# TARGET T0315 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 891 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.001 0.001 0.005 0.054 0.915 2 L 0.607 0.017 0.003 0.013 0.043 0.316 3 I 0.666 0.026 0.006 0.012 0.051 0.240 4 D 0.514 0.019 0.017 0.013 0.146 0.292 5 T 0.447 0.005 0.024 0.024 0.204 0.297 6 H 0.396 0.010 0.047 0.031 0.243 0.274 7 V 0.470 0.026 0.049 0.028 0.184 0.244 8 H 0.346 0.044 0.043 0.024 0.213 0.330 9 L 0.133 0.038 0.018 0.031 0.175 0.605 10 N 0.050 0.033 0.008 0.019 0.228 0.662 11 D 0.010 0.012 0.145 0.107 0.504 0.221 12 E 0.001 0.001 0.523 0.215 0.231 0.029 13 Q 0.001 0.001 0.581 0.192 0.205 0.019 14 Y 0.003 0.005 0.372 0.301 0.253 0.068 15 D 0.005 0.010 0.144 0.263 0.313 0.265 16 D 0.004 0.009 0.159 0.207 0.375 0.246 17 D 0.010 0.011 0.049 0.101 0.331 0.499 18 L 0.001 0.001 0.029 0.936 0.025 0.009 19 S 0.001 0.001 0.009 0.974 0.012 0.005 20 E 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.002 21 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 22 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 23 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 24 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 25 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 26 R 0.001 0.001 0.009 0.985 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.009 0.986 0.004 0.001 28 A 0.001 0.001 0.014 0.960 0.005 0.021 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 30 V 0.054 0.005 0.003 0.001 0.101 0.836 31 D 0.346 0.003 0.003 0.001 0.118 0.530 32 R 0.957 0.003 0.001 0.001 0.009 0.030 33 M 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 34 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 35 V 0.950 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 36 V 0.744 0.004 0.002 0.001 0.057 0.192 37 G 0.294 0.012 0.003 0.002 0.231 0.457 38 F 0.114 0.039 0.003 0.002 0.198 0.644 39 N 0.031 0.012 0.002 0.003 0.225 0.728 40 K 0.003 0.003 0.141 0.546 0.221 0.086 41 S 0.002 0.001 0.135 0.701 0.130 0.032 42 T 0.001 0.001 0.080 0.840 0.065 0.012 43 I 0.001 0.001 0.009 0.973 0.011 0.007 44 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 45 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 46 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 47 M 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 48 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 49 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 50 I 0.001 0.001 0.015 0.962 0.016 0.006 51 D 0.001 0.001 0.025 0.926 0.039 0.009 52 E 0.004 0.002 0.028 0.838 0.073 0.055 53 Y 0.010 0.006 0.049 0.244 0.567 0.123 54 D 0.008 0.001 0.044 0.015 0.823 0.109 55 F 0.026 0.001 0.053 0.011 0.808 0.102 56 L 0.780 0.037 0.008 0.005 0.137 0.033 57 Y 0.945 0.007 0.001 0.002 0.011 0.034 58 G 0.975 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 59 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 60 I 0.891 0.003 0.003 0.003 0.033 0.066 61 G 0.656 0.007 0.005 0.004 0.099 0.229 62 W 0.399 0.025 0.009 0.013 0.152 0.402 63 H 0.179 0.021 0.011 0.016 0.295 0.477 64 P 0.057 0.008 0.125 0.127 0.397 0.286 65 V 0.044 0.009 0.304 0.198 0.278 0.168 66 D 0.039 0.020 0.320 0.271 0.257 0.094 67 A 0.016 0.009 0.444 0.266 0.197 0.069 68 I 0.022 0.007 0.285 0.308 0.270 0.107 69 D 0.023 0.009 0.281 0.245 0.317 0.125 70 F 0.022 0.014 0.084 0.242 0.352 0.286 71 T 0.011 0.006 0.017 0.327 0.201 0.438 72 E 0.001 0.001 0.024 0.920 0.034 0.020 73 E 0.001 0.001 0.023 0.932 0.030 0.013 74 H 0.001 0.001 0.016 0.968 0.010 0.005 75 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 76 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 77 W 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 78 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 79 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 80 S 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 81 L 0.001 0.001 0.009 0.961 0.018 0.011 82 