# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.029 0.457 0.006 0.091 0.031 0.002 0.003 0.018 0.165 0.109 0.020 0.063 2 S 0.006 0.014 0.427 0.039 0.056 0.020 0.002 0.002 0.017 0.228 0.141 0.032 0.017 3 Q 0.023 0.015 0.369 0.025 0.057 0.019 0.012 0.009 0.070 0.177 0.086 0.032 0.107 4 V 0.085 0.019 0.275 0.007 0.017 0.010 0.050 0.060 0.191 0.058 0.017 0.076 0.136 5 H 0.076 0.042 0.124 0.020 0.016 0.015 0.054 0.079 0.223 0.054 0.017 0.210 0.069 6 F 0.064 0.013 0.132 0.007 0.031 0.016 0.045 0.156 0.216 0.013 0.041 0.026 0.240 7 T 0.090 0.017 0.169 0.056 0.047 0.015 0.051 0.111 0.194 0.042 0.088 0.084 0.036 8 R 0.015 0.010 0.279 0.013 0.055 0.011 0.010 0.009 0.125 0.260 0.102 0.060 0.051 9 E 0.005 0.024 0.402 0.009 0.025 0.004 0.003 0.002 0.033 0.294 0.122 0.006 0.072 10 M 0.001 0.044 0.663 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.223 0.010 0.031 0.006 11 P 0.001 0.008 0.863 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.043 0.023 0.001 0.035 12 E 0.001 0.009 0.178 0.005 0.164 0.015 0.001 0.001 0.001 0.141 0.479 0.006 0.001 13 E 0.001 0.001 0.051 0.002 0.107 0.004 0.001 0.001 0.001 0.088 0.741 0.001 0.003 14 F 0.004 0.008 0.295 0.006 0.046 0.002 0.001 0.001 0.006 0.437 0.157 0.027 0.013 15 T 0.011 0.015 0.561 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.017 0.086 0.018 0.027 0.247 16 L 0.085 0.016 0.237 0.021 0.002 0.001 0.034 0.002 0.048 0.057 0.007 0.320 0.169 17 E 0.137 0.004 0.104 0.086 0.001 0.001 0.051 0.006 0.070 0.028 0.002 0.112 0.400 18 C 0.338 0.001 0.022 0.021 0.001 0.001 0.131 0.010 0.079 0.002 0.001 0.258 0.137 19 T 0.643 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.104 0.007 0.018 0.001 0.001 0.058 0.129 20 A 0.762 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.083 0.006 0.008 0.001 0.001 0.070 0.065 21 K 0.781 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.067 0.005 0.009 0.001 0.001 0.076 0.055 22 F 0.531 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.104 0.014 0.025 0.002 0.001 0.053 0.238 23 R 0.351 0.001 0.041 0.045 0.002 0.001 0.042 0.006 0.048 0.022 0.005 0.346 0.092 24 Y 0.135 0.009 0.123 0.008 0.005 0.002 0.017 0.004 0.033 0.035 0.016 0.061 0.550 25 R 0.063 0.021 0.239 0.057 0.006 0.003 0.012 0.005 0.021 0.198 0.104 0.137 0.134 26 Q 0.002 0.005 0.461 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.349 0.058 0.041 0.056 27 P 0.001 0.005 0.294 0.014 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.403 0.217 0.016 0.030 28 D 0.003 0.010 0.230 0.020 0.019 0.002 0.001 0.001 0.002 0.415 0.230 0.015 0.053 29 S 0.008 0.006 0.405 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.345 0.019 0.146 0.029 30 K 0.027 0.009 0.340 0.038 0.006 0.001 0.002 0.001 0.011 0.061 0.010 0.039 0.455 31 V 0.167 0.009 0.081 0.014 0.005 0.001 0.021 0.003 0.019 0.009 0.006 0.483 0.182 32 T 0.398 0.004 0.020 0.015 0.002 0.001 0.027 0.003 0.016 0.010 0.002 0.215 0.289 33 V 0.276 0.002 0.020 0.005 0.001 0.001 0.025 0.002 0.013 0.002 0.001 0.332 0.321 34 H 0.257 0.004 0.038 0.030 0.001 0.001 0.028 0.002 0.022 0.005 0.004 0.201 0.406 35 V 0.126 0.008 0.111 0.023 0.006 0.001 0.013 0.001 0.015 0.023 0.019 0.182 0.473 36 K 0.032 0.008 0.140 0.014 0.014 0.002 0.004 0.001 0.005 0.071 0.368 0.189 0.153 37 G 0.004 0.002 0.024 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.847 0.013 0.020 38 E 0.015 0.004 0.089 0.028 0.013 0.002 0.002 0.001 0.002 0.206 0.518 0.101 0.017 39 K 0.181 0.011 0.171 0.012 0.007 0.002 0.018 0.001 0.008 0.059 0.036 0.118 0.375 40 T 0.421 0.006 0.054 0.009 0.001 0.001 0.069 0.002 0.009 0.006 0.003 0.158 0.262 41 E 0.505 0.006 0.012 0.020 0.001 0.001 0.090 0.002 0.007 0.005 0.001 0.235 0.118 42 V 0.356 