# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.8055 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.038 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.949 2 R 0.380 0.039 0.006 0.012 0.011 0.009 0.544 3 V 0.682 0.026 0.008 0.014 0.024 0.007 0.239 4 A 0.814 0.011 0.006 0.007 0.022 0.009 0.131 5 R 0.641 0.061 0.017 0.009 0.034 0.029 0.210 6 D 0.283 0.017 0.028 0.006 0.084 0.080 0.503 7 E 0.075 0.009 0.041 0.006 0.125 0.646 0.099 8 D 0.009 0.001 0.011 0.001 0.150 0.795 0.033 9 G 0.048 0.002 0.009 0.002 0.499 0.284 0.156 10 T 0.503 0.059 0.003 0.004 0.064 0.014 0.353 11 V 0.913 0.034 0.001 0.001 0.007 0.001 0.043 12 H 0.958 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 13 M 0.966 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.020 14 L 0.948 0.003 0.004 0.005 0.007 0.003 0.032 15 R 0.910 0.006 0.004 0.006 0.015 0.005 0.054 16 G 0.740 0.012 0.005 0.006 0.045 0.018 0.174 17 V 0.426 0.048 0.009 0.009 0.133 0.056 0.318 18 D 0.089 0.031 0.012 0.005 0.267 0.057 0.539 19 N 0.009 0.004 0.016 0.005 0.108 0.807 0.052 20 G 0.004 0.002 0.010 0.006 0.182 0.724 0.071 21 K 0.027 0.028 0.008 0.037 0.422 0.059 0.420 22 D 0.070 0.064 0.007 0.098 0.095 0.039 0.626 23 Q 0.180 0.021 0.028 0.442 0.060 0.039 0.230 24 T 0.301 0.017 0.034 0.499 0.029 0.016 0.104 25 Y 0.220 0.006 0.035 0.686 0.016 0.015 0.022 26 F 0.189 0.007 0.052 0.675 0.011 0.044 0.021 27 L 0.104 0.009 0.130 0.613 0.020 0.080 0.044 28 S 0.073 0.004 0.167 0.397 0.058 0.254 0.047 29 Q 0.067 0.012 0.102 0.217 0.155 0.306 0.142 30 L 0.051 0.050 0.008 0.069 0.367 0.029 0.426 31 S 0.015 0.019 0.006 0.034 0.085 0.013 0.829 32 Q 0.001 0.001 0.064 0.902 0.003 0.024 0.007 33 E 0.001 0.001 0.066 0.912 0.002 0.017 0.002 34 Q 0.001 0.001 0.058 0.929 0.001 0.008 0.004 35 L 0.001 0.001 0.033 0.951 0.002 0.009 0.004 36 Q 0.002 0.001 0.041 0.902 0.005 0.042 0.006 37 K 0.006 0.001 0.084 0.702 0.012 0.185 0.009 38 T 0.016 0.006 0.078 0.509 0.034 0.314 0.042 39 M 0.046 0.029 0.103 0.222 0.101 0.365 0.134 40 F 0.048 0.020 0.047 0.046 0.430 0.082 0.328 41 P 0.054 0.030 0.076 0.029 0.155 0.121 0.534 42 L 0.012 0.014 0.464 0.102 0.075 0.157 0.177 43 G 0.014 0.012 0.424 0.069 0.119 0.248 0.113 44 H 0.012 0.007 0.379 0.047 0.107 0.246 0.202 45 L 0.023 0.037 0.058 0.062 0.244 0.107 0.470 46 E 0.013 0.026 0.021 0.064 0.161 0.081 0.634 47 K 0.005 0.004 0.008 0.401 0.172 0.014 0.396 48 P 0.001 0.001 0.009 0.960 0.003 0.012 0.014 49 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.004 0.003 50 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.002 51 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.026 0.001 57 A 0.001 0.001 0.002 0.410 0.003 0.582 0.002 58 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.959 0.020 59 L 0.003 0.003 0.001 0.002 0.023 0.003 0.965 60 S 0.074 0.030 0.020 0.007 0.051 0.009 0.809 61 T 0.242 0.068 0.093 0.019 0.085 0.036 0.457 62 A 0.220 0.021 0.075 0.013 0.188 0.077 0.406 63 K 0.187 0.039 0.046 0.014 0.182 0.072 0.458 64 K 0.128 0.025 0.027 0.011 0.243 