# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.379 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.045 0.015 0.009 0.023 0.018 0.034 0.032 0.002 0.001 0.005 0.818 2 S 0.042 0.012 0.003 0.041 0.078 0.088 0.189 0.003 0.001 0.008 0.536 3 Q 0.208 0.015 0.007 0.043 0.040 0.067 0.128 0.002 0.001 0.019 0.470 4 V 0.085 0.034 0.009 0.115 0.137 0.203 0.098 0.002 0.001 0.007 0.310 5 H 0.023 0.018 0.003 0.178 0.197 0.273 0.106 0.001 0.001 0.005 0.196 6 F 0.023 0.024 0.003 0.151 0.188 0.240 0.058 0.001 0.001 0.003 0.310 7 T 0.015 0.018 0.002 0.171 0.237 0.374 0.045 0.001 0.001 0.003 0.133 8 R 0.015 0.012 0.002 0.080 0.121 0.254 0.062 0.002 0.001 0.003 0.447 9 E 0.036 0.009 0.004 0.092 0.105 0.209 0.076 0.004 0.001 0.008 0.456 10 M 0.066 0.005 0.009 0.044 0.075 0.133 0.118 0.002 0.001 0.006 0.542 11 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.963 12 E 0.011 0.001 0.001 0.014 0.018 0.043 0.088 0.001 0.001 0.003 0.822 13 E 0.207 0.006 0.001 0.011 0.016 0.026 0.093 0.001 0.001 0.013 0.626 14 F 0.309 0.031 0.002 0.025 0.031 0.036 0.092 0.002 0.001 0.009 0.464 15 T 0.149 0.023 0.006 0.033 0.042 0.060 0.107 0.001 0.001 0.008 0.572 16 L 0.062 0.021 0.006 0.111 0.134 0.177 0.082 0.001 0.001 0.006 0.401 17 E 0.024 0.016 0.005 0.083 0.128 0.287 0.104 0.001 0.001 0.004 0.348 18 C 0.015 0.015 0.003 0.138 0.304 0.343 0.033 0.001 0.001 0.002 0.146 19 T 0.007 0.019 0.001 0.148 0.180 0.412 0.046 0.001 0.001 0.002 0.183 20 A 0.006 0.012 0.001 0.122 0.298 0.442 0.023 0.001 0.001 0.002 0.093 21 K 0.008 0.023 0.001 0.165 0.202 0.399 0.047 0.001 0.001 0.003 0.151 22 F 0.011 0.025 0.002 0.114 0.231 0.333 0.040 0.001 0.001 0.003 0.240 23 R 0.020 0.032 0.002 0.117 0.218 0.371 0.052 0.002 0.001 0.004 0.181 24 Y 0.026 0.029 0.003 0.046 0.144 0.306 0.058 0.005 0.001 0.004 0.378 25 R 0.076 0.031 0.007 0.061 0.114 0.192 0.053 0.010 0.001 0.006 0.448 26 Q 0.091 0.015 0.008 0.023 0.080 0.113 0.096 0.005 0.001 0.006 0.563 27 P 0.005 0.001 0.002 0.005 0.007 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.957 28 D 0.018 0.001 0.001 0.012 0.020 0.038 0.079 0.001 0.001 0.003 0.827 29 S 0.343 0.002 0.004 0.021 0.023 0.026 0.049 0.001 0.001 0.014 0.518 30 K 0.054 0.002 0.003 0.041 0.033 0.051 0.086 0.001 0.001 0.004 0.726 31 V 0.029 0.001 0.006 0.168 0.164 0.228 0.065 0.001 0.001 0.004 0.335 32 T 0.009 0.001 0.001 0.264 0.199 0.301 0.059 0.001 0.001 0.002 0.164 33 V 0.004 0.001 0.001 0.124 0.280 0.319 0.022 0.001 0.001 0.001 0.248 34 H 0.002 0.001 0.001 0.110 0.326 0.405 0.020 0.001 0.001 0.001 0.135 35 V 0.003 0.001 0.001 0.070 0.217 0.370 0.032 0.001 0.001 0.002 0.305 36 K 0.004 0.001 0.001 0.059 0.199 0.359 0.094 0.001 0.001 0.004 0.279 37 G 0.018 0.002 0.001 0.021 0.058 0.096 0.144 0.001 0.001 0.016 0.643 38 E 0.168 0.004 0.001 0.015 0.034 0.030 0.213 0.002 0.001 0.047 0.486 39 K 0.247 0.002 0.007 0.013 0.025 0.023 0.182 0.001 0.001 0.038 0.461 40 T 0.084 0.001 0.036 0.036 0.095 0.095 0.122 0.001 0.001 0.013 0.519 41 E 0.004 0.001 0.004 0.076 0.301 0.350 0.095 0.001 0.001 0.002 0.168 42 