# TARGET T0315 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 700 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.045 0.037 0.034 0.256 0.464 2 L 0.234 0.051 0.011 0.021 0.114 0.570 3 I 0.254 0.104 0.018 0.035 0.173 0.417 4 D 0.185 0.081 0.017 0.027 0.490 0.200 5 T 0.141 0.008 0.016 0.048 0.580 0.207 6 H 0.099 0.010 0.030 0.047 0.693 0.121 7 V 0.209 0.039 0.037 0.066 0.515 0.135 8 H 0.228 0.069 0.047 0.102 0.319 0.236 9 L 0.070 0.031 0.043 0.078 0.360 0.417 10 N 0.028 0.013 0.023 0.036 0.349 0.550 11 D 0.019 0.012 0.145 0.122 0.412 0.290 12 E 0.019 0.014 0.220 0.176 0.421 0.151 13 Q 0.016 0.010 0.273 0.190 0.396 0.115 14 Y 0.012 0.008 0.139 0.222 0.406 0.213 15 D 0.004 0.004 0.116 0.400 0.362 0.114 16 D 0.002 0.002 0.119 0.473 0.299 0.106 17 D 0.002 0.005 0.071 0.472 0.249 0.201 18 L 0.001 0.002 0.026 0.824 0.083 0.064 19 S 0.001 0.001 0.008 0.897 0.049 0.045 20 E 0.001 0.001 0.008 0.956 0.021 0.015 21 V 0.001 0.001 0.005 0.969 0.014 0.011 22 I 0.001 0.001 0.004 0.976 0.013 0.007 23 T 0.001 0.001 0.002 0.984 0.010 0.004 24 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 25 A 0.001 0.001 0.007 0.979 0.011 0.002 26 R 0.001 0.001 0.020 0.958 0.017 0.005 27 E 0.001 0.001 0.028 0.906 0.046 0.019 28 A 0.002 0.001 0.020 0.728 0.097 0.153 29 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.080 0.908 30 V 0.122 0.002 0.001 0.002 0.100 0.773 31 D 0.763 0.005 0.001 0.001 0.046 0.184 32 R 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 33 M 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 34 F 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 35 V 0.915 0.003 0.003 0.002 0.030 0.047 36 V 0.657 0.004 0.007 0.002 0.123 0.207 37 G 0.319 0.013 0.018 0.004 0.338 0.308 38 F 0.175 0.083 0.013 0.002 0.351 0.377 39 N 0.081 0.017 0.009 0.007 0.397 0.488 40 K 0.002 0.001 0.458 0.203 0.313 0.023 41 S 0.001 0.001 0.414 0.311 0.254 0.020 42 T 0.001 0.001 0.306 0.496 0.177 0.018 43 I 0.003 0.001 0.023 0.814 0.077 0.082 44 E 0.007 0.001 0.006 0.923 0.029 0.033 45 R 0.017 0.004 0.010 0.922 0.027 0.020 46 A 0.029 0.001 0.006 0.930 0.019 0.015 47 M 0.010 0.001 0.005 0.966 0.011 0.008 48 K 0.003 0.001 0.005 0.978 0.008 0.005 49 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.008 0.005 50 I 0.001 0.001 0.022 0.960 0.012 0.006 51 D 0.001 0.001 0.022 0.938 0.025 0.013 52 E 0.001 0.002 0.017 0.809 0.073 0.099 53 Y 0.002 0.006 0.008 0.036 0.779 0.168 54 D 0.003 0.001 0.006 0.004 0.846 0.140 55 F 0.031 0.002 0.012 0.002 0.891 0.063 56 L 0.639 0.012 0.004 0.001 0.305 0.038 57 Y 0.946 0.007 0.001 0.001 0.016 0.030 58 G 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 59 I 0.943 0.002 0.001 0.001 0.013 0.041 60 I 0.848 0.004 0.001 0.001 0.027 0.120 61 G 0.659 0.008 0.001 0.001 0.084 0.246 62 W 0.413 0.041 0.002 0.003 0.117 0.425 63 H 0.136 0.015 0.007 0.005 0.252 0.585 64 P 0.086 0.021 0.074 0.025 0.417 0.378 65 V 0.044 0.011 0.093 0.037 0.472 0.342 66 D 0.025 0.020 0.088 0.038 0.588 0.242 67 A 0.015 0.018 0.099 0.086 0.565 0.217 68 I 0.007 0.005 0.111 0.132 0.551 0.194 69 D 0.008 0.008 0.136 0.176 0.502 0.171 70 F 0.007 0.009 0.076 0.188 0.420 0.299 71 T 0.007 0.005 0.026 0.263 0.274 0.425 72 E 0.003 0.001 0.023 0.763 0.115 0.094 73 E 0.003 0.003 0.017 0.850 0.071 0.055 74 H 0.002 0.001 0.020 0.909 0.034 0.033 75 L 0.002 0.001 0.011 0.959 0.013 0.015 76 E 0.001 0.001 0.010 0.969 0.010 0.010 77 W 0.001 0.001 0.009 0.981 0.004 0.004 78 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 79 E 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 80 S 0.001 0.001 0.011 0.966 0.017 0.006 81 L 0.001 0.001 0.020 0.924 0.039 0.017 82 A 0.002 0.002 0.030 0.888 0.053 0.025 83 Q 0.004 0.004 0.039 0.678 0.181 0.094 