# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.047 0.011 0.031 0.017 0.292 0.602 2 S 0.093 0.013 0.046 0.017 0.331 0.499 3 Q 0.141 0.014 0.091 0.025 0.303 0.426 4 V 0.310 0.030 0.052 0.030 0.234 0.344 5 H 0.503 0.018 0.030 0.019 0.171 0.260 6 F 0.594 0.020 0.023 0.018 0.114 0.231 7 T 0.454 0.028 0.030 0.024 0.193 0.272 8 R 0.372 0.018 0.028 0.019 0.272 0.291 9 E 0.232 0.019 0.030 0.018 0.302 0.399 10 M 0.142 0.037 0.025 0.011 0.341 0.443 11 P 0.063 0.023 0.037 0.011 0.566 0.300 12 E 0.024 0.008 0.198 0.023 0.583 0.164 13 E 0.034 0.007 0.189 0.023 0.584 0.162 14 F 0.083 0.014 0.138 0.017 0.533 0.216 15 T 0.198 0.011 0.031 0.007 0.269 0.484 16 L 0.617 0.014 0.013 0.004 0.111 0.242 17 E 0.880 0.004 0.003 0.001 0.032 0.080 18 C 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 19 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 20 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 21 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 22 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 23 R 0.970 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 24 Y 0.915 0.003 0.001 0.002 0.030 0.049 25 R 0.566 0.011 0.003 0.004 0.175 0.241 26 Q 0.173 0.011 0.006 0.001 0.629 0.180 27 P 0.042 0.004 0.014 0.001 0.771 0.169 28 D 0.041 0.005 0.024 0.001 0.712 0.217 29 S 0.330 0.026 0.009 0.001 0.428 0.207 30 K 0.543 0.005 0.001 0.001 0.082 0.368 31 V 0.917 0.004 0.001 0.001 0.015 0.064 32 T 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 33 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 34 H 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 35 V 0.903 0.004 0.001 0.001 0.073 0.020 36 K 0.466 0.006 0.003 0.001 0.491 0.034 37 G 0.071 0.004 0.009 0.001 0.894 0.022 38 E 0.147 0.006 0.005 0.001 0.806 0.035 39 K 0.529 0.008 0.002 0.001 0.237 0.225 40 T 0.908 0.003 0.001 0.001 0.026 0.063 41 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 42 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 43 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 44 F 0.929 0.001 0.001 0.001 0.015 0.054 45 A 0.589 0.004 0.002 0.002 0.127 0.276 46 E 0.207 0.008 0.009 0.004 0.382 0.391 47 P 0.135 0.013 0.042 0.019 0.490 0.300 48 Q 0.200 0.020 0.111 0.030 0.421 0.218 49 R 0.467 0.016 0.096 0.042 0.242 0.136 50 A 0.671 0.027 0.044 0.036 0.111 0.110 51 I 0.679 0.050 0.015 0.019 0.098 0.139 52 T 0.412 0.027 0.015 0.010 0.490 0.047 53 P 0.092 0.004 0.007 0.003 0.836 0.058 54 G 0.034 0.002 0.006 0.001 0.863 0.095 55 Q 0.618 0.022 0.001 0.001 0.286 0.072 56 A 0.929 0.003 0.001 0.001 0.016 0.050 57 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 58 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 60 Y 0.941 0.001 0.001 0.001 0.044 0.012 61 D 0.363 0.004 0.002 0.003 0.527 0.101 62 G 0.059 0.006 0.005 0.002 0.849 0.079 63 E 0.140 0.013 0.015 0.002 0.688 0.142 64 E 0.654 0.029 0.018 0.002 0.193 0.104 65 C 0.871 0.020 0.007 0.001 0.060 0.041 66 L 0.866 0.014 0.003 0.001 0.055 0.061 67 G 0.700 0.003 0.004 0.003 0.122 0.168 68 G 0.676 0.003 0.004 0.008 0.123 0.185 69 G 0.803 0.004 0.004 0.011 0.065 0.113 70 L 0.914 0.010 0.004 0.014 0.017 0.042 71 I 0.834 0.008 0.008 0.065 0.033 0.052 72 D 0.597 0.005 0.026 0.158 0.091 0.122 73 N 0.356 0.004 0.108 0.201 0.212 0.118 74 A 0.233 0.019 0.107 0.213 0.283 0.145 75 Y 0.172 0.018 0.099 0.198 0.378 0.136 76 R 0.124 0.014 0.064 0.144 0.424 0.229 77 D 0.062 0.006 0.056 0.175 0.407 0.293 78 G 0.102 0.008 0.047 0.106 0.430 0.307 79 Q 0.177 0.015 0.043 0.137 0.269 0.360 80 V 0.276 0.021 0.066 0.198 0.190 0.249 81 C 0.321 0.014 0.054 0.136 0.165 0.311 82 Q 0.232 0.015 0.049 0.129 0.146 0.428 83 Y 0.170 0.020 0.025 0.094 0.114 0.577 84 I 0.081 0.012 0.005 0.028 0.082 0.792