# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.8055 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.299 0.005 0.006 0.004 0.145 0.541 2 R 0.611 0.011 0.004 0.003 0.086 0.284 3 V 0.724 0.016 0.004 0.003 0.054 0.200 4 A 0.804 0.014 0.004 0.002 0.045 0.131 5 R 0.778 0.024 0.003 0.001 0.053 0.141 6 D 0.379 0.021 0.006 0.002 0.558 0.034 7 E 0.073 0.004 0.010 0.002 0.880 0.031 8 D 0.017 0.001 0.011 0.002 0.943 0.027 9 G 0.122 0.014 0.006 0.002 0.807 0.049 10 T 0.412 0.022 0.003 0.004 0.128 0.431 11 V 0.813 0.024 0.003 0.004 0.043 0.112 12 H 0.881 0.007 0.004 0.006 0.032 0.070 13 M 0.906 0.007 0.005 0.008 0.022 0.052 14 L 0.842 0.006 0.010 0.012 0.054 0.077 15 R 0.625 0.012 0.015 0.020 0.141 0.187 16 G 0.331 0.015 0.026 0.017 0.274 0.337 17 V 0.167 0.044 0.025 0.022 0.275 0.467 18 D 0.037 0.027 0.023 0.026 0.743 0.145 19 N 0.005 0.006 0.025 0.083 0.725 0.156 20 G 0.003 0.004 0.031 0.093 0.621 0.249 21 K 0.016 0.040 0.029 0.287 0.465 0.162 22 D 0.013 0.029 0.014 0.370 0.092 0.482 23 Q 0.004 0.004 0.012 0.933 0.018 0.030 24 T 0.006 0.001 0.012 0.950 0.017 0.013 25 Y 0.005 0.001 0.015 0.958 0.016 0.006 26 F 0.003 0.001 0.009 0.968 0.014 0.006 27 L 0.004 0.001 0.045 0.901 0.040 0.008 28 S 0.007 0.001 0.077 0.755 0.121 0.040 29 Q 0.018 0.005 0.088 0.311 0.255 0.323 30 L 0.014 0.023 0.011 0.103 0.187 0.663 31 S 0.008 0.008 0.001 0.031 0.034 0.917 32 Q 0.001 0.001 0.007 0.986 0.002 0.004 33 E 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 34 Q 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 35 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 36 Q 0.001 0.001 0.003 0.979 0.008 0.008 37 K 0.009 0.001 0.007 0.906 0.034 0.042 38 T 0.022 0.004 0.007 0.785 0.060 0.122 39 M 0.094 0.023 0.023 0.320 0.149 0.391 40 F 0.110 0.025 0.043 0.060 0.257 0.505 41 P 0.083 0.016 0.048 0.036 0.377 0.440 42 L 0.029 0.013 0.143 0.052 0.580 0.183 43 G 0.013 0.009 0.127 0.026 0.645 0.180 44 H 0.006 0.007 0.112 0.035 0.664 0.175 45 L 0.010 0.034 0.030 0.059 0.451 0.417 46 E 0.008 0.017 0.007 0.074 0.114 0.778 47 K 0.002 0.002 0.015 0.858 0.040 0.083 48 P 0.001 0.001 0.010 0.960 0.014 0.014 49 E 0.001 0.001 0.012 0.980 0.005 0.003 50 V 0.003 0.001 0.007 0.984 0.003 0.003 51 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 56 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 57 A 0.001 0.001 0.003 0.956 0.006 0.035 58 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.975 59 L 0.004 0.003 0.003 0.002 0.052 0.937 60 S 0.049 0.011 0.029 0.005 0.145 0.761 61 T 0.076 0.023 0.295 0.018 0.253 0.335 62 A 0.119 0.019 0.327 0.021 0.276 0.238 63 K 0.173 0.016 0.276 0.022 0.283 0.231 64 