# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.8903 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.091 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.893 2 R 0.580 0.022 0.004 0.007 0.010 0.006 0.371 3 V 0.859 0.013 0.004 0.008 0.011 0.003 0.102 4 A 0.937 0.004 0.002 0.004 0.006 0.003 0.044 5 R 0.854 0.031 0.006 0.008 0.013 0.011 0.077 6 D 0.544 0.012 0.016 0.008 0.038 0.050 0.333 7 E 0.155 0.008 0.031 0.008 0.100 0.607 0.091 8 D 0.014 0.001 0.008 0.001 0.112 0.838 0.026 9 G 0.056 0.001 0.007 0.001 0.496 0.329 0.110 10 T 0.579 0.037 0.002 0.003 0.057 0.013 0.310 11 V 0.932 0.025 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 12 H 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 13 M 0.971 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.018 14 L 0.955 0.003 0.003 0.003 0.006 0.002 0.029 15 R 0.921 0.005 0.003 0.005 0.012 0.004 0.049 16 G 0.760 0.011 0.004 0.005 0.039 0.015 0.165 17 V 0.442 0.043 0.009 0.009 0.129 0.055 0.314 18 D 0.094 0.030 0.012 0.005 0.261 0.056 0.542 19 N 0.009 0.004 0.017 0.005 0.107 0.805 0.052 20 G 0.004 0.002 0.011 0.006 0.173 0.735 0.069 21 K 0.027 0.027 0.008 0.037 0.421 0.060 0.421 22 D 0.072 0.061 0.007 0.095 0.095 0.039 0.630 23 Q 0.189 0.021 0.028 0.429 0.062 0.039 0.231 24 T 0.316 0.017 0.034 0.484 0.029 0.016 0.104 25 Y 0.229 0.006 0.035 0.676 0.017 0.016 0.022 26 F 0.195 0.008 0.053 0.667 0.011 0.045 0.021 27 L 0.105 0.009 0.131 0.607 0.021 0.082 0.046 28 S 0.073 0.004 0.169 0.386 0.060 0.258 0.049 29 Q 0.065 0.012 0.103 0.212 0.160 0.306 0.143 30 L 0.049 0.049 0.008 0.068 0.374 0.029 0.422 31 S 0.014 0.019 0.006 0.035 0.085 0.013 0.828 32 Q 0.001 0.001 0.061 0.907 0.002 0.023 0.006 33 E 0.001 0.001 0.064 0.916 0.002 0.016 0.002 34 Q 0.001 0.001 0.057 0.931 0.001 0.007 0.004 35 L 0.001 0.001 0.032 0.952 0.002 0.009 0.004 36 Q 0.002 0.001 0.040 0.902 0.005 0.044 0.005 37 K 0.005 0.001 0.083 0.697 0.012 0.192 0.009 38 T 0.014 0.006 0.079 0.508 0.034 0.316 0.043 39 M 0.042 0.029 0.106 0.224 0.102 0.363 0.134 40 F 0.044 0.019 0.048 0.048 0.437 0.084 0.320 41 P 0.051 0.030 0.078 0.031 0.157 0.123 0.530 42 L 0.011 0.013 0.469 0.107 0.072 0.154 0.173 43 G 0.014 0.012 0.430 0.073 0.113 0.246 0.111 44 H 0.011 0.006 0.395 0.050 0.101 0.247 0.190 45 L 0.022 0.037 0.063 0.067 0.249 0.113 0.449 46 E 0.012 0.026 0.023 0.068 0.160 0.087 0.624 47 K 0.005 0.004 0.009 0.410 0.170 0.014 0.389 48 P 0.001 0.001 0.010 0.959 0.003 0.013 0.015 49 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.004 0.003 50 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.002 51 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.026 0.001 57 A 0.001 0.001 0.002 0.404 0.003 0.589 0.002 58 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.959 0.020 59 L 0.003 0.003 0.001 0.002 0.023 0.003 0.966 60 S 0.069 0.030 0.020 0.007 0.051 0.009 0.814 61 T 0.226 0.071 0.089 0.018 0.087 0.036 0.472 62 A 0.203 0.021 0.071 0.012 0.190 0.079 0.424 63 K 0.172 0.040 0.043 0.013 0.181 0.074 0.478 64 K 0.121 