84 H 0.006 0.002 0.022 0.074 0.562 0.334 85 P 0.008 0.001 0.010 0.002 0.578 0.402 86 K 0.164 0.004 0.013 0.002 0.539 0.279 87 V 0.904 0.005 0.001 0.001 0.051 0.039 88 I 0.957 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 89 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 90 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 91 G 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 92 E 0.905 0.002 0.001 0.001 0.024 0.067 93 M 0.775 0.010 0.003 0.002 0.056 0.154 94 G 0.571 0.014 0.005 0.004 0.150 0.256 95 L 0.376 0.025 0.017 0.006 0.252 0.324 96 D 0.226 0.024 0.036 0.012 0.381 0.322 97 Y 0.181 0.042 0.072 0.040 0.402 0.264 98 H 0.100 0.030 0.050 0.036 0.486 0.297 99 W 0.027 0.011 0.064 0.039 0.648 0.211 100 D 0.011 0.003 0.037 0.034 0.647 0.268 101 K 0.009 0.009 0.083 0.091 0.630 0.178 102 S 0.013 0.013 0.026 0.103 0.463 0.382 103 P 0.008 0.011 0.020 0.181 0.308 0.472 104 A 0.001 0.001 0.008 0.963 0.016 0.013 105 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 106 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.004 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 108 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 117 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 118 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.002 119 K 0.001 0.001 0.017 0.956 0.020 0.007 120 R 0.001 0.001 0.019 0.912 0.044 0.024 121 L 0.001 0.001 0.008 0.714 0.091 0.185 122 K 0.001 0.001 0.001 0.007 0.048 0.944 123 L 0.016 0.005 0.001 0.003 0.092 0.885 124 P 0.102 0.002 0.002 0.004 0.076 0.815 125 I 0.898 0.010 0.004 0.007 0.019 0.063 126 I 0.972 0.002 0.001 0.003 0.004 0.018 127 I 0.943 0.002 0.002 0.008 0.010 0.036 128 H 0.741 0.008 0.008 0.021 0.059 0.163 129 N 0.218 0.022 0.016 0.055 0.220 0.469 130 R 0.019 0.003 0.119 0.224 0.409 0.226 131 E 0.007 0.005 0.114 0.179 0.574 0.121 132 A 0.005 0.008 0.145 0.328 0.442 0.072 133 T 0.006 0.003 0.022 0.487 0.248 0.235 134 Q 0.005 0.001 0.009 0.846 0.071 0.069 135 D 0.004 0.002 0.006 0.942 0.024 0.022 136 C 0.003 0.001 0.003 0.983 0.006 0.005 137 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 138 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 141 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 142 E 0.001 0.001 0.004 0.953 0.020 0.022 143 E 0.001 0.001 0.007 0.804 0.062 0.125 144 H 0.004 0.007 0.016 0.237 0.214 0.522 145 A 0.010 0.009 0.110 0.121 0.477 0.273 146 E 0.011 0.004 0.145 0.076 0.512 0.252 147 E 0.016 0.008 0.082 0.021 0.549 0.324 148 V 0.059 0.020 0.020 0.008 0.411 0.481 149 G 0.086 0.002 0.008 0.006 0.219 0.679 150 G 0.623 0.009 0.008 0.014 0.097 0.249 151 I 0.928 0.006 0.002 0.007 0.018 0.039 152 M 0.951 0.003 0.001 0.007 0.010 0.027 153 H 0.936 0.003 0.002 0.005 0.017 0.038 154 S 0.749 0.009 0.009 0.009 0.107 0.117 155 F 0.303 0.008 0.018 0.012 0.353 0.306 156 S 0.052 0.009 0.011 0.006 0.529 0.393 157 G 0.015 0.040 0.005 0.008 0.335 0.597 158 S 0.006 0.010 0.002 0.017 0.139 0.825 159 P 0.001 0.001 0.007 0.977 0.011 0.005 160 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.011 0.002 161 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 162 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 163 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 164 I 0.001 0.001 0.002 0.984 0.012 0.002 165 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.011 0.004 166 T 0.001 0.001 0.008 0.973 0.014 0.004 167 N 0.001 0.001 0.019 0.953 0.019 0.008 168 K 0.003 0.001 0.022 0.871 0.062 0.042 169 L 0.017 0.002 0.016 0.575 0.127 0.264 170 N 0.010 0.001 0.001 0.002 0.063 0.925 171 F 0.287 0.003 0.001 0.001 0.069 0.640 172 Y 0.899 0.006 0.001 0.001 0.016 0.078 173 I 0.958 0.005 0.001 0.001 0.007 0.029 174 S 0.938 0.001 