# TARGET T0315 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0315.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1154 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.169 0.136 0.153 0.167 0.178 0.057 2 L 0.021 0.034 0.087 0.223 0.319 0.251 0.066 3 I 0.023 0.031 0.037 0.057 0.122 0.402 0.329 4 D 0.006 0.010 0.021 0.062 0.151 0.362 0.387 5 T 0.003 0.006 0.012 0.026 0.071 0.298 0.583 6 H 0.006 0.011 0.015 0.040 0.126 0.340 0.462 7 V 0.004 0.010 0.023 0.065 0.169 0.399 0.330 8 H 0.009 0.022 0.052 0.111 0.261 0.389 0.156 9 L 0.009 0.027 0.065 0.186 0.373 0.300 0.039 10 N 0.068 0.186 0.261 0.247 0.166 0.063 0.009 11 D 0.146 0.243 0.278 0.219 0.095 0.018 0.001 12 E 0.549 0.315 0.099 0.030 0.007 0.001 0.001 13 Q 0.499 0.259 0.126 0.080 0.029 0.005 0.001 14 Y 0.183 0.226 0.274 0.213 0.089 0.014 0.001 15 D 0.505 0.331 0.120 0.036 0.007 0.001 0.001 16 D 0.629 0.247 0.080 0.031 0.011 0.003 0.001 17 D 0.248 0.350 0.217 0.122 0.050 0.013 0.001 18 L 0.022 0.076 0.204 0.392 0.252 0.052 0.002 19 S 0.319 0.377 0.200 0.077 0.022 0.005 0.001 20 E 0.170 0.479 0.265 0.070 0.013 0.002 0.001 21 V 0.007 0.017 0.056 0.232 0.456 0.223 0.009 22 I 0.010 0.048 0.144 0.347 0.322 0.121 0.008 23 T 0.135 0.532 0.246 0.071 0.013 0.002 0.001 24 R 0.013 0.091 0.292 0.419 0.161 0.024 0.001 25 A 0.003 0.006 0.018 0.113 0.414 0.415 0.030 26 R 0.027 0.195 0.374 0.292 0.096 0.015 0.001 27 E 0.297 0.476 0.162 0.051 0.012 0.002 0.001 28 A 0.029 0.161 0.318 0.296 0.160 0.033 0.002 29 G 0.043 0.220 0.307 0.272 0.121 0.035 0.002 30 V 0.003 0.011 0.035 0.155 0.415 0.343 0.038 31 D 0.004 0.047 0.138 0.286 0.320 0.175 0.029 32 R 0.001 0.002 0.012 0.071 0.224 0.487 0.204 33 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.283 0.695 34 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.223 0.749 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.167 0.811 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.256 0.716 37 G 0.001 0.001 0.003 0.018 0.104 0.445 0.430 38 F 0.001 0.003 0.017 0.096 0.317 0.437 0.128 39 N 0.013 0.103 0.226 0.297 0.229 0.115 0.017 40 K 0.058 0.217 0.291 0.246 0.131 0.050 0.007 41 S 0.274 0.335 0.196 0.107 0.059 0.023 0.005 42 T 0.102 0.219 0.246 0.217 0.152 0.057 0.007 43 I 0.021 0.066 0.151 0.310 0.300 0.141 0.010 44 E 0.177 0.458 0.248 0.085 0.025 0.006 0.001 45 R 0.015 0.149 0.363 0.321 0.125 0.024 0.002 46 A 0.002 0.003 0.008 0.066 0.323 0.536 0.063 47 M 0.005 0.057 0.233 0.406 0.235 0.060 0.003 48 K 0.058 0.513 0.325 0.089 0.013 0.002 0.001 49 L 0.004 0.021 0.089 0.343 0.397 0.141 0.006 50 I 0.003 0.019 0.090 0.307 0.434 0.141 0.007 51 D 0.306 0.496 0.154 0.036 0.007 0.001 0.001 52 E 0.391 0.420 0.146 0.037 0.005 0.001 0.001 53 Y 0.019 0.095 0.282 0.358 0.201 0.043 0.002 54 D 0.169 