# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.139 0.021 0.002 0.016 0.016 0.016 0.111 0.008 0.001 0.047 0.622 2 S 0.030 0.016 0.001 0.024 0.027 0.045 0.128 0.004 0.001 0.034 0.691 3 Q 0.026 0.012 0.001 0.059 0.041 0.086 0.109 0.003 0.001 0.058 0.603 4 V 0.014 0.014 0.002 0.090 0.103 0.094 0.113 0.003 0.001 0.057 0.509 5 H 0.041 0.014 0.004 0.153 0.120 0.153 0.103 0.005 0.002 0.069 0.336 6 F 0.044 0.008 0.002 0.107 0.067 0.118 0.087 0.008 0.001 0.064 0.495 7 T 0.077 0.005 0.001 0.075 0.041 0.073 0.117 0.003 0.001 0.047 0.561 8 R 0.013 0.002 0.001 0.061 0.041 0.092 0.120 0.001 0.001 0.034 0.636 9 E 0.006 0.003 0.001 0.031 0.031 0.046 0.117 0.001 0.001 0.019 0.745 10 M 0.031 0.003 0.002 0.016 0.071 0.069 0.117 0.014 0.002 0.047 0.629 11 P 0.399 0.011 0.002 0.007 0.006 0.006 0.069 0.004 0.002 0.065 0.428 12 E 0.082 0.004 0.002 0.008 0.010 0.021 0.098 0.005 0.001 0.057 0.712 13 E 0.034 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.097 0.001 0.001 0.021 0.821 14 F 0.012 0.002 0.001 0.013 0.094 0.140 0.143 0.006 0.001 0.045 0.544 15 T 0.013 0.001 0.001 0.027 0.060 0.158 0.116 0.001 0.001 0.102 0.520 16 L 0.001 0.001 0.001 0.032 0.256 0.430 0.044 0.001 0.001 0.041 0.193 17 E 0.003 0.001 0.001 0.039 0.173 0.366 0.060 0.001 0.001 0.036 0.321 18 C 0.001 0.001 0.001 0.043 0.409 0.442 0.013 0.001 0.001 0.016 0.075 19 T 0.001 0.001 0.001 0.039 0.280 0.548 0.014 0.001 0.001 0.042 0.075 20 A 0.001 0.001 0.001 0.036 0.519 0.348 0.009 0.001 0.001 0.016 0.069 21 K 0.002 0.001 0.001 0.075 0.340 0.494 0.012 0.001 0.001 0.026 0.048 22 F 0.010 0.001 0.001 0.072 0.352 0.366 0.019 0.001 0.001 0.034 0.143 23 R 0.021 0.001 0.001 0.104 0.275 0.309 0.034 0.001 0.001 0.038 0.217 24 Y 0.005 0.001 0.001 0.063 0.104 0.178 0.100 0.001 0.001 0.023 0.524 25 R 0.012 0.001 0.002 0.033 0.074 0.110 0.081 0.002 0.003 0.024 0.658 26 Q 0.249 0.002 0.003 0.015 0.033 0.033 0.099 0.008 0.003 0.081 0.475 27 P 0.042 0.001 0.001 0.009 0.010 0.020 0.110 0.003 0.001 0.050 0.753 28 D 0.010 0.001 0.001 0.025 0.015 0.054 0.127 0.001 0.001 0.055 0.711 29 S 0.004 0.001 0.001 0.040 0.143 0.304 0.070 0.002 0.001 0.112 0.324 30 K 0.004 0.001 0.001 0.034 0.086 0.169 0.068 0.001 0.001 0.052 0.585 31 V 0.001 0.001 0.001 0.034 0.334 0.451 0.017 0.001 0.001 0.021 0.142 32 T 0.003 0.001 0.001 0.030 0.214 0.319 0.037 0.001 0.001 0.044 0.352 33 V 0.001 0.001 0.001 0.034 0.369 0.400 0.036 0.001 0.001 0.019 0.141 34 H 0.077 0.001 0.005 0.055 0.136 0.303 0.045 0.001 0.007 0.079 0.291 35 V 0.347 0.001 0.002 0.014 0.032 0.051 0.045 0.004 0.002 0.067 0.435 36 K 0.028 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.062 0.001 0.001 0.023 0.862 37 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.020 0.103 0.001 0.001 0.015 0.846 38 E 0.001 0.001 0.001 0.010 0.262 0.350 0.079 0.001 0.001 0.041 0.256 39 K 0.001 0.001 0.001 0.050 0.200 0.323 0.042 0.001 0.001 0.073 0.311 40 T 0.001 0.001 0.001 0.084 0.329 0.449 0.009 0.001 0.001 0.040 0.088 41 E 0.001 0.001 0.001 0.055 0.350 0.498 0.007 0.001 0.001 0.043 0.047 42 V 0.001 0.001 0.001 0.184 0.359 0.287 0.013 