0.018 0.548 65 K 0.069 0.018 0.152 0.025 0.167 0.256 0.314 66 D 0.073 0.016 0.167 0.012 0.161 0.356 0.214 67 S 0.183 0.039 0.141 0.007 0.086 0.144 0.400 68 T 0.266 0.017 0.051 0.005 0.220 0.151 0.289 69 G 0.555 0.004 0.022 0.003 0.170 0.064 0.182 70 I 0.849 0.011 0.004 0.002 0.008 0.004 0.122 71 C 0.953 0.012 0.002 0.002 0.003 0.001 0.027 72 F 0.933 0.011 0.002 0.002 0.005 0.003 0.044 73 I 0.639 0.021 0.005 0.002 0.057 0.033 0.243 74 G 0.129 0.009 0.010 0.002 0.291 0.093 0.466 75 E 0.025 0.011 0.068 0.032 0.249 0.248 0.367 76 K 0.011 0.011 0.077 0.133 0.399 0.250 0.120 77 N 0.018 0.031 0.084 0.233 0.194 0.161 0.279 78 F 0.001 0.001 0.048 0.908 0.003 0.018 0.020 79 K 0.001 0.001 0.026 0.958 0.003 0.008 0.004 80 N 0.001 0.001 0.022 0.967 0.001 0.007 0.002 81 F 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.006 0.002 82 L 0.001 0.001 0.028 0.950 0.003 0.015 0.002 83 S 0.001 0.001 0.065 0.860 0.003 0.069 0.001 84 N 0.002 0.001 0.073 0.516 0.005 0.400 0.004 85 Y 0.009 0.030 0.113 0.273 0.078 0.401 0.096 86 L 0.011 0.014 0.006 0.006 0.570 0.041 0.352 87 P 0.042 0.033 0.006 0.001 0.177 0.051 0.691 88 A 0.032 0.123 0.007 0.001 0.199 0.027 0.611 89 Q 0.066 0.018 0.006 0.001 0.229 0.058 0.624 90 P 0.022 0.006 0.028 0.001 0.230 0.474 0.240 91 G 0.115 0.005 0.046 0.002 0.436 0.214 0.183 92 R 0.418 0.017 0.021 0.004 0.044 0.008 0.487 93 M 0.960 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 94 M 0.931 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 95 T 0.590 0.012 0.001 0.001 0.005 0.002 0.390 96 V 0.125 0.003 0.014 0.003 0.136 0.536 0.182 97 D 0.007 0.001 0.007 0.001 0.063 0.908 0.014 98 G 0.046 0.001 0.019 0.002 0.399 0.475 0.058 99 R 0.308 0.039 0.010 0.008 0.097 0.032 0.506 100 D 0.769 0.111 0.008 0.005 0.028 0.009 0.071 101 M 0.723 0.018 0.026 0.011 0.052 0.027 0.143 102 G 0.494 0.010 0.036 0.018 0.101 0.085 0.257 103 E 0.445 0.015 0.053 0.028 0.127 0.076 0.257 104 H 0.366 0.042 0.047 0.057 0.124 0.075 0.289 105 A 0.132 0.006 0.038 0.046 0.188 0.455 0.134 106 G 0.173 0.006 0.025 0.029 0.199 0.408 0.159 107 L 0.519 0.021 0.013 0.050 0.102 0.039 0.256 108 M 0.854 0.014 0.005 0.026 0.026 0.010 0.065 109 Y 0.882 0.007 0.006 0.031 0.019 0.012 0.044 110 Y 0.838 0.010 0.005 0.064 0.016 0.015 0.053 111 T 0.658 0.017 0.004 0.085 0.020 0.016 0.201 112 I 0.294 0.008 0.033 0.278 0.065 0.196 0.126 113 G 0.246 0.007 0.059 0.219 0.093 0.264 0.113 114 Q 0.280 0.025 0.089 0.246 0.083 0.092 0.186 115 R 0.222 0.044 0.101 0.202 0.109 0.165 0.157 116 G 0.077 0.015 0.105 0.130 0.082 0.473 0.118 117 G 0.065 0.012 0.103 0.068 0.117 0.334 0.301 118 L 0.099 0.026 0.086 0.064 0.164 0.204 0.358 119 G 0.163 0.047 0.067 0.034 0.131 0.209 0.348 120 I 0.159 0.050 0.092 0.038 0.138 0.112 0.411 121 G 0.155 0.051 0.070 0.027 0.164 0.167 0.367 122 G 0.081 0.032 0.100 0.024 0.184 0.182 0.398 123 Q 0.063 0.039 0.078 0.015 0.208 0.129 0.469 124 H 0.035 0.039 0.082 0.012 0.183 0.327 0.322 125 G 0.012 0.012 0.045 0.006 0.208 0.445 0.271 126 G 0.015 0.013 0.051 0.005 