# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.352 0.057 0.012 0.006 0.221 0.007 0.008 0.032 0.061 0.064 0.181 2 S 0.010 0.029 0.014 0.047 0.030 0.213 0.235 0.257 0.131 0.027 0.006 3 Q 0.228 0.113 0.025 0.002 0.369 0.001 0.005 0.043 0.043 0.116 0.053 4 V 0.354 0.079 0.007 0.003 0.397 0.005 0.006 0.024 0.018 0.023 0.083 5 H 0.196 0.115 0.034 0.012 0.428 0.013 0.021 0.041 0.023 0.039 0.080 6 F 0.236 0.115 0.027 0.006 0.291 0.004 0.011 0.051 0.039 0.099 0.121 7 T 0.121 0.179 0.077 0.034 0.216 0.024 0.039 0.071 0.068 0.123 0.048 8 R 0.051 0.162 0.126 0.053 0.138 0.046 0.077 0.154 0.099 0.068 0.027 9 E 0.091 0.146 0.123 0.029 0.146 0.022 0.061 0.081 0.083 0.161 0.057 10 M 0.046 0.391 0.324 0.023 0.137 0.006 0.016 0.025 0.009 0.007 0.015 11 P 0.021 0.524 0.234 0.022 0.100 0.011 0.009 0.038 0.023 0.009 0.009 12 E 0.043 0.116 0.041 0.015 0.087 0.036 0.115 0.240 0.246 0.041 0.019 13 E 0.074 0.054 0.021 0.010 0.070 0.018 0.052 0.114 0.181 0.330 0.075 14 F 0.104 0.299 0.084 0.013 0.269 0.007 0.025 0.052 0.050 0.069 0.028 15 T 0.248 0.107 0.029 0.013 0.234 0.021 0.048 0.055 0.050 0.098 0.097 16 L 0.115 0.332 0.082 0.007 0.407 0.004 0.006 0.011 0.008 0.010 0.018 17 E 0.292 0.070 0.012 0.005 0.491 0.014 0.039 0.025 0.008 0.010 0.034 18 C 0.255 0.118 0.009 0.002 0.591 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.017 19 T 0.382 0.041 0.003 0.004 0.494 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.055 20 A 0.171 0.135 0.014 0.003 0.663 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 K 0.234 0.079 0.004 0.001 0.647 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 22 F 0.360 0.079 0.012 0.003 0.488 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.045 23 R 0.254 0.080 0.025 0.015 0.347 0.020 0.034 0.018 0.016 0.067 0.122 24 Y 0.220 0.234 0.054 0.012 0.357 0.016 0.013 0.015 0.014 0.026 0.040 25 R 0.133 0.239 0.121 0.032 0.270 0.009 0.013 0.035 0.030 0.059 0.057 26 Q 0.043 0.253 0.336 0.131 0.098 0.035 0.017 0.031 0.023 0.020 0.014 27 P 0.011 0.270 0.204 0.077 0.065 0.053 0.108 0.152 0.051 0.005 0.003 28 D 0.092 0.020 0.009 0.006 0.048 0.013 0.034 0.058 0.122 0.433 0.167 29 S 0.026 0.552 0.194 0.004 0.208 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 30 K 0.447 0.040 0.010 0.006 0.318 0.012 0.030 0.005 0.006 0.029 0.096 31 V 0.186 0.155 0.022 0.001 0.616 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 32 T 0.271 0.046 0.004 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 33 V 0.326 0.086 0.010 0.001 0.550 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 34 H 0.247 0.144 0.017 0.001 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 35 V 0.372 0.078 0.052 0.098 0.200 0.063 0.015 0.010 0.008 0.018 0.086 36 K 0.001 0.004 0.012 0.756 0.001 0.144 0.045 0.017 0.011 0.007 0.002 37 G 0.002 0.025 0.071 0.712 0.004 0.078 0.011 0.017 0.027 0.050 0.004 38 E 0.010 0.046 0.016 0.016 0.024 0.016 0.037 0.108 0.234 0.472 0.021 39 K 0.246 0.129 0.032 0.008 0.327 0.010 0.028 0.017 0.033 0.080 0.090 40 T 0.204 0.147 0.015 0.002 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 41 E 0.132 0.141 0.010 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 