# TARGET T0315 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1154 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.007 0.191 0.061 0.153 0.143 0.117 0.323 2 L 0.008 0.011 0.222 0.088 0.109 0.124 0.132 0.306 3 I 0.034 0.015 0.365 0.076 0.076 0.108 0.092 0.233 4 D 0.045 0.027 0.245 0.041 0.066 0.110 0.219 0.248 5 T 0.022 0.016 0.353 0.030 0.071 0.129 0.132 0.247 6 H 0.020 0.009 0.332 0.033 0.073 0.100 0.152 0.281 7 V 0.022 0.017 0.360 0.059 0.089 0.106 0.095 0.254 8 H 0.049 0.029 0.295 0.044 0.090 0.140 0.070 0.282 9 L 0.024 0.018 0.167 0.047 0.065 0.169 0.080 0.431 10 N 0.111 0.073 0.048 0.016 0.024 0.135 0.094 0.498 11 D 0.379 0.125 0.024 0.008 0.011 0.077 0.137 0.240 12 E 0.116 0.110 0.016 0.007 0.009 0.127 0.054 0.561 13 Q 0.057 0.079 0.020 0.007 0.008 0.095 0.068 0.666 14 Y 0.210 0.196 0.006 0.003 0.003 0.084 0.073 0.425 15 D 0.272 0.261 0.007 0.002 0.002 0.057 0.147 0.252 16 D 0.022 0.301 0.004 0.002 0.002 0.070 0.039 0.560 17 D 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.060 18 L 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.011 19 S 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.006 20 E 0.002 0.763 0.001 0.001 0.001 0.003 0.222 0.008 21 V 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 22 I 0.004 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 23 T 0.007 0.964 0.005 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 24 R 0.038 0.894 0.009 0.001 0.001 0.006 0.024 0.028 25 A 0.123 0.060 0.309 0.004 0.001 0.016 0.449 0.037 26 R 0.819 0.024 0.007 0.001 0.001 0.011 0.052 0.087 27 E 0.062 0.005 0.008 0.001 0.001 0.022 0.018 0.885 28 A 0.002 0.002 0.082 0.001 0.003 0.186 0.022 0.701 29 G 0.022 0.005 0.036 0.004 0.008 0.106 0.079 0.740 30 V 0.038 0.009 0.047 0.016 0.008 0.164 0.072 0.647 31 D 0.004 0.004 0.448 0.016 0.037 0.088 0.075 0.329 32 R 0.005 0.003 0.614 0.042 0.080 0.040 0.106 0.110 33 M 0.001 0.001 0.782 0.035 0.031 0.016 0.042 0.093 34 F 0.004 0.001 0.848 0.041 0.034 0.013 0.017 0.043 35 V 0.021 0.004 0.452 0.074 0.116 0.067 0.083 0.183 36 V 0.036 0.008 0.236 0.042 0.081 0.155 0.068 0.373 37 G 0.047 0.009 0.065 0.025 0.050 0.162 0.067 0.575 38 F 0.023 0.009 0.034 0.014 0.016 0.139 0.107 0.658 39 N 0.148 0.123 0.019 0.012 0.015 0.102 0.223 0.358 40 K 0.158 0.250 0.009 0.004 0.007 0.109 0.062 0.400 41 S 0.026 0.239 0.007 0.006 0.007 0.087 0.055 0.571 42 T 0.013 0.908 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.046 43 I 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 44 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 45 R 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 46 A 0.012 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 47 M 0.015 0.848 0.009 0.001 0.001 0.003 0.109 0.013 48 K 0.015 0.786 0.014 0.002 0.002 0.009 0.082 0.091 49 L 0.150 0.443 0.032 0.002 0.002 0.025 0.223 0.122 50 I 0.307 0.189 0.035 0.006 0.003 0.045 0.247 0.169 51 D 0.058 