0.209 0.303 0.403 127 D 0.030 0.026 0.037 0.004 0.313 0.369 0.221 128 N 0.050 0.018 0.021 0.003 0.467 0.175 0.266 129 A 0.101 0.012 0.003 0.001 0.338 0.010 0.535 130 P 0.287 0.020 0.008 0.001 0.059 0.013 0.612 131 W 0.727 0.019 0.012 0.003 0.088 0.013 0.138 132 F 0.940 0.007 0.004 0.003 0.008 0.005 0.033 133 V 0.968 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 134 V 0.960 0.006 0.001 0.003 0.005 0.005 0.020 135 G 0.851 0.002 0.002 0.003 0.030 0.023 0.089 136 K 0.713 0.020 0.005 0.006 0.110 0.026 0.119 137 D 0.452 0.050 0.021 0.003 0.079 0.023 0.371 138 L 0.031 0.003 0.287 0.018 0.035 0.607 0.020 139 S 0.021 0.004 0.227 0.006 0.033 0.684 0.026 140 K 0.052 0.006 0.199 0.002 0.160 0.487 0.094 141 N 0.111 0.002 0.020 0.001 0.296 0.397 0.173 142 I 0.876 0.016 0.004 0.001 0.012 0.006 0.085 143 L 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 144 Y 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 V 0.947 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 146 G 0.499 0.006 0.003 0.002 0.084 0.052 0.353 147 Q 0.095 0.006 0.021 0.006 0.233 0.463 0.176 148 G 0.033 0.005 0.052 0.012 0.286 0.460 0.152 149 F 0.042 0.024 0.086 0.034 0.280 0.199 0.335 150 Y 0.055 0.083 0.066 0.050 0.208 0.141 0.398 151 H 0.029 0.014 0.179 0.108 0.106 0.137 0.428 152 D 0.013 0.004 0.315 0.221 0.064 0.264 0.120 153 S 0.015 0.006 0.374 0.256 0.050 0.218 0.081 154 L 0.053 0.014 0.215 0.294 0.070 0.239 0.115 155 M 0.110 0.021 0.089 0.216 0.086 0.238 0.241 156 S 0.162 0.016 0.092 0.160 0.169 0.167 0.234 157 T 0.263 0.007 0.058 0.099 0.213 0.171 0.190 158 S 0.559 0.018 0.033 0.060 0.078 0.092 0.160 159 L 0.735 0.018 0.004 0.021 0.034 0.009 0.179 160 E 0.829 0.011 0.003 0.017 0.014 0.007 0.120 161 A 0.720 0.015 0.028 0.048 0.015 0.027 0.147 162 S 0.523 0.006 0.047 0.046 0.114 0.092 0.172 163 Q 0.556 0.004 0.070 0.037 0.118 0.075 0.140 164 V 0.666 0.015 0.029 0.033 0.039 0.021 0.197 165 H 0.709 0.018 0.025 0.044 0.042 0.033 0.130 166 F 0.602 0.017 0.032 0.053 0.049 0.061 0.186 167 T 0.489 0.016 0.037 0.042 0.069 0.065 0.281 168 R 0.243 0.013 0.043 0.033 0.228 0.102 0.339 169 E 0.151 0.031 0.057 0.035 0.220 0.130 0.375 170 M 0.050 0.016 0.006 0.008 0.301 0.010 0.608 171 P 0.027 0.008 0.031 0.009 0.042 0.045 0.838 172 E 0.031 0.014 0.168 0.036 0.143 0.289 0.319 173 E 0.044 0.008 0.175 0.026 0.167 0.302 0.278 174 F 0.125 0.011 0.068 0.015 0.223 0.081 0.477 175 T 0.224 0.011 0.023 0.014 0.127 0.071 0.530 176 L 0.568 0.017 0.012 0.008 0.089 0.030 0.276 177 E 0.789 0.007 0.002 0.003 0.025 0.010 0.163 178 C 0.912 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.070 179 T 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 180 A 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 181 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 182 F 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 183 R 0.820 0.004 0.001 0.002 0.017 0.009 0.147 184 Y 0.609 0.008 0.002 0.003 0.077 0.051 0.249 185 R 0.252 0.015 0.006 0.003 0.284 0.077 0.363 186 Q 0.136 0.014 0.003 