0.436 0.243 0.103 0.036 0.011 0.002 55 F 0.019 0.083 0.195 0.324 0.272 0.094 0.013 56 L 0.002 0.007 0.022 0.086 0.280 0.473 0.131 57 Y 0.001 0.004 0.012 0.065 0.220 0.437 0.261 58 G 0.001 0.002 0.004 0.010 0.032 0.226 0.724 59 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.030 0.181 0.776 60 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.030 0.161 0.796 61 G 0.001 0.002 0.004 0.013 0.053 0.247 0.681 62 W 0.002 0.004 0.008 0.027 0.097 0.372 0.491 63 H 0.002 0.007 0.021 0.081 0.232 0.453 0.205 64 P 0.008 0.030 0.077 0.159 0.278 0.351 0.098 65 V 0.029 0.087 0.157 0.249 0.263 0.178 0.036 66 D 0.099 0.198 0.228 0.225 0.157 0.079 0.014 67 A 0.068 0.076 0.122 0.229 0.292 0.192 0.020 68 I 0.267 0.261 0.214 0.160 0.076 0.020 0.002 69 D 0.385 0.363 0.157 0.063 0.022 0.008 0.001 70 F 0.114 0.180 0.240 0.280 0.147 0.037 0.002 71 T 0.236 0.334 0.219 0.134 0.059 0.018 0.001 72 E 0.676 0.207 0.075 0.029 0.010 0.002 0.001 73 E 0.365 0.374 0.172 0.066 0.019 0.004 0.001 74 H 0.024 0.068 0.134 0.279 0.334 0.154 0.007 75 L 0.008 0.080 0.260 0.396 0.212 0.042 0.001 76 E 0.234 0.544 0.181 0.035 0.005 0.001 0.001 77 W 0.003 0.045 0.234 0.422 0.247 0.046 0.002 78 I 0.001 0.001 0.003 0.045 0.331 0.583 0.037 79 E 0.006 0.123 0.397 0.365 0.098 0.010 0.001 80 S 0.059 0.547 0.289 0.089 0.014 0.002 0.001 81 L 0.001 0.013 0.075 0.332 0.413 0.161 0.005 82 A 0.003 0.019 0.091 0.331 0.432 0.119 0.005 83 Q 0.388 0.483 0.109 0.018 0.002 0.001 0.001 84 H 0.309 0.401 0.201 0.074 0.013 0.002 0.001 85 P 0.087 0.295 0.346 0.189 0.066 0.016 0.001 86 K 0.062 0.269 0.329 0.228 0.090 0.020 0.002 87 V 0.010 0.017 0.044 0.149 0.387 0.344 0.049 88 I 0.007 0.020 0.061 0.187 0.318 0.309 0.098 89 G 0.012 0.017 0.027 0.054 0.107 0.385 0.398 90 I 0.013 0.013 0.014 0.027 0.073 0.246 0.613 91 G 0.004 0.007 0.013 0.032 0.067 0.192 0.685 92 E 0.004 0.007 0.011 0.026 0.068 0.230 0.653 93 M 0.009 0.018 0.027 0.057 0.108 0.284 0.497 94 G 0.008 0.018 0.035 0.074 0.153 0.334 0.378 95 L 0.014 0.023 0.037 0.075 0.164 0.371 0.315 96 D 0.037 0.085 0.131 0.202 0.224 0.223 0.097 97 Y 0.023 0.045 0.084 0.175 0.296 0.299 0.078 98 H 0.046 0.097 0.157 0.241 0.270 0.161 0.027 99 W 0.083 0.149 0.225 0.261 0.190 0.081 0.010 100 D 0.345 0.263 0.176 0.125 0.066 0.022 0.003 101 K 0.439 0.256 0.147 0.093 0.046 0.016 0.002 102 S 0.420 0.262 0.160 0.100 0.043 0.013 0.002 103 P 0.446 0.287 0.144 0.079 0.034 0.010 0.001 104 A 0.216 0.319 0.262 0.137 0.050 0.015 0.001 105 D 0.519 0.298 0.100 0.047 0.025 0.010 0.002 106 V 0.043 0.156 0.255 0.273 0.201 0.066 0.007 107 Q 0.012 0.039 0.085 0.283 0.393 0.176 0.012 108 K 0.043 0.286 0.358 0.240 0.062 0.011 0.001 109 E 0.081 0.395 0.364 0.128 0.027 0.004 0.001 110 V 0.001 0.010 0.055 0.199 0.430 0.288 0.017 111 F 