A 0.001 0.002 0.018 0.872 0.076 0.032 83 Q 0.002 0.003 0.025 0.667 0.181 0.122 84 H 0.004 0.002 0.017 0.040 0.590 0.348 85 P 0.004 0.001 0.035 0.012 0.655 0.293 86 K 0.074 0.004 0.043 0.004 0.577 0.298 87 V 0.658 0.016 0.017 0.006 0.165 0.138 88 I 0.915 0.008 0.002 0.004 0.022 0.049 89 G 0.957 0.003 0.001 0.003 0.012 0.025 90 I 0.924 0.003 0.001 0.007 0.018 0.047 91 G 0.779 0.002 0.003 0.009 0.075 0.132 92 E 0.628 0.007 0.012 0.018 0.142 0.193 93 M 0.473 0.025 0.022 0.038 0.184 0.259 94 G 0.296 0.030 0.036 0.063 0.263 0.312 95 L 0.193 0.021 0.059 0.092 0.285 0.350 96 D 0.145 0.021 0.092 0.091 0.339 0.313 97 Y 0.113 0.024 0.112 0.160 0.340 0.250 98 H 0.084 0.030 0.069 0.098 0.438 0.282 99 W 0.065 0.025 0.064 0.103 0.435 0.308 100 D 0.040 0.018 0.034 0.066 0.486 0.356 101 K 0.019 0.016 0.044 0.108 0.445 0.368 102 S 0.011 0.009 0.009 0.037 0.312 0.622 103 P 0.006 0.005 0.019 0.326 0.239 0.406 104 A 0.003 0.002 0.007 0.722 0.071 0.195 105 D 0.001 0.001 0.003 0.974 0.011 0.011 106 V 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 107 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 108 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 109 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 110 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 111 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 112 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 117 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 118 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 119 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 120 R 0.001 0.001 0.006 0.981 0.008 0.004 121 L 0.001 0.001 0.010 0.908 0.016 0.066 122 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.985 123 L 0.013 0.002 0.001 0.001 0.070 0.914 124 P 0.131 0.001 0.001 0.001 0.089 0.777 125 I 0.906 0.006 0.001 0.001 0.013 0.074 126 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 127 I 0.969 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 128 H 0.774 0.004 0.002 0.007 0.047 0.166 129 N 0.254 0.005 0.006 0.004 0.190 0.541 130 R 0.128 0.007 0.034 0.041 0.246 0.545 131 E 0.054 0.039 0.060 0.084 0.308 0.455 132 A 0.025 0.016 0.109 0.302 0.292 0.256 133 T 0.008 0.003 0.040 0.565 0.161 0.223 134 Q 0.002 0.001 0.032 0.875 0.056 0.034 135 D 0.002 0.001 0.027 0.903 0.047 0.021 136 C 0.001 0.001 0.018 0.960 0.015 0.005 137 I 0.001 0.001 0.009 0.979 0.008 0.003 138 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 139 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 140 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 141 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 142 E 0.001 0.001 0.005 0.970 0.016 0.008 143 E 0.002 0.001 0.009 0.898 0.042 0.049 144 H 0.010 0.004 0.040 0.262 0.212 0.472 145 A 0.022 0.011 0.217 0.130 0.350 0.270 146 E 0.041 0.005 0.342 0.079 0.350 0.182 147 E 0.075 0.010 0.217 0.111 0.349 0.239 148 V 0.190 0.019 0.032 0.055 0.331 0.373 149 G 0.234 0.003 0.004 0.007 0.176 0.575 150 G 0.705 0.005 0.001 0.002 0.052 0.234 151 I 0.917 0.018 0.001 0.002 0.015 0.048 152 M 0.863 0.014 0.001 0.004 0.033 0.084 153 H 0.667 0.018 0.005 0.009 0.106 0.194 154 S 0.306 0.012 0.013 0.010 0.324 0.334 155 F 0.158 0.011 0.020 0.010 0.428 0.374 156 S 0.070 0.025 0.014 0.011 0.424 0.456 157 G 0.029 0.032 0.005 0.021 0.303 0.611 158 S 0.009 0.009 0.001 0.087 0.112 0.782 159 P 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 160 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 161 I 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 162 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 163 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 164 I 0.003 0.001 0.006 0.977 0.011 0.004 165 V 0.003 0.001 0.005 0.977 0.011 0.004 166 T 0.006 0.001 0.009 0.963 0.017 0.003 167 N 0.005 0.001 0.025 0.931 0.028 0.010 168 K 0.004 0.001 0.030 0.775 0.087 0.103 169 L 0.013 0.005 0.049 0.362 