0.026 0.027 0.011 0.240 0.019 0.556 65 K 0.066 0.018 0.152 0.025 0.161 0.261 0.316 66 D 0.070 0.016 0.172 0.013 0.151 0.358 0.221 67 S 0.175 0.041 0.143 0.008 0.089 0.154 0.390 68 T 0.246 0.017 0.052 0.005 0.227 0.169 0.283 69 G 0.521 0.004 0.023 0.003 0.185 0.072 0.192 70 I 0.837 0.012 0.004 0.002 0.009 0.004 0.132 71 C 0.950 0.014 0.002 0.002 0.003 0.001 0.028 72 F 0.930 0.012 0.002 0.002 0.005 0.003 0.046 73 I 0.629 0.022 0.006 0.002 0.059 0.036 0.247 74 G 0.126 0.009 0.010 0.002 0.297 0.103 0.453 75 E 0.026 0.012 0.060 0.029 0.260 0.224 0.389 76 K 0.013 0.011 0.069 0.128 0.432 0.214 0.133 77 N 0.019 0.032 0.079 0.232 0.192 0.150 0.296 78 F 0.001 0.001 0.048 0.912 0.003 0.017 0.019 79 K 0.001 0.001 0.025 0.960 0.002 0.007 0.004 80 N 0.001 0.001 0.020 0.970 0.001 0.006 0.002 81 F 0.001 0.001 0.023 0.968 0.001 0.005 0.002 82 L 0.001 0.001 0.026 0.953 0.003 0.014 0.002 83 S 0.001 0.001 0.061 0.866 0.003 0.068 0.001 84 N 0.001 0.001 0.068 0.517 0.004 0.405 0.004 85 Y 0.009 0.031 0.105 0.271 0.077 0.409 0.097 86 L 0.010 0.014 0.006 0.006 0.558 0.041 0.366 87 P 0.039 0.031 0.006 0.001 0.169 0.051 0.704 88 A 0.030 0.117 0.007 0.001 0.198 0.029 0.617 89 Q 0.064 0.019 0.006 0.001 0.230 0.056 0.626 90 P 0.021 0.006 0.026 0.001 0.228 0.494 0.225 91 G 0.101 0.005 0.043 0.002 0.442 0.224 0.183 92 R 0.374 0.018 0.021 0.005 0.051 0.008 0.522 93 M 0.950 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 94 M 0.918 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 95 T 0.564 0.013 0.001 0.001 0.006 0.003 0.413 96 V 0.128 0.004 0.016 0.003 0.132 0.537 0.180 97 D 0.008 0.001 0.007 0.001 0.062 0.907 0.014 98 G 0.049 0.001 0.019 0.002 0.387 0.484 0.057 99 R 0.333 0.039 0.010 0.007 0.094 0.031 0.486 100 D 0.778 0.109 0.007 0.004 0.026 0.008 0.068 101 M 0.735 0.017 0.022 0.010 0.051 0.026 0.139 102 G 0.510 0.010 0.031 0.016 0.099 0.079 0.255 103 E 0.461 0.015 0.048 0.025 0.125 0.073 0.253 104 H 0.380 0.042 0.045 0.055 0.120 0.079 0.279 105 A 0.142 0.006 0.035 0.043 0.189 0.443 0.142 106 G 0.184 0.006 0.023 0.028 0.207 0.384 0.168 107 L 0.527 0.021 0.013 0.048 0.103 0.039 0.250 108 M 0.858 0.014 0.005 0.024 0.026 0.010 0.063 109 Y 0.885 0.007 0.005 0.029 0.019 0.012 0.044 110 Y 0.844 0.010 0.004 0.060 0.016 0.015 0.052 111 T 0.658 0.017 0.003 0.082 0.020 0.015 0.204 112 I 0.273 0.008 0.032 0.302 0.062 0.199 0.124 113 G 0.213 0.007 0.062 0.252 0.086 0.266 0.114 114 Q 0.244 0.023 0.097 0.272 0.079 0.095 0.188 115 R 0.196 0.047 0.102 0.225 0.105 0.169 0.156 116 G 0.065 0.015 0.106 0.135 0.081 0.463 0.134 117 G 0.052 0.014 0.098 0.068 0.117 0.317 0.334 118 L 0.071 0.030 0.081 0.058 0.175 0.218 0.367 119 G 0.102 0.046 0.067 0.031 0.166 0.221 0.366 120 I 0.087 0.052 0.070 0.028 0.199 0.122 0.442 121 G 0.072 0.046 0.048 0.019 0.180 0.224 0.410 122 G 0.038 0.041 0.055 0.013 0.211 0.223 0.419 123 Q 0.032 0.039 0.052 0.010 0.192 0.159 0.517 124 H 0.019 0.030 0.069 0.010 0.208 0.353 0.311 125 G 0.010 0.022 0.045 0.007 0.236 0.507 0.173 126 G 0.013 0.015 