0.001 0.346 0.014 0.486 187 P 0.111 0.014 0.024 0.002 0.216 0.239 0.394 188 D 0.106 0.019 0.030 0.001 0.183 0.157 0.504 189 S 0.200 0.013 0.017 0.001 0.195 0.049 0.524 190 K 0.521 0.010 0.004 0.001 0.057 0.017 0.391 191 V 0.878 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.106 192 T 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 193 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 194 H 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 195 V 0.918 0.003 0.003 0.001 0.006 0.011 0.058 196 K 0.421 0.006 0.026 0.001 0.100 0.316 0.130 197 G 0.095 0.001 0.030 0.001 0.237 0.564 0.073 198 E 0.103 0.002 0.015 0.001 0.377 0.368 0.135 199 K 0.740 0.011 0.006 0.001 0.054 0.032 0.158 200 T 0.952 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 201 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 202 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 203 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 204 F 0.910 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.077 205 A 0.377 0.003 0.007 0.003 0.153 0.017 0.440 206 E 0.172 0.003 0.006 0.005 0.576 0.017 0.221 207 P 0.155 0.009 0.035 0.018 0.146 0.091 0.546 208 Q 0.296 0.036 0.084 0.032 0.143 0.069 0.338 209 R 0.574 0.019 0.028 0.032 0.095 0.071 0.181 210 A 0.614 0.014 0.017 0.015 0.072 0.069 0.199 211 I 0.392 0.165 0.007 0.036 0.109 0.074 0.218 212 T 0.098 0.011 0.001 0.001 0.111 0.005 0.774 213 P 0.004 0.001 0.006 0.001 0.074 0.900 0.015 214 G 0.016 0.001 0.005 0.001 0.038 0.932 0.008 215 Q 0.544 0.014 0.007 0.001 0.093 0.010 0.330 216 A 0.905 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.073 217 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 218 V 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 219 F 0.949 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 220 Y 0.758 0.009 0.003 0.002 0.014 0.024 0.190 221 D 0.095 0.001 0.007 0.001 0.143 0.704 0.048 222 G 0.026 0.001 0.008 0.001 0.140 0.805 0.020 223 E 0.241 0.014 0.017 0.001 0.311 0.117 0.298 224 E 0.744 0.014 0.009 0.001 0.094 0.025 0.114 225 C 0.926 0.011 0.002 0.001 0.009 0.003 0.049 226 L 0.924 0.005 0.001 0.001 0.014 0.003 0.053 227 G 0.904 0.002 0.001 0.001 0.020 0.006 0.066 228 G 0.827 0.002 0.003 0.001 0.028 0.011 0.128 229 G 0.908 0.002 0.003 0.003 0.026 0.014 0.043 230 L 0.951 0.006 0.003 0.005 0.005 0.008 0.021 231 I 0.944 0.009 0.003 0.006 0.004 0.006 0.028 232 D 0.782 0.006 0.013 0.015 0.034 0.039 0.112 233 N 0.461 0.003 0.045 0.031 0.169 0.126 0.165 234 A 0.440 0.018 0.052 0.053 0.125 0.108 0.205 235 Y 0.261 0.021 0.053 0.078 0.127 0.073 0.387 236 R 0.199 0.013 0.058 0.124 0.113 0.134 0.360 237 D 0.112 0.008 0.059 0.160 0.120 0.394 0.147 238 G 0.098 0.005 0.049 0.096 0.194 0.368 0.191 239 Q 0.277 0.017 0.031 0.106 0.118 0.088 0.363 240 V 0.457 0.025 0.023 0.157 0.057 0.041 0.240 241 C 0.442 0.017 0.039 0.135 0.061 0.031 0.276 242 Q 0.355 0.017 0.045 0.108 0.107 0.065 0.302 243 Y 0.244 0.017 0.025 0.087 0.073 0.054 0.500 244 I 0.067 0.006 0.006 0.022 0.029 0.010 0.860