# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 336 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.201 0.082 0.028 0.022 0.186 0.012 0.012 0.081 0.134 0.132 0.111 2 S 0.031 0.151 0.072 0.059 0.116 0.052 0.076 0.250 0.129 0.052 0.011 3 Q 0.216 0.034 0.010 0.009 0.204 0.007 0.024 0.141 0.091 0.188 0.075 4 V 0.233 0.127 0.018 0.015 0.403 0.016 0.013 0.044 0.031 0.047 0.053 5 H 0.181 0.132 0.043 0.010 0.468 0.007 0.012 0.047 0.021 0.030 0.050 6 F 0.229 0.109 0.025 0.007 0.322 0.006 0.013 0.095 0.056 0.066 0.071 7 T 0.143 0.151 0.049 0.041 0.298 0.034 0.054 0.093 0.039 0.055 0.043 8 R 0.123 0.142 0.071 0.041 0.245 0.033 0.052 0.086 0.050 0.102 0.053 9 E 0.101 0.181 0.175 0.058 0.174 0.013 0.020 0.056 0.044 0.118 0.060 10 M 0.037 0.300 0.293 0.057 0.097 0.025 0.043 0.074 0.033 0.025 0.017 11 P 0.036 0.412 0.300 0.018 0.124 0.009 0.016 0.034 0.020 0.018 0.013 12 E 0.092 0.216 0.097 0.019 0.198 0.023 0.065 0.157 0.084 0.026 0.023 13 E 0.063 0.069 0.055 0.044 0.072 0.082 0.140 0.118 0.115 0.193 0.049 14 F 0.042 0.267 0.188 0.095 0.126 0.051 0.055 0.059 0.055 0.043 0.020 15 T 0.165 0.095 0.032 0.015 0.168 0.023 0.041 0.055 0.107 0.194 0.105 16 L 0.146 0.277 0.045 0.006 0.446 0.004 0.007 0.007 0.010 0.026 0.025 17 E 0.443 0.038 0.003 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 18 C 0.231 0.107 0.009 0.005 0.618 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 19 T 0.406 0.025 0.002 0.001 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 20 A 0.263 0.081 0.004 0.002 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 21 K 0.211 0.088 0.005 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 22 F 0.497 0.028 0.003 0.001 0.434 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 23 R 0.248 0.134 0.025 0.033 0.377 0.060 0.030 0.012 0.005 0.013 0.065 24 Y 0.261 0.157 0.068 0.013 0.371 0.004 0.004 0.007 0.006 0.022 0.087 25 R 0.188 0.144 0.058 0.048 0.236 0.037 0.055 0.062 0.052 0.060 0.059 26 Q 0.051 0.260 0.322 0.102 0.135 0.019 0.023 0.020 0.022 0.030 0.016 27 P 0.042 0.331 0.200 0.058 0.117 0.027 0.070 0.080 0.054 0.011 0.010 28 D 0.176 0.103 0.034 0.008 0.171 0.017 0.039 0.050 0.124 0.183 0.094 29 S 0.051 0.439 0.156 0.020 0.274 0.011 0.007 0.007 0.011 0.015 0.010 30 K 0.493 0.025 0.005 0.002 0.312 0.004 0.008 0.007 0.008 0.019 0.117 31 V 0.171 0.240 0.021 0.006 0.530 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 32 T 0.243 0.054 0.004 0.001 0.685 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 33 V 0.562 0.024 0.002 0.001 0.374 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 34 H 0.107 0.344 0.031 0.002 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 35 V 0.285 0.190 0.024 0.001 0.425 0.002 0.001 0.006 0.002 0.005 0.059 36 K 0.088 0.098 0.176 0.191 0.068 0.103 0.066 0.109 0.050 0.017 0.034 37 G 0.003 0.021 0.058 0.370 0.008 0.204 0.094 0.157 0.068 0.014 0.002 38 E 0.003 0.077 0.077 0.255 0.011 0.109 0.218 0.166 0.065 0.018 0.002 39 K 0.023 0.029 0.016 0.025 0.030 0.021 0.020 0.043 0.107 0.498 0.188 40 T 0.101 0.253 0.018 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 41 E 0.185 0.073 0.006 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 