# TARGET T0315 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1154 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 2 L 0.416 0.062 0.009 0.008 0.008 0.017 0.480 3 I 0.691 0.048 0.012 0.005 0.023 0.015 0.207 4 D 0.641 0.011 0.018 0.006 0.066 0.025 0.232 5 T 0.626 0.009 0.038 0.025 0.065 0.069 0.169 6 H 0.605 0.016 0.035 0.034 0.085 0.067 0.158 7 V 0.574 0.025 0.028 0.036 0.059 0.056 0.222 8 H 0.459 0.051 0.013 0.019 0.068 0.063 0.328 9 L 0.200 0.045 0.024 0.014 0.140 0.109 0.468 10 N 0.086 0.050 0.022 0.013 0.215 0.149 0.465 11 D 0.017 0.013 0.123 0.044 0.247 0.115 0.442 12 E 0.002 0.002 0.263 0.054 0.066 0.548 0.066 13 Q 0.002 0.006 0.311 0.042 0.059 0.502 0.079 14 Y 0.012 0.023 0.152 0.066 0.241 0.189 0.317 15 D 0.012 0.021 0.057 0.071 0.103 0.109 0.626 16 D 0.010 0.016 0.042 0.207 0.375 0.175 0.176 17 D 0.010 0.033 0.023 0.274 0.136 0.084 0.439 18 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.006 0.002 19 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.954 0.002 0.041 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.319 0.003 0.676 0.001 29 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.975 0.013 30 V 0.012 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.972 31 D 0.240 0.002 0.004 0.001 0.410 0.005 0.339 32 R 0.971 0.001 0.002 0.001 0.010 0.002 0.016 33 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 34 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 36 V 0.681 0.002 0.002 0.002 0.038 0.015 0.260 37 G 0.237 0.009 0.004 0.002 0.210 0.053 0.486 38 F 0.074 0.049 0.005 0.001 0.400 0.041 0.430 39 N 0.054 0.018 0.004 0.002 0.252 0.020 0.649 40 K 0.004 0.003 0.233 0.497 0.046 0.154 0.064 41 S 0.001 0.001 0.192 0.587 0.039 0.146 0.034 42 T 0.001 0.004 0.095 0.747 0.022 0.061 0.069 43 I 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.005 0.004 44 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 50 I 0.001 0.001 0.008 0.972 0.002 0.015 0.001 51 D 0.001 0.001 0.023 0.810 0.003 0.159 0.003 52 E 0.001 0.001 0.038 0.530 0.018 0.404 0.009 53 Y 0.007 0.002 0.019 0.061 0.373 0.116 0.423 54 D 0.004 0.001 0.027 0.010 0.236 0.562 0.159 55 F 0.195 0.008 0.034 0.009 0.223 0.378 0.154 56 L 0.845 0.019 0.003 0.003 0.012 0.005 0.114 57 Y 0.967 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 58 G 0.958 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.028 59 I 0.899 0.003 0.004 0.003 0.015 0.004 0.071 60 I 0.763 0.005 0.007 0.005 0.049 0.018 0.154 61 G 0.533 0.016 0.008 0.004 0.115 0.042 0.282 62 W 0.435 0.037 0.008 0.008 0.176 0.038 0.297 63 H 0.259 0.035 0.006 0.006 0.168 0.030 0.496 64 P 0.103 0.024 0.104 0.058 0.152 0.211 0.348 65 V 0.061 0.017 0.179 0.080 0.245 0.207 0.211 66 D 0.059 0.032 0.198 0.095 0.166 0.157 0.292 67 A 0.022 0.014 0.380 0.207 0.053 0.118 0.206 68 I 0.022 0.007 0.331 0.192 0.079 0.194 0.175 69 D 0.017 0.011 0.212 0.217 0.097 0.235 0.211 70 F 0.016 0.022 0.062 0.143 0.172 0.065 0.519 71 T 0.006 0.008 0.015 0.137 0.075 0.029 0.730 72 E 0.001 0.001 0.035 0.899 0.008 0.048 0.010 73 E 0.001 0.001 0.048 0.885 0.005 0.054 0.007 74 H 0.001 0.001 0.028 0.945 0.002 0.019 0.006 75 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 77 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 79 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 80 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 81 L 0.001 0.001 0.015 0.923 0.001 0.059 0.002 82 A 0.001 0.002 0.049 0.722 0.013 0.203 0.010 83 Q 0.001 0.001 0.044 0.308 0.032 0.596 0.018 84 H 0.004 0.001 0.008 0.015 0.565 0.055 0.352 85 P 0.015 0.003 0.051 0.047 0.245 0.310 0.330 86 K 0.152 0.010 0.034 0.026 0.233 0.277 0.268 87 V 0.731 0.024 0.007 0.007 0.031 0.007 0.193 88 I 0.892 0.007 0.002 0.007 0.014 0.004 0.075 89 G 0.930 0.004 0.002 0.008 0.012 0.005 0.040 90 I 0.837 0.004 0.005 0.020 0.025 0.009 0.100 91 G 0.798 0.003 0.011 0.024 0.051 0.022 0.090 92 E 0.743 0.009 0.014 0.040 0.038 0.022 0.133 93 M 0.629 0.019 0.028 0.054 