# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 891 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.007 0.170 0.062 0.149 0.150 0.111 0.345 2 L 0.008 0.010 0.210 0.083 0.112 0.129 0.132 0.315 3 I 0.038 0.015 0.326 0.077 0.076 0.117 0.095 0.256 4 D 0.048 0.025 0.227 0.041 0.063 0.111 0.223 0.262 5 T 0.023 0.015 0.335 0.031 0.072 0.133 0.133 0.259 6 H 0.020 0.008 0.319 0.033 0.073 0.100 0.144 0.302 7 V 0.021 0.014 0.354 0.059 0.088 0.107 0.088 0.270 8 H 0.048 0.026 0.272 0.044 0.089 0.150 0.062 0.309 9 L 0.020 0.016 0.148 0.044 0.059 0.176 0.061 0.476 10 N 0.104 0.096 0.043 0.014 0.021 0.132 0.098 0.491 11 D 0.410 0.177 0.019 0.005 0.007 0.063 0.129 0.189 12 E 0.109 0.139 0.020 0.008 0.009 0.119 0.071 0.526 13 Q 0.081 0.133 0.020 0.006 0.007 0.086 0.068 0.600 14 Y 0.290 0.228 0.006 0.002 0.003 0.068 0.085 0.317 15 D 0.201 0.260 0.008 0.002 0.002 0.062 0.159 0.305 16 D 0.017 0.294 0.003 0.001 0.001 0.064 0.039 0.580 17 D 0.011 0.918 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.050 18 L 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 19 S 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.004 20 E 0.002 0.732 0.001 0.001 0.001 0.003 0.253 0.009 21 V 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 22 I 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 23 T 0.006 0.963 0.006 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 24 R 0.032 0.914 0.006 0.001 0.001 0.005 0.019 0.024 25 A 0.119 0.060 0.336 0.003 0.001 0.014 0.439 0.029 26 R 0.795 0.031 0.009 0.001 0.001 0.012 0.059 0.093 27 E 0.067 0.005 0.011 0.001 0.001 0.021 0.018 0.877 28 A 0.002 0.003 0.089 0.001 0.003 0.176 0.023 0.704 29 G 0.023 0.006 0.034 0.003 0.006 0.105 0.077 0.745 30 V 0.043 0.009 0.039 0.012 0.006 0.165 0.065 0.661 31 D 0.004 0.005 0.426 0.015 0.032 0.098 0.077 0.344 32 R 0.005 0.003 0.608 0.036 0.069 0.046 0.108 0.125 33 M 0.001 0.001 0.794 0.029 0.027 0.017 0.044 0.087 34 F 0.003 0.001 0.860 0.034 0.029 0.013 0.018 0.042 35 V 0.021 0.005 0.500 0.069 0.106 0.061 0.086 0.153 36 V 0.039 0.011 0.266 0.039 0.077 0.150 0.076 0.343 37 G 0.043 0.012 0.083 0.025 0.051 0.169 0.072 0.546 38 F 0.019 0.011 0.041 0.014 0.016 0.142 0.120 0.638 39 N 0.165 0.199 0.017 0.009 0.012 0.089 0.226 0.283 40 K 0.159 0.381 0.008 0.003 0.005 0.086 0.061 0.298 41 S 0.024 0.357 0.006 0.005 0.006 0.071 0.066 0.465 42 T 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.026 43 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 44 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 45 R 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 46 A 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 47 M 0.010 0.884 0.007 0.001 0.001 0.002 0.085 0.010 48 K 0.012 0.819 0.014 0.002 0.002 0.008 0.073 0.071 49 L 0.147 0.460 0.036 0.003 0.003 0.022 0.234 0.095 50 I 0.316 0.207 0.036 0.006 0.003 0.042 0.233 0.156 51 D 0.053 0.037 0.010 