# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.8903 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.337 0.226 0.173 0.139 0.082 0.038 0.006 2 R 0.249 0.218 0.194 0.171 0.115 0.047 0.005 3 V 0.198 0.188 0.204 0.212 0.138 0.053 0.006 4 A 0.198 0.238 0.216 0.191 0.116 0.039 0.003 5 R 0.221 0.286 0.256 0.156 0.063 0.016 0.001 6 D 0.510 0.258 0.129 0.073 0.025 0.005 0.001 7 E 0.717 0.187 0.066 0.024 0.006 0.001 0.001 8 D 0.844 0.117 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 9 G 0.606 0.260 0.100 0.029 0.005 0.001 0.001 10 T 0.332 0.342 0.198 0.096 0.027 0.004 0.001 11 V 0.065 0.102 0.189 0.305 0.256 0.077 0.005 12 H 0.070 0.142 0.247 0.282 0.190 0.063 0.005 13 M 0.057 0.060 0.080 0.167 0.266 0.299 0.072 14 L 0.067 0.094 0.135 0.251 0.259 0.166 0.028 15 R 0.052 0.149 0.200 0.208 0.181 0.160 0.051 16 G 0.058 0.076 0.114 0.228 0.280 0.195 0.048 17 V 0.087 0.192 0.232 0.219 0.155 0.096 0.020 18 D 0.136 0.146 0.150 0.192 0.179 0.151 0.047 19 N 0.271 0.235 0.205 0.152 0.086 0.041 0.011 20 G 0.422 0.295 0.149 0.079 0.035 0.015 0.005 21 K 0.128 0.170 0.193 0.215 0.158 0.105 0.031 22 D 0.041 0.074 0.103 0.182 0.262 0.285 0.053 23 Q 0.036 0.067 0.140 0.212 0.234 0.225 0.085 24 T 0.048 0.066 0.087 0.156 0.224 0.326 0.093 25 Y 0.044 0.056 0.092 0.166 0.248 0.282 0.112 26 F 0.074 0.068 0.071 0.126 0.179 0.339 0.143 27 L 0.097 0.074 0.078 0.131 0.195 0.303 0.121 28 S 0.146 0.173 0.174 0.198 0.169 0.124 0.016 29 Q 0.139 0.171 0.254 0.258 0.133 0.042 0.003 30 L 0.170 0.135 0.147 0.211 0.208 0.120 0.009 31 S 0.545 0.250 0.120 0.056 0.022 0.007 0.001 32 Q 0.492 0.311 0.125 0.053 0.015 0.003 0.001 33 E 0.478 0.296 0.145 0.061 0.017 0.003 0.001 34 Q 0.110 0.216 0.228 0.255 0.146 0.042 0.002 35 L 0.057 0.062 0.108 0.286 0.355 0.126 0.007 36 Q 0.287 0.426 0.202 0.068 0.014 0.003 0.001 37 K 0.279 0.293 0.238 0.143 0.040 0.007 0.001 38 T 0.199 0.089 0.094 0.178 0.248 0.176 0.016 39 M 0.135 0.156 0.188 0.232 0.187 0.088 0.014 40 F 0.200 0.153 0.153 0.184 0.163 0.120 0.026 41 P 0.183 0.226 0.225 0.185 0.113 0.059 0.009 42 L 0.195 0.151 0.156 0.187 0.169 0.116 0.026 43 G 0.290 0.230 0.157 0.140 0.100 0.066 0.017 44 H 0.411 0.280 0.160 0.096 0.040 0.012 0.002 45 L 0.259 0.189 0.186 0.198 0.122 0.040 0.006 46 E 0.278 0.461 0.176 0.062 0.018 0.005 0.001 47 K 0.069 0.181 0.252 0.296 0.160 0.038 0.004 48 P 0.439 0.365 0.129 0.049 