# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.774 0.004 0.003 0.003 0.058 0.159 2 R 0.911 0.003 0.001 0.001 0.016 0.067 3 V 0.957 0.002 0.001 0.001 0.009 0.031 4 A 0.960 0.002 0.001 0.001 0.012 0.024 5 R 0.958 0.007 0.001 0.001 0.011 0.023 6 D 0.667 0.012 0.003 0.001 0.295 0.022 7 E 0.085 0.003 0.008 0.004 0.878 0.023 8 D 0.019 0.001 0.005 0.001 0.962 0.011 9 G 0.055 0.004 0.006 0.003 0.904 0.027 10 T 0.655 0.012 0.001 0.002 0.100 0.229 11 V 0.953 0.012 0.001 0.001 0.010 0.024 12 H 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 13 M 0.976 0.003 0.001 0.001 0.006 0.015 14 L 0.917 0.004 0.002 0.001 0.022 0.054 15 R 0.826 0.004 0.003 0.001 0.043 0.122 16 G 0.498 0.011 0.007 0.002 0.185 0.297 17 V 0.260 0.063 0.006 0.002 0.240 0.429 18 D 0.076 0.036 0.010 0.002 0.714 0.161 19 N 0.011 0.004 0.120 0.012 0.805 0.047 20 G 0.021 0.007 0.088 0.008 0.822 0.054 21 K 0.101 0.017 0.052 0.006 0.762 0.062 22 D 0.286 0.029 0.009 0.003 0.268 0.405 23 Q 0.664 0.039 0.007 0.004 0.122 0.165 24 T 0.890 0.003 0.003 0.003 0.042 0.059 25 Y 0.954 0.003 0.002 0.005 0.014 0.023 26 F 0.924 0.007 0.003 0.009 0.021 0.036 27 L 0.862 0.009 0.018 0.017 0.041 0.052 28 S 0.618 0.003 0.045 0.016 0.154 0.164 29 Q 0.400 0.014 0.037 0.021 0.299 0.228 30 L 0.202 0.043 0.027 0.021 0.262 0.444 31 S 0.091 0.019 0.009 0.034 0.237 0.611 32 Q 0.003 0.001 0.108 0.738 0.124 0.026 33 E 0.001 0.001 0.068 0.801 0.108 0.021 34 Q 0.001 0.001 0.066 0.883 0.048 0.002 35 L 0.002 0.001 0.055 0.886 0.050 0.007 36 Q 0.002 0.001 0.069 0.839 0.077 0.012 37 K 0.003 0.001 0.074 0.734 0.147 0.042 38 T 0.006 0.001 0.038 0.480 0.245 0.230 39 M 0.014 0.023 0.020 0.242 0.284 0.416 40 F 0.031 0.022 0.012 0.046 0.276 0.614 41 P 0.043 0.009 0.037 0.024 0.476 0.410 42 L 0.028 0.004 0.527 0.038 0.341 0.062 43 G 0.011 0.002 0.558 0.027 0.350 0.053 44 H 0.017 0.005 0.516 0.040 0.337 0.085 45 L 0.027 0.014 0.109 0.051 0.381 0.418 46 E 0.011 0.012 0.008 0.025 0.154 0.789 47 K 0.006 0.004 0.055 0.630 0.146 0.159 48 P 0.002 0.001 0.034 0.870 0.061 0.033 49 E 0.001 0.001 0.017 0.965 0.010 0.007 50 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 56 E 0.001 0.001 0.006 0.976 0.011 0.007 57 A 0.001 0.001 0.005 0.931 0.015 0.047 58 G 0.001 0.001 0.001 0.018 0.041 0.939 59 L 0.010 0.003 0.011 0.025 0.121 0.829 60 S 0.135 0.019 0.067 0.041 0.250 0.488 61 T 0.160 0.054 0.275 0.063 0.297 0.151 62 A 0.181 0.008 0.180 0.052 0.291 0.288 63 K 0.155 0.015 0.075 0.019 0.356 0.379 64 K 0.123 0.034 0.041 0.013 0.353 0.436 65 K 0.125 0.036 0.059 0.014 0.363 0.404 66 D 0.138 0.036 0.070 0.015 0.371 0.370 67 S 0.234 0.025 