# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.032 0.023 0.009 0.025 0.041 0.070 0.139 0.170 0.177 0.164 0.150 2 S 0.338 0.237 0.062 0.155 0.096 0.051 0.028 0.015 0.010 0.005 0.003 3 Q 0.105 0.125 0.067 0.209 0.169 0.116 0.088 0.049 0.039 0.022 0.010 4 V 0.012 0.009 0.009 0.022 0.036 0.062 0.133 0.137 0.195 0.196 0.189 5 H 0.035 0.049 0.042 0.162 0.133 0.128 0.173 0.112 0.083 0.050 0.031 6 F 0.004 0.010 0.025 0.050 0.057 0.069 0.153 0.163 0.157 0.175 0.136 7 T 0.011 0.012 0.022 0.026 0.032 0.043 0.101 0.142 0.202 0.206 0.203 8 R 0.082 0.075 0.058 0.164 0.164 0.134 0.138 0.074 0.060 0.033 0.018 9 E 0.185 0.125 0.115 0.157 0.112 0.082 0.086 0.047 0.043 0.030 0.018 10 M 0.162 0.134 0.029 0.137 0.120 0.110 0.151 0.079 0.044 0.022 0.013 11 P 0.306 0.175 0.056 0.091 0.074 0.064 0.074 0.061 0.051 0.030 0.019 12 E 0.367 0.213 0.069 0.158 0.094 0.049 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 13 E 0.498 0.179 0.096 0.099 0.065 0.031 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 14 F 0.175 0.120 0.036 0.113 0.110 0.112 0.145 0.089 0.056 0.028 0.016 15 T 0.248 0.201 0.116 0.168 0.112 0.067 0.040 0.024 0.014 0.006 0.003 16 L 0.044 0.042 0.054 0.075 0.091 0.125 0.172 0.140 0.119 0.088 0.050 17 E 0.150 0.194 0.169 0.220 0.146 0.073 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 18 C 0.003 0.004 0.005 0.010 0.017 0.043 0.127 0.169 0.214 0.229 0.180 19 T 0.071 0.142 0.095 0.215 0.188 0.128 0.076 0.046 0.024 0.011 0.005 20 A 0.006 0.007 0.018 0.026 0.027 0.049 0.119 0.130 0.213 0.229 0.176 21 K 0.037 0.058 0.068 0.164 0.191 0.167 0.148 0.077 0.046 0.028 0.016 22 F 0.008 0.011 0.020 0.039 0.034 0.052 0.134 0.133 0.210 0.208 0.152 23 R 0.018 0.022 0.033 0.078 0.095 0.115 0.199 0.141 0.121 0.103 0.076 24 Y 0.032 0.037 0.070 0.085 0.067 0.074 0.141 0.110 0.142 0.134 0.108 25 R 0.046 0.066 0.047 0.157 0.144 0.138 0.196 0.090 0.057 0.037 0.023 26 Q 0.148 0.099 0.081 0.117 0.088 0.074 0.111 0.077 0.079 0.070 0.056 27 P 0.169 0.189 0.036 0.180 0.126 0.093 0.105 0.049 0.028 0.016 0.009 28 D 0.325 0.231 0.065 0.137 0.105 0.052 0.033 0.024 0.016 0.008 0.004 29 S 0.110 0.057 0.014 0.057 0.081 0.101 0.159 0.147 0.120 0.092 0.061 30 K 0.316 0.285 0.056 0.172 0.120 0.035 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.055 0.114 0.221 0.303 0.285 32 T 0.067 0.133 0.044 0.282 0.241 0.110 0.059 0.038 0.015 0.007 0.005 33 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.042 0.083 0.229 0.326 0.297 34 H 0.088 0.149 0.061 0.256 0.201 0.107 0.070 0.037 0.016 0.009 0.006 35 V 0.032 0.031 0.013 0.034 0.034 0.053 0.133 0.137 0.196 0.183 0.153 36 K 0.282 0.350 0.026 0.162 0.092 0.041 0.024 0.013 0.006 0.003 0.002 37 G 0.593 0.191 0.025 0.063 0.046 0.030 0.020 0.014 0.011 0.005 0.002 38 E 0.548 0.189 0.023 0.090 0.068 0.036 0.021 0.012 0.008 0.004 0.002 39 K 0.382 0.232 0.049 0.135 0.105 0.053 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 40 T 0.006 0.005 0.005 0.012 0.022 0.046 0.123 0.164 0.216 0.214 0.187 41 E 0.043 0.088 0.097 0.271 0.224 0.138 0.079 0.036 0.014 0.006 0.003 42 V 0.002 0.002 0.018 