# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.8055 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.563 0.241 0.111 0.055 0.022 0.007 0.001 2 R 0.391 0.269 0.176 0.106 0.045 0.012 0.001 3 V 0.255 0.210 0.203 0.201 0.102 0.027 0.002 4 A 0.301 0.274 0.197 0.143 0.069 0.016 0.001 5 R 0.404 0.321 0.182 0.071 0.020 0.004 0.001 6 D 0.630 0.227 0.089 0.041 0.011 0.002 0.001 7 E 0.825 0.125 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 8 D 0.863 0.105 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 9 G 0.591 0.267 0.106 0.031 0.005 0.001 0.001 10 T 0.327 0.350 0.193 0.098 0.028 0.004 0.001 11 V 0.059 0.096 0.186 0.305 0.267 0.080 0.006 12 H 0.061 0.117 0.229 0.301 0.217 0.069 0.006 13 M 0.055 0.054 0.069 0.145 0.251 0.332 0.093 14 L 0.057 0.084 0.124 0.243 0.269 0.187 0.037 15 R 0.042 0.131 0.187 0.203 0.190 0.183 0.064 16 G 0.046 0.066 0.101 0.218 0.289 0.219 0.060 17 V 0.073 0.174 0.222 0.225 0.169 0.113 0.025 18 D 0.117 0.135 0.146 0.194 0.189 0.166 0.053 19 N 0.257 0.232 0.207 0.156 0.091 0.045 0.012 20 G 0.399 0.293 0.156 0.087 0.040 0.018 0.006 21 K 0.123 0.164 0.189 0.215 0.163 0.112 0.034 22 D 0.039 0.071 0.101 0.178 0.261 0.293 0.058 23 Q 0.035 0.064 0.135 0.208 0.234 0.233 0.092 24 T 0.044 0.063 0.085 0.154 0.225 0.331 0.097 25 Y 0.041 0.053 0.089 0.165 0.250 0.286 0.115 26 F 0.069 0.065 0.068 0.121 0.178 0.350 0.149 27 L 0.092 0.071 0.075 0.130 0.198 0.311 0.124 28 S 0.139 0.170 0.174 0.200 0.173 0.128 0.016 29 Q 0.133 0.167 0.252 0.261 0.138 0.044 0.004 30 L 0.161 0.131 0.146 0.213 0.213 0.126 0.010 31 S 0.533 0.254 0.123 0.058 0.023 0.008 0.001 32 Q 0.478 0.313 0.131 0.058 0.017 0.003 0.001 33 E 0.462 0.301 0.151 0.064 0.019 0.003 0.001 34 Q 0.103 0.212 0.228 0.259 0.152 0.045 0.002 35 L 0.049 0.057 0.102 0.281 0.365 0.137 0.008 36 Q 0.261 0.430 0.215 0.076 0.016 0.003 0.001 37 K 0.245 0.284 0.252 0.162 0.047 0.009 0.001 38 T 0.161 0.079 0.087 0.174 0.266 0.212 0.021 39 M 0.108 0.144 0.186 0.241 0.204 0.099 0.017 40 F 0.163 0.139 0.149 0.191 0.181 0.143 0.035 41 P 0.156 0.214 0.223 0.196 0.129 0.071 0.011 42 L 0.164 0.140 0.152 0.193 0.185 0.135 0.032 43 G 0.260 0.224 0.162 0.150 0.110 0.074 0.019 44 H 0.381 0.281 0.168 0.106 0.047 0.014 0.003 45 L 0.242 0.187 0.187 0.202 0.129 0.045 0.007 46 E 0.254 0.458 0.189 0.070 0.021 0.006 0.001 47 K 0.063 0.171 0.244 0.299 0.172 0.045 