# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.133 0.018 0.002 0.015 0.016 0.016 0.111 0.008 0.001 0.046 0.634 2 S 0.027 0.013 0.001 0.023 0.027 0.043 0.127 0.004 0.001 0.032 0.702 3 Q 0.024 0.010 0.001 0.058 0.041 0.084 0.110 0.003 0.001 0.056 0.612 4 V 0.013 0.012 0.002 0.089 0.101 0.092 0.114 0.003 0.001 0.055 0.518 5 H 0.039 0.013 0.004 0.159 0.120 0.151 0.102 0.005 0.002 0.070 0.336 6 F 0.042 0.007 0.002 0.112 0.066 0.114 0.087 0.007 0.001 0.065 0.496 7 T 0.071 0.005 0.001 0.080 0.042 0.073 0.118 0.003 0.001 0.046 0.561 8 R 0.012 0.002 0.001 0.064 0.040 0.089 0.122 0.001 0.001 0.033 0.636 9 E 0.006 0.003 0.001 0.032 0.031 0.045 0.118 0.001 0.001 0.020 0.742 10 M 0.028 0.003 0.002 0.016 0.067 0.067 0.121 0.013 0.002 0.045 0.635 11 P 0.388 0.012 0.002 0.008 0.006 0.006 0.072 0.004 0.002 0.066 0.434 12 E 0.086 0.006 0.002 0.009 0.011 0.021 0.101 0.005 0.001 0.061 0.697 13 E 0.038 0.002 0.001 0.005 0.005 0.014 0.099 0.001 0.001 0.023 0.811 14 F 0.014 0.003 0.001 0.014 0.093 0.140 0.141 0.006 0.001 0.046 0.543 15 T 0.015 0.002 0.001 0.026 0.060 0.161 0.116 0.001 0.001 0.103 0.515 16 L 0.002 0.001 0.001 0.033 0.249 0.423 0.046 0.001 0.001 0.042 0.202 17 E 0.003 0.001 0.001 0.038 0.172 0.360 0.062 0.001 0.001 0.035 0.327 18 C 0.001 0.001 0.001 0.042 0.408 0.441 0.013 0.001 0.001 0.016 0.077 19 T 0.001 0.001 0.001 0.040 0.278 0.546 0.014 0.001 0.001 0.042 0.077 20 A 0.001 0.001 0.001 0.037 0.515 0.349 0.009 0.001 0.001 0.017 0.071 21 K 0.002 0.001 0.001 0.077 0.338 0.491 0.013 0.001 0.001 0.027 0.049 22 F 0.010 0.001 0.001 0.074 0.349 0.364 0.020 0.001 0.001 0.035 0.145 23 R 0.021 0.001 0.001 0.106 0.272 0.307 0.034 0.001 0.001 0.038 0.219 24 Y 0.005 0.001 0.001 0.063 0.103 0.176 0.101 0.001 0.001 0.023 0.526 25 R 0.012 0.001 0.002 0.033 0.074 0.110 0.081 0.002 0.003 0.024 0.657 26 Q 0.249 0.002 0.003 0.015 0.033 0.033 0.099 0.008 0.003 0.081 0.475 27 P 0.042 0.001 0.001 0.009 0.011 0.020 0.110 0.003 0.001 0.050 0.753 28 D 0.010 0.001 0.001 0.025 0.015 0.055 0.127 0.001 0.001 0.055 0.710 29 S 0.004 0.001 0.001 0.040 0.144 0.305 0.070 0.002 0.001 0.112 0.322 30 K 0.004 0.001 0.001 0.034 0.087 0.172 0.068 0.001 0.001 0.053 0.580 31 V 0.001 0.001 0.001 0.034 0.334 0.454 0.017 0.001 0.001 0.021 0.139 32 T 0.002 0.001 0.001 0.030 0.216 0.327 0.036 0.001 0.001 0.045 0.343 33 V 0.001 0.001 0.001 0.036 0.370 0.400 0.035 0.001 0.001 0.019 0.140 34 H 0.073 0.001 0.005 0.056 0.141 0.310 0.044 0.001 0.006 0.080 0.283 35 V 0.321 0.001 0.002 0.014 0.033 0.053 0.047 0.003 0.002 0.067 0.457 36 K 0.029 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.063 0.001 0.001 0.024 0.858 37 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.019 0.103 0.001 0.001 0.015 0.848 38 E 0.001 0.001 0.001 0.011 0.253 0.340 0.083 0.001 0.001 0.040 0.273 39 K 0.001 0.001 0.001 0.051 0.196 0.318 0.044 0.001 0.001 0.073 0.316 40 T 0.001 0.001 0.001 0.088 0.324 0.442 0.010 0.001 0.001 0.041 0.095 41 E 0.001 0.001 0.001 0.058 0.349 0.495 0.008 0.001 0.001 0.042 0.048 42 V 0.001 0.001 0.001 0.188 0.354 0.283 0.013 0.001 0.001 