# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.045 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.941 2 R 0.579 0.012 0.004 0.003 0.008 0.011 0.383 3 V 0.786 0.014 0.002 0.002 0.027 0.003 0.166 4 A 0.803 0.005 0.002 0.002 0.017 0.003 0.168 5 R 0.814 0.020 0.003 0.003 0.019 0.007 0.134 6 D 0.558 0.015 0.008 0.004 0.023 0.040 0.352 7 E 0.123 0.004 0.019 0.003 0.104 0.659 0.088 8 D 0.018 0.002 0.009 0.002 0.143 0.808 0.019 9 G 0.047 0.001 0.004 0.001 0.538 0.317 0.092 10 T 0.471 0.013 0.001 0.001 0.072 0.020 0.422 11 V 0.900 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.069 12 H 0.967 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 13 M 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 14 L 0.921 0.003 0.004 0.001 0.010 0.003 0.058 15 R 0.860 0.006 0.005 0.002 0.021 0.003 0.103 16 G 0.582 0.010 0.017 0.006 0.054 0.024 0.306 17 V 0.270 0.024 0.022 0.010 0.224 0.080 0.370 18 D 0.078 0.009 0.030 0.007 0.193 0.079 0.605 19 N 0.014 0.003 0.051 0.018 0.181 0.648 0.086 20 G 0.018 0.005 0.046 0.018 0.220 0.584 0.110 21 K 0.070 0.026 0.041 0.056 0.385 0.075 0.347 22 D 0.227 0.079 0.017 0.069 0.058 0.038 0.513 23 Q 0.340 0.020 0.054 0.211 0.102 0.057 0.216 24 T 0.492 0.014 0.042 0.269 0.024 0.045 0.113 25 Y 0.271 0.005 0.063 0.473 0.023 0.126 0.040 26 F 0.204 0.007 0.055 0.521 0.035 0.136 0.042 27 L 0.079 0.006 0.260 0.281 0.051 0.151 0.173 28 S 0.070 0.001 0.357 0.115 0.075 0.318 0.064 29 Q 0.071 0.011 0.318 0.077 0.096 0.360 0.067 30 L 0.057 0.125 0.012 0.010 0.525 0.022 0.248 31 S 0.023 0.036 0.001 0.008 0.109 0.009 0.814 32 Q 0.001 0.001 0.044 0.918 0.010 0.021 0.007 33 E 0.001 0.001 0.063 0.910 0.005 0.018 0.003 34 Q 0.001 0.001 0.101 0.874 0.004 0.016 0.004 35 L 0.002 0.001 0.039 0.925 0.007 0.018 0.009 36 Q 0.003 0.002 0.056 0.833 0.007 0.088 0.011 37 K 0.004 0.001 0.055 0.711 0.009 0.211 0.008 38 T 0.006 0.002 0.067 0.554 0.044 0.279 0.047 39 M 0.032 0.023 0.045 0.234 0.163 0.290 0.213 40 F 0.065 0.027 0.031 0.070 0.213 0.059 0.534 41 P 0.078 0.048 0.027 0.036 0.107 0.050 0.654 42 L 0.036 0.017 0.126 0.075 0.098 0.172 0.476 43 G 0.019 0.008 0.113 0.096 0.292 0.255 0.217 44 H 0.009 0.003 0.218 0.235 0.156 0.277 0.104 45 L 0.008 0.011 0.121 0.308 0.165 0.211 0.176 46 E 0.007 0.013 0.026 0.323 0.183 0.160 0.289 47 K 0.005 0.003 0.004 0.608 0.134 0.026 0.221 48 P 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 49 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 56 E 0.001 0.001 0.003 0.951 0.001 0.045 0.001 57 A 0.001 0.001 0.004 0.320 0.006 0.668 0.001 58 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.953 0.020 59 L 0.008 0.007 0.003 0.003 0.027 0.009 0.942 60 S 0.188 0.054 0.025 0.009 0.041 0.021 0.662 61 T 0.306 0.023 0.110 0.016 0.091 0.059 0.395 62 A 0.329 0.026 0.072 0.021 0.141 0.076 0.335 63 K 0.250 0.016 0.024 0.015 0.258 0.053 0.383 64 K 0.145 0.025 0.037 0.029 0.264 0.038 0.461 65 K 0.060 0.013 0.170 0.059 0.144 0.290 0.264 66 D 0.056 0.019 0.159 0.031 0.109 0.485 