# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.005 2 S 0.001 0.005 0.800 0.007 0.009 0.006 0.001 0.001 0.009 0.114 0.011 0.026 0.012 3 Q 0.003 0.009 0.571 0.031 0.014 0.012 0.004 0.003 0.053 0.160 0.023 0.029 0.088 4 V 0.014 0.036 0.347 0.004 0.024 0.032 0.020 0.018 0.181 0.036 0.012 0.067 0.208 5 H 0.022 0.018 0.192 0.023 0.010 0.030 0.030 0.063 0.344 0.036 0.014 0.159 0.059 6 F 0.065 0.017 0.157 0.006 0.011 0.021 0.041 0.076 0.340 0.020 0.019 0.034 0.193 7 T 0.085 0.021 0.197 0.036 0.023 0.028 0.047 0.106 0.193 0.051 0.030 0.080 0.102 8 R 0.025 0.022 0.240 0.026 0.028 0.021 0.016 0.014 0.111 0.210 0.062 0.135 0.091 9 E 0.006 0.018 0.332 0.016 0.027 0.018 0.004 0.003 0.036 0.350 0.075 0.028 0.087 10 M 0.002 0.027 0.581 0.013 0.012 0.014 0.001 0.001 0.011 0.225 0.047 0.037 0.029 11 P 0.001 0.013 0.765 0.005 0.027 0.011 0.001 0.001 0.002 0.098 0.053 0.003 0.023 12 E 0.001 0.006 0.287 0.010 0.179 0.025 0.001 0.001 0.001 0.182 0.297 0.005 0.008 13 E 0.001 0.007 0.174 0.008 0.261 0.018 0.001 0.001 0.001 0.210 0.300 0.005 0.016 14 F 0.002 0.011 0.281 0.007 0.176 0.023 0.001 0.001 0.002 0.307 0.119 0.041 0.032 15 T 0.008 0.016 0.402 0.037 0.035 0.012 0.002 0.001 0.004 0.129 0.117 0.023 0.216 16 L 0.103 0.015 0.238 0.019 0.006 0.004 0.013 0.001 0.012 0.061 0.029 0.343 0.157 17 E 0.245 0.006 0.100 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.015 0.023 0.006 0.077 0.486 18 C 0.467 0.001 0.035 0.007 0.001 0.001 0.032 0.001 0.007 0.008 0.002 0.337 0.103 19 T 0.723 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.043 0.001 0.004 0.002 0.001 0.050 0.166 20 A 0.746 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.144 0.059 21 K 0.779 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.104 22 F 0.645 0.001 0.030 0.009 0.001 0.001 0.052 0.002 0.008 0.003 0.002 0.081 0.165 23 R 0.515 0.003 0.061 0.025 0.004 0.002 0.036 0.002 0.010 0.013 0.011 0.165 0.155 24 Y 0.214 0.012 0.139 0.010 0.010 0.003 0.022 0.002 0.014 0.062 0.044 0.115 0.354 25 R 0.079 0.035 0.240 0.022 0.014 0.003 0.011 0.001 0.011 0.190 0.065 0.125 0.206 26 Q 0.003 0.016 0.438 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.354 0.028 0.063 0.067 27 P 0.001 0.004 0.325 0.029 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.329 0.008 0.029 28 D 0.003 0.013 0.408 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.252 0.221 0.019 0.042 29 S 0.009 0.012 0.368 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.011 0.335 0.023 0.170 0.054 30 K 0.042 0.006 0.357 0.031 0.002 0.001 0.009 0.001 0.023 0.035 0.008 0.024 0.463 31 V 0.292 0.005 0.071 0.012 0.001 0.001 0.040 0.001 0.022 0.007 0.001 0.405 0.142 32 T 0.490 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.008 0.001 0.001 0.167 0.290 33 V 0.406 0.002 0.034 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.010 0.003 0.001 0.233 0.281 34 H 0.166 0.004 0.111 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.009 0.002 0.291 0.385 35 V 0.060 0.015 0.146 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.004 0.044 0.049 0.040 0.619 36 K 0.017 0.014 0.105 0.010 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.176 0.335 0.254 0.066 37 G 0.001 0.001 0.033 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.753 0.004 0.011 38 E 0.005 0.001 0.071 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.550 0.010 0.016 39 K 0.265 0.003 0.135 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.053 0.015 0.248 0.262 40 T 0.687 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 0.167 41 E 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.049 42 V 0.768 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.087 