0.047 0.011 0.374 0.308 68 T 0.337 0.017 0.023 0.012 0.325 0.286 69 G 0.444 0.007 0.014 0.010 0.248 0.278 70 I 0.689 0.022 0.007 0.009 0.112 0.161 71 C 0.782 0.010 0.006 0.008 0.070 0.126 72 F 0.808 0.011 0.005 0.005 0.075 0.097 73 I 0.611 0.021 0.005 0.003 0.169 0.191 74 G 0.168 0.010 0.007 0.004 0.495 0.315 75 E 0.019 0.006 0.039 0.020 0.765 0.152 76 K 0.012 0.008 0.069 0.063 0.678 0.170 77 N 0.023 0.041 0.056 0.177 0.454 0.249 78 F 0.001 0.001 0.016 0.944 0.025 0.014 79 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 80 N 0.001 0.001 0.011 0.981 0.007 0.001 81 F 0.001 0.001 0.008 0.981 0.010 0.001 82 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.015 0.003 83 S 0.001 0.001 0.020 0.934 0.038 0.007 84 N 0.001 0.001 0.025 0.842 0.091 0.041 85 Y 0.003 0.008 0.025 0.565 0.194 0.205 86 L 0.005 0.015 0.046 0.106 0.307 0.522 87 P 0.011 0.006 0.035 0.021 0.312 0.614 88 A 0.040 0.013 0.048 0.013 0.316 0.570 89 Q 0.053 0.015 0.018 0.004 0.298 0.611 90 P 0.193 0.005 0.023 0.004 0.236 0.539 91 G 0.368 0.016 0.021 0.003 0.177 0.415 92 R 0.659 0.017 0.011 0.002 0.088 0.224 93 M 0.838 0.014 0.006 0.001 0.040 0.101 94 M 0.906 0.027 0.001 0.001 0.022 0.043 95 T 0.656 0.020 0.002 0.001 0.304 0.016 96 V 0.123 0.004 0.004 0.001 0.855 0.013 97 D 0.014 0.001 0.001 0.001 0.979 0.006 98 G 0.042 0.002 0.002 0.001 0.937 0.016 99 R 0.640 0.014 0.001 0.001 0.104 0.241 100 D 0.940 0.026 0.001 0.001 0.011 0.023 101 M 0.925 0.004 0.001 0.001 0.012 0.058 102 G 0.901 0.016 0.001 0.001 0.022 0.059 103 E 0.717 0.010 0.006 0.003 0.086 0.177 104 H 0.546 0.013 0.038 0.010 0.171 0.222 105 A 0.276 0.010 0.084 0.015 0.364 0.250 106 G 0.235 0.008 0.117 0.019 0.429 0.191 107 L 0.439 0.017 0.043 0.025 0.311 0.166 108 M 0.505 0.026 0.027 0.046 0.178 0.219 109 Y 0.581 0.021 0.046 0.077 0.164 0.111 110 Y 0.508 0.008 0.043 0.094 0.163 0.184 111 T 0.468 0.017 0.021 0.112 0.134 0.249 112 I 0.457 0.020 0.032 0.140 0.171 0.181 113 G 0.331 0.014 0.063 0.210 0.228 0.155 114 Q 0.222 0.020 0.139 0.226 0.273 0.119 115 R 0.151 0.012 0.173 0.269 0.298 0.096 116 G 0.102 0.015 0.126 0.286 0.305 0.165 117 G 0.109 0.007 0.071 0.144 0.365 0.304 118 L 0.161 0.043 0.039 0.113 0.239 0.405 119 G 0.148 0.053 0.024 0.042 0.252 0.480 120 I 0.145 0.075 0.042 0.044 0.376 0.318 121 G 0.104 0.027 0.059 0.045 0.423 0.342 122 G 0.061 0.034 0.049 0.020 0.605 0.231 123 Q 0.035 0.022 0.045 0.024 0.670 0.204 124 H 0.020 0.026 0.059 0.020 0.620 0.255 125 G 0.012 0.020 0.052 0.016 0.706 0.194 126 G 0.016 0.017 0.079 0.011 0.617 0.259 127 D 0.032 0.019 0.070 0.011 0.489 0.377 128 N 0.082 0.041 0.051 0.010 0.385 