0.001 0.001 0.004 0.051 0.328 0.551 0.064 112 R 0.002 0.092 0.379 0.381 0.125 0.020 0.001 113 K 0.003 0.039 0.189 0.421 0.291 0.056 0.002 114 Q 0.001 0.001 0.002 0.010 0.092 0.709 0.186 115 I 0.001 0.005 0.033 0.211 0.453 0.276 0.021 116 A 0.009 0.246 0.418 0.246 0.068 0.012 0.001 117 L 0.001 0.009 0.061 0.324 0.436 0.160 0.009 118 A 0.001 0.002 0.006 0.046 0.291 0.560 0.096 119 K 0.030 0.276 0.373 0.235 0.075 0.010 0.001 120 R 0.175 0.495 0.236 0.078 0.015 0.001 0.001 121 L 0.005 0.050 0.206 0.419 0.267 0.051 0.002 122 K 0.114 0.486 0.266 0.102 0.025 0.006 0.001 123 L 0.001 0.005 0.036 0.216 0.482 0.241 0.019 124 P 0.001 0.002 0.011 0.051 0.216 0.560 0.159 125 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.407 0.546 126 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.204 0.768 127 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.235 0.723 128 H 0.001 0.001 0.003 0.019 0.096 0.386 0.494 129 N 0.002 0.012 0.037 0.117 0.259 0.414 0.161 130 R 0.014 0.100 0.196 0.272 0.241 0.146 0.033 131 E 0.128 0.312 0.235 0.155 0.094 0.055 0.020 132 A 0.019 0.054 0.118 0.243 0.309 0.219 0.038 133 T 0.034 0.092 0.161 0.260 0.265 0.163 0.026 134 Q 0.138 0.329 0.299 0.154 0.058 0.019 0.003 135 D 0.052 0.218 0.333 0.248 0.116 0.029 0.003 136 C 0.002 0.008 0.020 0.068 0.258 0.559 0.085 137 I 0.002 0.011 0.051 0.244 0.426 0.249 0.017 138 D 0.026 0.323 0.404 0.193 0.045 0.009 0.001 139 I 0.001 0.018 0.104 0.350 0.383 0.137 0.006 140 L 0.001 0.001 0.006 0.055 0.346 0.540 0.051 141 L 0.009 0.126 0.354 0.365 0.129 0.015 0.001 142 E 0.220 0.552 0.179 0.041 0.007 0.001 0.001 143 E 0.037 0.208 0.339 0.290 0.102 0.023 0.001 144 H 0.102 0.237 0.298 0.253 0.095 0.014 0.001 145 A 0.275 0.258 0.200 0.163 0.090 0.015 0.001 146 E 0.382 0.397 0.154 0.051 0.014 0.003 0.001 147 E 0.053 0.262 0.296 0.266 0.099 0.024 0.002 148 V 0.005 0.056 0.138 0.293 0.343 0.152 0.013 149 G 0.001 0.002 0.016 0.130 0.414 0.372 0.065 150 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.441 0.491 151 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.175 0.816 152 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.093 0.900 153 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.064 0.933 154 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.177 0.808 155 F 0.001 0.001 0.002 0.017 0.112 0.433 0.437 156 S 0.001 0.005 0.026 0.102 0.271 0.415 0.180 157 G 0.003 0.027 0.080 0.197 0.306 0.304 0.083 158 S 0.022 0.091 0.158 0.224 0.234 0.199 0.072 159 P 0.032 0.117 0.235 0.293 0.206 0.099 0.019 160 E 0.142 0.389 0.271 0.117 0.055 0.020 0.005 161 I 0.005 0.035 0.107 0.223 0.343 0.252 0.035 162 A 0.003 0.006 0.018 0.108 0.345 0.456 0.064 163 D 0.024 0.266 0.404 0.236 0.058 0.012 0.001 164 I 0.004 0.061 0.264 0.435 0.196 0.039 