# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 336 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.003 0.980 2 S 0.083 0.020 0.071 0.016 0.021 0.088 0.699 3 Q 0.042 0.007 0.125 0.015 0.176 0.458 0.177 4 V 0.243 0.017 0.045 0.012 0.097 0.207 0.379 5 H 0.565 0.022 0.005 0.004 0.028 0.011 0.364 6 F 0.756 0.024 0.006 0.005 0.018 0.011 0.180 7 T 0.718 0.020 0.010 0.007 0.033 0.013 0.199 8 R 0.550 0.022 0.011 0.008 0.085 0.017 0.308 9 E 0.275 0.010 0.009 0.006 0.151 0.026 0.523 10 M 0.163 0.028 0.008 0.004 0.191 0.033 0.573 11 P 0.067 0.033 0.016 0.005 0.155 0.041 0.682 12 E 0.026 0.008 0.034 0.005 0.182 0.269 0.477 13 E 0.014 0.008 0.045 0.005 0.371 0.298 0.259 14 F 0.021 0.013 0.022 0.005 0.582 0.059 0.297 15 T 0.125 0.013 0.019 0.008 0.155 0.076 0.604 16 L 0.513 0.033 0.012 0.007 0.089 0.020 0.326 17 E 0.820 0.019 0.003 0.002 0.021 0.004 0.131 18 C 0.888 0.004 0.002 0.002 0.007 0.001 0.096 19 T 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 20 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 21 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 22 F 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 23 R 0.886 0.005 0.004 0.004 0.015 0.005 0.081 24 Y 0.747 0.009 0.008 0.006 0.061 0.020 0.149 25 R 0.371 0.026 0.018 0.007 0.169 0.061 0.348 26 Q 0.101 0.019 0.018 0.004 0.201 0.079 0.578 27 P 0.047 0.023 0.020 0.002 0.335 0.209 0.364 28 D 0.026 0.009 0.014 0.001 0.380 0.256 0.315 29 S 0.039 0.008 0.003 0.001 0.616 0.017 0.316 30 K 0.225 0.009 0.002 0.001 0.187 0.024 0.552 31 V 0.845 0.008 0.001 0.001 0.013 0.005 0.127 32 T 0.961 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 33 V 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 34 H 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 35 V 0.894 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.092 36 K 0.501 0.007 0.007 0.001 0.078 0.151 0.255 37 G 0.072 0.002 0.021 0.001 0.204 0.634 0.067 38 E 0.005 0.001 0.008 0.001 0.111 0.868 0.008 39 K 0.103 0.002 0.009 0.001 0.162 0.586 0.138 40 T 0.906 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.080 41 E 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 42 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 43 I 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 44 F 0.680 0.008 0.002 0.001 0.027 0.005 0.276 45 A 0.266 0.013 0.006 0.002 0.231 0.024 0.458 46 E 0.069 0.008 0.005 0.004 0.552 0.013 0.348 47 P 0.074 0.006 0.034 0.018 0.153 0.079 0.635 48 Q 0.416 0.017 0.039 0.017 0.081 0.043 0.386 49 R 0.723 0.010 0.025 0.015 0.052 0.020 0.156 50 A 0.796 0.013 0.017 0.016 0.025 0.022 0.112 51 I 0.744 0.042 0.007 0.009 0.028 0.016 0.154 52 T 0.220 0.007 0.014 0.002 0.068 0.016 0.674 53 P 0.002 0.001 0.011 0.001 0.041 0.942 0.003 54 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.977 0.002 55 Q 0.366 0.012 0.005 0.001 0.049 0.017 0.551 56 A 0.858 0.011 0.001 0.001 0.012 0.011 0.108 57 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 58 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 59 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 60 Y 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.033 61 D 0.076 0.002 0.006 0.001 0.035 0.875 0.007 62 G 0.002 0.001 0.003 0.001 0.032 0.961 0.001 63 E 0.221 0.005 0.011 0.001 0.117 0.542 0.105 64 E 0.885 0.054 0.001 0.001 0.003 0.003 0.054 65 C 0.944 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 66 L 0.867 0.005 0.001 0.001 0.034 0.016 0.076 67 G 0.605 0.004 0.002 0.005 0.160 0.074 0.149 68 G 0.205 0.004 0.072 0.238 0.126 0.244 0.110 69 G 0.157 0.011 0.070 0.490 0.087 0.090 0.095 70 L 0.139 0.011 0.045 0.692 0.031 0.036 0.047 71 I 0.085 0.005 0.039 0.791 0.018 0.018 0.044 72 D 0.114 0.002 0.030 0.775 0.017 0.025 0.036 73 N 0.156 0.004 0.036 0.697 0.021 0.039 0.047 74 A 0.095 0.006 0.027 0.743 0.038 0.049 0.041 75 Y 0.086 0.009 0.019 0.667 0.047 0.092 0.080 76 R 0.033 0.003 0.015 0.601 0.064 0.173 0.111 77 D 0.003 0.001 0.006 0.229 0.032 0.712 0.018 78 G 0.004 0.001 0.010 0.069 0.070 0.781 0.065 79 Q 0.151 0.038 0.013 0.101 0.147 0.063 0.487 80 V 0.619 0.046 0.012 0.062 0.040 0.021 0.199 81 C 0.645 0.008 0.030 0.058 0.032 0.042 0.184 82 Q 0.662 0.008 0.031 0.043 0.037 0.071 0.148 83 Y 0.575 0.014 0.020 0.026 0.006 0.048 0.312 84 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997