# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 199.191 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.014 0.199 0.038 0.042 0.105 0.026 0.469 2 L 0.027 0.008 0.565 0.064 0.073 0.059 0.008 0.195 3 I 0.005 0.009 0.605 0.090 0.111 0.047 0.003 0.129 4 D 0.004 0.017 0.519 0.073 0.126 0.068 0.004 0.190 5 T 0.011 0.010 0.661 0.047 0.091 0.092 0.005 0.084 6 H 0.046 0.016 0.204 0.052 0.100 0.284 0.011 0.285 7 V 0.043 0.015 0.494 0.052 0.069 0.080 0.013 0.233 8 H 0.027 0.039 0.223 0.105 0.094 0.125 0.011 0.376 9 L 0.081 0.025 0.288 0.072 0.171 0.072 0.013 0.277 10 N 0.042 0.020 0.066 0.049 0.133 0.270 0.009 0.412 11 D 0.054 0.012 0.027 0.015 0.050 0.053 0.007 0.782 12 E 0.034 0.010 0.010 0.004 0.010 0.582 0.006 0.344 13 Q 0.099 0.011 0.003 0.002 0.003 0.729 0.009 0.145 14 Y 0.291 0.277 0.014 0.004 0.009 0.185 0.009 0.211 15 D 0.059 0.289 0.019 0.005 0.015 0.124 0.010 0.480 16 D 0.072 0.092 0.009 0.003 0.007 0.133 0.010 0.674 17 D 0.176 0.142 0.005 0.002 0.005 0.313 0.015 0.342 18 L 0.208 0.328 0.011 0.002 0.010 0.082 0.013 0.346 19 S 0.021 0.303 0.008 0.001 0.004 0.244 0.005 0.413 20 E 0.028 0.284 0.001 0.001 0.001 0.384 0.003 0.297 21 V 0.018 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.057 22 I 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 23 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 24 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 26 R 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 27 E 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 28 A 0.024 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 29 G 0.805 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.133 0.016 30 V 0.030 0.035 0.879 0.011 0.007 0.008 0.008 0.023 31 D 0.011 0.072 0.312 0.116 0.132 0.065 0.012 0.279 32 R 0.013 0.019 0.502 0.048 0.062 0.041 0.009 0.306 33 M 0.005 0.008 0.838 0.044 0.034 0.018 0.003 0.050 34 F 0.002 0.002 0.927 0.025 0.018 0.006 0.001 0.020 35 V 0.003 0.004 0.668 0.079 0.098 0.015 0.002 0.131 36 V 0.002 0.002 0.646 0.073 0.112 0.026 0.002 0.137 37 G 0.007 0.004 0.313 0.054 0.099 0.075 0.004 0.445 38 F 0.026 0.004 0.338 0.045 0.081 0.116 0.005 0.385 39 N 0.019 0.007 0.054 0.026 0.041 0.185 0.004 0.663 40 K 0.020 0.007 0.020 0.006 0.028 0.038 0.003 0.879 41 S 0.015 0.006 0.004 0.002 0.005 0.572 0.003 0.395 42 T 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.830 0.003 0.116 43 I 0.076 0.729 0.003 0.001 0.002 0.027 0.002 0.160 44 E 0.003 0.779 0.003 0.001 0.002 0.031 0.001 0.181 45 R 0.014 0.737 0.001 0.001 0.001 0.056 0.003 0.188 46 A 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 47 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 L 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 50 I 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 51 D 0.030 0.928 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.025 52 E 0.133 0.744 0.009 0.001 0.001 0.006 0.045 0.061 53 Y 0.116 0.719 0.029 0.003 0.004 0.007 0.032 0.090 54 D 0.036 0.465 0.042 0.009 0.009 0.036 0.025 0.379 55 F 0.101 0.201 0.056 0.009 0.009 0.082 0.052 0.490 56 L 0.335 0.156 0.163 0.015 0.013 0.059 0.040 0.219 57 Y 0.039 0.167 0.433 0.054 0.042 0.063 0.020 0.182 58 G 0.021 0.110 0.294 0.046 0.062 0.066 0.015 0.386 59 I 0.029 0.063 0.469 0.064 0.066 0.067 0.011 0.231 60 I 0.042 0.086 0.216 0.120 0.092 0.061 0.010 0.373 61 G 0.053 0.033 0.338 0.062 0.126 0.059 0.025 0.304 62 W 0.055 0.031 0.300 0.069 0.088 0.049 0.024 0.384 63 H 0.053 0.012 0.146 0.146 0.141 0.091 0.008 0.403 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 V 0.007 