0.023 0.138 43 I 0.005 0.001 0.001 0.103 0.424 0.340 0.014 0.001 0.001 0.051 0.061 44 F 0.006 0.001 0.001 0.080 0.149 0.191 0.076 0.001 0.001 0.038 0.458 45 A 0.054 0.009 0.002 0.053 0.070 0.084 0.082 0.005 0.004 0.028 0.608 46 E 0.359 0.033 0.006 0.026 0.023 0.026 0.086 0.018 0.004 0.100 0.320 47 P 0.141 0.039 0.003 0.020 0.016 0.028 0.099 0.009 0.002 0.060 0.583 48 Q 0.112 0.044 0.003 0.031 0.034 0.075 0.076 0.008 0.001 0.061 0.557 49 R 0.038 0.010 0.001 0.025 0.079 0.090 0.103 0.002 0.001 0.084 0.567 50 A 0.006 0.003 0.002 0.035 0.098 0.168 0.131 0.002 0.001 0.048 0.505 51 I 0.054 0.002 0.005 0.035 0.094 0.140 0.108 0.003 0.003 0.067 0.487 52 T 0.129 0.002 0.003 0.029 0.069 0.147 0.135 0.006 0.002 0.146 0.331 53 P 0.017 0.001 0.001 0.031 0.032 0.157 0.162 0.001 0.001 0.092 0.507 54 G 0.001 0.001 0.001 0.072 0.072 0.377 0.099 0.001 0.001 0.070 0.308 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.041 0.198 0.504 0.034 0.001 0.001 0.085 0.138 56 A 0.001 0.001 0.001 0.040 0.257 0.623 0.005 0.001 0.001 0.036 0.039 57 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.355 0.476 0.004 0.001 0.001 0.041 0.044 58 V 0.001 0.001 0.001 0.064 0.507 0.365 0.003 0.001 0.001 0.040 0.020 59 F 0.001 0.001 0.001 0.153 0.288 0.452 0.010 0.001 0.001 0.039 0.057 60 Y 0.233 0.001 0.001 0.058 0.185 0.272 0.037 0.003 0.003 0.072 0.136 61 D 0.189 0.004 0.002 0.036 0.014 0.022 0.075 0.007 0.002 0.056 0.593 62 G 0.028 0.001 0.001 0.008 0.010 0.021 0.121 0.005 0.001 0.017 0.788 63 E 0.011 0.002 0.001 0.085 0.157 0.221 0.130 0.003 0.001 0.032 0.357 64 E 0.014 0.001 0.001 0.069 0.144 0.251 0.087 0.002 0.001 0.116 0.314 65 C 0.025 0.002 0.002 0.120 0.229 0.159 0.063 0.001 0.001 0.069 0.330 66 L 0.019 0.006 0.001 0.076 0.082 0.226 0.113 0.001 0.001 0.034 0.440 67 G 0.034 0.016 0.001 0.045 0.115 0.249 0.085 0.007 0.001 0.084 0.363 68 G 0.018 0.012 0.001 0.067 0.115 0.210 0.106 0.006 0.001 0.084 0.380 69 G 0.013 0.016 0.001 0.065 0.224 0.307 0.074 0.002 0.001 0.066 0.231 70 L 0.018 0.016 0.003 0.106 0.224 0.250 0.074 0.002 0.001 0.069 0.236 71 I 0.045 0.037 0.006 0.102 0.150 0.149 0.079 0.008 0.003 0.050 0.371 72 D 0.177 0.062 0.002 0.051 0.079 0.114 0.082 0.011 0.001 0.066 0.354 73 N 0.054 0.033 0.002 0.037 0.048 0.110 0.113 0.004 0.002 0.058 0.541 74 A 0.022 0.065 0.012 0.033 0.026 0.060 0.110 0.003 0.006 0.028 0.636 75 Y 0.236 0.179 0.010 0.010 0.043 0.039 0.065 0.016 0.006 0.040 0.357 76 R 0.262 0.126 0.003 0.005 0.017 0.016 0.054 0.011 0.001 0.048 0.458 77 D 0.056 0.193 0.004 0.008 0.014 0.029 0.071 0.008 0.001 0.027 0.590 78 G 0.127 0.277 0.013 0.010 0.021 0.040 0.057 0.006 0.003 0.030 0.417 79 Q 0.097 0.184 0.007 0.013 0.079 0.091 0.073 0.014 0.002 0.046 0.394 80 V 0.137 0.083 0.004 0.013 0.054 0.082 0.073 0.012 0.002 0.041 0.499 81 C 0.113 0.031 0.004 0.029 0.047 0.068 0.088 0.005 0.001 0.031 0.582 82 Q 0.035 0.015 0.001 0.027 0.074 0.118 0.098 0.003 0.001 0.028 0.602 83 Y 0.016 0.011 0.002 0.022 0.049 0.064 0.096 0.002 0.001 0.022 0.716 84 I 0.025 0.007 0.002 0.022 0.100 0.076 0.112 0.013 0.001 0.031 0.611