42 V 0.446 0.044 0.005 0.001 0.453 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 43 I 0.313 0.091 0.020 0.003 0.483 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 0.073 44 F 0.157 0.270 0.083 0.013 0.412 0.004 0.005 0.009 0.005 0.009 0.032 45 A 0.056 0.100 0.134 0.126 0.079 0.058 0.063 0.080 0.090 0.170 0.044 46 E 0.045 0.312 0.308 0.046 0.137 0.015 0.034 0.050 0.028 0.011 0.012 47 P 0.111 0.195 0.056 0.010 0.265 0.014 0.022 0.081 0.096 0.089 0.062 48 Q 0.210 0.151 0.023 0.006 0.387 0.011 0.027 0.041 0.038 0.054 0.050 49 R 0.224 0.081 0.019 0.019 0.338 0.043 0.065 0.054 0.038 0.058 0.063 50 A 0.221 0.132 0.024 0.012 0.548 0.011 0.007 0.008 0.004 0.010 0.023 51 I 0.302 0.077 0.010 0.014 0.378 0.007 0.008 0.013 0.009 0.036 0.146 52 T 0.052 0.144 0.362 0.198 0.140 0.043 0.008 0.017 0.006 0.010 0.021 53 P 0.015 0.039 0.027 0.037 0.031 0.061 0.479 0.154 0.083 0.060 0.014 54 G 0.112 0.108 0.080 0.032 0.105 0.010 0.004 0.007 0.026 0.355 0.161 55 Q 0.312 0.066 0.022 0.016 0.410 0.019 0.021 0.010 0.018 0.037 0.069 56 A 0.245 0.058 0.012 0.007 0.617 0.014 0.021 0.003 0.003 0.003 0.015 57 V 0.276 0.045 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 58 V 0.365 0.030 0.002 0.001 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 59 F 0.346 0.092 0.014 0.004 0.401 0.005 0.003 0.004 0.002 0.030 0.099 60 Y 0.191 0.072 0.065 0.240 0.177 0.145 0.036 0.010 0.005 0.019 0.040 61 D 0.005 0.007 0.020 0.715 0.005 0.111 0.047 0.028 0.019 0.034 0.009 62 G 0.001 0.018 0.057 0.708 0.003 0.063 0.014 0.027 0.036 0.071 0.003 63 E 0.017 0.055 0.022 0.026 0.038 0.023 0.028 0.096 0.247 0.425 0.024 64 E 0.056 0.393 0.108 0.004 0.319 0.005 0.014 0.037 0.029 0.022 0.012 65 C 0.464 0.057 0.019 0.004 0.274 0.007 0.009 0.009 0.005 0.019 0.131 66 L 0.059 0.041 0.082 0.171 0.052 0.117 0.178 0.059 0.051 0.139 0.051 67 G 0.016 0.070 0.220 0.377 0.025 0.089 0.008 0.026 0.023 0.124 0.022 68 G 0.144 0.139 0.130 0.078 0.138 0.014 0.015 0.040 0.049 0.170 0.083 69 G 0.051 0.296 0.214 0.053 0.241 0.028 0.010 0.043 0.023 0.023 0.019 70 L 0.162 0.272 0.034 0.001 0.449 0.001 0.004 0.033 0.010 0.010 0.023 71 I 0.367 0.058 0.025 0.013 0.253 0.020 0.022 0.067 0.029 0.039 0.105 72 D 0.066 0.064 0.027 0.047 0.127 0.127 0.183 0.226 0.071 0.033 0.028 73 N 0.163 0.141 0.068 0.009 0.244 0.006 0.012 0.106 0.079 0.102 0.070 74 A 0.078 0.180 0.053 0.021 0.177 0.032 0.045 0.228 0.089 0.067 0.030 75 Y 0.088 0.179 0.121 0.074 0.132 0.036 0.049 0.136 0.059 0.079 0.048 76 R 0.064 0.098 0.069 0.080 0.075 0.089 0.112 0.221 0.066 0.070 0.057 77 D 0.026 0.224 0.112 0.099 0.079 0.062 0.078 0.145 0.063 0.083 0.030 78 G 0.064 0.069 0.064 0.065 0.063 0.034 0.025 0.122 0.095 0.282 0.118 79 Q 0.086 0.223 0.066 0.009 0.218 0.009 0.029 0.210 0.073 0.054 0.023 80 V 0.128 0.156 0.038 0.008 0.202 0.010 0.026 0.267 0.071 0.055 0.040 81 C 0.117 0.143 0.043 0.018 0.211 0.014 0.027 0.246 0.093 0.050 0.037 82 Q 0.079 0.120 0.037 0.013 0.164 0.023 0.052 0.357 0.093 0.036 0.025 83 Y 0.137 0.104 0.034 0.009 0.181 0.010 0.039 0.267 0.075 0.092 0.053 84 I 0.103 0.155 0.056 0.018 0.172 0.023 0.044 0.229 0.080 0.076 0.043