# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.101 0.203 0.428 0.065 0.079 0.050 0.029 0.014 0.019 0.010 0.002 2 S 0.421 0.184 0.107 0.171 0.072 0.009 0.009 0.007 0.008 0.009 0.001 3 Q 0.076 0.391 0.241 0.057 0.091 0.047 0.041 0.002 0.050 0.002 0.002 4 V 0.087 0.496 0.324 0.018 0.012 0.040 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 5 H 0.116 0.498 0.088 0.077 0.085 0.053 0.013 0.001 0.067 0.001 0.001 6 F 0.066 0.366 0.336 0.048 0.085 0.049 0.014 0.003 0.028 0.002 0.002 7 T 0.122 0.520 0.179 0.090 0.046 0.022 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 8 R 0.128 0.351 0.151 0.091 0.179 0.027 0.027 0.007 0.018 0.020 0.001 9 E 0.124 0.301 0.293 0.115 0.074 0.039 0.016 0.004 0.029 0.004 0.002 10 M 0.023 0.315 0.388 0.003 0.022 0.023 0.009 0.001 0.215 0.001 0.001 11 P 0.083 0.006 0.822 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 12 E 0.405 0.052 0.393 0.062 0.018 0.035 0.008 0.007 0.005 0.007 0.009 13 E 0.282 0.144 0.153 0.261 0.049 0.022 0.043 0.022 0.017 0.005 0.001 14 F 0.073 0.220 0.272 0.141 0.121 0.031 0.078 0.011 0.044 0.009 0.001 15 T 0.121 0.312 0.319 0.085 0.066 0.048 0.023 0.005 0.015 0.003 0.003 16 L 0.020 0.588 0.181 0.030 0.129 0.022 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 17 E 0.019 0.503 0.361 0.017 0.045 0.037 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 18 C 0.006 0.773 0.083 0.004 0.113 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 T 0.017 0.840 0.043 0.022 0.060 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 20 A 0.001 0.705 0.044 0.001 0.244 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 K 0.002 0.885 0.066 0.001 0.020 0.011 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 F 0.003 0.815 0.130 0.001 0.025 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 R 0.034 0.775 0.095 0.016 0.035 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 24 Y 0.016 0.700 0.110 0.010 0.138 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 25 R 0.045 0.587 0.168 0.046 0.064 0.033 0.009 0.001 0.044 0.002 0.001 26 Q 0.007 0.374 0.270 0.001 0.032 0.010 0.006 0.001 0.298 0.001 0.001 27 P 0.157 0.003 0.689 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 28 D 0.192 0.083 0.178 0.386 0.023 0.068 0.027 0.015 0.024 0.002 0.003 29 S 0.024 0.462 0.293 0.032 0.132 0.017 0.014 0.002 0.021 0.002 0.001 30 K 0.029 0.320 0.524 0.045 0.023 0.040 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 31 V 0.002 0.693 0.116 0.007 0.159 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 32 T 0.001 0.837 0.095 0.002 0.035 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 V 0.001 0.837 0.084 0.002 0.041 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 H 0.003 0.685 0.236 0.002 0.020 0.033 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 35 V 0.036 0.648 0.207 0.019 0.022 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 36 K 0.028 0.265 0.145 0.063 0.045 0.023 0.192 0.004 0.222 0.014 0.001 37 G 0.012 0.001 0.016 0.006 0.020 0.001 0.081 0.386 0.001 0.475 0.001 38 E 0.151 0.105 0.180 0.395 0.045 0.025 0.051 0.031 0.007 0.008 0.002 39 K 0.018 0.505 0.255 0.056 0.117 0.014 0.016 0.003 0.014 0.002 0.001 40 T 0.001 0.690 0.193 0.003 0.079 0.015 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 41 E 0.001 0.765 0.195 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 42 V 0.001 0.838 