# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 891 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.005 0.115 0.032 0.039 0.090 0.012 0.648 2 L 0.021 0.003 0.394 0.073 0.076 0.052 0.005 0.375 3 I 0.006 0.003 0.543 0.104 0.127 0.053 0.003 0.162 4 D 0.005 0.005 0.533 0.081 0.140 0.062 0.003 0.172 5 T 0.006 0.004 0.722 0.052 0.092 0.049 0.003 0.072 6 H 0.025 0.006 0.288 0.051 0.116 0.287 0.007 0.220 7 V 0.033 0.006 0.589 0.053 0.067 0.073 0.009 0.171 8 H 0.019 0.019 0.301 0.095 0.094 0.111 0.007 0.354 9 L 0.039 0.011 0.390 0.068 0.154 0.067 0.009 0.262 10 N 0.027 0.011 0.070 0.042 0.121 0.295 0.007 0.428 11 D 0.048 0.009 0.028 0.015 0.060 0.061 0.006 0.773 12 E 0.030 0.007 0.009 0.003 0.008 0.606 0.005 0.332 13 Q 0.102 0.007 0.002 0.001 0.002 0.763 0.009 0.113 14 Y 0.349 0.210 0.012 0.003 0.006 0.222 0.010 0.187 15 D 0.070 0.327 0.028 0.007 0.018 0.110 0.011 0.429 16 D 0.064 0.070 0.011 0.003 0.008 0.132 0.010 0.702 17 D 0.138 0.067 0.005 0.002 0.005 0.469 0.013 0.302 18 L 0.222 0.242 0.011 0.002 0.012 0.074 0.012 0.425 19 S 0.014 0.163 0.007 0.001 0.004 0.283 0.004 0.524 20 E 0.016 0.102 0.001 0.001 0.001 0.577 0.002 0.301 21 V 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.070 22 I 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 23 T 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 24 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 25 A 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 26 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 27 E 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 A 0.029 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 29 G 0.868 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.113 0.007 30 V 0.013 0.008 0.954 0.005 0.003 0.004 0.003 0.009 31 D 0.005 0.027 0.466 0.104 0.111 0.055 0.007 0.224 32 R 0.006 0.006 0.650 0.032 0.048 0.032 0.005 0.222 33 M 0.001 0.002 0.935 0.020 0.016 0.007 0.001 0.018 34 F 0.001 0.001 0.971 0.011 0.007 0.002 0.001 0.007 35 V 0.001 0.002 0.771 0.051 0.070 0.010 0.001 0.094 36 V 0.001 0.001 0.741 0.047 0.081 0.020 0.001 0.107 37 G 0.005 0.002 0.294 0.040 0.080 0.090 0.003 0.486 38 F 0.026 0.002 0.257 0.031 0.063 0.131 0.005 0.486 39 N 0.017 0.004 0.041 0.015 0.025 0.184 0.003 0.710 40 K 0.025 0.005 0.015 0.005 0.019 0.046 0.003 0.882 41 S 0.016 0.005 0.003 0.002 0.004 0.586 0.003 0.381 42 T 0.058 0.009 0.001 0.001 0.001 0.762 0.004 0.166 43 I 0.079 0.653 0.004 0.001 0.003 0.043 0.002 0.215 44 E 0.004 0.688 0.003 0.001 0.003 0.053 0.002 0.247 45 R 0.015 0.671 0.001 0.001 0.002 0.084 0.002 0.224 46 A 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 47 M 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 50 I 0.014 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 51 D 0.019 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 52 E 0.136 0.745 0.006 0.001 0.001 0.003 0.055 0.052 53 Y 0.153 0.668 0.032 0.003 0.004 0.006 0.050 0.085 54 D 0.044 0.342 0.050 0.012 0.010 0.033 0.034 0.476 55 F 0.073 0.112 0.082 0.012 0.011 0.081 0.045 0.583 56 L 0.314 0.073 0.206 0.020 0.018 0.071 0.038 0.260 57 Y 0.035 0.067 0.580 0.053 0.043 0.059 0.014 0.150 58 G 0.015 0.046 0.397 0.056 0.072 0.062 0.011 0.341 59 I 0.016 0.027 0.501 0.065 0.068 0.053 0.006 0.265 60 I 0.028 0.040 0.241 0.135 0.118 0.066 0.007 0.366 61 G 0.049 0.016 0.315 0.066 0.143 0.070 0.020 0.320 62 W 0.049 0.017 0.271 0.067 0.095 0.052 0.019 0.431 63 H 0.042 0.008 0.151 0.155 0.148 0.093 0.007 0.395 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 V 0.007 0.004 0.107 0.070 0.186 0.198 