# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.049 0.012 0.034 0.018 0.301 0.587 2 S 0.096 0.013 0.050 0.017 0.337 0.487 3 Q 0.152 0.014 0.094 0.024 0.302 0.413 4 V 0.335 0.029 0.050 0.027 0.227 0.332 5 H 0.535 0.017 0.028 0.017 0.160 0.244 6 F 0.623 0.020 0.020 0.015 0.106 0.215 7 T 0.479 0.025 0.028 0.021 0.186 0.260 8 R 0.392 0.017 0.027 0.017 0.265 0.282 9 E 0.254 0.019 0.030 0.017 0.294 0.387 10 M 0.157 0.040 0.025 0.011 0.333 0.434 11 P 0.069 0.024 0.035 0.010 0.566 0.296 12 E 0.025 0.008 0.186 0.021 0.600 0.160 13 E 0.034 0.007 0.178 0.021 0.601 0.159 14 F 0.078 0.013 0.125 0.015 0.555 0.213 15 T 0.183 0.011 0.028 0.006 0.277 0.496 16 L 0.613 0.014 0.012 0.003 0.108 0.250 17 E 0.886 0.004 0.003 0.001 0.030 0.077 18 C 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 19 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 20 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 21 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 22 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 23 R 0.969 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 24 Y 0.914 0.003 0.001 0.002 0.031 0.049 25 R 0.563 0.011 0.003 0.004 0.177 0.242 26 Q 0.172 0.011 0.006 0.001 0.631 0.179 27 P 0.042 0.004 0.014 0.001 0.771 0.168 28 D 0.041 0.005 0.025 0.001 0.713 0.216 29 S 0.327 0.026 0.009 0.001 0.430 0.206 30 K 0.541 0.005 0.001 0.001 0.082 0.371 31 V 0.916 0.004 0.001 0.001 0.015 0.065 32 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 33 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 34 H 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 35 V 0.897 0.005 0.001 0.001 0.078 0.019 36 K 0.444 0.006 0.003 0.001 0.514 0.033 37 G 0.066 0.004 0.009 0.001 0.899 0.023 38 E 0.153 0.006 0.005 0.001 0.799 0.036 39 K 0.560 0.008 0.001 0.001 0.207 0.224 40 T 0.914 0.003 0.001 0.001 0.023 0.060 41 E 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 42 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 44 F 0.928 0.001 0.001 0.001 0.015 0.054 45 A 0.587 0.004 0.002 0.002 0.128 0.277 46 E 0.208 0.008 0.009 0.004 0.382 0.390 47 P 0.136 0.013 0.042 0.019 0.489 0.301 48 Q 0.201 0.020 0.111 0.030 0.420 0.218 49 R 0.467 0.016 0.096 0.041 0.242 0.137 50 A 0.670 0.027 0.044 0.036 0.111 0.112 51 I 0.679 0.050 0.015 0.018 0.099 0.139 52 T 0.412 0.027 0.015 0.010 0.489 0.047 53 P 0.093 0.004 0.007 0.003 0.835 0.058 54 G 0.034 0.002 0.006 0.001 0.862 0.096 55 Q 0.617 0.022 0.001 0.001 0.287 0.072 56 A 0.930 0.003 0.001 0.001 0.016 0.050 57 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 58 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 60 Y 0.941 0.001 0.001 0.002 0.044 0.012 61 D 0.365 0.004 0.002 0.003 0.524 0.103 62 G 0.060 0.006 0.005 0.002 0.847 0.081 63 E 0.142 0.013 0.016 0.002 0.684 0.144 64 E 0.654 0.029 0.019 0.002 0.193 0.104 65 C 0.871 0.019 0.007 0.001 0.061 0.041 66 L 0.866 0.014 0.003 0.001 0.055 0.061 67 G 0.700 0.003 0.004 0.003 0.122 0.168 68 G 0.676 0.003 0.004 0.008 0.123 0.186 69 G 0.802 0.004 0.004 0.011 0.065 0.114 70 L 0.912 0.010 0.004 0.014 0.017 0.043 71 I 0.831 0.008 0.008 0.066 0.033 0.053 72 D 0.592 0.005 0.027 0.160 0.092 0.124 73 N 0.347 0.004 0.112 0.203 0.214 0.119 74 A 0.228 0.019 0.110 0.215 0.284 0.145 75 Y 0.169 0.017 0.100 0.201 0.376 0.136 76 R 0.121 0.014 0.064 0.146 0.422 0.234 77 D 0.060 0.006 0.054 0.175 0.403 0.302 78 G 0.094 0.009 0.044 0.105 0.428 0.319 79 Q 0.157 0.015 0.043 0.137 0.274 0.374 80 V 0.253 0.021 0.070 0.201 0.196 0.259 81 C 0.300 0.015 0.058 0.138 0.170 0.319 82 Q 0.216 0.015 0.052 0.130 0.151 0.436 83 Y 0.162 0.020 0.026 0.093 0.116 0.583 84 I 0.081 0.013 0.005 0.028 0.086 0.786