0.039 0.010 0.002 0.002 0.042 0.043 0.803 52 E 0.032 0.026 0.005 0.001 0.001 0.059 0.023 0.853 53 Y 0.189 0.045 0.026 0.005 0.005 0.137 0.096 0.498 54 D 0.041 0.026 0.036 0.006 0.010 0.153 0.052 0.676 55 F 0.015 0.014 0.126 0.007 0.017 0.122 0.046 0.653 56 L 0.022 0.022 0.322 0.032 0.040 0.140 0.101 0.321 57 Y 0.014 0.009 0.407 0.042 0.054 0.082 0.111 0.282 58 G 0.044 0.007 0.396 0.062 0.087 0.081 0.081 0.242 59 I 0.030 0.003 0.262 0.060 0.106 0.089 0.082 0.367 60 I 0.013 0.002 0.229 0.068 0.119 0.103 0.044 0.421 61 G 0.009 0.003 0.164 0.078 0.198 0.119 0.043 0.386 62 W 0.008 0.002 0.068 0.051 0.067 0.112 0.025 0.668 63 H 0.174 0.030 0.079 0.084 0.073 0.130 0.092 0.338 64 P 0.144 0.039 0.027 0.014 0.021 0.121 0.052 0.582 65 V 0.056 0.029 0.041 0.018 0.025 0.128 0.050 0.654 66 D 0.186 0.080 0.021 0.012 0.016 0.096 0.064 0.525 67 A 0.155 0.060 0.014 0.010 0.012 0.091 0.237 0.420 68 I 0.073 0.179 0.016 0.010 0.014 0.097 0.108 0.503 69 D 0.051 0.191 0.008 0.005 0.009 0.101 0.040 0.594 70 F 0.036 0.364 0.010 0.007 0.005 0.068 0.082 0.429 71 T 0.045 0.878 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.025 72 E 0.034 0.882 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 0.041 73 E 0.006 0.889 0.004 0.002 0.001 0.010 0.035 0.052 74 H 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 75 L 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.006 76 E 0.005 0.338 0.010 0.001 0.001 0.006 0.609 0.029 77 W 0.007 0.770 0.006 0.001 0.001 0.006 0.192 0.019 78 I 0.049 0.899 0.005 0.001 0.001 0.003 0.031 0.012 79 E 0.127 0.470 0.055 0.004 0.002 0.023 0.137 0.181 80 S 0.110 0.155 0.015 0.002 0.002 0.047 0.187 0.483 81 L 0.326 0.053 0.026 0.003 0.002 0.075 0.128 0.389 82 A 0.031 0.009 0.028 0.004 0.004 0.152 0.081 0.691 83 Q 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 0.068 0.011 0.887 84 H 0.240 0.023 0.019 0.001 0.002 0.117 0.051 0.546 85 P 0.012 0.014 0.090 0.004 0.008 0.213 0.040 0.619 86 K 0.008 0.008 0.473 0.009 0.036 0.126 0.065 0.276 87 V 0.006 0.011 0.433 0.034 0.036 0.087 0.103 0.290 88 I 0.004 0.005 0.858 0.020 0.015 0.021 0.016 0.061 89 G 0.019 0.020 0.662 0.023 0.045 0.043 0.091 0.098 90 I 0.010 0.013 0.562 0.043 0.058 0.059 0.075 0.179 91 G 0.097 0.034 0.322 0.048 0.083 0.108 0.087 0.220 92 E 0.075 0.023 0.131 0.044 0.073 0.126 0.127 0.403 93 M 0.029 0.026 0.153 0.054 0.114 0.155 0.054 0.416 94 G 0.026 0.024 0.091 0.038 0.105 0.124 0.099 0.494 95 L 0.078 0.028 0.075 0.068 0.067 0.141 0.074 0.469 96 D 0.119 0.030 0.068 0.064 0.088 0.105 0.140 0.387 97 Y 0.054 0.015 0.038 0.021 0.042 0.127 0.066 0.637 98 H 0.105 0.011 0.052 0.045 0.064 0.110 0.074 0.538 99 W 0.065 0.007 0.022 0.021 0.025 0.111 0.052 0.697 100 D 0.048 0.015 0.012 0.013 0.025 0.119 0.030 0.739 101 K 0.025 0.011 0.010 0.009 0.013 0.111 0.020 0.801 102 S 0.117 0.101 0.008 0.010 0.010 0.114 0.044 0.596 103 P 0.131 0.325 0.011 0.007 0.008 0.072 0.054 0.393 