# TARGET T0315 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 700 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.241 0.023 0.009 0.010 0.049 0.021 0.648 2 L 0.484 0.026 0.008 0.010 0.049 0.027 0.396 3 I 0.600 0.066 0.008 0.013 0.075 0.025 0.213 4 D 0.364 0.015 0.015 0.016 0.096 0.044 0.450 5 T 0.297 0.013 0.033 0.021 0.200 0.199 0.238 6 H 0.395 0.039 0.046 0.026 0.100 0.130 0.264 7 V 0.307 0.034 0.050 0.020 0.139 0.145 0.304 8 H 0.338 0.043 0.025 0.019 0.148 0.149 0.278 9 L 0.188 0.081 0.023 0.014 0.143 0.100 0.451 10 N 0.059 0.032 0.015 0.010 0.180 0.079 0.626 11 D 0.023 0.020 0.143 0.109 0.295 0.164 0.245 12 E 0.013 0.010 0.267 0.151 0.178 0.232 0.149 13 Q 0.007 0.006 0.337 0.112 0.134 0.196 0.207 14 Y 0.005 0.009 0.274 0.149 0.107 0.119 0.337 15 D 0.002 0.003 0.268 0.299 0.067 0.260 0.100 16 D 0.003 0.005 0.156 0.297 0.138 0.271 0.130 17 D 0.001 0.009 0.037 0.389 0.170 0.079 0.314 18 L 0.001 0.001 0.005 0.917 0.021 0.015 0.041 19 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.008 0.004 20 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 21 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 25 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.004 26 R 0.001 0.001 0.006 0.968 0.002 0.020 0.003 27 E 0.001 0.001 0.015 0.847 0.006 0.126 0.006 28 A 0.001 0.001 0.008 0.145 0.015 0.828 0.004 29 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.943 0.025 30 V 0.087 0.004 0.001 0.001 0.052 0.007 0.848 31 D 0.696 0.007 0.001 0.001 0.056 0.002 0.236 32 R 0.968 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 33 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 34 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 35 V 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.059 36 V 0.730 0.004 0.006 0.004 0.048 0.015 0.193 37 G 0.422 0.006 0.011 0.005 0.126 0.046 0.383 38 F 0.157 0.062 0.010 0.005 0.275 0.027 0.463 39 N 0.082 0.034 0.002 0.005 0.165 0.008 0.705 40 K 0.005 0.002 0.218 0.489 0.067 0.124 0.096 41 S 0.001 0.001 0.178 0.509 0.057 0.229 0.026 42 T 0.001 0.001 0.115 0.648 0.047 0.152 0.037 43 I 0.001 0.001 0.011 0.885 0.028 0.024 0.049 44 E 0.001 0.001 0.004 0.961 0.006 0.019 0.009 45 R 0.001 0.001 0.004 0.965 0.004 0.021 0.006 46 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.007 0.002 47 M 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.002 48 K 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.002 49 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.002 0.016 0.003 50 I 0.001 0.001 0.019 0.948 0.003 0.025 0.004 51 D 0.001 0.001 0.017 0.822 0.005 0.151 0.004 52 E 0.001 0.001 0.019 0.649 0.023 0.288 0.019 53 Y 0.005 0.006 0.023 0.044 0.233 0.052 0.637 54 D 0.002 0.001 0.044 0.011 0.107 0.773 0.062 55 F 0.011 0.001 0.053 0.004 0.115 0.788 0.029 56 L 0.409 0.022 0.024 0.007 0.050 0.031 0.457 57 Y 0.836 0.008 0.002 0.002 0.013 0.005 0.133 58 G 0.919 0.003 0.004 0.003 0.016 0.004 0.053 59 I 0.897 0.015 0.007 0.003 0.008 0.006 0.063 60 I 0.735 0.006 0.010 0.008 0.042 0.021 0.178 61 G 0.560 0.004 0.011 0.006 0.106 