0.003 0.424 66 D 0.161 0.012 0.021 0.014 0.016 0.143 0.009 0.624 67 A 0.279 0.084 0.058 0.023 0.089 0.065 0.005 0.398 68 I 0.125 0.075 0.031 0.015 0.037 0.261 0.006 0.450 69 D 0.221 0.086 0.017 0.010 0.012 0.125 0.024 0.505 70 F 0.336 0.188 0.023 0.007 0.011 0.077 0.019 0.339 71 T 0.162 0.169 0.028 0.008 0.019 0.179 0.027 0.407 72 E 0.038 0.103 0.014 0.004 0.011 0.063 0.007 0.760 73 E 0.025 0.109 0.004 0.002 0.004 0.322 0.004 0.528 74 H 0.065 0.247 0.003 0.001 0.003 0.411 0.007 0.264 75 L 0.017 0.875 0.004 0.001 0.002 0.008 0.002 0.091 76 E 0.005 0.822 0.002 0.001 0.002 0.030 0.002 0.137 77 W 0.013 0.867 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.103 78 I 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 79 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 80 S 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 81 L 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 82 A 0.036 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 83 Q 0.248 0.463 0.019 0.006 0.004 0.007 0.195 0.058 84 H 0.393 0.253 0.110 0.016 0.012 0.014 0.079 0.124 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 K 0.013 0.002 0.074 0.043 0.043 0.080 0.008 0.737 87 V 0.117 0.001 0.384 0.020 0.016 0.027 0.010 0.425 88 I 0.002 0.001 0.953 0.022 0.010 0.002 0.001 0.010 89 G 0.002 0.001 0.808 0.033 0.036 0.016 0.001 0.105 90 I 0.001 0.001 0.964 0.010 0.017 0.001 0.001 0.008 91 G 0.001 0.001 0.899 0.023 0.028 0.013 0.001 0.037 92 E 0.001 0.001 0.820 0.020 0.037 0.022 0.001 0.099 93 M 0.002 0.001 0.545 0.049 0.066 0.057 0.001 0.279 94 G 0.011 0.001 0.210 0.053 0.142 0.130 0.004 0.450 95 L 0.025 0.004 0.235 0.079 0.129 0.114 0.006 0.408 96 D 0.023 0.009 0.067 0.090 0.124 0.125 0.009 0.554 97 Y 0.076 0.008 0.047 0.037 0.078 0.115 0.009 0.630 98 H 0.088 0.035 0.050 0.082 0.097 0.324 0.011 0.313 99 W 0.094 0.031 0.046 0.037 0.048 0.125 0.016 0.604 100 D 0.056 0.086 0.042 0.043 0.060 0.142 0.014 0.558 101 K 0.107 0.029 0.028 0.013 0.028 0.074 0.030 0.692 102 S 0.070 0.012 0.007 0.007 0.012 0.511 0.006 0.374 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 A 0.004 0.010 0.003 0.003 0.011 0.214 0.001 0.754 105 D 0.059 0.023 0.002 0.001 0.003 0.173 0.004 0.736 106 V 0.092 0.396 0.002 0.003 0.005 0.077 0.002 0.423 107 Q 0.036 0.800 0.002 0.003 0.006 0.048 0.002 0.103 108 K 0.011 0.909 0.002 0.001 0.003 0.008 0.002 0.063 109 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 110 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 111 F 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 112 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 113 K 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 114 Q 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 115 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 K 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 120 R 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 121 L 0.047 0.890 0.006 0.002 0.001 0.001 0.046 0.008 122 K 0.322 0.189 0.030 0.010 0.005 0.005 0.355 0.084 123 L 0.091 0.012 0.585 0.031 0.016 0.024 0.026 0.216 124 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 125 I 0.005 0.001 0.652 0.076 0.121 0.026 0.002 0.118 126 I 0.004 0.001 0.803 0.057 0.040 0.009 0.001 0.085 127 I 0.001 0.001 0.858 0.038 0.043 0.004 0.001 0.054 128 H 0.002 0.001 0.769 0.061 0.082 0.018 0.001 0.066 129 N 0.005 0.002 0.406 0.047 0.130 0.075 0.001 0.332 130 R 0.014 0.003 0.177 0.026 0.112 0.171 0.004 0.494 131 E 0.023 0.004 0.021 0.010 0.019 0.427 0.006 0.491 132 A 0.117 0.016 0.015 0.005 0.011 0.349 0.010 0.478 