104 A 0.055 0.586 0.006 0.005 0.006 0.046 0.027 0.269 105 D 0.057 0.767 0.005 0.004 0.005 0.020 0.031 0.112 106 V 0.025 0.813 0.003 0.003 0.005 0.020 0.048 0.084 107 Q 0.008 0.896 0.001 0.001 0.002 0.004 0.069 0.019 108 K 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 109 E 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 110 V 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 111 F 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 112 R 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 113 K 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 114 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 115 I 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 116 A 0.003 0.978 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 117 L 0.066 0.835 0.015 0.001 0.001 0.006 0.053 0.023 118 A 0.116 0.015 0.439 0.004 0.001 0.008 0.390 0.026 119 K 0.825 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.014 0.144 120 R 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.005 0.928 121 L 0.002 0.001 0.021 0.001 0.002 0.237 0.006 0.731 122 K 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.054 0.006 0.927 123 L 0.006 0.001 0.057 0.018 0.007 0.189 0.027 0.694 124 P 0.001 0.001 0.806 0.014 0.025 0.031 0.050 0.073 125 I 0.004 0.002 0.622 0.049 0.065 0.021 0.108 0.128 126 I 0.001 0.001 0.934 0.017 0.012 0.004 0.013 0.020 127 I 0.003 0.003 0.850 0.035 0.029 0.013 0.022 0.046 128 H 0.035 0.018 0.574 0.033 0.044 0.062 0.051 0.182 129 N 0.089 0.024 0.166 0.012 0.019 0.076 0.375 0.240 130 R 0.054 0.083 0.038 0.007 0.010 0.147 0.172 0.490 131 E 0.036 0.139 0.015 0.005 0.006 0.124 0.091 0.584 132 A 0.026 0.621 0.005 0.003 0.002 0.044 0.054 0.246 133 T 0.027 0.907 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.016 134 Q 0.009 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.018 135 D 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.010 136 C 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 137 I 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 138 D 0.006 0.955 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 139 I 0.037 0.862 0.023 0.001 0.001 0.006 0.044 0.026 140 L 0.143 0.444 0.119 0.004 0.002 0.013 0.228 0.049 141 L 0.288 0.331 0.019 0.002 0.001 0.022 0.052 0.285 142 E 0.054 0.054 0.019 0.001 0.001 0.040 0.045 0.786 143 E 0.044 0.033 0.014 0.004 0.002 0.077 0.057 0.770 144 H 0.283 0.034 0.008 0.002 0.002 0.060 0.076 0.534 145 A 0.059 0.009 0.009 0.001 0.001 0.097 0.036 0.787 146 E 0.066 0.014 0.029 0.003 0.005 0.126 0.061 0.695 147 E 0.034 0.013 0.033 0.005 0.006 0.156 0.065 0.687 148 V 0.005 0.009 0.204 0.012 0.025 0.200 0.067 0.476 149 G 0.005 0.007 0.565 0.024 0.063 0.070 0.100 0.167 150 G 0.005 0.005 0.624 0.049 0.052 0.039 0.112 0.114 151 I 0.003 0.004 0.804 0.032 0.037 0.022 0.049 0.049 152 M 0.012 0.004 0.563 0.061 0.098 0.044 0.127 0.091 153 H 0.033 0.005 0.409 0.058 0.090 0.092 