# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.354 0.055 0.011 0.006 0.219 0.007 0.008 0.032 0.061 0.064 0.183 2 S 0.009 0.028 0.013 0.046 0.029 0.214 0.237 0.259 0.132 0.027 0.006 3 Q 0.228 0.111 0.024 0.002 0.370 0.001 0.005 0.043 0.044 0.118 0.053 4 V 0.362 0.076 0.007 0.003 0.400 0.005 0.005 0.022 0.016 0.022 0.081 5 H 0.198 0.113 0.032 0.011 0.437 0.012 0.020 0.037 0.021 0.038 0.081 6 F 0.240 0.118 0.028 0.006 0.299 0.004 0.010 0.047 0.036 0.093 0.119 7 T 0.125 0.174 0.076 0.034 0.216 0.023 0.039 0.068 0.067 0.128 0.051 8 R 0.051 0.173 0.134 0.053 0.145 0.044 0.072 0.147 0.093 0.063 0.026 9 E 0.097 0.146 0.117 0.027 0.153 0.021 0.059 0.080 0.082 0.158 0.058 10 M 0.047 0.390 0.322 0.024 0.138 0.007 0.017 0.025 0.009 0.007 0.015 11 P 0.022 0.518 0.231 0.023 0.104 0.012 0.010 0.038 0.022 0.010 0.010 12 E 0.045 0.115 0.042 0.015 0.089 0.036 0.116 0.234 0.243 0.045 0.020 13 E 0.076 0.058 0.023 0.011 0.074 0.019 0.054 0.114 0.177 0.319 0.075 14 F 0.099 0.309 0.093 0.015 0.264 0.008 0.024 0.049 0.047 0.066 0.028 15 T 0.244 0.104 0.029 0.014 0.228 0.022 0.050 0.053 0.050 0.104 0.101 16 L 0.119 0.332 0.078 0.006 0.416 0.003 0.004 0.009 0.006 0.009 0.017 17 E 0.288 0.070 0.012 0.005 0.499 0.014 0.039 0.023 0.007 0.009 0.033 18 C 0.260 0.114 0.008 0.002 0.591 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.017 19 T 0.381 0.041 0.003 0.004 0.498 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.053 20 A 0.172 0.132 0.014 0.003 0.666 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 K 0.235 0.078 0.004 0.001 0.647 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 22 F 0.359 0.079 0.012 0.003 0.488 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.045 23 R 0.257 0.079 0.025 0.015 0.346 0.020 0.034 0.018 0.016 0.067 0.124 24 Y 0.219 0.235 0.054 0.012 0.356 0.016 0.014 0.015 0.014 0.026 0.040 25 R 0.133 0.240 0.121 0.032 0.270 0.009 0.013 0.035 0.030 0.059 0.057 26 Q 0.043 0.252 0.336 0.131 0.098 0.035 0.017 0.030 0.023 0.020 0.014 27 P 0.011 0.267 0.203 0.078 0.065 0.054 0.110 0.154 0.051 0.005 0.003 28 D 0.091 0.020 0.009 0.006 0.047 0.013 0.034 0.058 0.122 0.435 0.166 29 S 0.026 0.552 0.193 0.004 0.209 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 30 K 0.444 0.040 0.010 0.006 0.322 0.012 0.031 0.005 0.006 0.029 0.095 31 V 0.187 0.153 0.022 0.001 0.617 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 32 T 0.269 0.047 0.004 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 33 V 0.321 0.088 0.010 0.001 0.551 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 34 H 0.253 0.139 0.017 0.001 0.553 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 35 V 0.356 0.085 0.059 0.102 0.201 0.064 0.016 0.010 0.008 0.018 0.081 36 K 0.002 0.004 0.013 0.749 0.002 0.145 0.047 0.018 0.012 0.007 0.002 37 G 0.002 0.027 0.073 0.705 0.004 0.079 0.012 0.018 0.027 0.049 0.004 38 E 0.010 0.046 0.016 0.016 0.024 0.015 0.035 0.102 0.225 0.489 0.023 39 K 0.246 0.135 0.032 0.007 0.337 0.009 0.027 0.017 0.031 0.075 0.084 40 T 0.204 0.145 0.015 0.002 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 41 E 0.133 0.139 0.010 0.001 0.703 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 