0.002 0.002 0.041 0.043 0.811 52 E 0.029 0.030 0.004 0.001 0.001 0.059 0.023 0.853 53 Y 0.161 0.058 0.023 0.005 0.005 0.141 0.097 0.510 54 D 0.038 0.037 0.037 0.008 0.013 0.165 0.059 0.644 55 F 0.017 0.023 0.123 0.009 0.022 0.117 0.061 0.628 56 L 0.022 0.034 0.311 0.039 0.046 0.131 0.123 0.293 57 Y 0.017 0.012 0.418 0.047 0.063 0.073 0.120 0.250 58 G 0.060 0.009 0.365 0.073 0.097 0.079 0.090 0.227 59 I 0.032 0.004 0.223 0.056 0.103 0.093 0.078 0.412 60 I 0.015 0.002 0.194 0.071 0.130 0.109 0.041 0.437 61 G 0.010 0.003 0.119 0.072 0.186 0.134 0.041 0.435 62 W 0.008 0.002 0.053 0.044 0.059 0.121 0.022 0.691 63 H 0.167 0.040 0.063 0.074 0.065 0.139 0.073 0.380 64 P 0.170 0.065 0.023 0.012 0.019 0.107 0.051 0.554 65 V 0.076 0.056 0.048 0.020 0.027 0.119 0.059 0.595 66 D 0.210 0.119 0.025 0.015 0.022 0.087 0.076 0.446 67 A 0.122 0.050 0.019 0.013 0.017 0.090 0.263 0.426 68 I 0.059 0.138 0.021 0.017 0.023 0.102 0.131 0.508 69 D 0.060 0.145 0.009 0.008 0.015 0.104 0.039 0.620 70 F 0.037 0.216 0.012 0.010 0.008 0.085 0.079 0.553 71 T 0.061 0.785 0.002 0.001 0.002 0.013 0.072 0.063 72 E 0.047 0.831 0.003 0.001 0.001 0.014 0.033 0.071 73 E 0.007 0.854 0.004 0.003 0.002 0.016 0.035 0.079 74 H 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 75 L 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.005 76 E 0.004 0.339 0.010 0.001 0.001 0.005 0.619 0.021 77 W 0.008 0.807 0.006 0.001 0.001 0.005 0.160 0.014 78 I 0.070 0.865 0.007 0.001 0.001 0.004 0.039 0.015 79 E 0.122 0.407 0.056 0.005 0.003 0.025 0.167 0.213 80 S 0.114 0.127 0.012 0.002 0.003 0.047 0.127 0.568 81 L 0.300 0.035 0.022 0.004 0.002 0.083 0.105 0.449 82 A 0.029 0.006 0.026 0.005 0.005 0.155 0.077 0.697 83 Q 0.027 0.002 0.005 0.001 0.001 0.067 0.011 0.886 84 H 0.184 0.016 0.020 0.002 0.002 0.124 0.047 0.606 85 P 0.008 0.010 0.111 0.004 0.010 0.214 0.037 0.606 86 K 0.005 0.006 0.515 0.010 0.046 0.114 0.064 0.239 87 V 0.004 0.009 0.504 0.044 0.043 0.065 0.100 0.231 88 I 0.003 0.005 0.867 0.026 0.018 0.015 0.014 0.052 89 G 0.015 0.019 0.694 0.028 0.051 0.033 0.083 0.078 90 I 0.009 0.013 0.602 0.048 0.064 0.048 0.073 0.142 91 G 0.135 0.035 0.275 0.054 0.083 0.107 0.077 0.233 92 E 0.088 0.023 0.107 0.042 0.067 0.132 0.117 0.423 93 M 0.031 0.032 0.114 0.038 0.097 0.163 0.047 0.479 94 G 0.024 0.026 0.084 0.041 0.103 0.122 0.091 0.509 95 L 0.069 0.030 0.069 0.067 0.059 0.139 0.069 0.499 96 D 0.182 0.042 0.057 0.059 0.074 0.086 0.168 0.331 97 Y 0.066 0.019 0.037 0.022 0.040 0.130 0.068 0.617 98 H 0.095 0.010 0.043 0.030 0.050 0.104 0.066 0.602 99 W 0.076 0.007 0.020 0.020 0.021 0.111 0.053 0.691 100 D 0.050 0.016 0.010 0.010 0.020 0.120 0.032 0.741 101 K 0.024 0.014 0.008 0.006 0.010 0.115 0.018 0.805 102 S 0.086 0.126 0.007 0.009 0.009 0.115 0.047 0.602 103 P 0.087 0.588 0.005 0.003 0.004 0.043 0.038 0.231 104 A 0.022 0.857 0.002 0.002 0.002 0.016 0.014 0.084 105 D 0.014 