V 0.001 0.001 0.001 0.107 0.236 0.335 0.027 0.001 0.001 0.001 0.293 43 I 0.001 0.001 0.001 0.166 0.247 0.470 0.029 0.001 0.001 0.001 0.086 44 F 0.003 0.001 0.001 0.151 0.163 0.312 0.042 0.001 0.001 0.002 0.327 45 A 0.004 0.001 0.001 0.278 0.101 0.268 0.056 0.001 0.001 0.004 0.286 46 E 0.009 0.001 0.001 0.128 0.075 0.176 0.127 0.001 0.001 0.005 0.479 47 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.952 48 Q 0.018 0.001 0.001 0.066 0.075 0.161 0.186 0.001 0.001 0.008 0.485 49 R 0.418 0.008 0.001 0.027 0.036 0.040 0.060 0.002 0.001 0.007 0.401 50 A 0.172 0.050 0.002 0.072 0.112 0.126 0.041 0.003 0.001 0.003 0.419 51 I 0.056 0.019 0.005 0.086 0.133 0.253 0.106 0.004 0.001 0.005 0.334 52 T 0.104 0.011 0.003 0.067 0.198 0.163 0.180 0.003 0.001 0.004 0.266 53 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 54 G 0.005 0.001 0.001 0.014 0.019 0.058 0.561 0.001 0.001 0.018 0.325 55 Q 0.815 0.001 0.002 0.010 0.005 0.007 0.036 0.001 0.001 0.088 0.035 56 A 0.216 0.019 0.016 0.230 0.088 0.078 0.122 0.001 0.001 0.013 0.217 57 V 0.007 0.001 0.004 0.281 0.316 0.251 0.038 0.001 0.001 0.001 0.099 58 V 0.002 0.001 0.001 0.291 0.261 0.385 0.012 0.001 0.001 0.001 0.048 59 F 0.001 0.001 0.001 0.134 0.333 0.441 0.016 0.001 0.001 0.001 0.074 60 Y 0.001 0.001 0.001 0.088 0.353 0.494 0.021 0.001 0.001 0.001 0.041 61 D 0.001 0.001 0.001 0.049 0.125 0.245 0.133 0.001 0.001 0.004 0.442 62 G 0.011 0.001 0.001 0.045 0.037 0.071 0.254 0.001 0.001 0.034 0.547 63 E 0.225 0.001 0.004 0.035 0.025 0.026 0.318 0.001 0.001 0.121 0.243 64 E 0.133 0.005 0.006 0.052 0.053 0.032 0.385 0.001 0.001 0.028 0.305 65 C 0.035 0.008 0.008 0.059 0.106 0.180 0.209 0.001 0.001 0.008 0.386 66 L 0.006 0.008 0.001 0.096 0.208 0.441 0.068 0.001 0.001 0.002 0.169 67 G 0.008 0.007 0.001 0.024 0.114 0.220 0.076 0.001 0.001 0.003 0.547 68 G 0.041 0.011 0.003 0.036 0.120 0.268 0.058 0.001 0.001 0.008 0.456 69 G 0.019 0.011 0.003 0.065 0.121 0.219 0.136 0.001 0.001 0.006 0.419 70 L 0.020 0.015 0.004 0.106 0.112 0.235 0.112 0.001 0.001 0.008 0.387 71 I 0.015 0.052 0.002 0.149 0.142 0.384 0.071 0.001 0.001 0.003 0.181 72 D 0.018 0.136 0.001 0.082 0.102 0.211 0.045 0.002 0.001 0.003 0.400 73 N 0.072 0.201 0.002 0.017 0.063 0.102 0.064 0.004 0.001 0.005 0.469 74 A 0.166 0.297 0.006 0.022 0.078 0.119 0.068 0.012 0.001 0.007 0.225 75 Y 0.103 0.378 0.009 0.040 0.112 0.157 0.045 0.017 0.001 0.006 0.134 76 R 0.063 0.347 0.012 0.021 0.063 0.088 0.065 0.014 0.001 0.004 0.324 77 D 0.101 0.203 0.006 0.009 0.024 0.031 0.068 0.018 0.001 0.004 0.536 78 G 0.295 0.093 0.017 0.010 0.009 0.012 0.096 0.019 0.001 0.021 0.429 79 Q 0.253 0.057 0.084 0.010 0.017 0.015 0.289 0.005 0.001 0.029 0.240 80 V 0.089 0.076 0.045 0.038 0.044 0.059 0.241 0.003 0.001 0.011 0.395 81 C 0.030 0.085 0.008 0.090 0.114 0.191 0.070 0.001 0.001 0.003 0.407 82 Q 0.019 0.067 0.002 0.081 0.153 0.289 0.078 0.001 0.001 0.004 0.307 83 Y 0.048 0.088 0.004 0.044 0.128 0.234 0.041 0.003 0.001 0.004 0.406 84 I 0.035 0.089 0.004 0.093 0.198 0.301 0.036 0.004 0.001 0.003 0.237