43 I 0.578 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.094 0.001 0.003 0.001 0.001 0.195 0.102 44 F 0.200 0.002 0.098 0.032 0.001 0.001 0.040 0.001 0.010 0.012 0.003 0.180 0.423 45 A 0.052 0.004 0.356 0.074 0.003 0.001 0.010 0.001 0.018 0.177 0.031 0.074 0.200 46 E 0.011 0.010 0.408 0.018 0.009 0.001 0.003 0.001 0.017 0.289 0.029 0.139 0.066 47 P 0.004 0.023 0.661 0.011 0.014 0.003 0.002 0.001 0.018 0.059 0.021 0.014 0.171 48 Q 0.011 0.039 0.486 0.024 0.078 0.018 0.006 0.002 0.046 0.069 0.047 0.083 0.089 49 R 0.038 0.019 0.240 0.033 0.047 0.018 0.017 0.013 0.095 0.131 0.055 0.088 0.205 50 A 0.079 0.032 0.216 0.021 0.020 0.006 0.022 0.016 0.068 0.085 0.031 0.183 0.219 51 I 0.046 0.053 0.295 0.029 0.003 0.003 0.013 0.004 0.047 0.080 0.007 0.130 0.290 52 T 0.001 0.009 0.731 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.062 0.003 0.107 0.045 53 P 0.001 0.002 0.008 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.924 0.001 0.003 54 G 0.001 0.001 0.019 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.888 0.008 0.002 55 Q 0.036 0.010 0.534 0.023 0.006 0.001 0.004 0.001 0.004 0.149 0.030 0.054 0.150 56 A 0.376 0.008 0.146 0.008 0.001 0.001 0.023 0.001 0.010 0.027 0.012 0.070 0.317 57 V 0.717 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.003 0.003 0.001 0.193 0.041 58 V 0.845 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 0.032 0.075 59 F 0.798 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.062 0.002 0.003 0.001 0.001 0.068 0.059 60 Y 0.652 0.001 0.036 0.014 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.007 0.007 0.119 0.138 61 D 0.149 0.007 0.071 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.153 0.321 0.152 0.127 62 G 0.009 0.001 0.041 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.728 0.011 0.022 63 E 0.081 0.011 0.189 0.010 0.025 0.002 0.006 0.001 0.007 0.286 0.121 0.106 0.156 64 E 0.184 0.030 0.073 0.008 0.017 0.003 0.032 0.010 0.021 0.058 0.022 0.239 0.304 65 C 0.254 0.023 0.076 0.043 0.011 0.004 0.064 0.006 0.014 0.015 0.008 0.088 0.394 66 L 0.185 0.022 0.132 0.109 0.020 0.016 0.049 0.009 0.020 0.035 0.046 0.173 0.185 67 G 0.156 0.007 0.121 0.063 0.021 0.022 0.020 0.003 0.012 0.130 0.152 0.085 0.208 68 G 0.179 0.004 0.134 0.093 0.018 0.028 0.016 0.002 0.007 0.143 0.122 0.137 0.116 69 G 0.330 0.004 0.150 0.011 0.008 0.023 0.029 0.004 0.008 0.037 0.021 0.096 0.280 70 L 0.466 0.011 0.049 0.003 0.007 0.036 0.050 0.006 0.011 0.009 0.012 0.244 0.096 71 I 0.276 0.009 0.070 0.009 0.018 0.061 0.038 0.006 0.011 0.012 0.012 0.046 0.432 72 D 0.100 0.002 0.068 0.600 0.015 0.036 0.012 0.002 0.009 0.019 0.015 0.072 0.049 73 N 0.084 0.003 0.138 0.039 0.051 0.085 0.014 0.002 0.014 0.089 0.103 0.132 0.246 74 A 0.070 0.009 0.197 0.016 0.040 0.138 0.020 0.002 0.018 0.068 0.071 0.058 0.293 75 Y 0.031 0.030 0.350 0.021 0.016 0.161 0.009 0.005 0.023 0.070 0.049 0.164 0.072 76 R 0.021 0.010 0.244 0.004 0.027 0.276 0.004 0.002 0.007 0.108 0.157 0.035 0.105 77 D 0.009 0.006 0.149 0.016 0.034 0.200 0.002 0.001 0.003 0.102 0.432 0.024 0.022 78 G 0.010 0.003 0.233 0.019 0.039 0.087 0.001 0.001 0.001 0.197 0.364 0.016 0.028 79 Q 0.033 0.013 0.409 0.002 0.029 0.145 0.007 0.001 0.007 0.098 0.075 0.084 0.096 80 V 0.074 0.038 0.210 0.005 0.033 0.164 0.017 0.002 0.013 0.044 0.031 0.089 0.279 81 C 0.070 0.011 0.305 0.080 0.050 0.159 0.012 0.001 0.009 0.057 0.036 0.088 0.122 82 Q 0.048 0.009 0.286 0.009 0.040 0.161 0.011 0.001 0.012 0.066 0.060 0.172 0.127 83 Y 0.026 0.013 0.486 0.005 0.028 0.118 0.007 0.001 0.011 0.035 0.053 0.028 0.191 84 I 0.003 0.005 0.864 0.004 0.004 0.021 0.001 0.001 0.003 0.027 0.006 0.039 0.024