0.924 0.002 0.002 0.002 0.006 0.016 0.033 106 V 0.008 0.933 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.016 107 Q 0.004 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.005 108 K 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 109 E 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 110 V 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 111 F 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 112 R 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 113 K 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 114 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 115 I 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 116 A 0.003 0.978 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 117 L 0.056 0.845 0.015 0.001 0.001 0.005 0.056 0.022 118 A 0.101 0.019 0.453 0.004 0.001 0.009 0.385 0.027 119 K 0.811 0.007 0.005 0.001 0.001 0.007 0.016 0.152 120 R 0.056 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.007 0.917 121 L 0.003 0.001 0.020 0.002 0.003 0.223 0.007 0.743 122 K 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.052 0.006 0.931 123 L 0.005 0.001 0.052 0.018 0.008 0.194 0.025 0.696 124 P 0.001 0.001 0.796 0.015 0.029 0.032 0.051 0.075 125 I 0.004 0.002 0.595 0.055 0.070 0.022 0.114 0.138 126 I 0.001 0.001 0.929 0.019 0.013 0.004 0.013 0.020 127 I 0.004 0.004 0.825 0.040 0.035 0.014 0.022 0.055 128 H 0.032 0.026 0.577 0.034 0.045 0.060 0.048 0.178 129 N 0.070 0.038 0.173 0.012 0.018 0.072 0.378 0.238 130 R 0.056 0.137 0.042 0.008 0.010 0.125 0.205 0.418 131 E 0.051 0.218 0.015 0.005 0.006 0.104 0.133 0.467 132 A 0.025 0.749 0.003 0.002 0.002 0.027 0.049 0.143 133 T 0.021 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.019 134 Q 0.006 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.019 135 D 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.008 136 C 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 137 I 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 138 D 0.004 0.962 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 139 I 0.040 0.850 0.029 0.001 0.001 0.007 0.045 0.027 140 L 0.148 0.262 0.217 0.005 0.002 0.014 0.310 0.042 141 L 0.321 0.303 0.014 0.002 0.001 0.021 0.039 0.298 142 E 0.108 0.066 0.012 0.001 0.001 0.035 0.025 0.753 143 E 0.019 0.034 0.017 0.006 0.003 0.085 0.048 0.788 144 H 0.101 0.039 0.007 0.003 0.003 0.066 0.072 0.709 145 A 0.148 0.020 0.017 0.003 0.002 0.095 0.097 0.617 146 E 0.127 0.020 0.038 0.005 0.006 0.142 0.079 0.584 147 E 0.075 0.010 0.020 0.002 0.003 0.105 0.052 0.733 148 V 0.008 0.007 0.093 0.007 0.013 0.239 0.045 0.588 149 G 0.005 0.005 0.431 0.016 0.053 0.115 0.096 0.280 150 G 0.005 0.005 0.541 0.043 0.053 0.057 0.131 0.165 151 I 0.002 0.002 0.819 0.029 0.030 0.021 0.045 0.052 152 M 0.007 0.002 0.649 0.051 0.070 0.036 0.094 0.089 153 H 0.020 0.003 0.554 0.056 0.080 0.063 0.097 0.127 154 S 0.048 0.005 