0.001 0.001 0.012 0.047 175 L 0.809 0.008 0.003 0.001 0.043 0.136 176 G 0.599 0.004 0.006 0.003 0.137 0.251 177 G 0.466 0.006 0.009 0.003 0.165 0.350 178 P 0.613 0.030 0.010 0.005 0.160 0.181 179 V 0.577 0.029 0.019 0.007 0.211 0.158 180 T 0.502 0.020 0.013 0.008 0.231 0.226 181 F 0.139 0.020 0.016 0.021 0.627 0.176 182 K 0.014 0.006 0.025 0.086 0.648 0.221 183 N 0.006 0.004 0.034 0.135 0.643 0.178 184 A 0.003 0.001 0.052 0.749 0.169 0.026 185 K 0.008 0.001 0.016 0.900 0.047 0.028 186 Q 0.008 0.002 0.019 0.936 0.022 0.012 187 P 0.005 0.001 0.007 0.964 0.009 0.014 188 K 0.004 0.001 0.006 0.977 0.007 0.006 189 E 0.002 0.001 0.010 0.973 0.010 0.005 190 V 0.001 0.001 0.015 0.977 0.005 0.002 191 A 0.001 0.001 0.030 0.954 0.011 0.004 192 K 0.001 0.001 0.037 0.938 0.018 0.006 193 H 0.002 0.001 0.027 0.802 0.100 0.069 194 V 0.004 0.003 0.008 0.077 0.284 0.624 195 S 0.009 0.006 0.022 0.017 0.514 0.432 196 M 0.017 0.007 0.352 0.023 0.517 0.084 197 E 0.051 0.005 0.477 0.017 0.365 0.084 198 R 0.399 0.006 0.256 0.019 0.210 0.109 199 L 0.859 0.006 0.013 0.005 0.032 0.084 200 L 0.912 0.018 0.004 0.006 0.017 0.042 201 V 0.837 0.009 0.008 0.020 0.040 0.086 202 E 0.694 0.005 0.021 0.018 0.100 0.162 203 T 0.356 0.010 0.022 0.024 0.212 0.377 204 D 0.111 0.018 0.014 0.010 0.251 0.596 205 A 0.036 0.053 0.019 0.008 0.506 0.378 206 P 0.015 0.004 0.047 0.009 0.526 0.398 207 Y 0.039 0.012 0.112 0.022 0.555 0.259 208 L 0.096 0.043 0.048 0.016 0.500 0.296 209 S 0.087 0.017 0.018 0.015 0.332 0.531 210 P 0.138 0.051 0.014 0.012 0.249 0.537 211 H 0.125 0.067 0.018 0.015 0.330 0.445 212 P 0.096 0.025 0.026 0.015 0.335 0.503 213 Y 0.120 0.022 0.047 0.017 0.439 0.354 214 R 0.107 0.026 0.048 0.013 0.452 0.354 215 G 0.082 0.013 0.027 0.013 0.404 0.462 216 K 0.157 0.050 0.025 0.018 0.336 0.413 217 R 0.106 0.021 0.013 0.033 0.241 0.585 218 N 0.111 0.053 0.012 0.047 0.249 0.529 219 E 0.101 0.031 0.013 0.125 0.218 0.513 220 P 0.060 0.012 0.044 0.355 0.200 0.329 221 A 0.037 0.010 0.057 0.550 0.149 0.196 222 R 0.041 0.016 0.050 0.677 0.074 0.143 223 V 0.006 0.001 0.008 0.960 0.009 0.016 224 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 225 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 226 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 227 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 230 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 231 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.002 232 E 0.001 0.001 0.006 0.973 0.014 0.007 233 L 0.001 0.001 0.018 0.950 0.020 0.011 234 K 0.001 0.001 0.022 0.843 0.043 0.089 235 G 0.001 0.001 0.003 0.018 0.075 0.902 236 L 0.004 0.007 0.001 0.003 0.074 0.912 237 S 0.004 0.004 0.001 0.004 0.036 0.952 238 Y 0.001 0.001 0.020 0.943 0.023 0.014 239 E 0.001 0.001 0.019 0.967 0.011 0.003 240 E 0.001 0.001 0.030 0.960 0.008 0.001 241 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 242 C 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 243 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.003 244 Q 0.001 0.001 0.001 0.971 0.012 0.015 245 T 0.001 0.003 0.001 0.965 0.006 0.025 246 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 247 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 248 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 249 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 250 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 251 K 0.001 0.001 0.006 0.987 0.006 0.002 252 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.008 0.007 253 F 0.001 0.001 0.009 0.869 0.027 0.092 254 N 0.004 0.002 0.004 0.059 0.077 0.854 255 L 0.010 0.005 0.005 0.013 0.068 0.899 256 N 0.020 0.008 0.007 0.008 0.086 0.872 257 S 0.002 0.003 0.003 0.004 0.046 0.942