# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 336 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.241 0.219 0.192 0.165 0.113 0.058 0.013 2 S 0.086 0.084 0.110 0.204 0.247 0.202 0.067 3 Q 0.067 0.096 0.108 0.161 0.215 0.240 0.113 4 V 0.042 0.030 0.047 0.091 0.152 0.331 0.306 5 H 0.048 0.067 0.094 0.146 0.186 0.276 0.183 6 F 0.031 0.026 0.048 0.094 0.202 0.400 0.199 7 T 0.042 0.046 0.073 0.146 0.269 0.345 0.080 8 R 0.063 0.135 0.195 0.270 0.227 0.101 0.009 9 E 0.118 0.257 0.258 0.212 0.118 0.034 0.003 10 M 0.258 0.320 0.222 0.142 0.047 0.010 0.001 11 P 0.433 0.313 0.148 0.080 0.021 0.004 0.001 12 E 0.513 0.256 0.136 0.074 0.019 0.002 0.001 13 E 0.717 0.212 0.051 0.017 0.003 0.001 0.001 14 F 0.658 0.236 0.077 0.025 0.004 0.001 0.001 15 T 0.464 0.384 0.111 0.034 0.006 0.001 0.001 16 L 0.045 0.132 0.216 0.326 0.235 0.044 0.002 17 E 0.030 0.241 0.360 0.274 0.080 0.015 0.001 18 C 0.002 0.007 0.024 0.105 0.362 0.451 0.050 19 T 0.003 0.040 0.195 0.399 0.273 0.083 0.008 20 A 0.005 0.017 0.027 0.076 0.255 0.519 0.101 21 K 0.006 0.046 0.168 0.327 0.270 0.158 0.025 22 F 0.009 0.021 0.037 0.099 0.239 0.504 0.092 23 R 0.019 0.090 0.175 0.280 0.250 0.170 0.016 24 Y 0.040 0.120 0.149 0.222 0.256 0.198 0.015 25 R 0.062 0.182 0.235 0.287 0.183 0.049 0.003 26 Q 0.117 0.281 0.253 0.232 0.096 0.020 0.001 27 P 0.583 0.316 0.076 0.022 0.003 0.001 0.001 28 D 0.540 0.365 0.073 0.018 0.003 0.001 0.001 29 S 0.074 0.155 0.300 0.325 0.130 0.017 0.001 30 K 0.139 0.409 0.309 0.118 0.023 0.002 0.001 31 V 0.001 0.007 0.035 0.194 0.540 0.218 0.005 32 T 0.002 0.061 0.400 0.407 0.119 0.010 0.001 33 V 0.001 0.003 0.011 0.083 0.425 0.462 0.015 34 H 0.006 0.155 0.445 0.312 0.075 0.007 0.001 35 V 0.026 0.114 0.233 0.392 0.201 0.034 0.001 36 K 0.329 0.406 0.171 0.074 0.018 0.002 0.001 37 G 0.697 0.236 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 38 E 0.736 0.207 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 39 K 0.454 0.446 0.082 0.016 0.002 0.001 0.001 40 T 0.017 0.066 0.174 0.372 0.317 0.053 0.002 41 E 0.016 0.240 0.426 0.262 0.051 0.005 0.001 42 V 0.001 0.005 0.023 0.130 0.426 0.395 0.021 43 I 0.005 0.108 0.338 0.397 0.136 0.016 0.001 44 F 0.003 0.022 0.068 0.247 0.449 0.202 0.009 45 A 0.051 0.328 0.344 0.203 0.061 0.012 0.001 46 E 0.131 0.323 0.236 0.197 0.090 0.022 0.002 47 P 0.113 0.347 0.296 0.167 0.058 0.017 0.002 48 Q 0.034 0.114 0.161 0.270 0.287 0.125 0.010 49 R 0.033 0.128 0.234 0.274 0.219 0.099 0.013 50 A 0.043 0.092 0.108 0.182 0.242 0.277 0.057 51 I 0.019 0.032 0.059 0.139 0.248 0.349 0.153 52 T 0.016 0.033 0.050 0.115 0.225 0.361 0.199 53 P 0.015 0.062 0.130 0.212 0.246 0.210 0.124 54 G 0.005 0.022 0.055 0.135 0.224 0.327 0.232 55 Q 0.001 0.003 0.012 0.040 0.113 0.332 0.499 56 A 0.001 0.003 0.005 0.019 0.071 0.286 0.615 57 V 0.001 0.001 0.004 0.017 0.059 0.358 0.560 58 V 0.001 0.004 0.015 0.060 0.137 0.390 0.393 59 F 0.001 0.003 0.008 0.026 0.112 0.493 0.356 60 Y 0.001 0.006 0.022 0.120 0.408 0.395 0.048 61 D 0.027 0.165 0.310 0.313 0.159 0.025 0.002 62 G 0.180 0.427 0.281 0.098 0.013 0.002 0.001 63 E 0.203 0.456 0.211 0.093 0.032 0.005 0.001 64 E 0.018 0.087 0.232 0.382 0.224 0.055 0.002 65 C 0.014 0.033 0.070 0.163 0.319 0.358 0.043 66 L 0.017 0.020 0.040 0.090 0.198 0.426 0.208 67 G 0.013 0.032 0.054 0.111 0.176 0.363 0.251 68 G 0.011 0.042 0.092 0.150 0.201 0.292 0.211 69 G 0.023 0.057 0.091 0.170 0.233 0.274 0.152 70 L 0.014 0.058 0.120 0.237 0.278 0.218 0.074 71 I 0.009 0.015 0.033 0.097 0.279 0.451 0.117 72 D 0.025 0.112 0.189 0.274 0.275 0.110 0.014 73 N 0.074 0.243 0.314 0.225 0.101 0.039 0.004 74 A 0.052 0.113 0.200 0.322 0.245 0.066 0.002 75 Y 0.126 0.268 0.279 0.216 0.097 0.014 0.001 76 R 0.615 0.255 0.093 0.031 0.005 0.001 0.001 77 D 0.870 0.112 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 78 G 0.844 0.124 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.643 0.241 0.084 0.027 0.005 0.001 0.001 80 V 0.456 0.287 0.138 0.084 0.029 0.005 0.001 81 C 0.278 0.196 0.234 0.186 0.081 0.023 0.001 82 Q 0.383 0.304 0.163 0.093 0.045 0.011 0.001 83 Y 0.227 0.208 0.215 0.217 0.107 0.024 0.001 84 I 0.382 0.174 0.139 0.160 0.107 0.035 0.003