0.249 0.029 0.073 0.128 0.131 0.338 155 F 0.057 0.012 0.078 0.021 0.036 0.190 0.115 0.491 156 S 0.013 0.020 0.031 0.011 0.021 0.211 0.035 0.658 157 G 0.017 0.111 0.014 0.006 0.008 0.120 0.045 0.680 158 S 0.038 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.014 159 P 0.013 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 160 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 161 I 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 162 A 0.010 0.192 0.002 0.001 0.001 0.003 0.787 0.005 163 D 0.001 0.067 0.002 0.001 0.001 0.002 0.922 0.005 164 I 0.026 0.781 0.005 0.003 0.005 0.012 0.083 0.085 165 V 0.140 0.431 0.032 0.032 0.036 0.056 0.118 0.154 166 T 0.029 0.019 0.069 0.027 0.019 0.066 0.268 0.503 167 N 0.436 0.015 0.008 0.003 0.005 0.059 0.056 0.418 168 K 0.335 0.003 0.011 0.001 0.001 0.087 0.031 0.530 169 L 0.011 0.001 0.044 0.003 0.012 0.336 0.015 0.577 170 N 0.001 0.001 0.094 0.004 0.033 0.075 0.038 0.753 171 F 0.001 0.001 0.555 0.104 0.072 0.053 0.059 0.155 172 Y 0.001 0.001 0.739 0.070 0.058 0.013 0.042 0.076 173 I 0.007 0.001 0.513 0.140 0.099 0.031 0.034 0.175 174 S 0.011 0.001 0.652 0.049 0.064 0.032 0.045 0.145 175 L 0.020 0.004 0.230 0.063 0.094 0.104 0.047 0.439 176 G 0.029 0.006 0.119 0.036 0.071 0.106 0.059 0.574 177 G 0.049 0.027 0.080 0.086 0.130 0.127 0.096 0.404 178 P 0.058 0.034 0.052 0.044 0.075 0.121 0.037 0.579 179 V 0.028 0.031 0.085 0.115 0.123 0.094 0.060 0.464 180 T 0.066 0.084 0.039 0.045 0.066 0.090 0.074 0.534 181 F 0.256 0.082 0.058 0.054 0.053 0.069 0.148 0.280 182 K 0.124 0.038 0.020 0.029 0.028 0.086 0.045 0.631 183 N 0.275 0.051 0.009 0.006 0.009 0.052 0.092 0.505 184 A 0.044 0.079 0.005 0.007 0.009 0.104 0.033 0.720 185 K 0.015 0.088 0.005 0.006 0.011 0.092 0.015 0.769 186 Q 0.037 0.534 0.004 0.009 0.009 0.046 0.057 0.304 187 P 0.023 0.926 0.002 0.001 0.002 0.006 0.020 0.020 188 K 0.019 0.903 0.005 0.003 0.003 0.006 0.028 0.032 189 E 0.037 0.655 0.052 0.028 0.026 0.020 0.087 0.095 190 V 0.365 0.239 0.049 0.018 0.032 0.040 0.138 0.119 191 A 0.318 0.048 0.049 0.018 0.021 0.060 0.211 0.276 192 K 0.018 0.025 0.010 0.010 0.015 0.057 0.030 0.837 193 H 0.004 0.007 0.005 0.003 0.005 0.076 0.007 0.894 194 V 0.047 0.034 0.033 0.035 0.017 0.217 0.052 0.566 195 S 0.380 0.116 0.017 0.008 0.008 0.068 0.059 0.344 196 M 0.172 0.125 0.017 0.005 0.009 0.108 0.077 0.486 197 E 0.014 0.053 0.076 0.017 0.042 0.113 0.108 0.576 198 R 0.025 0.028 0.207 0.054 0.090 0.111 0.160 0.325 199 L 0.018 0.010 0.260 0.065 0.096 0.129 0.140 0.282 200 L 0.012 0.006 0.412 0.060 0.161 0.073 0.106 0.171 201 V 0.044 0.008 0.200 0.097 0.184 0.116 0.064 0.287 202 E 0.074 0.007 0.107 0.051 0.079 0.184 0.077 0.421 203 T 0.017 0.006 0.037 0.026 0.052 0.183 0.052 0.627 204 D 0.066 0.010 0.025 0.009 0.020 0.142 0.046 0.681 205 A 0.335 0.017 0.021 0.023 0.021 0.119 0.095 0.369 206 P 0.065 0.012 0.018 0.014 0.020 0.124 0.048 