# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.379 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.357 0.159 0.272 0.077 0.048 0.031 0.025 0.009 0.015 0.006 0.002 2 S 0.523 0.118 0.114 0.164 0.048 0.008 0.010 0.005 0.005 0.004 0.001 3 Q 0.180 0.287 0.174 0.129 0.082 0.047 0.056 0.004 0.038 0.002 0.001 4 V 0.067 0.606 0.231 0.020 0.015 0.035 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 5 H 0.095 0.543 0.109 0.054 0.057 0.061 0.013 0.001 0.067 0.001 0.001 6 F 0.080 0.418 0.276 0.049 0.080 0.047 0.015 0.003 0.028 0.002 0.002 7 T 0.114 0.551 0.181 0.065 0.045 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 8 R 0.138 0.372 0.195 0.085 0.131 0.029 0.017 0.004 0.016 0.012 0.001 9 E 0.096 0.343 0.299 0.090 0.070 0.041 0.019 0.003 0.034 0.003 0.002 10 M 0.017 0.318 0.411 0.002 0.021 0.020 0.007 0.001 0.202 0.001 0.001 11 P 0.074 0.005 0.836 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 12 E 0.402 0.051 0.408 0.054 0.021 0.031 0.006 0.007 0.005 0.007 0.008 13 E 0.311 0.128 0.156 0.268 0.046 0.021 0.031 0.017 0.015 0.005 0.001 14 F 0.071 0.217 0.268 0.138 0.140 0.030 0.070 0.010 0.045 0.010 0.001 15 T 0.136 0.287 0.313 0.100 0.061 0.051 0.025 0.005 0.014 0.003 0.003 16 L 0.021 0.579 0.169 0.032 0.145 0.020 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 17 E 0.021 0.485 0.372 0.019 0.043 0.041 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 18 C 0.007 0.765 0.089 0.004 0.113 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 T 0.023 0.830 0.044 0.029 0.054 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 20 A 0.001 0.694 0.041 0.001 0.258 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 K 0.002 0.888 0.060 0.001 0.023 0.010 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 F 0.003 0.827 0.113 0.001 0.033 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 R 0.030 0.779 0.095 0.014 0.041 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 24 Y 0.016 0.702 0.114 0.010 0.132 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 25 R 0.047 0.558 0.188 0.048 0.057 0.040 0.011 0.001 0.048 0.002 0.001 26 Q 0.007 0.363 0.287 0.001 0.029 0.012 0.006 0.001 0.295 0.001 0.001 27 P 0.186 0.003 0.676 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 28 D 0.169 0.074 0.149 0.445 0.023 0.063 0.034 0.018 0.022 0.002 0.002 29 S 0.025 0.438 0.319 0.036 0.131 0.013 0.015 0.002 0.017 0.002 0.001 30 K 0.023 0.295 0.531 0.055 0.030 0.047 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 31 V 0.001 0.767 0.102 0.004 0.113 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 32 T 0.001 0.877 0.061 0.001 0.045 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 33 V 0.001 0.874 0.076 0.001 0.032 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 H 0.001 0.868 0.065 0.001 0.026 0.011 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 35 V 0.011 0.419 0.499 0.002 0.005 0.051 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 36 K 0.027 0.493 0.153 0.060 0.053 0.028 0.036 0.001 0.145 0.003 0.001 37 G 0.019 0.007 0.039 0.006 0.083 0.001 0.031 0.155 0.001 0.659 0.001 38 E 0.251 0.115 0.159 0.373 0.046 0.016 0.016 0.009 0.007 0.008 0.002 39 K 0.039 0.208 0.186 0.254 0.105 0.029 0.125 0.018 0.029 0.005 0.001 40 T 0.002 0.506 0.338 0.006 0.113 0.015 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 41 E 0.002 0.743 0.211 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 