0.046 0.266 62 W 0.276 0.050 0.008 0.011 0.132 0.027 0.496 63 H 0.098 0.019 0.005 0.006 0.106 0.012 0.754 64 P 0.019 0.005 0.134 0.097 0.144 0.299 0.301 65 V 0.010 0.010 0.216 0.100 0.171 0.353 0.139 66 D 0.012 0.018 0.288 0.167 0.156 0.160 0.200 67 A 0.009 0.014 0.198 0.254 0.093 0.156 0.275 68 I 0.007 0.007 0.163 0.286 0.101 0.277 0.158 69 D 0.007 0.013 0.166 0.263 0.126 0.247 0.178 70 F 0.003 0.008 0.078 0.323 0.131 0.150 0.307 71 T 0.003 0.003 0.023 0.285 0.085 0.067 0.533 72 E 0.001 0.002 0.037 0.750 0.032 0.096 0.082 73 E 0.001 0.002 0.029 0.827 0.029 0.057 0.055 74 H 0.001 0.001 0.017 0.895 0.017 0.030 0.039 75 L 0.001 0.001 0.003 0.966 0.008 0.013 0.009 76 E 0.001 0.001 0.003 0.968 0.004 0.014 0.010 77 W 0.001 0.001 0.002 0.971 0.004 0.015 0.007 78 I 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.008 0.008 79 E 0.001 0.001 0.004 0.979 0.003 0.010 0.004 80 S 0.001 0.001 0.004 0.967 0.003 0.022 0.003 81 L 0.001 0.001 0.013 0.926 0.003 0.049 0.008 82 A 0.001 0.001 0.018 0.784 0.014 0.170 0.012 83 Q 0.003 0.002 0.035 0.439 0.036 0.450 0.035 84 H 0.007 0.003 0.018 0.054 0.301 0.127 0.488 85 P 0.011 0.003 0.010 0.010 0.358 0.288 0.321 86 K 0.093 0.002 0.010 0.003 0.423 0.222 0.247 87 V 0.822 0.016 0.001 0.001 0.012 0.003 0.146 88 I 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 89 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 90 I 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 91 G 0.895 0.003 0.001 0.001 0.020 0.004 0.076 92 E 0.722 0.007 0.006 0.004 0.056 0.016 0.190 93 M 0.380 0.025 0.020 0.011 0.162 0.078 0.324 94 G 0.219 0.017 0.037 0.019 0.231 0.143 0.334 95 L 0.179 0.085 0.048 0.029 0.188 0.070 0.401 96 D 0.134 0.038 0.065 0.032 0.157 0.111 0.463 97 Y 0.085 0.039 0.122 0.047 0.189 0.269 0.250 98 H 0.061 0.050 0.093 0.046 0.265 0.218 0.267 99 W 0.017 0.012 0.062 0.026 0.270 0.150 0.462 100 D 0.008 0.011 0.036 0.026 0.290 0.145 0.484 101 K 0.004 0.010 0.073 0.071 0.312 0.266 0.264 102 S 0.003 0.010 0.041 0.141 0.293 0.159 0.353 103 P 0.002 0.008 0.031 0.302 0.118 0.095 0.444 104 A 0.001 0.001 0.014 0.901 0.026 0.022 0.035 105 D 0.001 0.001 0.005 0.973 0.004 0.010 0.007 106 V 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.006 0.005 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 108 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 111 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 120 R 0.001 0.001 0.002 0.868 0.001 0.127 0.001 121 L 0.001 0.001 0.002 0.322 0.028 0.631 0.017 122 K 0.001 0.002 0.002 0.020 0.108 0.718 0.149 123 L 0.006 0.002 0.001 0.002 0.269 0.006 0.715 124 P 0.107 0.003 0.001 0.001 0.092 0.003 0.794 125 I 0.890 0.004 0.001 0.003 0.040 0.002 0.060 126 I 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 128 H 0.945 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.041 129 N 0.355 0.005 0.008 0.010 0.040 0.010 0.571 130 R 0.081 0.007 0.066 0.077 0.352 0.098 0.319 131 E 0.023 0.010 0.118 0.200 0.241 0.178 0.231 132 A 0.007 0.009 0.107 0.388 0.107 0.159 0.223 133 T 0.004 0.003 0.034 0.723 0.056 0.096 0.084 