# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.031 0.006 0.008 0.020 0.016 0.027 0.024 0.001 0.001 0.003 0.865 2 S 0.025 0.004 0.002 0.032 0.050 0.064 0.192 0.001 0.001 0.006 0.624 3 Q 0.165 0.005 0.004 0.026 0.022 0.035 0.130 0.001 0.001 0.018 0.595 4 V 0.128 0.018 0.007 0.084 0.068 0.113 0.135 0.001 0.001 0.011 0.434 5 H 0.045 0.012 0.003 0.159 0.138 0.167 0.192 0.001 0.001 0.008 0.274 6 F 0.034 0.019 0.003 0.139 0.113 0.146 0.081 0.001 0.001 0.004 0.459 7 T 0.021 0.017 0.001 0.170 0.213 0.342 0.070 0.001 0.001 0.003 0.161 8 R 0.027 0.013 0.002 0.072 0.079 0.164 0.080 0.002 0.001 0.004 0.557 9 E 0.060 0.011 0.005 0.085 0.081 0.155 0.089 0.004 0.001 0.009 0.502 10 M 0.094 0.005 0.009 0.041 0.058 0.097 0.147 0.002 0.001 0.007 0.539 11 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.972 12 E 0.008 0.001 0.001 0.013 0.013 0.031 0.087 0.001 0.001 0.002 0.846 13 E 0.228 0.003 0.001 0.011 0.012 0.020 0.098 0.001 0.001 0.015 0.613 14 F 0.355 0.022 0.001 0.026 0.021 0.026 0.080 0.002 0.001 0.009 0.458 15 T 0.145 0.014 0.006 0.040 0.038 0.051 0.112 0.001 0.001 0.008 0.585 16 L 0.059 0.012 0.006 0.147 0.117 0.152 0.084 0.001 0.001 0.006 0.417 17 E 0.020 0.009 0.004 0.115 0.127 0.281 0.105 0.001 0.001 0.004 0.335 18 C 0.013 0.010 0.003 0.176 0.288 0.326 0.034 0.001 0.001 0.002 0.147 19 T 0.006 0.012 0.001 0.184 0.173 0.393 0.047 0.001 0.001 0.002 0.181 20 A 0.006 0.008 0.001 0.151 0.290 0.427 0.023 0.001 0.001 0.002 0.092 21 K 0.007 0.015 0.001 0.193 0.204 0.385 0.046 0.001 0.001 0.003 0.146 22 F 0.009 0.017 0.002 0.123 0.231 0.340 0.039 0.001 0.001 0.003 0.237 23 R 0.015 0.022 0.002 0.124 0.225 0.384 0.050 0.002 0.001 0.004 0.171 24 Y 0.023 0.023 0.003 0.046 0.142 0.311 0.057 0.004 0.001 0.004 0.388 25 R 0.070 0.026 0.006 0.061 0.120 0.206 0.053 0.008 0.001 0.006 0.444 26 Q 0.079 0.012 0.007 0.022 0.081 0.118 0.092 0.004 0.001 0.006 0.579 27 P 0.006 0.001 0.002 0.006 0.008 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.951 28 D 0.016 0.001 0.001 0.013 0.025 0.042 0.072 0.001 0.001 0.003 0.827 29 S 0.297 0.001 0.003 0.024 0.027 0.033 0.051 0.001 0.001 0.011 0.552 30 K 0.044 0.001 0.003 0.033 0.033 0.051 0.072 0.001 0.001 0.004 0.758 31 V 0.026 0.001 0.004 0.164 0.171 0.225 0.071 0.001 0.001 0.004 0.334 32 T 0.013 0.001 0.001 0.155 0.158 0.231 0.072 0.001 0.001 0.002 0.367 33 V 0.004 0.001 0.001 0.087 0.319 0.296 0.021 0.001 0.001 0.001 0.270 34 H 0.002 0.001 0.001 0.051 0.226 0.316 0.030 0.001 0.001 0.001 0.373 35 V 0.003 0.001 0.001 0.052 0.242 0.380 0.047 0.001 0.001 0.003 0.274 36 K 0.005 0.001 0.001 0.028 0.111 0.209 0.164 0.001 0.001 0.007 0.475 37 G 0.034 0.002 0.001 0.011 0.032 0.041 0.164 0.001 0.001 0.030 0.686 38 E 0.359 0.003 0.002 0.011 0.024 0.018 0.212 0.001 0.001 0.079 0.291 39 K 0.252 0.003 0.014 0.016 0.037 0.033 0.220 0.001 0.001 0.037 0.387 40 T 0.026 0.001 0.020 0.048 0.244 0.280 0.110 0.001 0.001 0.006 0.264 41 E 0.001 0.001 0.001 0.057 0.317 0.520 0.034 0.001 0.001 0.001 0.069 42 V 0.001 0.001 0.001 0.071 0.338 0.452 0.013 