0.055 0.058 0.158 94 G 0.434 0.010 0.037 0.043 0.099 0.122 0.255 95 L 0.355 0.015 0.077 0.062 0.108 0.126 0.257 96 D 0.312 0.014 0.102 0.079 0.108 0.169 0.216 97 Y 0.263 0.030 0.103 0.112 0.102 0.168 0.222 98 H 0.217 0.045 0.042 0.079 0.126 0.115 0.376 99 W 0.095 0.036 0.057 0.069 0.143 0.176 0.424 100 D 0.045 0.018 0.034 0.040 0.152 0.295 0.416 101 K 0.013 0.008 0.023 0.032 0.353 0.273 0.298 102 S 0.009 0.009 0.007 0.017 0.338 0.069 0.550 103 P 0.010 0.012 0.030 0.151 0.123 0.094 0.580 104 A 0.006 0.004 0.061 0.527 0.076 0.064 0.262 105 D 0.003 0.003 0.036 0.847 0.026 0.028 0.056 106 V 0.002 0.003 0.051 0.886 0.008 0.026 0.023 107 Q 0.001 0.001 0.024 0.923 0.005 0.026 0.020 108 K 0.001 0.001 0.006 0.970 0.005 0.011 0.007 109 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.004 0.009 0.003 110 V 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.002 111 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 112 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 120 R 0.001 0.001 0.007 0.900 0.002 0.090 0.001 121 L 0.001 0.001 0.007 0.236 0.004 0.749 0.003 122 K 0.001 0.001 0.004 0.005 0.048 0.904 0.039 123 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.435 0.003 0.552 124 P 0.223 0.008 0.001 0.001 0.097 0.007 0.663 125 I 0.947 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.039 126 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 128 H 0.861 0.005 0.003 0.002 0.017 0.004 0.109 129 N 0.229 0.007 0.014 0.003 0.111 0.020 0.616 130 R 0.058 0.006 0.110 0.029 0.386 0.143 0.269 131 E 0.025 0.018 0.203 0.120 0.171 0.238 0.226 132 A 0.023 0.031 0.148 0.166 0.095 0.180 0.355 133 T 0.008 0.007 0.049 0.315 0.054 0.064 0.503 134 Q 0.001 0.001 0.053 0.870 0.012 0.058 0.007 135 D 0.001 0.001 0.033 0.911 0.005 0.044 0.005 136 C 0.001 0.001 0.010 0.972 0.001 0.013 0.003 137 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 138 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 141 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.016 0.001 142 E 0.001 0.001 0.005 0.884 0.002 0.107 0.002 143 E 0.001 0.001 0.010 0.587 0.008 0.378 0.016 144 H 0.002 0.005 0.028 0.245 0.117 0.266 0.336 145 A 0.007 0.004 0.137 0.114 0.123 0.274 0.341 146 E 0.018 0.002 0.215 0.038 0.232 0.356 0.138 147 E 0.115 0.007 0.047 0.011 0.323 0.079 0.418 148 V 0.338 0.009 0.015 0.005 0.189 0.055 0.389 149 G 0.806 0.004 0.004 0.002 0.033 0.021 0.131 150 G 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 151 I 0.979 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 152 M 0.940 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.047 153 H 0.633 0.009 0.010 0.003 0.053 0.025 0.267 154 S 0.281 0.018 0.022 0.004 0.139 0.096 0.438 155 F 0.098 0.017 0.028 0.004 0.315 0.201 0.337 156 S 0.037 0.024 0.013 0.004 0.328 0.141 0.454 157 G 0.010 0.012 0.002 0.003 0.459 0.039 0.476 158 S 0.005 0.009 0.001 0.006 0.154 0.006 0.818 159 P 0.001 0.001 0.010 0.974 0.003 0.010 0.002 160 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.005 0.001 161 I 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.003 0.001 162 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 163 D 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.015 0.001 164 I 0.001 0.001 0.010 0.937 0.002 0.048 0.002 165 V 0.006 0.003 0.014 0.886 0.006 0.073 0.012 166 T 0.015 0.006 0.021 0.758 0.012 0.168 0.020 167 N 0.009 0.001 0.036 0.521 0.035 0.336 0.062 168 K 0.024 0.003 0.056 0.154 0.148 0.357 0.259 169 L 0.021 0.002 0.038 0.017 0.233 0.540 0.149 170 N 0.124 0.003 0.017 0.002 0.278 0.418 0.158 171 F 0.747 0.004 0.003 0.001 0.020 0.008 0.217 172 Y 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 173 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 174 S 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 175 L 0.810 0.005 0.001 0.001 0.022 0.004 0.157 176 G 0.318 0.007 0.002 0.001 0.226 0.021 0.424 177 G 0.198 0.009 0.006 0.004 0.374 0.048 0.360 178 P 0.182 0.017 0.015 0.009 0.185 0.071 