134 Q 0.002 0.001 0.016 0.893 0.025 0.048 0.017 135 D 0.001 0.001 0.007 0.954 0.007 0.022 0.008 136 C 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.008 0.004 137 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 138 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 139 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 140 L 0.001 0.001 0.004 0.972 0.002 0.017 0.003 141 L 0.001 0.001 0.013 0.923 0.003 0.055 0.004 142 E 0.002 0.001 0.016 0.830 0.018 0.120 0.013 143 E 0.003 0.002 0.037 0.647 0.049 0.196 0.066 144 H 0.008 0.015 0.046 0.249 0.108 0.315 0.259 145 A 0.011 0.009 0.121 0.098 0.133 0.180 0.448 146 E 0.015 0.004 0.153 0.061 0.204 0.346 0.217 147 E 0.022 0.009 0.107 0.033 0.290 0.324 0.214 148 V 0.070 0.011 0.018 0.008 0.221 0.051 0.622 149 G 0.217 0.002 0.004 0.002 0.238 0.039 0.497 150 G 0.799 0.009 0.004 0.002 0.069 0.009 0.108 151 I 0.953 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 152 M 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 153 H 0.968 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 154 S 0.838 0.004 0.003 0.001 0.019 0.006 0.129 155 F 0.705 0.010 0.005 0.002 0.064 0.027 0.188 156 S 0.359 0.026 0.008 0.003 0.201 0.061 0.342 157 G 0.069 0.024 0.004 0.003 0.491 0.033 0.375 158 S 0.021 0.014 0.005 0.049 0.370 0.018 0.523 159 P 0.001 0.001 0.015 0.974 0.004 0.005 0.002 160 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.004 0.001 161 I 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.004 0.001 162 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 164 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.016 0.004 166 T 0.003 0.001 0.004 0.964 0.004 0.016 0.007 167 N 0.003 0.001 0.017 0.930 0.005 0.035 0.009 168 K 0.005 0.001 0.032 0.818 0.018 0.111 0.015 169 L 0.001 0.001 0.013 0.145 0.023 0.814 0.004 170 N 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.964 0.009 171 F 0.136 0.009 0.002 0.007 0.059 0.020 0.766 172 Y 0.744 0.030 0.002 0.003 0.026 0.008 0.187 173 I 0.875 0.007 0.003 0.003 0.014 0.007 0.091 174 S 0.861 0.005 0.004 0.003 0.022 0.016 0.089 175 L 0.830 0.009 0.004 0.004 0.038 0.027 0.088 176 G 0.552 0.009 0.011 0.008 0.088 0.083 0.249 177 G 0.328 0.015 0.037 0.043 0.190 0.152 0.235 178 P 0.348 0.019 0.043 0.062 0.168 0.108 0.252 179 V 0.346 0.061 0.071 0.082 0.098 0.110 0.232 180 T 0.212 0.079 0.062 0.106 0.118 0.114 0.309 181 F 0.089 0.028 0.059 0.124 0.196 0.139 0.365 182 K 0.012 0.005 0.093 0.159 0.159 0.454 0.119 183 N 0.007 0.005 0.051 0.167 0.248 0.336 0.187 184 A 0.005 0.005 0.051 0.477 0.093 0.084 0.286 185 K 0.001 0.002 0.037 0.824 0.023 0.083 0.029 186 Q 0.001 0.001 0.034 0.865 0.014 0.064 0.020 187 P 0.001 0.001 0.014 0.943 0.011 0.019 0.011 188 K 0.002 0.001 0.005 0.970 0.006 0.008 0.008 189 E 0.002 0.001 0.007 0.967 0.003 0.015 0.006 190 V 0.001 0.001 0.009 0.962 0.003 0.022 0.004 191 A 0.002 0.001 0.032 0.916 0.004 0.038 0.007 192 K 0.002 0.001 0.042 0.765 0.012 0.173 0.006 193 H 0.004 0.001 0.039 0.602 0.035 0.292 0.026 194 V 0.020 0.013 0.012 0.167 0.346 0.062 0.380 195 S 