0.005 48 P 0.414 0.374 0.138 0.053 0.016 0.004 0.001 49 E 0.049 0.312 0.374 0.211 0.047 0.007 0.001 50 V 0.003 0.006 0.022 0.182 0.492 0.281 0.014 51 R 0.022 0.197 0.423 0.281 0.070 0.007 0.001 52 R 0.287 0.589 0.104 0.018 0.002 0.001 0.001 53 L 0.028 0.079 0.245 0.430 0.190 0.027 0.001 54 A 0.038 0.051 0.141 0.344 0.355 0.070 0.002 55 E 0.544 0.362 0.082 0.012 0.001 0.001 0.001 56 E 0.639 0.282 0.063 0.014 0.002 0.001 0.001 57 A 0.267 0.247 0.254 0.162 0.059 0.011 0.001 58 G 0.367 0.373 0.170 0.068 0.018 0.003 0.001 59 L 0.182 0.125 0.181 0.249 0.208 0.052 0.004 60 S 0.353 0.324 0.186 0.097 0.032 0.007 0.001 61 T 0.407 0.285 0.148 0.100 0.044 0.014 0.001 62 A 0.271 0.158 0.191 0.224 0.131 0.023 0.002 63 K 0.525 0.314 0.112 0.037 0.009 0.002 0.001 64 K 0.201 0.214 0.208 0.220 0.115 0.038 0.004 65 K 0.198 0.221 0.194 0.184 0.139 0.058 0.007 66 D 0.290 0.325 0.200 0.117 0.045 0.017 0.004 67 S 0.087 0.139 0.187 0.243 0.183 0.123 0.038 68 T 0.023 0.066 0.111 0.174 0.239 0.290 0.097 69 G 0.027 0.061 0.132 0.241 0.256 0.209 0.075 70 I 0.014 0.031 0.047 0.081 0.177 0.442 0.209 71 C 0.008 0.035 0.077 0.167 0.308 0.325 0.080 72 F 0.004 0.009 0.026 0.099 0.314 0.467 0.081 73 I 0.014 0.055 0.132 0.282 0.352 0.153 0.012 74 G 0.049 0.213 0.293 0.287 0.130 0.027 0.001 75 E 0.143 0.389 0.299 0.133 0.032 0.005 0.001 76 K 0.495 0.338 0.121 0.038 0.008 0.001 0.001 77 N 0.201 0.406 0.253 0.112 0.025 0.003 0.001 78 F 0.015 0.034 0.102 0.318 0.403 0.124 0.003 79 K 0.103 0.343 0.352 0.156 0.039 0.006 0.001 80 N 0.192 0.518 0.223 0.056 0.009 0.001 0.001 81 F 0.007 0.022 0.085 0.312 0.422 0.148 0.004 82 L 0.012 0.037 0.125 0.328 0.370 0.123 0.004 83 S 0.163 0.448 0.277 0.093 0.017 0.002 0.001 84 N 0.149 0.377 0.303 0.136 0.031 0.004 0.001 85 Y 0.015 0.058 0.155 0.300 0.330 0.137 0.005 86 L 0.036 0.119 0.230 0.329 0.225 0.059 0.002 87 P 0.470 0.355 0.120 0.042 0.011 0.002 0.001 88 A 0.404 0.270 0.180 0.104 0.035 0.006 0.001 89 Q 0.484 0.304 0.136 0.058 0.015 0.003 0.001 90 P 0.546 0.297 0.104 0.040 0.011 0.002 0.001 91 G 0.249 0.228 0.230 0.173 0.095 0.022 0.001 92 R 0.189 0.317 0.255 0.156 0.064 0.018 0.002 93 M 0.040 0.057 0.114 0.270 0.344 0.161 0.014 94 M 0.061 0.190 0.291 0.280 0.137 0.037 0.003 95 T 0.152 0.308 0.265 0.176 0.077 0.020 0.002 96 V 0.239 0.267 0.241 0.170 0.069 0.013 0.001 97 D 0.615 0.248 0.091 0.035 0.010 0.002 0.001 