0.141 67 S 0.110 0.057 0.106 0.021 0.152 0.136 0.417 68 T 0.091 0.025 0.044 0.021 0.210 0.217 0.392 69 G 0.126 0.009 0.038 0.020 0.289 0.298 0.220 70 I 0.450 0.105 0.025 0.020 0.084 0.053 0.263 71 C 0.566 0.048 0.014 0.017 0.043 0.035 0.278 72 F 0.519 0.061 0.014 0.012 0.094 0.058 0.242 73 I 0.289 0.040 0.009 0.009 0.270 0.068 0.315 74 G 0.109 0.014 0.009 0.008 0.263 0.107 0.491 75 E 0.022 0.012 0.094 0.061 0.284 0.309 0.218 76 K 0.016 0.025 0.084 0.101 0.423 0.173 0.178 77 N 0.031 0.066 0.036 0.170 0.165 0.075 0.458 78 F 0.001 0.001 0.046 0.930 0.005 0.011 0.006 79 K 0.001 0.001 0.027 0.960 0.002 0.008 0.001 80 N 0.001 0.001 0.050 0.936 0.001 0.011 0.001 81 F 0.001 0.001 0.024 0.957 0.002 0.016 0.001 82 L 0.001 0.001 0.036 0.912 0.002 0.045 0.004 83 S 0.001 0.001 0.106 0.702 0.007 0.178 0.006 84 N 0.001 0.001 0.133 0.638 0.021 0.189 0.017 85 Y 0.006 0.020 0.149 0.443 0.104 0.190 0.089 86 L 0.013 0.019 0.021 0.033 0.183 0.100 0.632 87 P 0.020 0.012 0.015 0.007 0.156 0.125 0.665 88 A 0.063 0.021 0.017 0.005 0.299 0.070 0.524 89 Q 0.123 0.011 0.012 0.002 0.310 0.025 0.517 90 P 0.315 0.009 0.019 0.001 0.148 0.144 0.363 91 G 0.517 0.005 0.011 0.001 0.147 0.090 0.231 92 R 0.808 0.025 0.001 0.001 0.022 0.003 0.141 93 M 0.859 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.118 94 M 0.855 0.055 0.001 0.001 0.012 0.001 0.076 95 T 0.301 0.018 0.002 0.001 0.010 0.007 0.661 96 V 0.063 0.003 0.007 0.001 0.104 0.729 0.095 97 D 0.005 0.002 0.004 0.001 0.095 0.886 0.008 98 G 0.026 0.001 0.003 0.001 0.714 0.164 0.091 99 R 0.283 0.034 0.001 0.002 0.067 0.013 0.600 100 D 0.782 0.150 0.001 0.001 0.004 0.002 0.060 101 M 0.922 0.005 0.002 0.001 0.010 0.006 0.055 102 G 0.890 0.004 0.003 0.001 0.033 0.015 0.055 103 E 0.765 0.017 0.008 0.004 0.068 0.030 0.109 104 H 0.645 0.013 0.007 0.002 0.075 0.024 0.236 105 A 0.427 0.013 0.018 0.004 0.199 0.129 0.211 106 G 0.463 0.008 0.027 0.006 0.162 0.196 0.137 107 L 0.720 0.013 0.019 0.013 0.039 0.063 0.134 108 M 0.761 0.015 0.029 0.020 0.030 0.042 0.104 109 Y 0.751 0.018 0.019 0.014 0.042 0.039 0.118 110 Y 0.623 0.036 0.017 0.015 0.070 0.030 0.208 111 T 0.465 0.024 0.012 0.013 0.104 0.023 0.359 112 I 0.299 0.015 0.093 0.075 0.103 0.202 0.214 113 G 0.166 0.019 0.175 0.103 0.097 0.248 0.192 114 Q 0.161 0.019 0.196 0.114 0.096 0.196 0.218 115 R 0.114 0.052 0.102 0.150 0.124 0.172 0.286 116 G 0.090 0.016 0.054 0.124 0.149 0.422 0.146 117 G 0.082 0.018 0.037 0.063 0.112 0.558 0.131 118 L 0.119 0.038 0.021 0.037 0.189 0.110 0.487 119 G 0.170 0.099 0.025 0.025 0.165 0.088 0.428 120 I 0.207 0.046 0.053 0.039 0.198 0.172 0.285 121 G 0.107 0.034 0.091 0.034 0.164 0.284 0.285 122 G 0.072 0.039 0.074 0.036 0.241 0.199 0.339 123 Q 0.057 0.054 0.081 0.037 0.271 0.186 0.314 124 H 0.031 0.028 0.091 0.030 0.251 0.286 0.283 125 G 0.016 0.019 0.091 0.032 0.183 0.429 0.230 126 G 0.011 0.018 0.092 0.022 0.150 0.426 0.280 127 D 0.026 0.031 0.061 0.026 0.265 0.293 0.299 128 N 0.047 0.020 0.020 0.014 0.320 0.225 0.356 