# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.379 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.166 0.106 0.055 0.118 0.117 0.115 0.117 0.079 0.062 0.040 0.025 2 S 0.245 0.153 0.079 0.153 0.119 0.087 0.072 0.039 0.030 0.016 0.008 3 Q 0.074 0.106 0.072 0.201 0.174 0.132 0.105 0.063 0.042 0.021 0.009 4 V 0.003 0.003 0.007 0.011 0.019 0.042 0.113 0.141 0.216 0.230 0.214 5 H 0.028 0.053 0.081 0.202 0.166 0.136 0.145 0.086 0.052 0.031 0.019 6 F 0.003 0.006 0.019 0.032 0.038 0.055 0.144 0.158 0.183 0.206 0.157 7 T 0.017 0.017 0.031 0.043 0.050 0.063 0.130 0.147 0.184 0.170 0.147 8 R 0.079 0.072 0.068 0.162 0.147 0.129 0.146 0.076 0.065 0.037 0.019 9 E 0.145 0.123 0.117 0.165 0.120 0.092 0.099 0.052 0.043 0.029 0.017 10 M 0.141 0.122 0.033 0.124 0.108 0.108 0.169 0.093 0.055 0.030 0.017 11 P 0.355 0.193 0.072 0.106 0.078 0.057 0.054 0.036 0.026 0.014 0.008 12 E 0.414 0.202 0.077 0.141 0.082 0.042 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 13 E 0.463 0.175 0.093 0.108 0.075 0.039 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 14 F 0.166 0.124 0.042 0.113 0.107 0.111 0.148 0.090 0.056 0.028 0.015 15 T 0.229 0.199 0.143 0.182 0.115 0.063 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 16 L 0.053 0.046 0.064 0.078 0.094 0.129 0.172 0.134 0.109 0.078 0.043 17 E 0.166 0.201 0.159 0.216 0.142 0.070 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 18 C 0.003 0.004 0.005 0.009 0.015 0.042 0.126 0.176 0.217 0.226 0.176 19 T 0.076 0.159 0.103 0.224 0.184 0.118 0.066 0.039 0.019 0.009 0.004 20 A 0.007 0.009 0.023 0.031 0.031 0.055 0.125 0.131 0.207 0.218 0.163 21 K 0.044 0.065 0.071 0.168 0.188 0.162 0.141 0.073 0.045 0.028 0.016 22 F 0.011 0.015 0.025 0.051 0.043 0.064 0.152 0.135 0.198 0.181 0.125 23 R 0.020 0.025 0.036 0.085 0.099 0.117 0.198 0.135 0.115 0.099 0.070 24 Y 0.035 0.039 0.076 0.088 0.068 0.076 0.144 0.109 0.137 0.127 0.101 25 R 0.048 0.069 0.051 0.164 0.145 0.136 0.191 0.086 0.054 0.035 0.021 26 Q 0.153 0.100 0.087 0.116 0.088 0.074 0.110 0.075 0.076 0.067 0.053 27 P 0.190 0.201 0.040 0.185 0.122 0.087 0.093 0.041 0.023 0.012 0.007 28 D 0.362 0.233 0.067 0.126 0.095 0.047 0.028 0.020 0.013 0.007 0.003 29 S 0.124 0.062 0.015 0.058 0.082 0.105 0.158 0.143 0.114 0.084 0.055 30 K 0.317 0.303 0.059 0.164 0.111 0.033 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.058 0.126 0.224 0.294 0.273 32 T 0.060 0.129 0.047 0.273 0.239 0.120 0.065 0.040 0.017 0.007 0.005 33 V 0.002 0.001 0.006 0.006 0.008 0.016 0.056 0.086 0.227 0.319 0.274 34 H 0.051 0.090 0.067 0.256 0.212 0.126 0.105 0.048 0.022 0.014 0.009 35 V 0.016 0.019 0.015 0.032 0.030 0.050 0.142 0.144 0.202 0.198 0.152 36 K 0.161 0.263 0.041 0.199 0.129 0.076 0.064 0.036 0.016 0.009 0.005 37 G 0.535 0.217 0.040 0.075 0.053 0.032 0.020 0.014 0.009 0.004 0.002 38 E 0.565 0.177 0.024 0.082 0.065 0.036 0.022 0.013 0.009 0.004 0.002 39 K 0.532 0.238 0.034 0.086 0.064 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 40 T 0.011 0.007 0.004 0.012 0.024 0.051 0.126 0.171 0.221 0.198 0.175 41 E 0.080 0.137 0.101 0.270 0.199 0.112 0.057 0.027 0.011 0.004 