98 G 0.482 0.249 0.155 0.082 0.027 0.005 0.001 99 R 0.429 0.344 0.154 0.055 0.015 0.003 0.001 100 D 0.229 0.308 0.213 0.160 0.072 0.016 0.001 101 M 0.071 0.130 0.204 0.298 0.211 0.079 0.007 102 G 0.088 0.214 0.274 0.254 0.127 0.040 0.003 103 E 0.107 0.357 0.334 0.149 0.042 0.010 0.001 104 H 0.016 0.020 0.052 0.204 0.415 0.268 0.025 105 A 0.099 0.299 0.302 0.185 0.084 0.026 0.004 106 G 0.069 0.124 0.177 0.235 0.201 0.163 0.031 107 L 0.026 0.059 0.105 0.187 0.268 0.277 0.079 108 M 0.026 0.055 0.100 0.166 0.227 0.275 0.152 109 Y 0.070 0.081 0.116 0.180 0.186 0.209 0.158 110 Y 0.037 0.041 0.048 0.076 0.132 0.341 0.324 111 T 0.042 0.043 0.060 0.102 0.146 0.277 0.330 112 I 0.042 0.054 0.065 0.103 0.139 0.299 0.297 113 G 0.041 0.060 0.074 0.127 0.191 0.276 0.231 114 Q 0.011 0.031 0.049 0.122 0.210 0.362 0.216 115 R 0.020 0.091 0.139 0.220 0.236 0.198 0.097 116 G 0.013 0.078 0.127 0.188 0.230 0.264 0.099 117 G 0.016 0.102 0.213 0.282 0.204 0.123 0.059 118 L 0.005 0.017 0.045 0.126 0.260 0.396 0.151 119 G 0.013 0.073 0.190 0.306 0.252 0.129 0.036 120 I 0.016 0.033 0.059 0.143 0.292 0.368 0.090 121 G 0.043 0.121 0.205 0.304 0.228 0.090 0.009 122 G 0.186 0.238 0.219 0.196 0.112 0.044 0.006 123 Q 0.249 0.279 0.209 0.163 0.073 0.025 0.002 124 H 0.370 0.306 0.190 0.098 0.030 0.006 0.001 125 G 0.466 0.285 0.142 0.075 0.025 0.006 0.001 126 G 0.586 0.244 0.101 0.048 0.017 0.003 0.001 127 D 0.503 0.275 0.136 0.062 0.019 0.003 0.001 128 N 0.306 0.276 0.207 0.137 0.057 0.015 0.002 129 A 0.083 0.236 0.285 0.229 0.120 0.041 0.006 130 P 0.009 0.044 0.123 0.262 0.320 0.210 0.032 131 W 0.002 0.013 0.053 0.158 0.333 0.373 0.069 132 F 0.001 0.004 0.015 0.055 0.190 0.542 0.194 133 V 0.001 0.005 0.013 0.048 0.179 0.537 0.217 134 V 0.001 0.003 0.011 0.055 0.234 0.530 0.166 135 G 0.017 0.087 0.189 0.290 0.247 0.145 0.025 136 K 0.033 0.178 0.270 0.285 0.167 0.061 0.006 137 D 0.224 0.403 0.222 0.103 0.036 0.011 0.001 138 L 0.057 0.106 0.206 0.315 0.254 0.059 0.002 139 S 0.518 0.306 0.119 0.042 0.012 0.003 0.001 140 K 0.318 0.421 0.186 0.061 0.011 0.002 0.001 141 N 0.023 0.098 0.219 0.323 0.243 0.089 0.004 142 I 0.009 0.052 0.178 0.328 0.308 0.116 0.009 143 L 0.004 0.009 0.022 0.060 0.214 0.535 0.156 144 Y 0.006 0.027 0.056 0.144 0.289 0.379 0.100 145 V 0.007 0.018 0.039 0.113 0.265 0.413 0.146 146 G 0.014 0.036 0.071 0.187 0.321 0.303 0.068 