K 0.144 0.049 0.149 0.038 0.452 0.169 65 K 0.102 0.024 0.141 0.033 0.534 0.166 66 D 0.061 0.014 0.198 0.019 0.593 0.114 67 S 0.078 0.028 0.090 0.014 0.634 0.155 68 T 0.121 0.011 0.035 0.007 0.481 0.346 69 G 0.250 0.005 0.007 0.002 0.274 0.462 70 I 0.793 0.015 0.003 0.002 0.064 0.123 71 C 0.927 0.013 0.001 0.001 0.019 0.038 72 F 0.922 0.009 0.001 0.001 0.027 0.040 73 I 0.652 0.016 0.002 0.003 0.104 0.224 74 G 0.222 0.010 0.007 0.004 0.378 0.379 75 E 0.056 0.009 0.040 0.018 0.569 0.309 76 K 0.020 0.013 0.068 0.033 0.545 0.322 77 N 0.018 0.020 0.052 0.122 0.437 0.351 78 F 0.001 0.002 0.035 0.924 0.023 0.015 79 K 0.003 0.001 0.025 0.937 0.022 0.011 80 N 0.002 0.001 0.030 0.931 0.029 0.007 81 F 0.002 0.002 0.031 0.938 0.021 0.007 82 L 0.003 0.002 0.040 0.932 0.017 0.007 83 S 0.001 0.001 0.074 0.897 0.018 0.010 84 N 0.002 0.001 0.067 0.847 0.034 0.048 85 Y 0.010 0.019 0.092 0.350 0.192 0.337 86 L 0.016 0.016 0.015 0.018 0.408 0.527 87 P 0.022 0.004 0.028 0.010 0.466 0.470 88 A 0.047 0.026 0.030 0.007 0.407 0.483 89 Q 0.076 0.027 0.015 0.004 0.494 0.385 90 P 0.117 0.013 0.009 0.006 0.442 0.414 91 G 0.226 0.010 0.008 0.007 0.335 0.415 92 R 0.743 0.014 0.004 0.007 0.113 0.119 93 M 0.942 0.003 0.002 0.004 0.016 0.034 94 M 0.970 0.004 0.001 0.002 0.006 0.018 95 T 0.939 0.006 0.001 0.001 0.049 0.004 96 V 0.331 0.003 0.002 0.002 0.660 0.002 97 D 0.020 0.001 0.002 0.001 0.974 0.002 98 G 0.038 0.003 0.002 0.001 0.952 0.004 99 R 0.654 0.064 0.001 0.003 0.210 0.069 100 D 0.832 0.049 0.002 0.003 0.029 0.086 101 M 0.824 0.016 0.012 0.009 0.066 0.074 102 G 0.771 0.004 0.031 0.008 0.078 0.109 103 E 0.662 0.007 0.066 0.015 0.123 0.128 104 H 0.490 0.019 0.044 0.025 0.226 0.196 105 A 0.325 0.008 0.026 0.015 0.338 0.288 106 G 0.395 0.007 0.017 0.009 0.281 0.292 107 L 0.685 0.015 0.013 0.009 0.135 0.144 108 M 0.865 0.007 0.008 0.005 0.048 0.068 109 Y 0.944 0.003 0.004 0.003 0.016 0.030 110 Y 0.942 0.005 0.003 0.006 0.012 0.032 111 T 0.919 0.005 0.004 0.008 0.028 0.036 112 I 0.841 0.005 0.009 0.014 0.066 0.066 113 G 0.575 0.008 0.017 0.014 0.230 0.157 114 Q 0.588 0.022 0.013 0.013 0.253 0.111 115 R 0.425 0.026 0.016 0.011 0.306 0.216 116 G 0.278 0.027 0.027 0.013 0.420 0.236 117 G 0.284 0.026 0.039 0.009 0.382 0.260 118 L 0.404 0.029 0.051 0.011 0.271 0.234 119 G 0.366 0.039 0.037 0.010 0.307 0.241 120 I 0.296 0.050 0.033 0.013 0.307 0.301 121 G 0.241 0.041 0.025 0.009 0.385 0.299 122 G 0.209 0.041 0.035 0.010 0.437 0.269 123 Q 0.130 0.090 0.043 0.013 0.560 0.164 124 H 0.106 0.065 0.033 0.007 0.592 0.197 125 G 0.037 0.015 0.025 0.004 0.760 0.159 126 G 0.025 0.008 0.032 0.003 0.778 0.153 127 D 0.038 0.012 