129 A 0.078 0.021 0.004 0.007 0.369 0.021 0.499 130 P 0.366 0.035 0.002 0.003 0.045 0.010 0.539 131 W 0.822 0.007 0.002 0.002 0.027 0.004 0.136 132 F 0.971 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 133 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 134 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 135 G 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 136 K 0.733 0.003 0.001 0.001 0.037 0.003 0.223 137 D 0.447 0.010 0.002 0.002 0.029 0.005 0.504 138 L 0.045 0.004 0.297 0.065 0.040 0.514 0.035 139 S 0.015 0.001 0.240 0.021 0.062 0.649 0.012 140 K 0.039 0.003 0.194 0.015 0.122 0.583 0.044 141 N 0.098 0.003 0.014 0.003 0.153 0.390 0.339 142 I 0.792 0.003 0.001 0.001 0.048 0.016 0.139 143 L 0.976 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 144 Y 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 145 V 0.959 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 146 G 0.622 0.009 0.001 0.001 0.056 0.010 0.301 147 Q 0.077 0.008 0.013 0.012 0.321 0.148 0.421 148 G 0.006 0.003 0.180 0.163 0.264 0.276 0.109 149 F 0.003 0.004 0.288 0.254 0.135 0.253 0.062 150 Y 0.004 0.006 0.200 0.396 0.112 0.188 0.095 151 H 0.005 0.009 0.117 0.490 0.104 0.101 0.175 152 D 0.005 0.003 0.133 0.558 0.038 0.200 0.064 153 S 0.018 0.003 0.184 0.506 0.041 0.184 0.063 154 L 0.047 0.009 0.146 0.490 0.082 0.135 0.091 155 M 0.118 0.021 0.059 0.478 0.071 0.112 0.140 156 S 0.171 0.011 0.057 0.414 0.075 0.099 0.174 157 T 0.172 0.006 0.070 0.423 0.086 0.129 0.115 158 S 0.331 0.009 0.042 0.330 0.058 0.091 0.138 159 L 0.488 0.015 0.022 0.255 0.049 0.042 0.129 160 E 0.576 0.020 0.013 0.175 0.028 0.033 0.155 161 A 0.334 0.014 0.058 0.198 0.063 0.104 0.228 162 S 0.185 0.008 0.104 0.132 0.186 0.212 0.172 163 Q 0.186 0.010 0.111 0.112 0.174 0.189 0.218 164 V 0.285 0.026 0.066 0.067 0.108 0.110 0.339 165 H 0.442 0.024 0.033 0.034 0.104 0.074 0.288 166 F 0.465 0.024 0.047 0.041 0.083 0.062 0.278 167 T 0.390 0.042 0.041 0.054 0.089 0.049 0.334 168 R 0.292 0.025 0.036 0.034 0.137 0.055 0.420 169 E 0.189 0.016 0.022 0.020 0.199 0.064 0.490 170 M 0.124 0.033 0.015 0.013 0.218 0.043 0.555 171 P 0.054 0.021 0.022 0.010 0.146 0.051 0.697 172 E 0.029 0.009 0.039 0.009 0.166 0.263 0.486 173 E 0.026 0.011 0.053 0.007 0.340 0.260 0.303 174 F 0.041 0.017 0.025 0.007 0.495 0.055 0.361 175 T 0.166 0.013 0.020 0.007 0.146 0.065 0.584 176 L 0.563 0.028 0.012 0.004 0.083 0.017 0.293 177 E 0.851 0.014 0.003 0.001 0.018 0.003 0.110 178 C 0.919 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 179 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 180 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 181 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 182 F 0.964 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 183 R 0.874 0.005 0.003 0.003 0.017 0.005 0.092 184 Y 0.725 0.010 0.007 0.004 0.065 0.023 0.166 185 R 0.322 0.023 0.016 0.005 0.210 0.073 0.351 186 Q 0.088 0.017 0.018 0.003 0.235 0.085 0.555 187 P 0.046 0.017 0.020 