0.015 0.003 0.001 49 E 0.049 0.305 0.374 0.216 0.048 0.007 0.001 50 V 0.003 0.006 0.024 0.191 0.496 0.268 0.012 51 R 0.025 0.213 0.429 0.265 0.062 0.006 0.001 52 R 0.310 0.576 0.096 0.016 0.002 0.001 0.001 53 L 0.031 0.082 0.246 0.428 0.187 0.026 0.001 54 A 0.043 0.056 0.150 0.349 0.338 0.062 0.001 55 E 0.557 0.354 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 56 E 0.648 0.277 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 57 A 0.283 0.249 0.247 0.155 0.055 0.010 0.001 58 G 0.373 0.372 0.168 0.066 0.017 0.003 0.001 59 L 0.185 0.127 0.183 0.249 0.205 0.048 0.003 60 S 0.364 0.326 0.182 0.092 0.029 0.006 0.001 61 T 0.414 0.286 0.147 0.098 0.042 0.013 0.001 62 A 0.270 0.156 0.194 0.224 0.131 0.023 0.002 63 K 0.534 0.315 0.107 0.034 0.008 0.002 0.001 64 K 0.207 0.217 0.209 0.217 0.111 0.035 0.004 65 K 0.204 0.220 0.191 0.184 0.137 0.058 0.007 66 D 0.290 0.325 0.203 0.118 0.044 0.016 0.004 67 S 0.105 0.145 0.185 0.243 0.180 0.111 0.031 68 T 0.054 0.121 0.159 0.188 0.204 0.207 0.067 69 G 0.042 0.083 0.158 0.250 0.238 0.177 0.053 70 I 0.019 0.039 0.060 0.099 0.198 0.418 0.166 71 C 0.011 0.042 0.087 0.178 0.309 0.302 0.072 72 F 0.007 0.014 0.034 0.113 0.310 0.440 0.082 73 I 0.019 0.064 0.140 0.278 0.337 0.150 0.012 74 G 0.052 0.206 0.290 0.289 0.134 0.028 0.001 75 E 0.153 0.392 0.285 0.130 0.034 0.006 0.001 76 K 0.482 0.339 0.128 0.041 0.009 0.001 0.001 77 N 0.190 0.405 0.259 0.117 0.026 0.004 0.001 78 F 0.014 0.032 0.096 0.310 0.412 0.132 0.004 79 K 0.096 0.332 0.357 0.165 0.042 0.007 0.001 80 N 0.188 0.525 0.222 0.055 0.009 0.001 0.001 81 F 0.006 0.020 0.083 0.316 0.426 0.145 0.004 82 L 0.011 0.035 0.123 0.333 0.375 0.118 0.004 83 S 0.166 0.462 0.271 0.085 0.014 0.002 0.001 84 N 0.149 0.384 0.306 0.130 0.027 0.003 0.001 85 Y 0.015 0.057 0.155 0.305 0.334 0.130 0.005 86 L 0.041 0.131 0.243 0.328 0.207 0.049 0.002 87 P 0.505 0.340 0.107 0.037 0.010 0.002 0.001 88 A 0.445 0.267 0.165 0.089 0.029 0.005 0.001 89 Q 0.510 0.293 0.127 0.054 0.014 0.003 0.001 90 P 0.592 0.273 0.089 0.034 0.009 0.002 0.001 91 G 0.306 0.231 0.213 0.151 0.080 0.018 0.001 92 R 0.256 0.326 0.225 0.128 0.050 0.014 0.001 93 M 0.065 0.087 0.150 0.287 0.289 0.112 0.009 94 M 0.085 0.208 0.291 0.260 0.122 0.031 0.002 95 T 0.188 0.320 0.254 0.158 0.064 0.015 0.001 96 V 0.276 0.273 0.227 0.152 0.060 0.011 0.001 97 D 0.624 0.240 0.088 0.035 0.010 0.002 