# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57.2788 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.558 0.225 0.114 0.068 0.028 0.007 0.001 2 S 0.498 0.288 0.136 0.054 0.019 0.005 0.001 3 Q 0.337 0.344 0.200 0.089 0.024 0.006 0.001 4 V 0.099 0.127 0.192 0.276 0.229 0.074 0.004 5 H 0.116 0.159 0.225 0.244 0.175 0.073 0.007 6 F 0.137 0.127 0.166 0.229 0.217 0.115 0.010 7 T 0.146 0.112 0.152 0.233 0.245 0.104 0.008 8 R 0.307 0.260 0.205 0.142 0.066 0.019 0.002 9 E 0.474 0.308 0.134 0.058 0.021 0.004 0.001 10 M 0.382 0.333 0.185 0.079 0.019 0.003 0.001 11 P 0.482 0.286 0.128 0.075 0.025 0.004 0.001 12 E 0.720 0.204 0.056 0.015 0.004 0.001 0.001 13 E 0.812 0.145 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 14 F 0.416 0.323 0.173 0.072 0.014 0.002 0.001 15 T 0.361 0.409 0.165 0.054 0.010 0.001 0.001 16 L 0.047 0.139 0.274 0.341 0.174 0.023 0.001 17 E 0.063 0.316 0.377 0.189 0.048 0.006 0.001 18 C 0.009 0.020 0.059 0.212 0.409 0.271 0.020 19 T 0.014 0.106 0.288 0.326 0.196 0.063 0.007 20 A 0.009 0.023 0.048 0.153 0.298 0.400 0.070 21 K 0.015 0.081 0.227 0.342 0.208 0.104 0.021 22 F 0.027 0.065 0.086 0.147 0.216 0.364 0.095 23 R 0.031 0.114 0.201 0.286 0.214 0.129 0.025 24 Y 0.026 0.071 0.120 0.232 0.291 0.227 0.032 25 R 0.116 0.287 0.266 0.202 0.092 0.032 0.004 26 Q 0.188 0.301 0.252 0.158 0.080 0.020 0.001 27 P 0.491 0.339 0.119 0.039 0.010 0.002 0.001 28 D 0.464 0.344 0.131 0.049 0.010 0.001 0.001 29 S 0.107 0.297 0.313 0.200 0.072 0.011 0.001 30 K 0.092 0.396 0.345 0.144 0.021 0.002 0.001 31 V 0.006 0.019 0.062 0.207 0.446 0.248 0.011 32 T 0.010 0.132 0.383 0.348 0.113 0.014 0.001 33 V 0.008 0.019 0.044 0.194 0.452 0.272 0.011 34 H 0.019 0.226 0.399 0.275 0.071 0.010 0.001 35 V 0.048 0.222 0.321 0.296 0.102 0.011 0.001 36 K 0.448 0.376 0.141 0.031 0.004 0.001 0.001 37 G 0.724 0.212 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 38 E 0.519 0.331 0.119 0.027 0.003 0.001 0.001 39 K 0.230 0.455 0.236 0.068 0.010 0.001 0.001 40 T 0.013 0.049 0.152 0.353 0.347 0.083 0.002 41 E 0.024 0.204 0.372 0.288 0.095 0.016 0.001 42 V 0.005 0.012 0.031 0.121 0.344 0.443 0.043 43 I 0.014 0.107 0.241 0.336 0.206 0.087 0.010 44 F 0.011 0.049 0.112 0.236 0.321 0.236 0.035 45 A 0.149 0.310 0.284 0.166 0.065 0.022 0.006 46 E 0.127 0.292 0.270 0.193 0.086 0.029 0.004 47 P 0.077 0.127 0.200 0.257 0.221 0.104 0.013 48 Q 0.088 0.169 0.206 0.253 0.199 0.080 0.006 49 R 0.171 0.296 0.268 0.171 0.067 0.023 0.003 50 A 0.053 0.057 0.103 0.229 0.313 0.221 0.024 51 I 0.045 0.061 0.086 0.140 0.230 0.331 0.107 52 T 0.079 0.097 0.144 0.237 0.223 0.170 0.050 53 P 0.121 0.215 0.201 0.190 0.133 0.098 0.042 54 G 0.082 0.091 0.131 0.213 0.227 0.193 0.064 55 Q 0.040 0.072 0.085 0.118 0.174 0.319 0.193 56 A 0.017 0.033 0.053 0.107 0.222 0.368 0.199 57 V 0.006 0.017 0.039 0.098 0.207 0.399 0.234 58 V 0.006 0.012 0.018 0.049 0.159 0.478 0.278 59 F 0.006 0.030 0.075 0.176 0.274 0.358 0.082 60 Y 0.008 0.027 0.081 0.225 0.390 0.237 0.031 61 D 0.095 0.261 0.312 0.222 0.088 0.019 0.003 62 G 0.423 0.346 0.147 0.064 0.017 0.003 0.001 63 E 0.460 0.322 0.149 0.053 0.012 0.003 0.001 64 E 0.124 0.195 0.245 0.257 0.140 0.037 0.002 65 C 0.073 0.084 0.131 0.241 0.279 0.171 0.021 66 L 0.044 0.073 0.093 0.183 0.258 0.270 0.077 67 G 0.041 0.085 0.111 0.160 0.180 0.262 0.162 68 G 0.031 0.073 0.108 0.164 0.195 0.263 0.165 69 G 0.027 0.054 0.099 0.160 0.227 0.256 0.179 70 L 0.017 0.049 0.107 0.197 0.260 0.281 0.089 71 I 0.014 0.015 0.029 0.085 0.257 0.469 0.131 72 D 0.039 0.121 0.211 0.293 0.234 0.092 0.009 73 N 0.084 0.198 0.239 0.228 0.165 0.075 0.011 74 A 0.132 0.187 0.214 0.248 0.155 0.058 0.006 75 Y 0.234 0.230 0.212 0.203 0.097 0.023 0.001 76 R 0.522 0.287 0.124 0.051 0.014 0.003 0.001 77 D 0.681 0.203 0.075 0.030 0.009 0.002 0.001 78 G 0.679 0.196 0.076 0.034 0.012 0.003 0.001 79 Q 0.608 0.212 0.096 0.055 0.021 0.006 0.001 80 V 0.419 0.244 0.160 0.106 0.051 0.018 0.002 81 C 0.299 0.197 0.196 0.181 0.101 0.025 0.001 82 Q 0.435 0.321 0.152 0.065 0.021 0.006 0.001 83 Y 0.385 0.226 0.176 0.131 0.063 0.017 0.002 84 I 0.383 0.178 0.174 0.147 0.085 0.029 0.004