0.115 0.001 0.013 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 43 I 0.005 0.789 0.148 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 44 F 0.009 0.407 0.348 0.003 0.043 0.152 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 45 A 0.519 0.038 0.040 0.367 0.012 0.012 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 46 E 0.016 0.469 0.154 0.002 0.286 0.004 0.009 0.001 0.056 0.003 0.001 47 P 0.083 0.015 0.741 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.109 48 Q 0.178 0.414 0.171 0.042 0.093 0.035 0.016 0.004 0.043 0.001 0.002 49 R 0.082 0.509 0.189 0.034 0.097 0.038 0.009 0.002 0.035 0.003 0.001 50 A 0.151 0.377 0.248 0.058 0.086 0.046 0.005 0.008 0.015 0.004 0.001 51 I 0.064 0.582 0.128 0.061 0.091 0.033 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 52 T 0.034 0.352 0.336 0.003 0.065 0.019 0.014 0.001 0.173 0.003 0.001 53 P 0.070 0.002 0.881 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 54 G 0.018 0.002 0.011 0.034 0.011 0.001 0.036 0.865 0.001 0.019 0.001 55 Q 0.006 0.159 0.729 0.004 0.011 0.066 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 56 A 0.066 0.446 0.380 0.055 0.013 0.028 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 57 V 0.002 0.914 0.039 0.001 0.035 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 58 V 0.002 0.918 0.044 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 59 F 0.010 0.745 0.147 0.006 0.014 0.056 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 60 Y 0.016 0.672 0.084 0.011 0.047 0.061 0.003 0.001 0.105 0.001 0.001 61 D 0.057 0.064 0.275 0.159 0.016 0.104 0.201 0.002 0.108 0.009 0.003 62 G 0.028 0.003 0.025 0.025 0.052 0.002 0.252 0.482 0.001 0.126 0.003 63 E 0.292 0.199 0.232 0.177 0.039 0.023 0.014 0.006 0.012 0.004 0.002 64 E 0.051 0.444 0.360 0.029 0.035 0.033 0.010 0.001 0.036 0.001 0.001 65 C 0.075 0.404 0.306 0.022 0.022 0.097 0.008 0.001 0.061 0.001 0.002 66 L 0.087 0.280 0.359 0.134 0.019 0.058 0.011 0.001 0.049 0.001 0.002 67 G 0.039 0.041 0.085 0.021 0.279 0.004 0.068 0.170 0.003 0.288 0.001 68 G 0.159 0.137 0.223 0.085 0.219 0.008 0.019 0.084 0.004 0.059 0.003 69 G 0.143 0.192 0.242 0.030 0.251 0.009 0.022 0.032 0.009 0.070 0.001 70 L 0.163 0.434 0.285 0.014 0.032 0.047 0.003 0.001 0.017 0.002 0.002 71 I 0.321 0.329 0.217 0.029 0.008 0.066 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 72 D 0.724 0.072 0.098 0.059 0.013 0.021 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 73 N 0.407 0.148 0.058 0.132 0.140 0.019 0.062 0.008 0.022 0.002 0.001 74 A 0.526 0.140 0.106 0.145 0.038 0.017 0.008 0.005 0.012 0.003 0.001 75 Y 0.289 0.241 0.190 0.125 0.057 0.037 0.011 0.003 0.042 0.004 0.001 76 R 0.534 0.083 0.179 0.108 0.014 0.035 0.022 0.004 0.015 0.007 0.001 77 D 0.326 0.045 0.158 0.342 0.017 0.017 0.069 0.009 0.011 0.004 0.001 78 G 0.175 0.017 0.088 0.055 0.060 0.005 0.119 0.406 0.003 0.071 0.001 79 Q 0.377 0.163 0.305 0.066 0.036 0.026 0.008 0.003 0.012 0.003 0.001 80 V 0.486 0.195 0.192 0.066 0.014 0.025 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 81 C 0.515 0.164 0.144 0.093 0.032 0.025 0.009 0.002 0.014 0.003 0.001 82 Q 0.457 0.167 0.192 0.093 0.032 0.027 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 83 Y 0.358 0.187 0.212 0.125 0.027 0.038 0.017 0.004 0.028 0.002 0.001 84 I 0.255 0.253 0.289 0.084 0.038 0.034 0.012 0.004 0.026 0.004 0.001