0.001 98 G 0.495 0.243 0.149 0.081 0.027 0.005 0.001 99 R 0.451 0.335 0.146 0.052 0.014 0.003 0.001 100 D 0.255 0.313 0.205 0.148 0.064 0.014 0.001 101 M 0.092 0.155 0.219 0.283 0.182 0.064 0.006 102 G 0.100 0.218 0.271 0.249 0.122 0.037 0.003 103 E 0.114 0.363 0.328 0.144 0.041 0.009 0.001 104 H 0.018 0.022 0.056 0.213 0.411 0.256 0.023 105 A 0.107 0.306 0.299 0.179 0.080 0.025 0.004 106 G 0.075 0.131 0.182 0.235 0.195 0.153 0.029 107 L 0.029 0.064 0.114 0.196 0.268 0.259 0.070 108 M 0.030 0.060 0.106 0.171 0.227 0.267 0.140 109 Y 0.081 0.089 0.123 0.184 0.183 0.197 0.142 110 Y 0.044 0.047 0.054 0.083 0.137 0.335 0.299 111 T 0.050 0.048 0.066 0.108 0.149 0.271 0.310 112 I 0.049 0.061 0.072 0.109 0.140 0.293 0.275 113 G 0.047 0.069 0.082 0.136 0.195 0.265 0.206 114 Q 0.009 0.029 0.046 0.118 0.213 0.374 0.211 115 R 0.018 0.082 0.132 0.223 0.240 0.204 0.101 116 G 0.019 0.095 0.153 0.214 0.232 0.224 0.064 117 G 0.016 0.096 0.223 0.285 0.209 0.125 0.045 118 L 0.006 0.016 0.043 0.131 0.294 0.395 0.115 119 G 0.029 0.126 0.234 0.288 0.208 0.093 0.021 120 I 0.045 0.079 0.116 0.216 0.283 0.222 0.040 121 G 0.121 0.210 0.249 0.236 0.129 0.050 0.005 122 G 0.320 0.259 0.191 0.147 0.064 0.017 0.001 123 Q 0.453 0.266 0.146 0.090 0.036 0.009 0.001 124 H 0.486 0.283 0.138 0.066 0.022 0.005 0.001 125 G 0.537 0.262 0.119 0.058 0.019 0.005 0.001 126 G 0.544 0.263 0.112 0.057 0.019 0.004 0.001 127 D 0.384 0.251 0.180 0.123 0.052 0.010 0.001 128 N 0.351 0.307 0.187 0.105 0.038 0.010 0.002 129 A 0.078 0.220 0.288 0.241 0.125 0.043 0.006 130 P 0.008 0.039 0.110 0.244 0.329 0.233 0.037 131 W 0.002 0.012 0.052 0.152 0.326 0.378 0.078 132 F 0.001 0.004 0.017 0.062 0.204 0.534 0.179 133 V 0.001 0.005 0.014 0.051 0.181 0.534 0.214 134 V 0.001 0.003 0.010 0.053 0.227 0.530 0.176 135 G 0.016 0.083 0.184 0.286 0.249 0.154 0.028 136 K 0.028 0.159 0.255 0.291 0.185 0.074 0.008 137 D 0.198 0.393 0.236 0.115 0.042 0.014 0.002 138 L 0.051 0.100 0.203 0.317 0.265 0.062 0.002 139 S 0.512 0.315 0.119 0.041 0.011 0.002 0.001 140 K 0.310 0.422 0.191 0.064 0.012 0.002 0.001 141 N 0.025 0.088 0.201 0.324 0.262 0.096 0.004 142 I 0.013 0.061 0.191 0.321 0.291 0.114 0.010 143 L 0.005 0.010 0.022 0.055 0.197 0.542 0.168 144 Y 0.006 0.028 0.064 0.166 0.317 0.337 0.082 145 V 0.006 0.013 0.032 0.103 0.264 0.444 0.137 146 G 0.019 0.044 0.075 0.172 0.296 0.320 0.074 147 