147 Q 0.115 0.259 0.248 0.201 0.110 0.055 0.012 148 G 0.140 0.219 0.223 0.220 0.134 0.055 0.009 149 F 0.205 0.240 0.228 0.186 0.101 0.035 0.004 150 Y 0.250 0.294 0.217 0.140 0.068 0.026 0.004 151 H 0.176 0.201 0.216 0.211 0.136 0.053 0.007 152 D 0.389 0.296 0.160 0.084 0.044 0.022 0.006 153 S 0.181 0.267 0.245 0.181 0.084 0.037 0.005 154 L 0.059 0.092 0.139 0.237 0.280 0.173 0.020 155 M 0.069 0.142 0.221 0.265 0.191 0.096 0.016 156 S 0.123 0.224 0.237 0.214 0.136 0.058 0.009 157 T 0.105 0.207 0.233 0.223 0.149 0.071 0.011 158 S 0.052 0.165 0.247 0.264 0.171 0.088 0.014 159 L 0.005 0.012 0.037 0.134 0.330 0.421 0.061 160 E 0.046 0.224 0.294 0.246 0.129 0.052 0.008 161 A 0.013 0.026 0.059 0.175 0.330 0.344 0.053 162 S 0.117 0.272 0.266 0.194 0.097 0.045 0.010 163 Q 0.083 0.224 0.278 0.229 0.120 0.056 0.010 164 V 0.024 0.047 0.100 0.219 0.333 0.244 0.033 165 H 0.041 0.111 0.194 0.254 0.248 0.134 0.018 166 F 0.039 0.053 0.100 0.207 0.308 0.264 0.029 167 T 0.052 0.072 0.118 0.222 0.315 0.202 0.018 168 R 0.117 0.210 0.270 0.243 0.123 0.033 0.003 169 E 0.282 0.362 0.202 0.103 0.039 0.011 0.001 170 M 0.194 0.299 0.264 0.171 0.061 0.012 0.001 171 P 0.550 0.264 0.105 0.056 0.021 0.004 0.001 172 E 0.685 0.216 0.070 0.022 0.006 0.001 0.001 173 E 0.741 0.182 0.054 0.018 0.005 0.001 0.001 174 F 0.351 0.324 0.202 0.097 0.022 0.003 0.001 175 T 0.329 0.393 0.187 0.072 0.016 0.002 0.001 176 L 0.058 0.146 0.264 0.327 0.176 0.028 0.001 177 E 0.085 0.340 0.350 0.172 0.045 0.007 0.001 178 C 0.015 0.030 0.080 0.242 0.382 0.234 0.018 179 T 0.019 0.121 0.294 0.313 0.183 0.063 0.007 180 A 0.012 0.026 0.051 0.157 0.310 0.386 0.059 181 K 0.021 0.107 0.246 0.324 0.192 0.094 0.016 182 F 0.036 0.077 0.103 0.174 0.240 0.307 0.064 183 R 0.046 0.150 0.228 0.275 0.187 0.098 0.015 184 Y 0.042 0.103 0.167 0.261 0.262 0.146 0.019 185 R 0.190 0.331 0.256 0.150 0.056 0.015 0.002 186 Q 0.314 0.335 0.203 0.100 0.039 0.008 0.001 187 P 0.574 0.289 0.096 0.032 0.008 0.001 0.001 188 D 0.435 0.353 0.141 0.056 0.013 0.002 0.001 189 S 0.088 0.282 0.318 0.214 0.083 0.014 0.001 190 K 0.070 0.362 0.353 0.181 0.031 0.003 0.001 191 V 0.005 0.020 0.063 0.194 0.421 0.282 0.015 192 T 0.004 0.080 0.333 0.410 0.152 0.020 0.001 193 V 0.004 0.009 0.023 0.125 0.418 0.398 0.023 194 H 0.009 0.158 0.371 0.338 0.107 0.017 0.001 195 V 0.030 0.175 0.298 0.333 0.142 0.020 0.001 