744 0.002 0.004 78 G 0.001 0.001 0.074 0.001 0.021 0.058 0.001 0.001 0.001 0.148 0.690 0.002 0.002 79 Q 0.008 0.022 0.454 0.003 0.042 0.089 0.004 0.002 0.006 0.163 0.144 0.036 0.028 80 V 0.048 0.068 0.279 0.004 0.038 0.088 0.018 0.006 0.035 0.048 0.046 0.024 0.299 81 C 0.079 0.026 0.168 0.116 0.051 0.120 0.029 0.016 0.042 0.070 0.022 0.190 0.071 82 Q 0.073 0.010 0.108 0.014 0.049 0.109 0.023 0.013 0.045 0.037 0.032 0.287 0.200 83 Y 0.067 0.013 0.178 0.026 0.058 0.105 0.022 0.010 0.039 0.035 0.082 0.025 0.340 84 I 0.036 0.035 0.402 0.019 0.033 0.054 0.006 0.006 0.048 0.085 0.059 0.169 0.047