0.047 0.004 0.226 0.257 0.438 127 D 0.028 0.031 0.031 0.005 0.282 0.275 0.347 128 N 0.056 0.040 0.024 0.004 0.359 0.189 0.328 129 A 0.093 0.012 0.003 0.001 0.455 0.008 0.429 130 P 0.218 0.013 0.008 0.002 0.061 0.016 0.682 131 W 0.661 0.021 0.014 0.004 0.127 0.018 0.155 132 F 0.932 0.007 0.005 0.004 0.010 0.005 0.037 133 V 0.964 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 134 V 0.958 0.006 0.001 0.004 0.006 0.005 0.020 135 G 0.850 0.002 0.002 0.004 0.030 0.022 0.089 136 K 0.725 0.020 0.005 0.007 0.104 0.023 0.117 137 D 0.463 0.047 0.024 0.004 0.076 0.022 0.364 138 L 0.030 0.003 0.313 0.020 0.032 0.584 0.018 139 S 0.022 0.004 0.243 0.007 0.029 0.672 0.024 140 K 0.053 0.006 0.194 0.002 0.162 0.493 0.089 141 N 0.112 0.002 0.019 0.001 0.278 0.416 0.172 142 I 0.884 0.014 0.003 0.001 0.011 0.005 0.083 143 L 0.985 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 144 Y 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 V 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 146 G 0.583 0.006 0.002 0.002 0.059 0.040 0.308 147 Q 0.175 0.009 0.011 0.004 0.247 0.283 0.271 148 G 0.065 0.008 0.028 0.009 0.330 0.335 0.224 149 F 0.069 0.033 0.034 0.023 0.329 0.132 0.380 150 Y 0.062 0.052 0.044 0.040 0.197 0.122 0.483 151 H 0.038 0.017 0.152 0.123 0.123 0.128 0.419 152 D 0.018 0.005 0.321 0.249 0.078 0.197 0.132 153 S 0.015 0.005 0.376 0.276 0.051 0.195 0.081 154 L 0.055 0.015 0.213 0.307 0.062 0.248 0.099 155 M 0.117 0.022 0.090 0.219 0.088 0.230 0.233 156 S 0.171 0.014 0.090 0.156 0.160 0.176 0.233 157 T 0.258 0.007 0.056 0.091 0.219 0.176 0.193 158 S 0.556 0.016 0.033 0.056 0.081 0.097 0.160 159 L 0.730 0.019 0.004 0.021 0.034 0.009 0.183 160 E 0.830 0.010 0.003 0.016 0.014 0.007 0.120 161 A 0.722 0.015 0.027 0.048 0.015 0.026 0.147 162 S 0.528 0.006 0.044 0.047 0.116 0.088 0.170 163 Q 0.560 0.003 0.069 0.040 0.117 0.074 0.137 164 V 0.674 0.015 0.028 0.037 0.037 0.022 0.188 165 H 0.719 0.017 0.023 0.046 0.039 0.031 0.124 166 F 0.622 0.016 0.027 0.053 0.048 0.057 0.177 167 T 0.514 0.015 0.030 0.043 0.068 0.063 0.267 168 R 0.253 0.014 0.038 0.037 0.232 0.086 0.340 169 E 0.153 0.031 0.052 0.039 0.212 0.113 0.398 170 M 0.052 0.015 0.009 0.011 0.240 0.013 0.660 171 P 0.030 0.008 0.055 0.019 0.046 0.065 0.777 172 E 0.034 0.014 0.180 0.047 0.142 0.269 0.314 173 E 0.047 0.008 0.172 0.032 0.180 0.270 0.292 174 F 0.123 0.011 0.054 0.015 0.227 0.078 0.492 175 T 0.211 0.010 0.023 0.013 0.126 0.072 0.545 176 L 0.552 0.016 0.013 0.008 0.094 0.032 0.286 177 E 0.783 0.007 0.002 0.003 0.027 0.010 0.168 178 C 0.914 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.069 179 T 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 180 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 181 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 182 F 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.047 183 R 0.812 0.004 0.001 0.002 0.018 0.009 0.154 184 Y 0.593 0.008 0.002 0.003 0.082 0.053 0.259 185 R 0.237 0.015 0.006 0.003 0.288 0.079 0.372 186 