0.700 207 Y 0.041 0.010 0.018 0.016 0.044 0.129 0.037 0.705 208 L 0.049 0.006 0.016 0.020 0.027 0.129 0.027 0.726 209 S 0.071 0.018 0.023 0.049 0.054 0.134 0.047 0.603 210 P 0.061 0.016 0.016 0.013 0.028 0.107 0.027 0.732 211 H 0.087 0.020 0.045 0.045 0.053 0.161 0.066 0.523 212 P 0.099 0.013 0.024 0.019 0.029 0.118 0.039 0.659 213 Y 0.266 0.016 0.017 0.020 0.028 0.092 0.051 0.510 214 R 0.037 0.007 0.025 0.025 0.053 0.128 0.040 0.684 215 G 0.053 0.006 0.018 0.015 0.042 0.104 0.035 0.727 216 K 0.061 0.007 0.023 0.073 0.057 0.132 0.040 0.607 217 R 0.010 0.004 0.012 0.013 0.026 0.111 0.015 0.809 218 N 0.070 0.026 0.026 0.021 0.035 0.108 0.057 0.658 219 E 0.254 0.110 0.015 0.030 0.028 0.083 0.067 0.412 220 P 0.056 0.121 0.016 0.012 0.021 0.063 0.119 0.593 221 A 0.014 0.293 0.032 0.050 0.086 0.105 0.079 0.340 222 R 0.014 0.595 0.014 0.021 0.041 0.033 0.082 0.200 223 V 0.006 0.936 0.002 0.006 0.005 0.004 0.022 0.020 224 T 0.003 0.933 0.005 0.003 0.005 0.003 0.036 0.013 225 L 0.002 0.925 0.003 0.005 0.004 0.002 0.052 0.007 226 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 227 A 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 228 E 0.004 0.934 0.005 0.003 0.002 0.002 0.034 0.016 229 Q 0.010 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.013 0.019 230 I 0.136 0.706 0.024 0.005 0.003 0.013 0.070 0.043 231 A 0.100 0.109 0.140 0.029 0.012 0.041 0.315 0.254 232 E 0.368 0.028 0.009 0.002 0.002 0.036 0.019 0.536 233 L 0.458 0.004 0.013 0.002 0.002 0.048 0.052 0.421 234 K 0.012 0.005 0.005 0.001 0.002 0.108 0.012 0.854 235 G 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.941 236 L 0.008 0.040 0.010 0.010 0.003 0.108 0.014 0.808 237 S 0.052 0.900 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 0.024 238 Y 0.051 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 239 E 0.005 0.952 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.024 240 E 0.027 0.910 0.007 0.001 0.001 0.005 0.024 0.025 241 V 0.054 0.151 0.008 0.001 0.001 0.015 0.752 0.019 242 C 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.009 243 E 0.014 0.700 0.002 0.001 0.003 0.019 0.071 0.191 244 Q 0.022 0.302 0.018 0.013 0.020 0.082 0.325 0.219 245 T 0.043 0.627 0.013 0.006 0.007 0.040 0.190 0.074 246 T 0.081 0.674 0.008 0.002 0.004 0.044 0.036 0.151 247 K 0.017 0.519 0.020 0.006 0.003 0.066 0.027 0.341 248 N 0.038 0.920 0.005 0.001 0.001 0.006 0.014 0.015 249 A 0.137 0.759 0.013 0.001 0.002 0.012 0.036 0.040 250 E 0.067 0.194 0.175 0.021 0.016 0.039 0.230 0.257 251 K 0.209 0.132 0.042 0.018 0.019 0.070 0.071 0.438 252 L 0.164 0.010 0.065 0.013 0.023 0.121 0.069 0.536 253 F 0.029 0.004 0.056 0.035 0.065 0.153 0.042 0.617 254 N 0.028 0.001 0.007 0.007 0.020 0.066 0.020 0.851 255 L 0.036 0.002 0.009 0.023 0.021 0.144 0.020 0.745 256 N 0.051 0.003 0.014 0.016 0.027 0.123 0.032 0.733 257 S 0.056 0.005 0.010 0.009 0.017 0.099 0.031 0.772