0.005 0.110 0.071 0.189 0.203 0.003 0.411 66 D 0.165 0.014 0.021 0.013 0.016 0.146 0.009 0.616 67 A 0.297 0.101 0.051 0.023 0.087 0.059 0.006 0.376 68 I 0.142 0.076 0.027 0.013 0.034 0.246 0.006 0.455 69 D 0.245 0.089 0.014 0.010 0.012 0.118 0.026 0.486 70 F 0.321 0.185 0.020 0.006 0.010 0.071 0.020 0.370 71 T 0.152 0.159 0.022 0.006 0.016 0.198 0.027 0.420 72 E 0.036 0.096 0.012 0.003 0.009 0.059 0.006 0.778 73 E 0.022 0.121 0.004 0.002 0.004 0.295 0.004 0.549 74 H 0.058 0.300 0.003 0.001 0.003 0.354 0.006 0.275 75 L 0.012 0.910 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.066 76 E 0.004 0.868 0.002 0.001 0.001 0.026 0.002 0.096 77 W 0.012 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.056 78 I 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 79 E 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 80 S 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 81 L 0.016 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 82 A 0.051 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 83 Q 0.337 0.325 0.016 0.005 0.003 0.007 0.234 0.073 84 H 0.452 0.189 0.118 0.014 0.010 0.013 0.075 0.128 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 K 0.009 0.001 0.096 0.055 0.058 0.088 0.007 0.686 87 V 0.121 0.001 0.495 0.021 0.017 0.025 0.008 0.312 88 I 0.001 0.001 0.972 0.015 0.006 0.001 0.001 0.005 89 G 0.001 0.001 0.891 0.023 0.023 0.009 0.001 0.053 90 I 0.001 0.001 0.981 0.006 0.009 0.001 0.001 0.003 91 G 0.001 0.001 0.935 0.015 0.019 0.008 0.001 0.023 92 E 0.001 0.001 0.886 0.013 0.025 0.014 0.001 0.061 93 M 0.001 0.001 0.615 0.036 0.050 0.050 0.001 0.246 94 G 0.008 0.001 0.254 0.053 0.149 0.135 0.003 0.397 95 L 0.020 0.003 0.221 0.078 0.136 0.121 0.005 0.417 96 D 0.025 0.009 0.073 0.110 0.147 0.130 0.009 0.498 97 Y 0.091 0.009 0.050 0.046 0.095 0.129 0.009 0.570 98 H 0.098 0.038 0.043 0.093 0.115 0.326 0.012 0.275 99 W 0.110 0.035 0.036 0.038 0.054 0.125 0.018 0.584 100 D 0.071 0.097 0.032 0.045 0.058 0.126 0.017 0.554 101 K 0.090 0.022 0.019 0.012 0.022 0.068 0.026 0.741 102 S 0.050 0.011 0.005 0.007 0.011 0.537 0.005 0.375 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 A 0.003 0.009 0.001 0.002 0.006 0.134 0.001 0.844 105 D 0.029 0.024 0.001 0.001 0.001 0.157 0.002 0.785 106 V 0.048 0.569 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.322 107 Q 0.010 0.921 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.055 108 K 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 109 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 110 V 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 F 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 112 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 113 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 114 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 I 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 120 R 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 121 L 0.053 0.888 0.005 0.002 0.002 0.001 0.039 0.010 122 K 0.214 0.325 0.032 0.014 0.008 0.007 0.290 0.110 123 L 0.134 0.022 0.403 0.042 0.022 0.029 0.040 0.307 124 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 125 I 0.006 0.001 0.666 0.085 0.113 0.027 0.002 0.099 126 I 0.006 0.001 0.770 0.056 0.040 0.010 0.001 0.116 127 I 0.001 0.001 0.874 0.032 0.041 0.004 0.001 0.046 128 H 0.002 0.001 0.788 0.057 0.066 0.020 0.001 0.066 129 N 0.005 0.003 0.472 0.042 0.127 0.070 0.002 0.279 130 R 0.013 0.005 0.214 0.025 0.124 0.181 0.003 0.435 131 E 0.020 0.009 0.023 0.012 0.023 0.395 0.006 0.511 132 A 0.123 