196 K 0.303 0.427 0.212 0.050 0.007 0.001 0.001 197 G 0.695 0.230 0.060 0.014 0.002 0.001 0.001 198 E 0.564 0.303 0.106 0.024 0.003 0.001 0.001 199 K 0.291 0.430 0.205 0.063 0.010 0.001 0.001 200 T 0.023 0.072 0.192 0.358 0.287 0.067 0.002 201 E 0.038 0.236 0.363 0.258 0.087 0.016 0.001 202 V 0.007 0.015 0.036 0.131 0.356 0.413 0.043 203 I 0.019 0.119 0.234 0.323 0.206 0.089 0.010 204 F 0.016 0.066 0.144 0.262 0.299 0.187 0.026 205 A 0.171 0.314 0.264 0.158 0.065 0.022 0.005 206 E 0.144 0.298 0.269 0.182 0.079 0.024 0.004 207 P 0.105 0.160 0.220 0.244 0.180 0.081 0.010 208 Q 0.096 0.170 0.202 0.246 0.197 0.082 0.006 209 R 0.147 0.265 0.273 0.192 0.086 0.033 0.005 210 A 0.048 0.052 0.094 0.213 0.310 0.251 0.032 211 I 0.044 0.061 0.086 0.138 0.226 0.332 0.113 212 T 0.077 0.090 0.132 0.220 0.226 0.194 0.062 213 P 0.125 0.216 0.201 0.185 0.128 0.099 0.046 214 G 0.076 0.086 0.127 0.204 0.221 0.205 0.081 215 Q 0.030 0.058 0.071 0.104 0.166 0.336 0.236 216 A 0.010 0.025 0.047 0.100 0.219 0.377 0.222 217 V 0.004 0.012 0.033 0.090 0.202 0.414 0.246 218 V 0.004 0.009 0.014 0.040 0.145 0.499 0.290 219 F 0.004 0.021 0.058 0.155 0.276 0.400 0.087 220 Y 0.006 0.023 0.075 0.229 0.405 0.236 0.028 221 D 0.083 0.256 0.323 0.230 0.089 0.018 0.002 222 G 0.459 0.343 0.133 0.052 0.012 0.002 0.001 223 E 0.496 0.326 0.130 0.038 0.008 0.002 0.001 224 E 0.130 0.195 0.247 0.255 0.137 0.033 0.001 225 C 0.075 0.086 0.137 0.245 0.278 0.162 0.018 226 L 0.043 0.072 0.093 0.178 0.258 0.279 0.078 227 G 0.039 0.083 0.112 0.165 0.185 0.261 0.154 228 G 0.031 0.072 0.107 0.167 0.200 0.265 0.158 229 G 0.026 0.055 0.099 0.160 0.231 0.256 0.174 230 L 0.016 0.051 0.113 0.206 0.262 0.270 0.081 231 I 0.012 0.014 0.027 0.082 0.254 0.471 0.139 232 D 0.044 0.134 0.222 0.293 0.217 0.082 0.009 233 N 0.097 0.220 0.247 0.217 0.143 0.065 0.010 234 A 0.134 0.185 0.207 0.242 0.158 0.067 0.008 235 Y 0.226 0.214 0.206 0.209 0.111 0.032 0.002 236 R 0.511 0.282 0.127 0.057 0.018 0.004 0.001 237 D 0.616 0.221 0.096 0.046 0.016 0.004 0.001 238 G 0.592 0.219 0.104 0.055 0.022 0.007 0.001 239 Q 0.528 0.232 0.122 0.076 0.031 0.010 0.001 240 V 0.371 0.237 0.171 0.125 0.067 0.026 0.003 241 C 0.270 0.184 0.192 0.192 0.124 0.037 0.002 242 Q 0.429 0.308 0.157 0.073 0.026 0.008 0.001 243 Y 0.377 0.226 0.178 0.133 0.065 0.019 0.002 244 I 0.411 0.193 0.169 0.129 0.070 0.024 0.003