0.432 129 A 0.180 0.043 0.015 0.004 0.278 0.480 130 P 0.286 0.007 0.010 0.003 0.171 0.523 131 W 0.835 0.010 0.004 0.002 0.046 0.103 132 F 0.963 0.002 0.001 0.001 0.010 0.024 133 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 134 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 135 G 0.945 0.003 0.002 0.001 0.017 0.033 136 K 0.832 0.013 0.002 0.001 0.040 0.113 137 D 0.575 0.020 0.004 0.001 0.249 0.152 138 L 0.020 0.003 0.184 0.005 0.774 0.014 139 S 0.008 0.001 0.260 0.006 0.714 0.010 140 K 0.043 0.005 0.167 0.004 0.772 0.010 141 N 0.226 0.001 0.010 0.002 0.554 0.206 142 I 0.895 0.009 0.001 0.001 0.024 0.070 143 L 0.992 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 144 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 145 V 0.980 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 146 G 0.833 0.005 0.001 0.001 0.043 0.116 147 Q 0.312 0.006 0.011 0.005 0.284 0.383 148 G 0.027 0.006 0.128 0.022 0.570 0.247 149 F 0.014 0.009 0.358 0.053 0.440 0.127 150 Y 0.016 0.013 0.257 0.070 0.461 0.184 151 H 0.019 0.008 0.115 0.086 0.499 0.273 152 D 0.018 0.006 0.217 0.205 0.408 0.147 153 S 0.040 0.008 0.229 0.241 0.394 0.088 154 L 0.084 0.011 0.249 0.234 0.340 0.082 155 M 0.231 0.026 0.120 0.199 0.267 0.157 156 S 0.273 0.008 0.085 0.177 0.264 0.193 157 T 0.305 0.008 0.055 0.199 0.212 0.221 158 S 0.455 0.011 0.033 0.173 0.146 0.182 159 L 0.591 0.018 0.018 0.138 0.088 0.147 160 E 0.594 0.015 0.017 0.124 0.104 0.146 161 A 0.493 0.014 0.030 0.101 0.192 0.170 162 S 0.286 0.007 0.040 0.088 0.336 0.242 163 Q 0.265 0.014 0.052 0.091 0.367 0.212 164 V 0.317 0.028 0.065 0.089 0.306 0.195 165 H 0.357 0.016 0.056 0.074 0.266 0.230 166 F 0.376 0.020 0.070 0.093 0.242 0.198 167 T 0.339 0.036 0.043 0.081 0.238 0.263 168 R 0.259 0.011 0.034 0.070 0.291 0.336 169 E 0.122 0.012 0.046 0.067 0.334 0.418 170 M 0.067 0.023 0.034 0.046 0.331 0.500 171 P 0.034 0.009 0.045 0.035 0.446 0.431 172 E 0.021 0.010 0.039 0.029 0.450 0.451 173 E 0.026 0.015 0.044 0.024 0.449 0.443 174 F 0.084 0.040 0.033 0.009 0.402 0.432 175 T 0.161 0.012 0.024 0.005 0.269 0.529 176 L 0.538 0.013 0.012 0.002 0.139 0.296 177 E 0.881 0.004 0.002 0.001 0.028 0.085 178 C 0.966 0.002 0.001 0.001 0.005 0.027 179 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 180 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 181 K 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 182 F 0.940 0.002 0.001 0.001 0.009 0.047 183 R 0.852 0.005 0.002 0.002 0.039 0.101 184 Y 0.669 0.014 0.005 0.003 0.109 0.200 185 R 0.261 0.013 0.009 0.003 0.315 0.399 186 Q 0.129 0.014 0.009 0.001 0.487 0.359 