0.037 0.015 0.005 0.013 0.335 0.012 0.461 133 T 0.164 0.160 0.010 0.004 0.010 0.174 0.017 0.460 134 Q 0.074 0.312 0.010 0.003 0.005 0.074 0.010 0.512 135 D 0.038 0.406 0.003 0.001 0.002 0.125 0.006 0.419 136 C 0.036 0.768 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.150 137 I 0.002 0.963 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 138 D 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 139 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 140 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 141 L 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 142 E 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 143 E 0.036 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 144 H 0.133 0.739 0.009 0.003 0.003 0.004 0.040 0.069 145 A 0.060 0.396 0.072 0.010 0.015 0.025 0.026 0.396 146 E 0.062 0.250 0.028 0.012 0.018 0.086 0.030 0.514 147 E 0.182 0.163 0.036 0.009 0.009 0.110 0.057 0.434 148 V 0.191 0.105 0.103 0.028 0.019 0.074 0.040 0.440 149 G 0.077 0.027 0.365 0.099 0.055 0.062 0.033 0.281 150 G 0.030 0.006 0.452 0.069 0.091 0.064 0.009 0.279 151 I 0.008 0.002 0.674 0.114 0.116 0.018 0.003 0.065 152 M 0.003 0.002 0.619 0.110 0.139 0.014 0.001 0.113 153 H 0.001 0.001 0.782 0.066 0.094 0.011 0.001 0.044 154 S 0.002 0.001 0.701 0.065 0.074 0.018 0.001 0.138 155 F 0.006 0.004 0.343 0.099 0.182 0.108 0.003 0.255 156 S 0.013 0.003 0.109 0.024 0.065 0.166 0.006 0.616 157 G 0.055 0.007 0.055 0.014 0.025 0.169 0.018 0.657 158 S 0.105 0.003 0.007 0.004 0.007 0.451 0.005 0.416 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 E 0.002 0.008 0.001 0.001 0.005 0.458 0.001 0.524 161 I 0.089 0.092 0.001 0.001 0.002 0.555 0.003 0.258 162 A 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 163 D 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 164 I 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 165 V 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 166 T 0.008 0.972 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.009 167 N 0.018 0.934 0.004 0.004 0.005 0.003 0.009 0.023 168 K 0.074 0.813 0.008 0.007 0.005 0.008 0.039 0.046 169 L 0.111 0.670 0.053 0.018 0.009 0.012 0.076 0.051 170 N 0.361 0.108 0.083 0.052 0.022 0.026 0.182 0.166 171 F 0.040 0.009 0.700 0.038 0.032 0.025 0.011 0.145 172 Y 0.010 0.006 0.498 0.152 0.152 0.036 0.004 0.141 173 I 0.005 0.004 0.649 0.105 0.114 0.016 0.002 0.105 174 S 0.002 0.003 0.610 0.093 0.116 0.028 0.003 0.146 175 L 0.005 0.003 0.638 0.085 0.123 0.030 0.002 0.115 176 G 0.008 0.003 0.201 0.058 0.138 0.112 0.006 0.474 177 G 0.028 0.002 0.180 0.064 0.101 0.123 0.008 0.495 178 P 0.003 0.001 0.011 0.007 0.009 0.017 0.001 0.953 179 V 0.018 0.003 0.131 0.087 0.150 0.094 0.005 0.511 180 T 0.045 0.017 0.087 0.128 0.189 0.112 0.005 0.417 181 F 0.043 0.026 0.077 0.100 0.226 0.045 0.006 0.477 182 K 0.053 0.022 0.043 0.046 0.094 0.211 0.006 0.525 183 N 0.087 0.035 0.012 0.017 0.027 0.203 0.015 0.603 184 A 0.323 0.070 0.013 0.009 0.027 0.090 0.015 0.455 185 K 0.081 0.092 0.013 0.015 0.017 0.233 0.040 0.507 186 Q 0.193 0.062 0.009 0.010 0.013 0.204 0.016 0.493 187 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 188 K 0.007 0.052 0.009 0.014 0.045 0.075 0.002 0.798 189 E 0.038 0.236 0.013 0.013 0.019 0.111 0.006 0.563 190 V 0.064 0.687 0.005 0.006 0.019 0.027 0.004 0.189 191 A 0.030 0.885 0.004 0.005 0.012 0.007 0.002 0.055 192 K 0.020 0.921 0.003 0.005 0.005 0.004 0.006 0.036 193 H 0.154 0.611 0.013 0.009 0.007 0.006 0.075 0.125 194 V 0.231 0.540 0.036 0.029 0.023 0.009 0.034 0.098 195 S 0.005 0.027 