42 V 0.001 0.808 0.146 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 43 I 0.007 0.774 0.146 0.002 0.005 0.043 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 44 F 0.010 0.439 0.302 0.004 0.052 0.148 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 45 A 0.435 0.064 0.069 0.367 0.023 0.019 0.006 0.001 0.011 0.002 0.003 46 E 0.016 0.482 0.191 0.002 0.227 0.004 0.008 0.001 0.066 0.003 0.001 47 P 0.095 0.012 0.729 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.110 48 Q 0.157 0.420 0.182 0.040 0.102 0.033 0.017 0.004 0.041 0.001 0.002 49 R 0.083 0.511 0.198 0.033 0.086 0.039 0.009 0.002 0.036 0.002 0.001 50 A 0.140 0.385 0.248 0.059 0.089 0.046 0.006 0.008 0.015 0.004 0.001 51 I 0.058 0.577 0.138 0.055 0.098 0.033 0.005 0.001 0.031 0.003 0.001 52 T 0.030 0.364 0.347 0.002 0.060 0.018 0.010 0.001 0.165 0.002 0.001 53 P 0.061 0.001 0.896 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 54 G 0.017 0.002 0.010 0.030 0.009 0.001 0.032 0.881 0.001 0.018 0.001 55 Q 0.005 0.148 0.745 0.004 0.010 0.065 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 56 A 0.054 0.432 0.419 0.043 0.011 0.028 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 57 V 0.002 0.915 0.043 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 58 V 0.002 0.913 0.048 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 59 F 0.011 0.738 0.151 0.006 0.014 0.059 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 60 Y 0.016 0.676 0.084 0.011 0.050 0.059 0.004 0.001 0.100 0.001 0.001 61 D 0.055 0.066 0.278 0.154 0.018 0.105 0.199 0.002 0.110 0.010 0.003 62 G 0.034 0.004 0.028 0.028 0.053 0.002 0.249 0.474 0.001 0.125 0.003 63 E 0.345 0.170 0.209 0.183 0.034 0.021 0.013 0.007 0.010 0.004 0.001 64 E 0.069 0.420 0.356 0.036 0.036 0.033 0.011 0.001 0.035 0.001 0.001 65 C 0.103 0.378 0.300 0.026 0.023 0.095 0.010 0.001 0.060 0.002 0.002 66 L 0.110 0.250 0.358 0.150 0.017 0.055 0.012 0.001 0.044 0.001 0.002 67 G 0.051 0.037 0.084 0.022 0.246 0.004 0.065 0.161 0.003 0.328 0.001 68 G 0.252 0.115 0.209 0.087 0.177 0.008 0.017 0.075 0.004 0.053 0.003 69 G 0.237 0.149 0.228 0.037 0.195 0.010 0.025 0.041 0.008 0.070 0.001 70 L 0.270 0.334 0.260 0.020 0.027 0.058 0.004 0.001 0.021 0.002 0.002 71 I 0.544 0.213 0.142 0.030 0.006 0.044 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 72 D 0.882 0.025 0.045 0.029 0.005 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 N 0.556 0.089 0.039 0.125 0.095 0.015 0.056 0.007 0.017 0.001 0.001 74 A 0.656 0.106 0.072 0.127 0.018 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 75 Y 0.400 0.202 0.132 0.158 0.033 0.040 0.008 0.003 0.023 0.002 0.001 76 R 0.467 0.177 0.111 0.138 0.020 0.026 0.020 0.003 0.031 0.007 0.001 77 D 0.121 0.025 0.127 0.367 0.009 0.026 0.288 0.006 0.026 0.004 0.001 78 G 0.031 0.003 0.025 0.017 0.014 0.001 0.154 0.710 0.001 0.044 0.001 79 Q 0.177 0.223 0.435 0.063 0.034 0.034 0.014 0.003 0.014 0.002 0.001 80 V 0.192 0.358 0.351 0.039 0.012 0.030 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 81 C 0.204 0.421 0.203 0.057 0.049 0.039 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 82 Q 0.182 0.442 0.182 0.074 0.053 0.033 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 83 Y 0.128 0.436 0.237 0.052 0.061 0.040 0.010 0.002 0.033 0.001 0.001 84 I 0.130 0.397 0.323 0.041 0.035 0.036 0.004 0.002 0.029 0.002 0.001