0.045 0.004 0.592 0.309 128 N 0.067 0.034 0.024 0.005 0.452 0.418 129 A 0.072 0.015 0.005 0.001 0.301 0.606 130 P 0.138 0.010 0.002 0.001 0.181 0.668 131 W 0.757 0.014 0.002 0.001 0.046 0.180 132 F 0.966 0.005 0.001 0.001 0.008 0.020 133 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 134 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 135 G 0.866 0.001 0.001 0.002 0.049 0.081 136 K 0.698 0.008 0.006 0.006 0.106 0.176 137 D 0.330 0.052 0.013 0.007 0.355 0.243 138 L 0.028 0.005 0.280 0.020 0.654 0.013 139 S 0.025 0.002 0.346 0.016 0.590 0.021 140 K 0.021 0.002 0.224 0.010 0.721 0.022 141 N 0.171 0.007 0.014 0.003 0.561 0.244 142 I 0.731 0.010 0.001 0.001 0.027 0.231 143 L 0.986 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 144 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 V 0.969 0.003 0.001 0.001 0.005 0.022 146 G 0.655 0.007 0.002 0.001 0.244 0.091 147 Q 0.095 0.005 0.004 0.001 0.687 0.208 148 G 0.012 0.004 0.010 0.001 0.844 0.128 149 F 0.025 0.034 0.019 0.005 0.788 0.129 150 Y 0.029 0.026 0.031 0.031 0.427 0.456 151 H 0.023 0.031 0.066 0.101 0.446 0.332 152 D 0.011 0.004 0.191 0.182 0.433 0.180 153 S 0.008 0.005 0.344 0.290 0.277 0.076 154 L 0.024 0.011 0.335 0.201 0.341 0.089 155 M 0.095 0.021 0.152 0.172 0.339 0.222 156 S 0.149 0.010 0.072 0.097 0.352 0.319 157 T 0.217 0.004 0.048 0.065 0.308 0.359 158 S 0.661 0.010 0.015 0.036 0.107 0.171 159 L 0.862 0.014 0.003 0.009 0.030 0.082 160 E 0.860 0.010 0.004 0.010 0.029 0.088 161 A 0.651 0.010 0.035 0.034 0.113 0.157 162 S 0.418 0.005 0.071 0.023 0.254 0.230 163 Q 0.388 0.008 0.112 0.031 0.276 0.186 164 V 0.410 0.018 0.059 0.031 0.229 0.252 165 H 0.526 0.023 0.042 0.031 0.147 0.231 166 F 0.612 0.029 0.035 0.026 0.106 0.191 167 T 0.519 0.027 0.044 0.031 0.171 0.208 168 R 0.446 0.017 0.043 0.020 0.243 0.231 169 E 0.301 0.020 0.041 0.023 0.286 0.329 170 M 0.169 0.038 0.024 0.015 0.319 0.435 171 P 0.079 0.020 0.035 0.013 0.505 0.348 172 E 0.034 0.008 0.198 0.032 0.547 0.180 173 E 0.052 0.008 0.184 0.029 0.555 0.172 174 F 0.113 0.014 0.141 0.022 0.486 0.224 175 T 0.227 0.013 0.031 0.009 0.243 0.477 176 L 0.594 0.014 0.015 0.006 0.116 0.255 177 E 0.838 0.004 0.004 0.002 0.043 0.110 178 C 0.954 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 179 T 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 180 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 181 K 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 182 F 0.977 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 183 R 0.962 0.002 0.001 0.002 0.012 0.021 184 Y 0.883 0.004 0.001 0.003 0.045 0.064 185 R 0.487 0.011 0.004 0.004 0.224 0.269 