0.001 0.001 0.001 0.125 43 I 0.001 0.001 0.001 0.085 0.284 0.542 0.017 0.001 0.001 0.001 0.070 44 F 0.002 0.001 0.001 0.101 0.187 0.415 0.033 0.001 0.001 0.002 0.260 45 A 0.004 0.001 0.001 0.212 0.116 0.310 0.053 0.001 0.001 0.004 0.299 46 E 0.009 0.001 0.001 0.085 0.075 0.186 0.120 0.001 0.001 0.004 0.518 47 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.958 48 Q 0.023 0.002 0.001 0.053 0.071 0.146 0.172 0.001 0.001 0.008 0.524 49 R 0.415 0.009 0.001 0.022 0.034 0.039 0.059 0.001 0.001 0.007 0.411 50 A 0.169 0.048 0.002 0.068 0.109 0.123 0.042 0.003 0.001 0.003 0.433 51 I 0.056 0.019 0.005 0.082 0.129 0.248 0.105 0.003 0.001 0.005 0.348 52 T 0.094 0.011 0.003 0.069 0.206 0.172 0.173 0.002 0.001 0.004 0.265 53 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 54 G 0.005 0.001 0.001 0.015 0.020 0.063 0.536 0.001 0.001 0.018 0.343 55 Q 0.807 0.001 0.002 0.011 0.006 0.008 0.039 0.001 0.001 0.087 0.039 56 A 0.218 0.019 0.015 0.221 0.091 0.079 0.119 0.001 0.001 0.013 0.224 57 V 0.007 0.001 0.004 0.273 0.317 0.253 0.039 0.001 0.001 0.001 0.103 58 V 0.002 0.001 0.001 0.273 0.269 0.393 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 59 F 0.001 0.001 0.001 0.128 0.335 0.448 0.016 0.001 0.001 0.001 0.071 60 Y 0.001 0.001 0.001 0.087 0.356 0.493 0.021 0.001 0.001 0.001 0.040 61 D 0.001 0.001 0.001 0.048 0.130 0.245 0.131 0.001 0.001 0.004 0.441 62 G 0.010 0.001 0.001 0.042 0.038 0.070 0.252 0.001 0.001 0.032 0.555 63 E 0.231 0.001 0.004 0.034 0.025 0.025 0.313 0.001 0.001 0.128 0.238 64 E 0.152 0.004 0.007 0.053 0.056 0.032 0.376 0.001 0.001 0.031 0.288 65 C 0.031 0.006 0.008 0.061 0.118 0.189 0.213 0.001 0.001 0.008 0.366 66 L 0.005 0.005 0.001 0.099 0.218 0.467 0.060 0.001 0.001 0.002 0.141 67 G 0.006 0.005 0.001 0.030 0.140 0.280 0.071 0.001 0.001 0.003 0.464 68 G 0.026 0.005 0.002 0.038 0.165 0.335 0.044 0.001 0.001 0.007 0.376 69 G 0.012 0.004 0.002 0.064 0.176 0.309 0.100 0.001 0.001 0.005 0.327 70 L 0.013 0.005 0.003 0.120 0.172 0.309 0.077 0.001 0.001 0.006 0.294 71 I 0.010 0.015 0.001 0.176 0.192 0.395 0.058 0.001 0.001 0.003 0.151 72 D 0.016 0.041 0.001 0.129 0.150 0.295 0.062 0.001 0.001 0.003 0.301 73 N 0.061 0.078 0.002 0.042 0.083 0.140 0.090 0.003 0.001 0.006 0.496 74 A 0.116 0.103 0.007 0.037 0.063 0.122 0.125 0.006 0.001 0.011 0.408 75 Y 0.106 0.105 0.009 0.041 0.078 0.126 0.163 0.009 0.001 0.012 0.351 76 R 0.056 0.079 0.010 0.014 0.024 0.038 0.090 0.003 0.001 0.005 0.680 77 D 0.072 0.102 0.004 0.009 0.018 0.028 0.078 0.005 0.001 0.004 0.680 78 G 0.227 0.098 0.006 0.008 0.014 0.019 0.084 0.007 0.001 0.012 0.525 79 Q 0.181 0.133 0.018 0.008 0.022 0.028 0.161 0.004 0.001 0.010 0.435 80 V 0.080 0.160 0.012 0.016 0.034 0.059 0.120 0.003 0.001 0.005 0.512 81 C 0.066 0.207 0.005 0.031 0.052 0.092 0.054 0.003 0.001 0.004 0.485 82 Q 0.066 0.203 0.004 0.024 0.057 0.103 0.081 0.006 0.001 0.006 0.449 83 Y 0.137 0.217 0.011 0.020 0.052 0.088 0.051 0.008 0.001 0.005 0.410 84 I 0.099 0.228 0.010 0.045 0.079 0.114 0.045 0.009 0.001 0.004 0.368