0.120 0.194 154 S 0.048 0.006 0.176 0.032 0.077 0.140 0.131 0.389 155 F 0.052 0.013 0.054 0.017 0.034 0.193 0.109 0.528 156 S 0.015 0.021 0.024 0.011 0.020 0.212 0.037 0.660 157 G 0.021 0.112 0.010 0.005 0.007 0.117 0.045 0.684 158 S 0.047 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.020 159 P 0.016 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.017 160 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 161 I 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 162 A 0.010 0.166 0.003 0.001 0.001 0.004 0.809 0.006 163 D 0.001 0.080 0.002 0.001 0.001 0.002 0.906 0.007 164 I 0.032 0.793 0.006 0.003 0.005 0.013 0.064 0.085 165 V 0.156 0.405 0.036 0.035 0.036 0.059 0.108 0.166 166 T 0.024 0.018 0.077 0.027 0.021 0.067 0.254 0.511 167 N 0.404 0.014 0.010 0.003 0.005 0.063 0.061 0.440 168 K 0.419 0.002 0.012 0.002 0.001 0.082 0.034 0.446 169 L 0.012 0.001 0.035 0.003 0.010 0.293 0.014 0.632 170 N 0.001 0.001 0.087 0.004 0.032 0.073 0.029 0.774 171 F 0.001 0.001 0.536 0.105 0.076 0.054 0.056 0.170 172 Y 0.001 0.001 0.709 0.084 0.062 0.015 0.039 0.089 173 I 0.008 0.001 0.450 0.133 0.093 0.035 0.030 0.250 174 S 0.022 0.001 0.566 0.062 0.067 0.042 0.058 0.182 175 L 0.023 0.003 0.155 0.041 0.066 0.114 0.037 0.561 176 G 0.029 0.004 0.085 0.028 0.056 0.100 0.047 0.652 177 G 0.048 0.017 0.063 0.075 0.102 0.132 0.094 0.468 178 P 0.057 0.022 0.043 0.042 0.069 0.124 0.034 0.609 179 V 0.031 0.021 0.057 0.089 0.097 0.093 0.050 0.560 180 T 0.088 0.076 0.030 0.034 0.048 0.097 0.070 0.558 181 F 0.207 0.083 0.049 0.042 0.044 0.088 0.113 0.376 182 K 0.091 0.038 0.018 0.022 0.021 0.085 0.040 0.685 183 N 0.389 0.076 0.010 0.006 0.007 0.046 0.113 0.353 184 A 0.067 0.115 0.006 0.006 0.008 0.101 0.040 0.658 185 K 0.017 0.091 0.005 0.005 0.009 0.080 0.015 0.779 186 Q 0.038 0.554 0.004 0.008 0.008 0.047 0.052 0.291 187 P 0.025 0.910 0.002 0.001 0.002 0.009 0.022 0.029 188 K 0.024 0.896 0.005 0.003 0.003 0.006 0.029 0.034 189 E 0.040 0.653 0.046 0.023 0.023 0.021 0.092 0.100 190 V 0.359 0.252 0.046 0.015 0.027 0.041 0.134 0.126 191 A 0.279 0.053 0.053 0.019 0.020 0.062 0.222 0.293 192 K 0.018 0.026 0.010 0.009 0.013 0.059 0.033 0.831 193 H 0.006 0.009 0.007 0.003 0.006 0.081 0.010 0.879 194 V 0.049 0.029 0.032 0.029 0.015 0.216 0.050 0.581 195 S 0.362 0.094 0.019 0.008 0.008 0.071 0.062 0.377 196 M 0.125 0.093 0.019 0.006 0.009 0.131 0.076 0.541 197 E 0.011 0.035 0.089 0.016 0.041 0.119 0.110 0.578 198 R 0.021 0.020 0.249 0.060 0.089 0.110 0.163 0.288 199 L 0.016 0.007 0.306 0.058 0.086 0.125 0.130 0.272 200 L 0.010 0.005 0.487 0.052 0.142 0.065 0.098 0.143 201 V 0.038 0.006 0.252 0.092 0.180 0.115 0.063 0.253 202 E 0.072 0.006 0.132 0.052 0.081 0.191 0.084 0.382 203 T 0.019 0.006 0.042 0.026 0.056 0.192 0.061 0.599 204 D 0.063 0.008 0.029 0.009 0.022 0.157 0.050 0.661 205 A 0.257 0.014 0.024 0.025 0.026 0.143 0.099 0.413 206 P 0.057 0.011 0.020 