0.001 0.001 0.023 0.133 43 I 0.005 0.001 0.001 0.098 0.427 0.345 0.013 0.001 0.001 0.051 0.060 44 F 0.006 0.001 0.001 0.078 0.154 0.196 0.074 0.001 0.001 0.038 0.451 45 A 0.054 0.009 0.002 0.053 0.071 0.085 0.082 0.005 0.005 0.028 0.606 46 E 0.361 0.033 0.006 0.026 0.023 0.026 0.085 0.018 0.004 0.100 0.318 47 P 0.141 0.039 0.003 0.020 0.016 0.028 0.099 0.009 0.002 0.060 0.584 48 Q 0.112 0.045 0.003 0.030 0.034 0.074 0.075 0.008 0.001 0.061 0.557 49 R 0.039 0.010 0.001 0.025 0.079 0.090 0.103 0.002 0.001 0.084 0.567 50 A 0.006 0.003 0.002 0.035 0.097 0.167 0.132 0.002 0.001 0.048 0.506 51 I 0.054 0.002 0.005 0.035 0.094 0.140 0.108 0.003 0.003 0.067 0.487 52 T 0.129 0.002 0.003 0.029 0.069 0.146 0.135 0.006 0.002 0.146 0.332 53 P 0.017 0.001 0.001 0.031 0.032 0.156 0.162 0.001 0.001 0.092 0.507 54 G 0.001 0.001 0.001 0.072 0.072 0.377 0.099 0.001 0.001 0.070 0.308 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.041 0.198 0.505 0.033 0.001 0.001 0.085 0.137 56 A 0.001 0.001 0.001 0.040 0.257 0.622 0.005 0.001 0.001 0.036 0.039 57 V 0.001 0.001 0.001 0.080 0.355 0.477 0.004 0.001 0.001 0.040 0.044 58 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.506 0.364 0.003 0.001 0.001 0.041 0.020 59 F 0.001 0.001 0.001 0.154 0.289 0.451 0.010 0.001 0.001 0.039 0.056 60 Y 0.222 0.001 0.001 0.060 0.186 0.276 0.038 0.003 0.003 0.072 0.139 61 D 0.191 0.004 0.002 0.037 0.015 0.022 0.076 0.007 0.002 0.057 0.589 62 G 0.029 0.001 0.001 0.008 0.010 0.020 0.122 0.005 0.001 0.018 0.786 63 E 0.011 0.002 0.001 0.084 0.155 0.220 0.132 0.003 0.001 0.033 0.360 64 E 0.014 0.001 0.001 0.069 0.143 0.250 0.088 0.002 0.001 0.116 0.315 65 C 0.025 0.002 0.002 0.119 0.228 0.159 0.063 0.001 0.001 0.069 0.331 66 L 0.019 0.006 0.001 0.076 0.083 0.228 0.113 0.001 0.001 0.034 0.439 67 G 0.034 0.016 0.001 0.044 0.116 0.251 0.085 0.007 0.001 0.084 0.361 68 G 0.018 0.012 0.001 0.067 0.115 0.211 0.106 0.006 0.001 0.085 0.379 69 G 0.013 0.016 0.001 0.066 0.224 0.308 0.074 0.002 0.001 0.067 0.230 70 L 0.019 0.016 0.003 0.106 0.223 0.250 0.074 0.002 0.001 0.070 0.236 71 I 0.045 0.036 0.006 0.104 0.151 0.149 0.079 0.007 0.003 0.051 0.371 72 D 0.177 0.060 0.002 0.052 0.079 0.115 0.083 0.011 0.001 0.066 0.354 73 N 0.054 0.032 0.002 0.036 0.049 0.112 0.112 0.004 0.002 0.058 0.540 74 A 0.021 0.066 0.011 0.033 0.026 0.061 0.112 0.003 0.006 0.028 0.632 75 Y 0.236 0.176 0.011 0.010 0.043 0.040 0.064 0.015 0.006 0.039 0.359 76 R 0.266 0.122 0.002 0.005 0.017 0.016 0.053 0.011 0.001 0.047 0.459 77 D 0.053 0.185 0.004 0.007 0.013 0.028 0.071 0.008 0.001 0.027 0.603 78 G 0.128 0.284 0.014 0.010 0.019 0.036 0.055 0.006 0.003 0.029 0.417 79 Q 0.104 0.187 0.007 0.011 0.075 0.084 0.071 0.014 0.003 0.047 0.396 80 V 0.141 0.084 0.003 0.012 0.049 0.074 0.071 0.012 0.002 0.041 0.512 81 C 0.115 0.032 0.004 0.028 0.043 0.063 0.088 0.005 0.001 0.031 0.590 82 Q 0.034 0.015 0.001 0.027 0.074 0.117 0.099 0.003 0.001 0.028 0.603 83 Y 0.016 0.011 0.002 0.021 0.048 0.062 0.096 0.002 0.001 0.021 0.720 84 I 0.026 0.007 0.002 0.022 0.103 0.076 0.113 0.013 0.001 0.032 0.605