133 T 0.108 0.062 0.012 0.004 0.011 0.220 0.012 0.571 134 Q 0.041 0.145 0.009 0.002 0.006 0.102 0.005 0.689 135 D 0.027 0.226 0.002 0.001 0.002 0.214 0.004 0.523 136 C 0.044 0.680 0.002 0.001 0.002 0.075 0.004 0.191 137 I 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 138 D 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 139 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 140 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 141 L 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 142 E 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 143 E 0.051 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 144 H 0.313 0.499 0.011 0.003 0.002 0.005 0.083 0.085 145 A 0.077 0.374 0.239 0.016 0.021 0.024 0.025 0.224 146 E 0.032 0.157 0.037 0.012 0.025 0.092 0.019 0.626 147 E 0.119 0.114 0.054 0.009 0.011 0.118 0.042 0.534 148 V 0.248 0.094 0.132 0.025 0.014 0.069 0.044 0.375 149 G 0.108 0.015 0.523 0.068 0.033 0.049 0.038 0.167 150 G 0.017 0.003 0.641 0.045 0.056 0.037 0.005 0.196 151 I 0.003 0.001 0.806 0.070 0.076 0.010 0.001 0.033 152 M 0.002 0.001 0.713 0.066 0.090 0.014 0.001 0.114 153 H 0.001 0.001 0.880 0.026 0.044 0.009 0.001 0.039 154 S 0.002 0.001 0.711 0.039 0.047 0.025 0.001 0.174 155 F 0.009 0.003 0.273 0.038 0.091 0.208 0.005 0.372 156 S 0.021 0.003 0.073 0.012 0.030 0.244 0.006 0.610 157 G 0.081 0.009 0.048 0.009 0.013 0.173 0.019 0.648 158 S 0.091 0.003 0.006 0.002 0.004 0.561 0.005 0.328 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 E 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.431 0.001 0.551 161 I 0.060 0.073 0.001 0.001 0.001 0.599 0.003 0.262 162 A 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 163 D 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 164 I 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 165 V 0.035 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 166 T 0.034 0.927 0.004 0.004 0.006 0.001 0.009 0.016 167 N 0.060 0.764 0.013 0.008 0.010 0.007 0.040 0.098 168 K 0.149 0.427 0.047 0.013 0.011 0.025 0.093 0.235 169 L 0.122 0.231 0.097 0.030 0.016 0.056 0.091 0.356 170 N 0.105 0.034 0.234 0.051 0.029 0.085 0.072 0.390 171 F 0.058 0.005 0.599 0.060 0.048 0.047 0.009 0.172 172 Y 0.007 0.003 0.568 0.099 0.106 0.029 0.002 0.186 173 I 0.004 0.002 0.594 0.126 0.157 0.021 0.002 0.096 174 S 0.003 0.002 0.554 0.113 0.124 0.030 0.002 0.172 175 L 0.006 0.002 0.508 0.096 0.193 0.038 0.003 0.153 176 G 0.008 0.002 0.169 0.045 0.116 0.135 0.005 0.520 177 G 0.031 0.002 0.150 0.057 0.090 0.122 0.009 0.539 178 P 0.003 0.001 0.009 0.005 0.006 0.016 0.001 0.959 179 V 0.026 0.003 0.140 0.073 0.138 0.111 0.006 0.503 180 T 0.042 0.016 0.067 0.090 0.131 0.122 0.005 0.528 181 F 0.040 0.023 0.069 0.061 0.169 0.051 0.006 0.581 182 K 0.053 0.021 0.033 0.030 0.056 0.240 0.006 0.562 183 N 0.097 0.034 0.011 0.012 0.020 0.219 0.014 0.593 184 A 0.235 0.076 0.013 0.007 0.022 0.078 0.012 0.557 185 K 0.066 0.097 0.012 0.011 0.014 0.290 0.029 0.482 186 Q 0.210 0.073 0.007 0.007 0.009 0.231 0.016 0.447 187 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 188 K 0.005 0.070 0.009 0.011 0.033 0.061 0.001 0.809 189 E 0.028 0.288 0.010 0.009 0.014 0.106 0.005 0.539 190 V 0.045 0.772 0.003 0.003 0.011 0.021 0.003 0.143 191 A 0.017 0.934 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.034 192 K 0.014 0.955 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.020 193 H 0.159 0.695 0.009 0.005 0.003 0.003 0.064 0.062 194 V 0.239 0.592 0.029 0.016 0.013 0.005 0.036 0.070 195 S 0.018 0.094 0.031 0.017 0.025 0.038 