186 Q 0.150 0.011 0.006 0.001 0.632 0.201 187 P 0.044 0.004 0.021 0.001 0.753 0.177 188 D 0.052 0.006 0.035 0.001 0.674 0.232 189 S 0.359 0.023 0.014 0.001 0.404 0.199 190 K 0.565 0.005 0.002 0.001 0.083 0.346 191 V 0.926 0.003 0.001 0.001 0.013 0.057 192 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 193 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 194 H 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 195 V 0.926 0.003 0.001 0.001 0.050 0.021 196 K 0.573 0.007 0.002 0.001 0.372 0.046 197 G 0.086 0.005 0.008 0.001 0.879 0.023 198 E 0.126 0.006 0.005 0.001 0.834 0.029 199 K 0.424 0.007 0.002 0.001 0.364 0.202 200 T 0.902 0.004 0.001 0.001 0.038 0.055 201 E 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 202 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 203 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 204 F 0.923 0.001 0.001 0.001 0.019 0.056 205 A 0.587 0.005 0.002 0.002 0.149 0.255 206 E 0.210 0.008 0.008 0.003 0.412 0.358 207 P 0.145 0.013 0.037 0.014 0.498 0.292 208 Q 0.226 0.022 0.098 0.022 0.403 0.228 209 R 0.503 0.019 0.078 0.029 0.226 0.143 210 A 0.694 0.027 0.037 0.024 0.105 0.113 211 I 0.676 0.050 0.014 0.014 0.097 0.149 212 T 0.402 0.027 0.014 0.008 0.507 0.042 213 P 0.086 0.004 0.006 0.003 0.852 0.050 214 G 0.029 0.001 0.005 0.001 0.881 0.083 215 Q 0.630 0.024 0.001 0.001 0.282 0.063 216 A 0.932 0.003 0.001 0.001 0.014 0.050 217 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 218 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 219 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 220 Y 0.947 0.001 0.001 0.001 0.036 0.015 221 D 0.413 0.005 0.002 0.003 0.459 0.118 222 G 0.069 0.006 0.007 0.002 0.823 0.094 223 E 0.111 0.011 0.021 0.002 0.721 0.133 224 E 0.553 0.029 0.028 0.003 0.276 0.111 225 C 0.830 0.023 0.010 0.002 0.083 0.053 226 L 0.835 0.018 0.004 0.002 0.069 0.073 227 G 0.676 0.004 0.005 0.005 0.135 0.175 228 G 0.657 0.004 0.006 0.013 0.132 0.189 229 G 0.773 0.004 0.006 0.017 0.075 0.125 230 L 0.897 0.010 0.005 0.018 0.021 0.049 231 I 0.808 0.009 0.011 0.075 0.038 0.060 232 D 0.566 0.006 0.028 0.167 0.102 0.131 233 N 0.338 0.004 0.105 0.219 0.214 0.118 234 A 0.236 0.016 0.105 0.226 0.275 0.141 235 Y 0.199 0.016 0.095 0.207 0.341 0.142 236 R 0.157 0.014 0.062 0.157 0.364 0.246 237 D 0.092 0.007 0.055 0.187 0.349 0.311 238 G 0.146 0.007 0.048 0.115 0.372 0.311 239 Q 0.263 0.013 0.041 0.132 0.233 0.318 240 V 0.393 0.019 0.052 0.180 0.151 0.206 241 C 0.427 0.011 0.041 0.126 0.137 0.258 242 Q 0.329 0.013 0.038 0.114 0.131 0.377 243 Y 0.242 0.021 0.021 0.083 0.112 0.521 244 I 0.123 0.014 0.006 0.032 0.093 0.732