42 V 0.441 0.045 0.005 0.001 0.458 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 43 I 0.316 0.089 0.020 0.003 0.481 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 0.074 44 F 0.154 0.272 0.085 0.013 0.411 0.004 0.005 0.009 0.005 0.009 0.032 45 A 0.056 0.100 0.133 0.125 0.079 0.058 0.064 0.081 0.091 0.171 0.044 46 E 0.045 0.312 0.310 0.046 0.137 0.015 0.034 0.050 0.028 0.011 0.012 47 P 0.110 0.195 0.056 0.010 0.264 0.014 0.022 0.081 0.097 0.089 0.062 48 Q 0.210 0.152 0.023 0.006 0.387 0.011 0.027 0.041 0.039 0.054 0.050 49 R 0.223 0.081 0.019 0.019 0.337 0.043 0.065 0.054 0.038 0.058 0.063 50 A 0.222 0.132 0.024 0.012 0.547 0.011 0.007 0.008 0.004 0.010 0.023 51 I 0.302 0.078 0.010 0.014 0.377 0.007 0.008 0.013 0.009 0.036 0.147 52 T 0.051 0.144 0.362 0.199 0.139 0.043 0.008 0.017 0.006 0.010 0.021 53 P 0.014 0.039 0.027 0.036 0.031 0.061 0.481 0.154 0.083 0.059 0.014 54 G 0.112 0.108 0.080 0.031 0.105 0.010 0.004 0.007 0.026 0.355 0.162 55 Q 0.312 0.066 0.021 0.016 0.411 0.019 0.021 0.010 0.018 0.037 0.069 56 A 0.245 0.058 0.012 0.007 0.618 0.014 0.021 0.003 0.003 0.003 0.015 57 V 0.276 0.045 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 58 V 0.366 0.030 0.002 0.001 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 59 F 0.345 0.092 0.014 0.004 0.402 0.005 0.003 0.004 0.002 0.030 0.099 60 Y 0.193 0.072 0.065 0.237 0.179 0.144 0.036 0.010 0.005 0.019 0.040 61 D 0.005 0.007 0.020 0.711 0.005 0.111 0.048 0.028 0.019 0.035 0.010 62 G 0.001 0.018 0.058 0.705 0.003 0.063 0.014 0.027 0.036 0.072 0.003 63 E 0.017 0.054 0.022 0.025 0.038 0.023 0.028 0.097 0.250 0.422 0.024 64 E 0.056 0.392 0.108 0.004 0.319 0.005 0.015 0.037 0.029 0.022 0.012 65 C 0.464 0.056 0.019 0.005 0.274 0.007 0.009 0.009 0.005 0.019 0.132 66 L 0.060 0.042 0.082 0.170 0.053 0.117 0.177 0.059 0.051 0.139 0.051 67 G 0.016 0.070 0.219 0.378 0.025 0.090 0.008 0.026 0.023 0.123 0.022 68 G 0.144 0.139 0.130 0.078 0.138 0.014 0.015 0.040 0.049 0.170 0.083 69 G 0.050 0.296 0.215 0.054 0.240 0.028 0.010 0.043 0.023 0.023 0.019 70 L 0.162 0.273 0.034 0.001 0.447 0.001 0.004 0.034 0.011 0.010 0.023 71 I 0.364 0.059 0.026 0.014 0.253 0.021 0.023 0.068 0.030 0.039 0.105 72 D 0.066 0.065 0.027 0.047 0.127 0.125 0.181 0.228 0.072 0.033 0.028 73 N 0.163 0.139 0.067 0.009 0.243 0.006 0.012 0.107 0.081 0.103 0.070 74 A 0.077 0.179 0.052 0.021 0.176 0.032 0.046 0.229 0.090 0.067 0.030 75 Y 0.088 0.179 0.118 0.072 0.134 0.037 0.049 0.135 0.059 0.081 0.048 76 R 0.065 0.099 0.069 0.079 0.077 0.090 0.115 0.218 0.064 0.069 0.057 77 D 0.027 0.219 0.113 0.098 0.079 0.060 0.077 0.142 0.064 0.089 0.032 78 G 0.061 0.077 0.076 0.073 0.065 0.037 0.025 0.124 0.094 0.262 0.107 79 Q 0.083 0.219 0.068 0.010 0.207 0.009 0.029 0.222 0.077 0.054 0.024 80 V 0.120 0.151 0.038 0.008 0.187 0.010 0.027 0.286 0.077 0.057 0.040 81 C 0.108 0.140 0.041 0.017 0.200 0.014 0.027 0.267 0.101 0.050 0.035 82 Q 0.075 0.111 0.034 0.012 0.152 0.023 0.054 0.381 0.099 0.036 0.024 83 Y 0.130 0.101 0.033 0.009 0.174 0.010 0.039 0.278 0.079 0.097 0.051 84 I 0.101 0.155 0.055 0.017 0.170 0.022 0.042 0.237 0.083 0.076 0.042