0.003 42 V 0.003 0.003 0.019 0.018 0.018 0.030 0.091 0.110 0.204 0.269 0.236 43 I 0.037 0.069 0.080 0.157 0.155 0.135 0.149 0.101 0.056 0.036 0.024 44 F 0.009 0.016 0.015 0.031 0.034 0.062 0.146 0.167 0.217 0.177 0.127 45 A 0.174 0.193 0.099 0.183 0.140 0.093 0.057 0.030 0.017 0.009 0.005 46 E 0.217 0.179 0.065 0.160 0.113 0.088 0.077 0.044 0.033 0.017 0.008 47 P 0.171 0.109 0.047 0.127 0.119 0.111 0.117 0.070 0.064 0.040 0.025 48 Q 0.092 0.071 0.058 0.133 0.126 0.133 0.161 0.079 0.075 0.046 0.026 49 R 0.028 0.034 0.084 0.168 0.145 0.140 0.180 0.083 0.063 0.047 0.028 50 A 0.008 0.011 0.046 0.044 0.043 0.062 0.150 0.141 0.164 0.182 0.151 51 I 0.005 0.013 0.021 0.043 0.056 0.088 0.183 0.200 0.157 0.133 0.100 52 T 0.019 0.030 0.046 0.056 0.058 0.075 0.122 0.150 0.164 0.151 0.130 53 P 0.062 0.090 0.043 0.143 0.169 0.154 0.131 0.084 0.063 0.038 0.024 54 G 0.094 0.089 0.037 0.128 0.131 0.126 0.118 0.081 0.103 0.058 0.035 55 Q 0.005 0.007 0.004 0.030 0.049 0.081 0.201 0.147 0.173 0.157 0.147 56 A 0.003 0.007 0.009 0.055 0.075 0.090 0.202 0.170 0.159 0.128 0.103 57 V 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.012 0.051 0.090 0.210 0.294 0.324 58 V 0.001 0.001 0.017 0.018 0.034 0.044 0.130 0.167 0.205 0.201 0.181 59 F 0.001 0.001 0.010 0.009 0.013 0.020 0.075 0.126 0.239 0.256 0.250 60 Y 0.003 0.008 0.016 0.023 0.045 0.081 0.198 0.210 0.173 0.129 0.113 61 D 0.057 0.115 0.060 0.146 0.128 0.118 0.140 0.103 0.068 0.040 0.026 62 G 0.287 0.151 0.051 0.123 0.120 0.103 0.073 0.040 0.031 0.014 0.007 63 E 0.365 0.113 0.038 0.113 0.102 0.086 0.077 0.037 0.038 0.020 0.011 64 E 0.068 0.069 0.036 0.153 0.146 0.133 0.175 0.083 0.064 0.042 0.029 65 C 0.004 0.006 0.011 0.022 0.026 0.042 0.126 0.150 0.178 0.217 0.218 66 L 0.008 0.019 0.042 0.069 0.078 0.099 0.154 0.155 0.131 0.124 0.121 67 G 0.007 0.023 0.040 0.066 0.086 0.116 0.157 0.140 0.154 0.126 0.085 68 G 0.014 0.016 0.014 0.068 0.095 0.123 0.173 0.143 0.155 0.116 0.084 69 G 0.014 0.009 0.006 0.025 0.038 0.063 0.155 0.187 0.209 0.170 0.123 70 L 0.006 0.030 0.014 0.092 0.095 0.082 0.141 0.160 0.151 0.119 0.108 71 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.029 0.066 0.198 0.300 0.393 72 D 0.039 0.043 0.069 0.193 0.241 0.158 0.134 0.058 0.036 0.020 0.010 73 N 0.039 0.049 0.117 0.219 0.158 0.142 0.149 0.060 0.040 0.019 0.008 74 A 0.007 0.007 0.017 0.026 0.025 0.040 0.153 0.136 0.210 0.207 0.172 75 Y 0.028 0.031 0.037 0.059 0.071 0.105 0.251 0.167 0.115 0.087 0.048 76 R 0.058 0.142 0.306 0.207 0.116 0.072 0.053 0.022 0.013 0.007 0.004 77 D 0.201 0.221 0.132 0.150 0.115 0.088 0.058 0.023 0.008 0.003 0.001 78 G 0.525 0.121 0.051 0.082 0.069 0.052 0.041 0.026 0.020 0.009 0.004 79 Q 0.476 0.144 0.085 0.113 0.074 0.050 0.034 0.012 0.008 0.003 0.001 80 V 0.069 0.098 0.120 0.202 0.157 0.115 0.113 0.062 0.036 0.019 0.009 81 C 0.003 0.004 0.013 0.010 0.019 0.047 0.142 0.169 0.202 0.206 0.187 82 Q 0.052 0.104 0.254 0.265 0.147 0.090 0.050 0.021 0.010 0.005 0.002 83 Y 0.016 0.026 0.077 0.085 0.083 0.114 0.189 0.139 0.116 0.100 0.056 84 I 0.065 0.056 0.047 0.079 0.084 0.101 0.164 0.133 0.124 0.086 0.060