0.014 0.022 0.135 0.050 0.692 207 Y 0.040 0.009 0.019 0.018 0.047 0.139 0.038 0.689 208 L 0.054 0.007 0.016 0.020 0.027 0.130 0.028 0.719 209 S 0.075 0.023 0.024 0.047 0.053 0.133 0.050 0.597 210 P 0.063 0.020 0.017 0.015 0.030 0.111 0.028 0.716 211 H 0.093 0.024 0.045 0.046 0.053 0.155 0.072 0.513 212 P 0.109 0.017 0.024 0.021 0.029 0.118 0.040 0.643 213 Y 0.302 0.020 0.015 0.019 0.027 0.088 0.053 0.475 214 R 0.036 0.008 0.023 0.024 0.052 0.131 0.040 0.687 215 G 0.055 0.006 0.016 0.014 0.039 0.102 0.032 0.736 216 K 0.083 0.009 0.020 0.066 0.051 0.128 0.043 0.600 217 R 0.011 0.006 0.011 0.012 0.024 0.118 0.013 0.806 218 N 0.052 0.028 0.025 0.019 0.033 0.107 0.050 0.686 219 E 0.252 0.147 0.013 0.027 0.023 0.078 0.067 0.393 220 P 0.078 0.159 0.015 0.010 0.016 0.060 0.160 0.503 221 A 0.016 0.351 0.026 0.037 0.060 0.095 0.086 0.329 222 R 0.017 0.637 0.011 0.013 0.028 0.031 0.079 0.185 223 V 0.008 0.924 0.002 0.005 0.004 0.005 0.028 0.023 224 T 0.004 0.921 0.005 0.003 0.005 0.004 0.040 0.017 225 L 0.003 0.917 0.004 0.004 0.003 0.004 0.053 0.012 226 V 0.004 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 227 A 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 228 E 0.005 0.928 0.006 0.002 0.002 0.003 0.033 0.021 229 Q 0.016 0.929 0.008 0.001 0.001 0.004 0.017 0.023 230 I 0.185 0.611 0.032 0.005 0.003 0.017 0.089 0.058 231 A 0.101 0.092 0.143 0.022 0.010 0.045 0.271 0.315 232 E 0.328 0.023 0.009 0.002 0.002 0.036 0.016 0.584 233 L 0.422 0.004 0.013 0.002 0.002 0.052 0.050 0.455 234 K 0.012 0.005 0.005 0.001 0.002 0.109 0.012 0.853 235 G 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.050 0.002 0.936 236 L 0.008 0.037 0.010 0.009 0.003 0.105 0.014 0.815 237 S 0.054 0.903 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.022 238 Y 0.046 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 239 E 0.004 0.954 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.023 240 E 0.026 0.910 0.007 0.001 0.001 0.005 0.027 0.023 241 V 0.047 0.138 0.008 0.001 0.001 0.013 0.776 0.016 242 C 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.008 243 E 0.017 0.660 0.003 0.001 0.003 0.022 0.084 0.211 244 Q 0.023 0.248 0.019 0.012 0.020 0.086 0.358 0.234 245 T 0.048 0.559 0.014 0.007 0.008 0.049 0.220 0.095 246 T 0.083 0.611 0.009 0.002 0.004 0.056 0.041 0.194 247 K 0.016 0.503 0.018 0.006 0.003 0.070 0.026 0.358 248 N 0.034 0.930 0.004 0.001 0.001 0.006 0.011 0.013 249 A 0.128 0.778 0.014 0.001 0.001 0.012 0.031 0.035 250 E 0.062 0.206 0.212 0.018 0.014 0.035 0.235 0.218 251 K 0.239 0.153 0.054 0.015 0.016 0.067 0.078 0.377 252 L 0.210 0.011 0.082 0.010 0.017 0.114 0.069 0.487 253 F 0.035 0.004 0.058 0.027 0.048 0.146 0.041 0.641 254 N 0.020 0.001 0.007 0.005 0.016 0.066 0.019 0.865 255 L 0.024 0.002 0.010 0.020 0.020 0.165 0.018 0.741 256 N 0.058 0.004 0.014 0.016 0.025 0.126 0.038 0.719 257 S 0.080 0.009 0.010 0.009 0.014 0.103 0.037 0.740