0.013 0.013 0.023 0.075 0.105 0.210 0.292 0.246 43 I 0.029 0.062 0.076 0.155 0.164 0.146 0.159 0.106 0.053 0.032 0.019 44 F 0.008 0.012 0.013 0.023 0.027 0.052 0.132 0.169 0.229 0.195 0.140 45 A 0.194 0.205 0.101 0.184 0.139 0.086 0.047 0.023 0.012 0.006 0.003 46 E 0.242 0.190 0.067 0.157 0.107 0.081 0.069 0.038 0.028 0.014 0.006 47 P 0.169 0.107 0.044 0.122 0.116 0.111 0.121 0.074 0.067 0.042 0.027 48 Q 0.092 0.073 0.056 0.133 0.126 0.134 0.164 0.079 0.074 0.044 0.026 49 R 0.029 0.036 0.095 0.179 0.149 0.138 0.169 0.077 0.059 0.044 0.026 50 A 0.007 0.011 0.045 0.043 0.043 0.063 0.152 0.143 0.163 0.180 0.150 51 I 0.005 0.012 0.019 0.040 0.052 0.083 0.177 0.202 0.163 0.140 0.107 52 T 0.018 0.029 0.043 0.054 0.058 0.074 0.121 0.150 0.165 0.154 0.135 53 P 0.059 0.089 0.043 0.145 0.172 0.156 0.130 0.082 0.063 0.037 0.023 54 G 0.083 0.080 0.034 0.124 0.130 0.129 0.125 0.085 0.110 0.063 0.038 55 Q 0.004 0.006 0.003 0.029 0.048 0.080 0.202 0.150 0.174 0.157 0.147 56 A 0.002 0.005 0.007 0.044 0.062 0.077 0.188 0.172 0.173 0.146 0.124 57 V 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.011 0.049 0.090 0.211 0.294 0.326 58 V 0.001 0.001 0.016 0.017 0.031 0.041 0.124 0.165 0.209 0.207 0.189 59 F 0.001 0.001 0.009 0.008 0.013 0.020 0.074 0.126 0.242 0.255 0.252 60 Y 0.003 0.008 0.016 0.023 0.044 0.080 0.199 0.213 0.174 0.129 0.113 61 D 0.058 0.115 0.061 0.146 0.128 0.119 0.140 0.102 0.068 0.039 0.025 62 G 0.295 0.153 0.051 0.123 0.119 0.102 0.070 0.038 0.029 0.013 0.007 63 E 0.353 0.110 0.037 0.111 0.102 0.089 0.083 0.040 0.041 0.022 0.013 64 E 0.067 0.069 0.036 0.152 0.146 0.134 0.176 0.084 0.065 0.043 0.030 65 C 0.004 0.006 0.010 0.020 0.025 0.041 0.122 0.147 0.180 0.221 0.225 66 L 0.008 0.019 0.042 0.070 0.077 0.099 0.155 0.155 0.131 0.123 0.121 67 G 0.007 0.021 0.037 0.063 0.083 0.112 0.156 0.142 0.157 0.132 0.090 68 G 0.013 0.016 0.014 0.065 0.090 0.118 0.169 0.142 0.160 0.122 0.092 69 G 0.012 0.009 0.006 0.024 0.037 0.060 0.148 0.173 0.215 0.181 0.135 70 L 0.007 0.027 0.015 0.091 0.095 0.086 0.150 0.159 0.148 0.118 0.105 71 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.034 0.071 0.204 0.298 0.376 72 D 0.037 0.043 0.067 0.172 0.209 0.153 0.152 0.073 0.049 0.030 0.016 73 N 0.045 0.062 0.115 0.202 0.147 0.132 0.146 0.066 0.048 0.025 0.011 74 A 0.018 0.017 0.024 0.045 0.046 0.069 0.192 0.150 0.176 0.151 0.113 75 Y 0.065 0.062 0.050 0.092 0.091 0.113 0.205 0.126 0.093 0.066 0.037 76 R 0.098 0.161 0.224 0.205 0.122 0.080 0.058 0.024 0.015 0.008 0.004 77 D 0.179 0.163 0.114 0.148 0.124 0.109 0.091 0.040 0.019 0.008 0.004 78 G 0.378 0.127 0.068 0.105 0.087 0.072 0.066 0.042 0.032 0.016 0.007 79 Q 0.298 0.141 0.106 0.142 0.102 0.081 0.066 0.030 0.021 0.009 0.005 80 V 0.072 0.097 0.122 0.172 0.132 0.113 0.130 0.068 0.049 0.029 0.016 81 C 0.019 0.023 0.051 0.062 0.070 0.104 0.212 0.140 0.127 0.110 0.082 82 Q 0.093 0.113 0.225 0.229 0.129 0.088 0.066 0.028 0.016 0.009 0.004 83 Y 0.062 0.069 0.122 0.142 0.117 0.126 0.152 0.090 0.062 0.040 0.018 84 I 0.082 0.067 0.058 0.087 0.089 0.109 0.166 0.123 0.105 0.070 0.044