# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.010 0.002 0.002 0.004 0.006 0.003 0.974 2 S 0.079 0.015 0.017 0.021 0.021 0.019 0.828 3 Q 0.248 0.025 0.087 0.066 0.114 0.071 0.391 4 V 0.266 0.011 0.092 0.049 0.069 0.067 0.447 5 H 0.381 0.027 0.074 0.079 0.069 0.067 0.305 6 F 0.454 0.034 0.050 0.075 0.059 0.065 0.262 7 T 0.403 0.029 0.051 0.075 0.065 0.069 0.307 8 R 0.197 0.021 0.043 0.046 0.199 0.091 0.403 9 E 0.155 0.027 0.052 0.031 0.242 0.111 0.383 10 M 0.052 0.016 0.008 0.007 0.251 0.013 0.652 11 P 0.029 0.009 0.046 0.011 0.052 0.066 0.787 12 E 0.031 0.013 0.143 0.027 0.154 0.280 0.352 13 E 0.040 0.007 0.141 0.020 0.215 0.273 0.303 14 F 0.108 0.010 0.047 0.011 0.267 0.081 0.476 15 T 0.213 0.010 0.019 0.009 0.142 0.071 0.537 16 L 0.603 0.016 0.009 0.005 0.074 0.020 0.273 17 E 0.813 0.007 0.001 0.002 0.022 0.006 0.150 18 C 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.058 19 T 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 20 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 21 K 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 22 F 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 23 R 0.818 0.005 0.001 0.002 0.016 0.006 0.153 24 Y 0.598 0.008 0.003 0.003 0.077 0.052 0.259 25 R 0.224 0.014 0.007 0.003 0.290 0.082 0.380 26 Q 0.123 0.015 0.004 0.001 0.349 0.015 0.494 27 P 0.108 0.017 0.019 0.002 0.203 0.211 0.439 28 D 0.089 0.021 0.021 0.001 0.154 0.115 0.600 29 S 0.177 0.014 0.015 0.001 0.207 0.050 0.536 30 K 0.460 0.011 0.004 0.001 0.066 0.024 0.435 31 V 0.846 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.135 32 T 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 33 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 34 H 0.967 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 35 V 0.840 0.006 0.008 0.001 0.014 0.030 0.101 36 K 0.218 0.005 0.037 0.001 0.102 0.535 0.103 37 G 0.042 0.001 0.025 0.001 0.191 0.690 0.051 38 E 0.092 0.001 0.012 0.001 0.423 0.343 0.128 39 K 0.871 0.009 0.002 0.001 0.018 0.008 0.091 40 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 41 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 43 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 44 F 0.894 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.091 45 A 0.304 0.003 0.006 0.002 0.165 0.014 0.506 46 E 0.149 0.003 0.010 0.008 0.586 0.022 0.222 47 P 0.143 0.010 0.055 0.028 0.147 0.114 0.503 48 Q 0.273 0.041 0.121 0.049 0.124 0.077 0.316 49 R 0.538 0.022 0.034 0.047 0.095 0.090 0.175 50 A 0.541 0.015 0.020 0.020 0.079 0.103 0.221 51 I 0.325 0.181 0.008 0.042 0.122 0.098 0.224 52 T 0.077 0.010 0.001 0.001 0.123 0.005 0.783 53 P 0.003 0.001 0.006 0.001 0.071 0.905 0.014 54 G 0.014 0.001 0.005 0.001 0.038 0.934 0.008 55 Q 0.509 0.015 0.008 0.001 0.104 0.011 0.352 56 A 0.885 0.004 0.001 0.001 0.020 0.001 0.089 57 V 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 58 V 0.986 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 F 0.930 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.058 60 Y 0.669 0.008 0.003 0.002 0.017 0.030 0.271 61 D 0.048 0.001 0.005 0.001 0.111 0.808 0.026 62 G 0.024 0.001 0.006 0.001 0.119 0.832 0.017 63 E 0.278 0.017 0.012 0.001 0.251 0.069 0.373 64 E 0.783 0.014 0.006 0.001 0.072 0.019 0.106 65 C 0.925 0.010 0.002 0.001 0.009 0.003 0.052 66 L 0.917 0.004 0.001 0.001 0.017 0.003 0.057 67 G 0.898 0.002 0.001 0.001 0.021 0.005 0.073 68 G 0.840 0.002 0.002 0.001 0.024 0.007 0.124 69 G 0.933 0.002 0.002 0.002 0.019 0.010 0.033 70 L 0.962 0.005 0.002 0.004 0.004 0.006 0.017 71 I 0.951 0.007 0.002 0.004 0.003 0.006 0.027 72 D 0.792 0.005 0.011 0.012 0.034 0.041 0.104 73 N 0.456 0.004 0.039 0.025 0.176 0.130 0.170 74 A 0.421 0.019 0.046 0.046 0.136 0.107 0.224 75 Y 0.228 0.021 0.047 0.065 0.144 0.071 0.424 76 R 0.163 0.013 0.058 0.120 0.128 0.147 0.371 77 D 0.086 0.008 0.054 0.156 0.120 0.440 0.136 78 G 0.075 0.005 0.046 0.098 0.212 0.366 0.199 79 Q 0.215 0.019 0.033 0.114 0.130 0.081 0.408 80 V 0.351 0.030 0.035 0.187 0.065 0.052 0.280 81 C 0.304 0.018 0.071 0.169 0.070 0.043 0.326 82 Q 0.231 0.016 0.078 0.134 0.115 0.089 0.336 83 Y 0.190 0.018 0.048 0.113 0.079 0.082 0.470 84 I 0.065 0.008 0.010 0.032 0.043 0.014 0.829