0.522 179 V 0.200 0.043 0.020 0.013 0.141 0.045 0.538 180 T 0.226 0.045 0.019 0.015 0.109 0.051 0.535 181 F 0.110 0.029 0.087 0.039 0.185 0.106 0.444 182 K 0.053 0.019 0.120 0.053 0.207 0.241 0.307 183 N 0.039 0.015 0.113 0.041 0.169 0.212 0.411 184 A 0.025 0.015 0.121 0.120 0.128 0.169 0.422 185 K 0.022 0.015 0.071 0.260 0.197 0.160 0.277 186 Q 0.020 0.015 0.017 0.164 0.182 0.035 0.567 187 P 0.003 0.001 0.017 0.889 0.007 0.018 0.064 188 K 0.002 0.001 0.013 0.956 0.005 0.008 0.015 189 E 0.001 0.001 0.016 0.970 0.002 0.005 0.004 190 V 0.001 0.001 0.017 0.970 0.002 0.008 0.002 191 A 0.003 0.001 0.047 0.911 0.005 0.030 0.003 192 K 0.002 0.001 0.056 0.737 0.006 0.195 0.005 193 H 0.002 0.001 0.056 0.470 0.026 0.428 0.018 194 V 0.013 0.009 0.006 0.065 0.475 0.056 0.375 195 S 0.015 0.013 0.011 0.010 0.066 0.046 0.839 196 M 0.054 0.010 0.308 0.081 0.116 0.276 0.155 197 E 0.125 0.004 0.233 0.063 0.234 0.193 0.148 198 R 0.577 0.005 0.139 0.055 0.064 0.053 0.107 199 L 0.877 0.009 0.007 0.041 0.006 0.008 0.051 200 L 0.920 0.007 0.004 0.038 0.004 0.006 0.021 201 V 0.887 0.003 0.004 0.046 0.006 0.011 0.043 202 E 0.781 0.007 0.004 0.018 0.028 0.018 0.144 203 T 0.442 0.021 0.007 0.009 0.120 0.048 0.353 204 D 0.169 0.025 0.010 0.006 0.256 0.049 0.485 205 A 0.063 0.015 0.066 0.015 0.322 0.067 0.452 206 P 0.029 0.011 0.134 0.021 0.171 0.344 0.291 207 Y 0.043 0.043 0.109 0.016 0.187 0.335 0.266 208 L 0.050 0.040 0.025 0.006 0.343 0.062 0.474 209 S 0.036 0.032 0.007 0.002 0.197 0.068 0.658 210 P 0.038 0.039 0.017 0.011 0.269 0.091 0.534 211 H 0.045 0.024 0.028 0.019 0.288 0.038 0.557 212 P 0.034 0.014 0.097 0.062 0.127 0.221 0.445 213 Y 0.039 0.057 0.119 0.074 0.143 0.240 0.329 214 R 0.026 0.033 0.091 0.056 0.148 0.457 0.189 215 G 0.011 0.007 0.035 0.023 0.185 0.509 0.230 216 K 0.039 0.021 0.032 0.016 0.250 0.098 0.545 217 R 0.066 0.043 0.050 0.027 0.222 0.222 0.371 218 N 0.062 0.038 0.069 0.037 0.216 0.264 0.314 219 E 0.062 0.019 0.045 0.069 0.233 0.048 0.524 220 P 0.035 0.013 0.164 0.244 0.043 0.114 0.388 221 A 0.034 0.012 0.157 0.408 0.082 0.195 0.112 222 R 0.032 0.010 0.121 0.567 0.046 0.130 0.096 223 V 0.018 0.004 0.012 0.849 0.021 0.011 0.084 224 T 0.005 0.001 0.006 0.959 0.004 0.007 0.018 225 L 0.004 0.001 0.003 0.981 0.002 0.006 0.003 226 V 0.002 0.001 0.003 0.985 0.001 0.005 0.004 227 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 229 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 230 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 231 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 232 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 233 L 0.001 0.001 0.004 0.926 0.005 0.060 0.004 234 K 0.001 0.001 0.007 0.375 0.017 0.594 0.005 235 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.041 0.898 0.050 236 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.182 0.001 0.808 237 S 0.004 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.968 238 Y 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 0.001 239 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 240 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 241 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 242 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 243 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.022 0.002 245 T 0.001 0.001 0.004 0.951 0.003 0.033 0.008 246 T 0.001 0.001 0.009 0.894 0.011 0.078 0.008 247 K 0.001 0.001 0.004 0.816 0.045 0.110 0.023 248 N 0.001 0.003 0.003 0.677 0.059 0.039 0.219 249 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.008 0.006 250 E 0.001 0.001 0.020 0.967 0.002 0.008 0.002 251 K 0.001 0.001 0.025 0.959 0.001 0.014 0.002 252 L 0.001 0.001 0.019 0.904 0.002 0.070 0.003 253 F 0.001 0.003 0.015 0.592 0.016 0.350 0.022 254 N 0.003 0.003 0.025 0.245 0.049 0.534 0.142 255 L 0.006 0.006 0.012 0.056 0.217 0.059 0.645 256 N 0.006 0.006 0.008 0.016 0.150 0.029 0.784 257 S 0.005 0.005 0.020 0.023 0.136 0.033 0.779