0.002 0.339 0.203 0.373 188 D 0.036 0.009 0.015 0.001 0.391 0.220 0.329 189 S 0.062 0.008 0.003 0.001 0.600 0.015 0.311 190 K 0.343 0.012 0.003 0.001 0.104 0.017 0.520 191 V 0.862 0.007 0.001 0.001 0.011 0.005 0.114 192 T 0.975 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 193 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 194 H 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 195 V 0.883 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.105 196 K 0.429 0.004 0.012 0.001 0.102 0.293 0.160 197 G 0.004 0.001 0.006 0.001 0.053 0.934 0.002 198 E 0.002 0.001 0.003 0.001 0.042 0.949 0.003 199 K 0.560 0.005 0.003 0.001 0.044 0.072 0.317 200 T 0.976 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 201 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 202 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 203 I 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 204 F 0.655 0.011 0.002 0.001 0.027 0.008 0.296 205 A 0.220 0.016 0.007 0.002 0.274 0.039 0.442 206 E 0.060 0.008 0.005 0.003 0.570 0.016 0.338 207 P 0.069 0.007 0.033 0.015 0.156 0.089 0.631 208 Q 0.418 0.018 0.039 0.015 0.086 0.046 0.379 209 R 0.720 0.009 0.024 0.012 0.051 0.019 0.165 210 A 0.812 0.012 0.015 0.013 0.023 0.019 0.106 211 I 0.766 0.039 0.006 0.007 0.026 0.014 0.141 212 T 0.259 0.007 0.014 0.001 0.070 0.016 0.632 213 P 0.003 0.001 0.011 0.001 0.045 0.938 0.003 214 G 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 0.976 0.002 215 Q 0.420 0.012 0.005 0.001 0.045 0.017 0.502 216 A 0.884 0.010 0.001 0.001 0.008 0.009 0.089 217 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 218 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 219 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 220 Y 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.031 221 D 0.115 0.002 0.006 0.001 0.041 0.826 0.010 222 G 0.002 0.001 0.002 0.001 0.034 0.960 0.001 223 E 0.178 0.004 0.011 0.001 0.112 0.608 0.086 224 E 0.889 0.049 0.001 0.001 0.003 0.003 0.055 225 C 0.948 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 226 L 0.896 0.005 0.001 0.001 0.026 0.014 0.058 227 G 0.669 0.004 0.002 0.006 0.121 0.073 0.126 228 G 0.238 0.004 0.065 0.241 0.118 0.231 0.102 229 G 0.175 0.009 0.059 0.487 0.091 0.087 0.092 230 L 0.155 0.012 0.036 0.685 0.029 0.039 0.043 231 I 0.109 0.006 0.034 0.763 0.019 0.022 0.046 232 D 0.126 0.003 0.029 0.750 0.020 0.031 0.040 233 N 0.179 0.004 0.039 0.651 0.026 0.043 0.057 234 A 0.101 0.007 0.037 0.707 0.046 0.055 0.048 235 Y 0.093 0.012 0.023 0.641 0.056 0.096 0.079 236 R 0.033 0.004 0.016 0.563 0.074 0.178 0.131 237 D 0.005 0.001 0.006 0.240 0.044 0.671 0.032 238 G 0.005 0.001 0.012 0.084 0.092 0.707 0.098 239 Q 0.108 0.036 0.020 0.118 0.168 0.081 0.469 240 V 0.485 0.048 0.025 0.107 0.060 0.031 0.244 241 C 0.501 0.011 0.048 0.097 0.045 0.059 0.240 242 Q 0.522 0.010 0.043 0.072 0.050 0.104 0.199 243 Y 0.436 0.018 0.023 0.042 0.007 0.062 0.411 244 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997