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.095 0.004 0.013 0.001 0.001 0.154 0.355 43 I 0.275 0.004 0.046 0.069 0.001 0.001 0.067 0.008 0.026 0.003 0.006 0.186 0.309 44 F 0.201 0.008 0.094 0.039 0.004 0.001 0.037 0.005 0.025 0.029 0.032 0.205 0.319 45 A 0.049 0.006 0.191 0.088 0.005 0.002 0.006 0.001 0.017 0.263 0.127 0.071 0.173 46 E 0.004 0.003 0.313 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.505 0.027 0.060 0.014 47 P 0.010 0.012 0.510 0.024 0.015 0.005 0.001 0.001 0.008 0.107 0.063 0.018 0.227 48 Q 0.100 0.039 0.216 0.024 0.027 0.004 0.021 0.005 0.015 0.069 0.057 0.244 0.177 49 R 0.156 0.018 0.080 0.022 0.018 0.005 0.043 0.008 0.026 0.057 0.021 0.304 0.242 50 A 0.161 0.020 0.103 0.008 0.012 0.005 0.028 0.005 0.016 0.021 0.013 0.182 0.427 51 I 0.089 0.019 0.256 0.048 0.012 0.006 0.012 0.002 0.013 0.076 0.048 0.144 0.275 52 T 0.011 0.006 0.395 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.253 0.067 0.121 0.112 53 P 0.004 0.002 0.100 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.159 0.629 0.017 0.036 54 G 0.020 0.005 0.090 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.580 0.044 0.032 55 Q 0.166 0.007 0.253 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.009 0.114 0.022 0.208 0.191 56 A 0.458 0.002 0.049 0.016 0.001 0.001 0.016 0.002 0.006 0.009 0.001 0.097 0.344 57 V 0.752 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.118 0.088 58 V 0.722 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 0.108 0.106 59 F 0.751 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.058 0.004 0.003 0.001 0.001 0.049 0.128 60 Y 0.579 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.038 0.004 0.008 0.001 0.004 0.213 0.126 61 D 0.096 0.004 0.041 0.020 0.003 0.001 0.019 0.005 0.012 0.079 0.397 0.173 0.149 62 G 0.004 0.002 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.139 0.782 0.010 0.012 63 E 0.021 0.013 0.317 0.012 0.018 0.009 0.006 0.003 0.009 0.283 0.144 0.129 0.034 64 E 0.071 0.035 0.201 0.003 0.015 0.013 0.052 0.022 0.041 0.051 0.042 0.038 0.415 65 C 0.173 0.037 0.089 0.046 0.027 0.028 0.200 0.055 0.052 0.069 0.040 0.088 0.097 66 L 0.170 0.041 0.147 0.058 0.028 0.043 0.133 0.025 0.046 0.054 0.055 0.089 0.112 67 G 0.053 0.029 0.230 0.015 0.042 0.097 0.040 0.014 0.030 0.139 0.169 0.060 0.082 68 G 0.028 0.017 0.193 0.036 0.054 0.170 0.014 0.014 0.023 0.135 0.207 0.034 0.076 69 G 0.098 0.018 0.138 0.041 0.046 0.205 0.019 0.027 0.015 0.070 0.059 0.195 0.068 70 L 0.098 0.024 0.095 0.012 0.052 0.287 0.016 0.050 0.045 0.013 0.044 0.027 0.237 71 I 0.071 0.020 0.057 0.035 0.058 0.507 0.018 0.076 0.028 0.017 0.040 0.033 0.039 72 D 0.022 0.008 0.130 0.045 0.077 0.464 0.004 0.033 0.028 0.054 0.058 0.044 0.033 73 N 0.009 0.004 0.210 0.019 0.116 0.375 0.002 0.003 0.009 0.128 0.078 0.012 0.036 74 A 0.007 0.019 0.374 0.015 0.081 0.266 0.001 0.001 0.006 0.098 0.096 0.009 0.028 75 Y 0.007 0.027 0.446 0.008 0.075 0.151 0.001 0.001 0.004 0.131 0.078 0.041 0.029 76 R 0.002 0.017 0.454 0.004 0.059 0.156 0.001 0.001 0.002 0.123 0.132 0.022 0.028 77 D 0.001 0.007 0.312 0.005 0.065 0.168 0.001 0.001 0.001 0.136 0.287 0.006 0.012 78 G 0.001 0.004 0.200 0.003 0.070 0.211 0.001 0.001 0.003 0.212 0.281 0.008 0.007 79 Q 0.004 0.021 0.301 0.003 0.084 0.294 0.002 0.003 0.009 0.110 0.107 0.022 0.039 80 V 0.006 0.031 0.198 0.004 0.101 0.442 0.002 0.003 0.013 0.047 0.080 0.017 0.056 81 C 0.005 0.016 0.175 0.028 0.128 0.429 0.003 0.006 0.014 0.076 0.074 0.022 0.024 82 Q 0.003 0.010 0.174 0.004 0.102 0.422 0.002 0.007 0.021 0.063 0.100 0.054 0.037 83 Y 0.005 0.021 0.251 0.006 0.073 0.340 0.002 0.004 0.015 0.069 0.144 0.006 0.063 84 I 0.001 0.019 0.630 0.001 0.027 0.097 0.001 0.001 0.013 0.130 0.048 0.025 0.006