Q 0.130 0.013 0.004 0.001 0.346 0.014 0.492 187 P 0.112 0.015 0.023 0.003 0.212 0.240 0.395 188 D 0.108 0.020 0.029 0.001 0.178 0.157 0.507 189 S 0.201 0.013 0.017 0.001 0.184 0.046 0.538 190 K 0.522 0.011 0.004 0.001 0.058 0.018 0.386 191 V 0.873 0.007 0.001 0.001 0.007 0.002 0.110 192 T 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 193 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 194 H 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 195 V 0.875 0.005 0.006 0.001 0.011 0.020 0.082 196 K 0.320 0.006 0.030 0.001 0.108 0.408 0.127 197 G 0.062 0.001 0.027 0.001 0.230 0.614 0.065 198 E 0.110 0.002 0.015 0.001 0.388 0.343 0.143 199 K 0.816 0.011 0.004 0.001 0.032 0.015 0.123 200 T 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 201 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 202 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 203 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 204 F 0.897 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.088 205 A 0.351 0.003 0.007 0.003 0.168 0.020 0.449 206 E 0.163 0.003 0.006 0.006 0.599 0.019 0.205 207 P 0.154 0.010 0.038 0.021 0.147 0.099 0.532 208 Q 0.287 0.036 0.091 0.036 0.144 0.072 0.335 209 R 0.562 0.019 0.031 0.036 0.098 0.075 0.178 210 A 0.604 0.015 0.018 0.016 0.074 0.074 0.199 211 I 0.380 0.166 0.008 0.038 0.112 0.077 0.219 212 T 0.094 0.011 0.001 0.001 0.114 0.005 0.774 213 P 0.004 0.001 0.006 0.001 0.074 0.899 0.015 214 G 0.016 0.001 0.005 0.001 0.038 0.931 0.008 215 Q 0.542 0.014 0.008 0.001 0.094 0.010 0.331 216 A 0.903 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.074 217 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 218 V 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 219 F 0.948 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 220 Y 0.752 0.009 0.003 0.002 0.014 0.025 0.195 221 D 0.090 0.001 0.007 0.001 0.140 0.715 0.045 222 G 0.026 0.001 0.008 0.001 0.138 0.809 0.019 223 E 0.243 0.014 0.017 0.001 0.309 0.114 0.303 224 E 0.749 0.014 0.009 0.001 0.092 0.024 0.112 225 C 0.928 0.011 0.002 0.001 0.008 0.003 0.048 226 L 0.925 0.005 0.001 0.001 0.013 0.003 0.052 227 G 0.905 0.002 0.001 0.001 0.020 0.006 0.065 228 G 0.832 0.002 0.002 0.001 0.027 0.011 0.125 229 G 0.913 0.002 0.003 0.003 0.025 0.013 0.042 230 L 0.954 0.006 0.003 0.005 0.005 0.008 0.020 231 I 0.947 0.008 0.003 0.005 0.004 0.006 0.027 232 D 0.790 0.005 0.012 0.014 0.033 0.038 0.108 233 N 0.479 0.003 0.042 0.028 0.166 0.122 0.160 234 A 0.460 0.017 0.049 0.049 0.123 0.104 0.198 235 Y 0.280 0.021 0.053 0.076 0.122 0.073 0.375 236 R 0.216 0.013 0.057 0.120 0.113 0.138 0.344 237 D 0.124 0.008 0.056 0.150 0.121 0.390 0.150 238 G 0.112 0.005 0.045 0.092 0.203 0.349 0.194 239 Q 0.307 0.016 0.027 0.101 0.115 0.082 0.352 240 V 0.504 0.023 0.019 0.147 0.052 0.036 0.219 241 C 0.498 0.016 0.032 0.126 0.055 0.027 0.245 242 Q 0.402 0.016 0.038 0.101 0.102 0.060 0.281 243 Y 0.267 0.016 0.021 0.081 0.069 0.049 0.497 244 I 0.069 0.006 0.005 0.020 0.027 0.009 0.864