0.012 0.008 0.012 0.020 0.005 0.911 196 M 0.032 0.042 0.029 0.025 0.067 0.077 0.012 0.717 197 E 0.097 0.044 0.045 0.015 0.015 0.216 0.026 0.542 198 R 0.343 0.029 0.041 0.013 0.013 0.304 0.029 0.228 199 L 0.178 0.129 0.368 0.092 0.059 0.035 0.014 0.124 200 L 0.010 0.030 0.473 0.132 0.167 0.035 0.006 0.147 201 V 0.007 0.021 0.341 0.181 0.242 0.027 0.003 0.178 202 E 0.009 0.029 0.338 0.166 0.291 0.035 0.004 0.128 203 T 0.012 0.027 0.175 0.163 0.240 0.065 0.010 0.309 204 D 0.020 0.014 0.136 0.051 0.105 0.067 0.020 0.588 205 A 0.088 0.006 0.035 0.033 0.055 0.328 0.010 0.445 206 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.986 207 Y 0.060 0.009 0.015 0.034 0.086 0.279 0.013 0.504 208 L 0.240 0.047 0.062 0.056 0.082 0.083 0.025 0.405 209 S 0.114 0.018 0.034 0.142 0.175 0.089 0.012 0.416 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 H 0.029 0.003 0.055 0.159 0.284 0.182 0.004 0.283 212 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 213 Y 0.017 0.008 0.037 0.094 0.257 0.122 0.003 0.462 214 R 0.142 0.009 0.031 0.038 0.039 0.107 0.006 0.627 215 G 0.118 0.018 0.034 0.038 0.052 0.079 0.013 0.649 216 K 0.225 0.015 0.049 0.049 0.059 0.151 0.008 0.444 217 R 0.018 0.009 0.023 0.021 0.028 0.062 0.005 0.833 218 N 0.064 0.037 0.040 0.064 0.124 0.117 0.030 0.526 219 E 0.157 0.021 0.055 0.058 0.064 0.155 0.013 0.475 220 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 221 A 0.017 0.020 0.036 0.062 0.115 0.203 0.006 0.541 222 R 0.169 0.051 0.018 0.018 0.023 0.145 0.008 0.568 223 V 0.095 0.162 0.026 0.040 0.071 0.085 0.005 0.515 224 T 0.019 0.240 0.013 0.021 0.031 0.052 0.001 0.623 225 L 0.016 0.507 0.008 0.018 0.024 0.083 0.003 0.342 226 V 0.009 0.888 0.002 0.005 0.007 0.019 0.002 0.067 227 A 0.003 0.969 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.017 228 E 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 229 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 230 I 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 231 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 232 E 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 233 L 0.060 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 234 K 0.074 0.854 0.010 0.004 0.002 0.002 0.032 0.022 235 G 0.466 0.143 0.025 0.008 0.005 0.008 0.167 0.177 236 L 0.274 0.082 0.371 0.018 0.013 0.043 0.030 0.169 237 S 0.013 0.026 0.023 0.007 0.010 0.188 0.006 0.728 238 Y 0.005 0.012 0.013 0.002 0.010 0.015 0.001 0.943 239 E 0.004 0.019 0.006 0.001 0.003 0.268 0.001 0.697 240 E 0.019 0.046 0.001 0.001 0.001 0.595 0.002 0.337 241 V 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.072 242 C 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 243 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 244 Q 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 245 T 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 246 T 0.007 0.965 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.018 247 K 0.011 0.931 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.039 248 N 0.041 0.830 0.005 0.002 0.002 0.023 0.019 0.079 249 A 0.020 0.920 0.009 0.002 0.002 0.004 0.005 0.037 250 E 0.009 0.848 0.010 0.005 0.006 0.029 0.007 0.085 251 K 0.081 0.719 0.011 0.006 0.009 0.054 0.024 0.095 252 L 0.083 0.839 0.013 0.005 0.008 0.006 0.008 0.036 253 F 0.049 0.758 0.037 0.035 0.021 0.008 0.024 0.067 254 N 0.140 0.184 0.087 0.030 0.036 0.029 0.076 0.418 255 L 0.232 0.105 0.204 0.050 0.076 0.041 0.035 0.257 256 N 0.024 0.030 0.046 0.023 0.039 0.171 0.011 0.656 257 S 0.029 0.016 0.022 0.011 0.024 0.082 0.008 0.809