Q 0.073 0.188 0.246 0.256 0.157 0.069 0.010 148 G 0.174 0.269 0.246 0.187 0.089 0.030 0.006 149 F 0.225 0.242 0.215 0.180 0.098 0.036 0.005 150 Y 0.361 0.293 0.169 0.101 0.051 0.021 0.003 151 H 0.166 0.200 0.231 0.221 0.133 0.045 0.005 152 D 0.400 0.308 0.158 0.076 0.036 0.018 0.005 153 S 0.205 0.284 0.235 0.165 0.076 0.031 0.004 154 L 0.060 0.092 0.143 0.243 0.275 0.166 0.020 155 M 0.078 0.153 0.222 0.263 0.184 0.087 0.013 156 S 0.134 0.236 0.246 0.210 0.121 0.047 0.007 157 T 0.122 0.223 0.233 0.213 0.137 0.063 0.010 158 S 0.055 0.169 0.250 0.264 0.168 0.082 0.013 159 L 0.006 0.013 0.039 0.139 0.335 0.412 0.057 160 E 0.050 0.236 0.298 0.240 0.122 0.048 0.007 161 A 0.015 0.028 0.064 0.182 0.333 0.330 0.048 162 S 0.120 0.280 0.266 0.192 0.092 0.041 0.009 163 Q 0.077 0.218 0.278 0.232 0.124 0.060 0.011 164 V 0.022 0.043 0.092 0.211 0.336 0.259 0.038 165 H 0.037 0.105 0.191 0.254 0.252 0.141 0.020 166 F 0.038 0.051 0.097 0.201 0.305 0.276 0.032 167 T 0.050 0.066 0.107 0.210 0.317 0.227 0.023 168 R 0.096 0.185 0.263 0.264 0.147 0.041 0.004 169 E 0.280 0.355 0.201 0.106 0.043 0.013 0.002 170 M 0.197 0.301 0.258 0.168 0.062 0.014 0.001 171 P 0.485 0.273 0.128 0.077 0.031 0.007 0.001 172 E 0.677 0.222 0.071 0.023 0.006 0.001 0.001 173 E 0.732 0.188 0.057 0.018 0.005 0.001 0.001 174 F 0.369 0.328 0.191 0.089 0.020 0.003 0.001 175 T 0.342 0.394 0.179 0.068 0.015 0.002 0.001 176 L 0.054 0.144 0.268 0.332 0.174 0.027 0.001 177 E 0.074 0.336 0.359 0.178 0.045 0.007 0.001 178 C 0.011 0.025 0.069 0.229 0.392 0.254 0.020 179 T 0.016 0.109 0.286 0.321 0.194 0.067 0.007 180 A 0.010 0.024 0.048 0.152 0.309 0.396 0.060 181 K 0.019 0.103 0.249 0.328 0.192 0.093 0.016 182 F 0.034 0.076 0.102 0.173 0.239 0.310 0.065 183 R 0.045 0.149 0.228 0.276 0.187 0.099 0.016 184 Y 0.041 0.102 0.167 0.261 0.262 0.148 0.019 185 R 0.182 0.329 0.258 0.153 0.058 0.016 0.002 186 Q 0.294 0.337 0.212 0.105 0.043 0.009 0.001 187 P 0.548 0.303 0.103 0.035 0.009 0.002 0.001 188 D 0.423 0.348 0.149 0.064 0.015 0.002 0.001 189 S 0.098 0.289 0.315 0.207 0.077 0.013 0.001 190 K 0.074 0.356 0.358 0.178 0.030 0.003 0.001 191 V 0.006 0.018 0.057 0.188 0.437 0.280 0.014 192 T 0.008 0.109 0.351 0.375 0.138 0.019 0.001 193 V 0.007 0.016 0.037 0.167 0.430 0.325 0.017 194 H 0.016 0.203 0.386 0.295 0.086 0.014 0.001 195 V 0.040 0.199 0.319 0.315 0.113 0.013 0.001 196 K 0.415 