0.211 0.359 170 N 0.016 0.001 0.001 0.002 0.137 0.845 171 F 0.467 0.003 0.001 0.001 0.090 0.438 172 Y 0.970 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 173 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 174 S 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 175 L 0.885 0.003 0.001 0.001 0.022 0.089 176 G 0.511 0.003 0.002 0.001 0.126 0.356 177 G 0.351 0.009 0.008 0.001 0.196 0.435 178 P 0.338 0.032 0.018 0.005 0.206 0.402 179 V 0.384 0.057 0.032 0.013 0.203 0.311 180 T 0.240 0.038 0.025 0.017 0.322 0.358 181 F 0.121 0.017 0.039 0.041 0.421 0.359 182 K 0.090 0.026 0.058 0.060 0.449 0.316 183 N 0.048 0.024 0.036 0.053 0.509 0.330 184 A 0.022 0.013 0.061 0.263 0.390 0.252 185 K 0.019 0.022 0.031 0.282 0.309 0.336 186 Q 0.014 0.020 0.020 0.380 0.233 0.334 187 P 0.001 0.001 0.025 0.940 0.020 0.014 188 K 0.001 0.001 0.031 0.937 0.023 0.007 189 E 0.002 0.001 0.045 0.913 0.033 0.006 190 V 0.002 0.001 0.033 0.921 0.030 0.013 191 A 0.005 0.003 0.057 0.878 0.048 0.010 192 K 0.009 0.001 0.050 0.806 0.100 0.035 193 H 0.008 0.003 0.036 0.652 0.116 0.186 194 V 0.014 0.017 0.009 0.125 0.189 0.645 195 S 0.021 0.018 0.014 0.037 0.323 0.588 196 M 0.006 0.001 0.389 0.148 0.355 0.101 197 E 0.013 0.001 0.467 0.094 0.360 0.065 198 R 0.167 0.007 0.412 0.133 0.224 0.057 199 L 0.579 0.021 0.026 0.124 0.085 0.165 200 L 0.778 0.010 0.014 0.097 0.034 0.068 201 V 0.832 0.004 0.010 0.047 0.036 0.070 202 E 0.805 0.009 0.009 0.040 0.041 0.096 203 T 0.560 0.029 0.015 0.044 0.112 0.241 204 D 0.143 0.039 0.017 0.022 0.341 0.439 205 A 0.027 0.009 0.089 0.021 0.634 0.221 206 P 0.015 0.006 0.188 0.023 0.662 0.107 207 Y 0.013 0.010 0.171 0.028 0.676 0.102 208 L 0.025 0.034 0.062 0.023 0.579 0.277 209 S 0.035 0.045 0.017 0.019 0.404 0.478 210 P 0.031 0.034 0.044 0.031 0.383 0.477 211 H 0.040 0.019 0.042 0.016 0.359 0.525 212 P 0.065 0.038 0.090 0.023 0.442 0.342 213 Y 0.059 0.039 0.137 0.040 0.460 0.266 214 R 0.065 0.034 0.086 0.055 0.486 0.274 215 G 0.047 0.017 0.039 0.032 0.565 0.299 216 K 0.064 0.018 0.035 0.039 0.589 0.255 217 R 0.057 0.038 0.037 0.087 0.428 0.352 218 N 0.032 0.031 0.035 0.093 0.458 0.351 219 E 0.032 0.012 0.045 0.106 0.382 0.423 220 P 0.040 0.010 0.092 0.236 0.219 0.403 221 A 0.037 0.013 0.103 0.514 0.135 0.198 222 R 0.046 0.009 0.065 0.663 0.069 0.147 223 V 0.011 0.001 0.009 0.945 0.012 0.022 224 T 0.007 0.001 0.006 0.963 0.009 0.015 225 L 0.007 0.001 0.006 0.968 0.008 0.009 226 V 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 227 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 228 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 230 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 231 A 0.001 0.001 0.007 0.987 0.005 0.001 232 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.003 233 L 0.001 0.001 0.010 0.931 0.054 0.003 234 K 0.001 0.001 0.010 0.757 0.198 0.034 235 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.333 0.661 236 L 0.017 0.089 0.001 0.001 0.391 0.499 237 S 0.007 0.007 0.001 0.001 0.013 0.972 238 Y 0.001 0.001 0.046 0.925 0.013 0.015 239 E 0.001 0.001 0.029 0.960 0.007 0.003 240 E 0.001 0.001 0.016 0.979 0.004 0.001 241 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 242 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 243 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.004 245 T 0.001 0.001 0.010 0.972 0.013 0.003 246 T 0.002 0.001 0.008 0.966 0.020 0.005 247 K 0.001 0.001 0.004 0.971 0.010 0.014 248 N 0.001 0.001 0.010 0.936 0.020 0.033 249 A 0.001 0.001 0.019 0.970 0.007 0.003 250 E 0.001 0.001 0.039 0.951 0.009 0.001 251 K 0.001 0.001 0.028 0.956 0.012 0.004 252 L 0.001 0.001 0.013 0.964 0.013 0.010 253 F 0.001 0.001 0.021 0.865 0.059 0.052 254 N 0.002 0.001 0.011 0.146 0.248 0.592 255 L 0.007 0.008 0.012 0.044 0.230 0.698 256 N 0.006 0.007 0.003 0.023 0.106 0.855 257 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982