# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.445 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.558 0.226 0.114 0.068 0.027 0.007 0.001 2 S 0.500 0.287 0.136 0.054 0.019 0.005 0.001 3 Q 0.340 0.341 0.199 0.089 0.024 0.006 0.001 4 V 0.102 0.128 0.192 0.274 0.227 0.074 0.004 5 H 0.118 0.157 0.222 0.243 0.177 0.075 0.008 6 F 0.139 0.130 0.168 0.228 0.213 0.113 0.011 7 T 0.148 0.113 0.154 0.234 0.242 0.101 0.008 8 R 0.312 0.260 0.203 0.140 0.065 0.018 0.002 9 E 0.471 0.306 0.136 0.060 0.022 0.004 0.001 10 M 0.413 0.329 0.170 0.069 0.016 0.002 0.001 11 P 0.482 0.283 0.129 0.077 0.026 0.004 0.001 12 E 0.718 0.204 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 13 E 0.807 0.149 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 14 F 0.400 0.321 0.181 0.080 0.016 0.002 0.001 15 T 0.347 0.404 0.174 0.061 0.012 0.002 0.001 16 L 0.052 0.146 0.274 0.332 0.171 0.024 0.001 17 E 0.069 0.320 0.372 0.185 0.047 0.006 0.001 18 C 0.010 0.021 0.061 0.215 0.407 0.265 0.020 19 T 0.015 0.110 0.290 0.322 0.192 0.063 0.007 20 A 0.009 0.023 0.049 0.154 0.299 0.398 0.069 21 K 0.016 0.082 0.229 0.342 0.208 0.103 0.021 22 F 0.028 0.065 0.086 0.148 0.217 0.361 0.094 23 R 0.031 0.115 0.202 0.287 0.214 0.128 0.024 24 Y 0.027 0.073 0.121 0.234 0.289 0.224 0.032 25 R 0.118 0.287 0.265 0.201 0.093 0.032 0.004 26 Q 0.189 0.300 0.251 0.158 0.081 0.020 0.001 27 P 0.493 0.338 0.118 0.039 0.010 0.002 0.001 28 D 0.464 0.345 0.131 0.049 0.010 0.001 0.001 29 S 0.106 0.296 0.313 0.200 0.073 0.011 0.001 30 K 0.091 0.396 0.345 0.145 0.021 0.002 0.001 31 V 0.006 0.020 0.063 0.207 0.444 0.250 0.011 32 T 0.009 0.129 0.382 0.350 0.114 0.014 0.001 33 V 0.008 0.018 0.042 0.190 0.453 0.278 0.012 34 H 0.018 0.223 0.399 0.278 0.072 0.010 0.001 35 V 0.046 0.217 0.320 0.301 0.105 0.012 0.001 36 K 0.440 0.381 0.143 0.031 0.004 0.001 0.001 37 G 0.725 0.211 0.051 0.011 0.001 0.001 0.001 38 E 0.527 0.326 0.117 0.026 0.003 0.001 0.001 39 K 0.238 0.455 0.231 0.066 0.010 0.001 0.001 40 T 0.014 0.051 0.154 0.355 0.343 0.081 0.002 41 E 0.026 0.208 0.370 0.285 0.095 0.016 0.001 42 V 0.005 0.013 0.032 0.124 0.344 0.438 0.043 43 I 0.014 0.107 0.239 0.334 0.207 0.088 0.010 44 F 0.012 0.049 0.112 0.235 0.319 0.236 0.036 45 A 0.150 0.309 0.282 0.166 0.066 0.022 0.006 46 E 0.124 0.288 0.269 0.195 0.089 0.030 0.005 47 P 0.075 0.125 0.198 0.257 0.224 0.107 0.014 48 Q 0.087 0.167 0.205 0.252 0.201 0.082 0.006 49 R 0.169 0.292 0.268 0.173 0.069 0.024 0.003 50 A 0.052 0.056 0.102 0.227 0.313 0.226 0.025 51 I 0.045 0.060 0.085 0.139 0.228 0.333 0.109 52 T 0.078 0.096 0.144 0.236 0.223 0.171 0.051 53 P 0.120 0.213 0.200 0.190 0.134 0.100 0.043 54 G 0.080 0.090 0.130 0.213 0.227 0.195 0.065 55 Q 0.039 0.071 0.085 0.117 0.173 0.320 0.195 56 A 0.017 0.033 0.053 0.106 0.222 0.369 0.201 57 V 0.006 0.017 0.038 0.097 0.207 0.399 0.235 58 V 0.005 0.012 0.018 0.049 0.159 0.478 0.279 59 F 0.006 0.029 0.073 0.174 0.273 0.361 0.083 60 Y 0.008 0.027 0.081 0.226 0.390 0.237 0.031 61 D 0.094 0.260 0.312 0.223 0.088 0.019 0.003 62 G 0.423 0.347 0.147 0.064 0.017 0.003 0.001 63 E 0.458 0.322 0.150 0.054 0.013 0.003 0.001 64 E 0.122 0.194 0.245 0.258 0.142 0.037 0.002 65 C 0.072 0.083 0.130 0.241 0.280 0.172 0.021 66 L 0.044 0.073 0.093 0.183 0.258 0.271 0.078 67 G 0.041 0.085 0.110 0.159 0.180 0.263 0.163 68 G 0.031 0.072 0.107 0.163 0.195 0.264 0.167 69 G 0.026 0.053 0.098 0.159 0.227 0.257 0.181 70 L 0.017 0.048 0.105 0.195 0.260 0.284 0.090 71 I 0.013 0.015 0.029 0.084 0.254 0.470 0.134 72 D 0.039 0.121 0.209 0.292 0.235 0.094 0.010 73 N 0.084 0.197 0.238 0.228 0.165 0.076 0.011 74 A 0.130 0.185 0.213 0.248 0.157 0.060 0.006 75 Y 0.232 0.230 0.212 0.203 0.098 0.024 0.001 76 R 0.517 0.289 0.126 0.051 0.014 0.003 0.001 77 D 0.673 0.205 0.077 0.032 0.010 0.002 0.001 78 G 0.679 0.196 0.076 0.034 0.012 0.003 0.001 79 Q 0.610 0.213 0.096 0.054 0.020 0.006 0.001 80 V 0.408 0.244 0.164 0.111 0.053 0.018 0.002 81 C 0.284 0.194 0.200 0.188 0.106 0.026 0.001 82 Q 0.450 0.322 0.145 0.059 0.018 0.005 0.001 83 Y 0.380 0.229 0.179 0.132 0.063 0.017 0.002 84 I 0.372 0.179 0.178 0.151 0.087 0.029 0.003