42 V 0.486 0.039 0.002 0.001 0.442 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 43 I 0.246 0.111 0.023 0.018 0.451 0.035 0.030 0.008 0.004 0.016 0.058 44 F 0.188 0.276 0.114 0.018 0.342 0.004 0.004 0.010 0.006 0.010 0.029 45 A 0.081 0.062 0.033 0.070 0.070 0.123 0.170 0.076 0.081 0.176 0.058 46 E 0.058 0.322 0.239 0.046 0.183 0.010 0.023 0.038 0.027 0.031 0.023 47 P 0.112 0.204 0.051 0.010 0.187 0.014 0.038 0.143 0.142 0.061 0.039 48 Q 0.153 0.143 0.055 0.023 0.208 0.022 0.047 0.103 0.121 0.066 0.059 49 R 0.070 0.139 0.099 0.063 0.129 0.089 0.124 0.098 0.118 0.048 0.022 50 A 0.107 0.293 0.110 0.014 0.203 0.003 0.007 0.020 0.064 0.122 0.058 51 I 0.127 0.287 0.203 0.029 0.217 0.016 0.024 0.013 0.018 0.031 0.038 52 T 0.002 0.212 0.732 0.035 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 P 0.001 0.004 0.002 0.008 0.003 0.106 0.656 0.163 0.053 0.003 0.001 54 G 0.036 0.002 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.013 0.716 0.212 55 Q 0.079 0.372 0.046 0.017 0.410 0.011 0.007 0.004 0.003 0.034 0.018 56 A 0.207 0.103 0.020 0.005 0.643 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 57 V 0.256 0.078 0.003 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 58 V 0.235 0.085 0.003 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 59 F 0.252 0.148 0.010 0.001 0.520 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.062 60 Y 0.176 0.073 0.151 0.269 0.092 0.075 0.015 0.011 0.007 0.020 0.111 61 D 0.002 0.021 0.039 0.431 0.007 0.266 0.114 0.076 0.037 0.005 0.001 62 G 0.005 0.018 0.017 0.240 0.005 0.054 0.113 0.123 0.165 0.236 0.024 63 E 0.030 0.134 0.035 0.016 0.101 0.016 0.069 0.105 0.161 0.284 0.050 64 E 0.130 0.142 0.011 0.001 0.668 0.001 0.004 0.009 0.010 0.008 0.018 65 C 0.393 0.042 0.009 0.002 0.480 0.002 0.004 0.004 0.002 0.005 0.057 66 L 0.137 0.091 0.034 0.046 0.184 0.087 0.094 0.058 0.053 0.112 0.105 67 G 0.051 0.175 0.226 0.151 0.116 0.067 0.050 0.050 0.040 0.049 0.025 68 G 0.097 0.048 0.028 0.023 0.070 0.013 0.030 0.078 0.151 0.315 0.146 69 G 0.022 0.173 0.305 0.179 0.076 0.025 0.024 0.104 0.041 0.030 0.019 70 L 0.032 0.225 0.038 0.002 0.124 0.004 0.017 0.466 0.069 0.016 0.005 71 I 0.073 0.007 0.002 0.001 0.058 0.007 0.020 0.679 0.127 0.012 0.014 72 D 0.030 0.013 0.006 0.025 0.032 0.050 0.056 0.627 0.129 0.019 0.013 73 N 0.065 0.066 0.023 0.002 0.142 0.005 0.029 0.491 0.087 0.058 0.032 74 A 0.078 0.121 0.008 0.002 0.195 0.010 0.043 0.414 0.066 0.045 0.018 75 Y 0.151 0.099 0.046 0.019 0.118 0.017 0.050 0.269 0.086 0.064 0.080 76 R 0.017 0.027 0.071 0.082 0.018 0.135 0.157 0.353 0.100 0.031 0.009 77 D 0.012 0.392 0.200 0.158 0.044 0.023 0.046 0.064 0.026 0.027 0.008 78 G 0.016 0.024 0.013 0.022 0.012 0.017 0.020 0.046 0.057 0.593 0.179 79 Q 0.046 0.415 0.110 0.017 0.247 0.016 0.019 0.044 0.027 0.044 0.017 80 V 0.319 0.104 0.016 0.004 0.466 0.004 0.007 0.023 0.011 0.011 0.036 81 C 0.276 0.136 0.033 0.022 0.368 0.018 0.016 0.023 0.014 0.028 0.065 82 Q 0.159 0.201 0.083 0.021 0.373 0.014 0.024 0.035 0.021 0.026 0.043 83 Y 0.177 0.226 0.100 0.006 0.382 0.003 0.005 0.021 0.015 0.020 0.045 84 I 0.177 0.247 0.088 0.019 0.325 0.019 0.019 0.036 0.016 0.017 0.037