187 P 0.080 0.017 0.007 0.002 0.402 0.493 188 D 0.094 0.017 0.009 0.002 0.316 0.561 189 S 0.352 0.021 0.007 0.001 0.185 0.433 190 K 0.628 0.005 0.004 0.001 0.075 0.286 191 V 0.925 0.001 0.001 0.001 0.017 0.055 192 T 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 193 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 194 H 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 195 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 196 K 0.697 0.009 0.003 0.001 0.251 0.039 197 G 0.036 0.001 0.020 0.003 0.915 0.025 198 E 0.051 0.002 0.020 0.006 0.877 0.043 199 K 0.677 0.015 0.005 0.003 0.245 0.056 200 T 0.960 0.002 0.001 0.001 0.008 0.029 201 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 202 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 203 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 204 F 0.871 0.002 0.001 0.001 0.041 0.083 205 A 0.312 0.007 0.003 0.003 0.220 0.455 206 E 0.236 0.020 0.007 0.002 0.322 0.413 207 P 0.218 0.006 0.026 0.005 0.380 0.365 208 Q 0.301 0.028 0.045 0.008 0.286 0.333 209 R 0.532 0.044 0.026 0.008 0.174 0.217 210 A 0.451 0.019 0.018 0.009 0.182 0.322 211 I 0.330 0.056 0.008 0.007 0.175 0.423 212 T 0.143 0.068 0.009 0.005 0.697 0.078 213 P 0.077 0.004 0.013 0.004 0.836 0.067 214 G 0.091 0.003 0.007 0.001 0.852 0.047 215 Q 0.554 0.022 0.003 0.001 0.382 0.038 216 A 0.880 0.009 0.001 0.001 0.037 0.072 217 V 0.951 0.009 0.001 0.001 0.014 0.024 218 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 219 F 0.977 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 220 Y 0.938 0.003 0.001 0.001 0.035 0.022 221 D 0.509 0.008 0.002 0.002 0.414 0.066 222 G 0.050 0.001 0.005 0.005 0.884 0.055 223 E 0.165 0.003 0.011 0.011 0.736 0.075 224 E 0.851 0.018 0.003 0.006 0.092 0.030 225 C 0.946 0.005 0.001 0.003 0.013 0.032 226 L 0.934 0.006 0.001 0.005 0.017 0.038 227 G 0.775 0.006 0.002 0.017 0.067 0.134 228 G 0.713 0.005 0.004 0.080 0.064 0.134 229 G 0.700 0.005 0.005 0.112 0.050 0.127 230 L 0.565 0.008 0.011 0.283 0.046 0.088 231 I 0.352 0.007 0.038 0.500 0.057 0.046 232 D 0.248 0.004 0.058 0.562 0.078 0.049 233 N 0.203 0.005 0.074 0.597 0.089 0.033 234 A 0.175 0.006 0.048 0.573 0.145 0.053 235 Y 0.201 0.017 0.018 0.540 0.168 0.055 236 R 0.163 0.009 0.018 0.414 0.309 0.087 237 D 0.042 0.003 0.030 0.244 0.555 0.126 238 G 0.051 0.007 0.020 0.037 0.648 0.237 239 Q 0.226 0.034 0.034 0.021 0.407 0.278 240 V 0.479 0.023 0.015 0.012 0.173 0.298 241 C 0.400 0.017 0.020 0.014 0.154 0.395 242 Q 0.315 0.046 0.009 0.012 0.118 0.500 243 Y 0.157 0.031 0.007 0.024 0.086 0.695 244 I 0.004 0.002 0.001 0.002 0.014 0.978