0.032 0.012 0.035 0.073 0.113 0.110 0.625 196 M 0.009 0.005 0.444 0.123 0.054 0.329 0.035 197 E 0.015 0.001 0.434 0.082 0.072 0.355 0.040 198 R 0.162 0.006 0.306 0.134 0.066 0.157 0.170 199 L 0.687 0.014 0.019 0.055 0.048 0.048 0.128 200 L 0.847 0.015 0.007 0.028 0.011 0.022 0.070 201 V 0.858 0.019 0.005 0.023 0.013 0.011 0.071 202 E 0.637 0.014 0.007 0.023 0.056 0.029 0.234 203 T 0.251 0.008 0.005 0.008 0.181 0.048 0.499 204 D 0.060 0.016 0.021 0.013 0.373 0.084 0.433 205 A 0.031 0.015 0.047 0.014 0.254 0.077 0.562 206 P 0.025 0.008 0.159 0.025 0.185 0.261 0.337 207 Y 0.031 0.016 0.164 0.023 0.207 0.253 0.308 208 L 0.036 0.025 0.087 0.028 0.331 0.118 0.375 209 S 0.048 0.030 0.027 0.031 0.198 0.058 0.609 210 P 0.052 0.025 0.011 0.012 0.142 0.038 0.721 211 H 0.090 0.051 0.014 0.017 0.092 0.031 0.705 212 P 0.106 0.061 0.021 0.023 0.079 0.056 0.653 213 Y 0.067 0.023 0.042 0.021 0.105 0.123 0.619 214 R 0.044 0.014 0.062 0.023 0.173 0.447 0.237 215 G 0.024 0.013 0.056 0.017 0.231 0.342 0.317 216 K 0.025 0.018 0.030 0.015 0.296 0.086 0.529 217 R 0.046 0.032 0.021 0.027 0.284 0.106 0.484 218 N 0.042 0.022 0.023 0.032 0.311 0.091 0.478 219 E 0.024 0.014 0.031 0.043 0.169 0.047 0.673 220 P 0.014 0.008 0.141 0.222 0.108 0.129 0.377 221 A 0.013 0.009 0.164 0.273 0.107 0.195 0.239 222 R 0.011 0.023 0.074 0.463 0.077 0.093 0.259 223 V 0.003 0.003 0.009 0.846 0.028 0.013 0.098 224 T 0.001 0.001 0.002 0.976 0.006 0.003 0.011 225 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 226 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 227 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 230 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 231 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 232 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.014 0.001 233 L 0.001 0.001 0.002 0.920 0.002 0.075 0.001 234 K 0.001 0.001 0.004 0.515 0.021 0.452 0.008 235 G 0.001 0.001 0.004 0.036 0.074 0.760 0.125 236 L 0.001 0.010 0.001 0.004 0.237 0.008 0.738 237 S 0.002 0.010 0.001 0.003 0.046 0.001 0.937 238 Y 0.001 0.001 0.022 0.952 0.009 0.013 0.004 239 E 0.001 0.001 0.011 0.975 0.003 0.010 0.002 240 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.004 0.002 241 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 242 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 243 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 245 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 246 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 247 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 248 N 0.001 0.001 0.001 0.956 0.002 0.037 0.003 249 A 0.001 0.001 0.003 0.949 0.006 0.025 0.016 250 E 0.001 0.001 0.033 0.916 0.006 0.036 0.007 251 K 0.001 0.001 0.048 0.880 0.009 0.057 0.005 252 L 0.002 0.005 0.064 0.812 0.015 0.086 0.017 253 F 0.008 0.011 0.027 0.555 0.050 0.305 0.044 254 N 0.014 0.007 0.017 0.150 0.143 0.430 0.239 255 L 0.012 0.016 0.007 0.052 0.343 0.108 0.462 256 N 0.007 0.011 0.003 0.011 0.014 0.058 0.896 257 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996