0.016 0.761 196 M 0.048 0.066 0.043 0.023 0.061 0.074 0.016 0.669 197 E 0.090 0.058 0.056 0.014 0.015 0.221 0.029 0.518 198 R 0.371 0.029 0.051 0.011 0.010 0.286 0.034 0.208 199 L 0.173 0.117 0.434 0.070 0.043 0.033 0.015 0.116 200 L 0.009 0.026 0.554 0.097 0.130 0.033 0.006 0.144 201 V 0.008 0.019 0.399 0.140 0.197 0.030 0.004 0.203 202 E 0.010 0.029 0.366 0.134 0.244 0.047 0.005 0.164 203 T 0.016 0.024 0.202 0.109 0.182 0.090 0.011 0.366 204 D 0.024 0.015 0.140 0.040 0.079 0.084 0.021 0.597 205 A 0.104 0.007 0.041 0.033 0.050 0.273 0.011 0.481 206 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.981 207 Y 0.069 0.009 0.018 0.038 0.098 0.256 0.012 0.500 208 L 0.235 0.046 0.070 0.063 0.097 0.085 0.020 0.385 209 S 0.092 0.021 0.035 0.141 0.182 0.096 0.012 0.421 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 H 0.028 0.003 0.041 0.117 0.217 0.274 0.004 0.316 212 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 213 Y 0.020 0.012 0.037 0.084 0.215 0.160 0.004 0.467 214 R 0.154 0.014 0.030 0.034 0.035 0.108 0.007 0.617 215 G 0.162 0.025 0.033 0.034 0.050 0.069 0.015 0.612 216 K 0.235 0.018 0.046 0.042 0.050 0.143 0.009 0.458 217 R 0.023 0.011 0.022 0.016 0.023 0.063 0.006 0.836 218 N 0.075 0.040 0.038 0.045 0.087 0.114 0.030 0.571 219 E 0.147 0.022 0.050 0.045 0.051 0.152 0.012 0.522 220 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 221 A 0.017 0.020 0.037 0.047 0.089 0.200 0.005 0.585 222 R 0.153 0.059 0.019 0.015 0.018 0.149 0.007 0.581 223 V 0.107 0.198 0.028 0.027 0.066 0.082 0.005 0.488 224 T 0.021 0.323 0.015 0.015 0.025 0.051 0.001 0.549 225 L 0.022 0.566 0.008 0.011 0.015 0.085 0.004 0.289 226 V 0.019 0.872 0.002 0.003 0.005 0.022 0.003 0.075 227 A 0.005 0.960 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.025 228 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 229 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 230 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 231 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 232 E 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 233 L 0.090 0.876 0.006 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 234 K 0.091 0.818 0.012 0.004 0.002 0.003 0.039 0.031 235 G 0.521 0.096 0.031 0.005 0.003 0.008 0.166 0.170 236 L 0.240 0.064 0.481 0.012 0.008 0.037 0.024 0.134 237 S 0.013 0.022 0.035 0.005 0.009 0.232 0.005 0.678 238 Y 0.005 0.011 0.014 0.002 0.008 0.016 0.001 0.943 239 E 0.004 0.017 0.006 0.001 0.003 0.267 0.001 0.701 240 E 0.015 0.035 0.001 0.001 0.001 0.698 0.001 0.249 241 V 0.011 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.063 242 C 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 243 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 244 Q 0.015 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 245 T 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 246 T 0.011 0.951 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.022 247 K 0.020 0.891 0.009 0.002 0.002 0.011 0.008 0.057 248 N 0.066 0.737 0.009 0.002 0.002 0.041 0.025 0.118 249 A 0.028 0.855 0.016 0.002 0.005 0.007 0.006 0.082 250 E 0.013 0.657 0.012 0.005 0.008 0.100 0.009 0.195 251 K 0.088 0.608 0.007 0.004 0.007 0.153 0.020 0.113 252 L 0.073 0.881 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.026 253 F 0.038 0.835 0.019 0.016 0.013 0.007 0.015 0.057 254 N 0.188 0.290 0.055 0.029 0.031 0.023 0.085 0.300 255 L 0.266 0.178 0.144 0.039 0.061 0.031 0.044 0.238 256 N 0.032 0.047 0.041 0.023 0.037 0.123 0.015 0.682 257 S 0.038 0.020 0.027 0.014 0.022 0.086 0.014 0.779