0.390 0.154 0.035 0.005 0.001 0.001 197 G 0.720 0.213 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 198 E 0.533 0.318 0.117 0.028 0.004 0.001 0.001 199 K 0.241 0.436 0.234 0.076 0.013 0.001 0.001 200 T 0.018 0.061 0.176 0.355 0.312 0.076 0.002 201 E 0.032 0.225 0.368 0.269 0.089 0.016 0.001 202 V 0.006 0.014 0.035 0.134 0.363 0.410 0.039 203 I 0.018 0.122 0.244 0.325 0.199 0.083 0.009 204 F 0.016 0.070 0.150 0.268 0.297 0.176 0.022 205 A 0.184 0.326 0.263 0.147 0.057 0.018 0.004 206 E 0.159 0.310 0.264 0.172 0.071 0.021 0.003 207 P 0.110 0.163 0.221 0.242 0.177 0.077 0.010 208 Q 0.096 0.173 0.204 0.247 0.194 0.079 0.006 209 R 0.149 0.268 0.273 0.189 0.084 0.032 0.004 210 A 0.049 0.052 0.095 0.215 0.311 0.247 0.030 211 I 0.045 0.061 0.086 0.138 0.227 0.332 0.111 212 T 0.074 0.087 0.131 0.221 0.229 0.196 0.062 213 P 0.121 0.214 0.201 0.187 0.130 0.100 0.047 214 G 0.074 0.084 0.126 0.204 0.223 0.208 0.081 215 Q 0.029 0.057 0.070 0.102 0.164 0.338 0.239 216 A 0.010 0.025 0.046 0.098 0.217 0.378 0.225 217 V 0.004 0.012 0.032 0.088 0.200 0.414 0.250 218 V 0.004 0.009 0.014 0.040 0.144 0.497 0.293 219 F 0.004 0.021 0.057 0.154 0.275 0.402 0.088 220 Y 0.006 0.022 0.075 0.227 0.404 0.238 0.028 221 D 0.082 0.253 0.322 0.232 0.091 0.018 0.002 222 G 0.455 0.343 0.134 0.053 0.012 0.002 0.001 223 E 0.492 0.327 0.131 0.039 0.008 0.002 0.001 224 E 0.131 0.195 0.247 0.255 0.137 0.033 0.001 225 C 0.076 0.087 0.137 0.245 0.277 0.161 0.017 226 L 0.044 0.073 0.094 0.179 0.258 0.276 0.076 227 G 0.040 0.085 0.114 0.166 0.185 0.259 0.151 228 G 0.032 0.074 0.108 0.167 0.200 0.263 0.157 229 G 0.027 0.056 0.101 0.161 0.230 0.253 0.172 230 L 0.017 0.053 0.116 0.207 0.261 0.266 0.080 231 I 0.013 0.014 0.028 0.084 0.256 0.468 0.137 232 D 0.045 0.137 0.224 0.292 0.213 0.080 0.008 233 N 0.102 0.224 0.246 0.215 0.140 0.063 0.010 234 A 0.142 0.189 0.207 0.238 0.153 0.064 0.008 235 Y 0.233 0.215 0.204 0.206 0.109 0.031 0.002 236 R 0.518 0.282 0.124 0.055 0.017 0.004 0.001 237 D 0.608 0.223 0.099 0.048 0.017 0.005 0.001 238 G 0.569 0.223 0.111 0.061 0.026 0.008 0.001 239 Q 0.519 0.232 0.124 0.079 0.033 0.012 0.001 240 V 0.362 0.232 0.172 0.129 0.072 0.029 0.003 241 C 0.275 0.185 0.188 0.187 0.123 0.039 0.003 242 Q 0.416 0.300 0.162 0.081 0.031 0.010 0.001 243 Y 0.381 0.223 0.176 0.132 0.066 0.020 0.002 244 I 0.421 0.193 0.165 0.125 0.068 0.024 0.004