0.002 165 V 0.001 0.003 0.008 0.064 0.344 0.526 0.054 166 T 0.003 0.039 0.187 0.420 0.293 0.056 0.002 167 N 0.229 0.529 0.181 0.048 0.011 0.003 0.001 168 K 0.022 0.154 0.339 0.326 0.135 0.024 0.001 169 L 0.082 0.232 0.301 0.244 0.111 0.028 0.002 170 N 0.094 0.330 0.274 0.183 0.083 0.031 0.006 171 F 0.003 0.014 0.044 0.150 0.352 0.379 0.057 172 Y 0.002 0.015 0.056 0.183 0.310 0.312 0.123 173 I 0.001 0.002 0.004 0.013 0.057 0.378 0.546 174 S 0.003 0.010 0.024 0.065 0.154 0.325 0.420 175 L 0.002 0.004 0.010 0.028 0.083 0.313 0.560 176 G 0.005 0.015 0.027 0.062 0.145 0.335 0.412 177 G 0.007 0.018 0.037 0.085 0.174 0.384 0.297 178 P 0.014 0.038 0.071 0.144 0.242 0.321 0.170 179 V 0.012 0.026 0.061 0.152 0.295 0.359 0.095 180 T 0.053 0.110 0.155 0.217 0.240 0.186 0.040 181 F 0.078 0.163 0.237 0.261 0.181 0.073 0.008 182 K 0.253 0.342 0.209 0.120 0.054 0.018 0.004 183 N 0.128 0.258 0.257 0.214 0.107 0.032 0.004 184 A 0.047 0.126 0.213 0.290 0.230 0.088 0.006 185 K 0.463 0.364 0.124 0.036 0.010 0.003 0.001 186 Q 0.128 0.360 0.305 0.155 0.042 0.010 0.001 187 P 0.009 0.020 0.055 0.211 0.394 0.290 0.020 188 K 0.027 0.133 0.309 0.337 0.157 0.035 0.002 189 E 0.181 0.457 0.265 0.080 0.015 0.002 0.001 190 V 0.015 0.030 0.083 0.252 0.379 0.230 0.011 191 A 0.011 0.025 0.071 0.214 0.389 0.270 0.020 192 K 0.118 0.375 0.297 0.150 0.045 0.013 0.002 193 H 0.106 0.264 0.287 0.224 0.093 0.024 0.002 194 V 0.007 0.029 0.094 0.230 0.399 0.227 0.015 195 S 0.121 0.284 0.243 0.184 0.112 0.050 0.007 196 M 0.022 0.075 0.165 0.307 0.301 0.116 0.014 197 E 0.030 0.189 0.248 0.247 0.180 0.090 0.017 198 R 0.001 0.005 0.030 0.159 0.383 0.353 0.070 199 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.370 0.585 200 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.244 0.722 201 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.113 0.876 202 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.106 0.883 203 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.094 0.899 204 D 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.191 0.771 205 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.226 0.731 206 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.037 0.268 0.686 207 Y 0.001 0.002 0.008 0.032 0.119 0.377 0.462 208 L 0.002 0.006 0.016 0.051 0.160 0.394 0.371 209 S 0.010 0.040 0.085 0.176 0.276 0.291 0.123 210 P 0.026 0.063 0.111 0.195 0.242 0.260 0.104 211 H 0.059 0.119 0.163 0.227 0.217 0.166 0.050 212 P 0.139 0.196 0.194 0.189 0.149 0.105 0.027 213 Y 0.127 0.160 0.184 0.209 0.177 0.110 0.033 214 R 0.229 0.228 0.203 0.161 0.106 0.057 0.016 215 G 0.290 0.205 0.153 0.134 0.102 0.085 0.031 216 K 0.235 0.224 0.190 0.158 0.101 0.070 0.022 217 R 0.177 0.184 0.180 0.182 0.154 0.100 0.023 218 N 0.085 0.082 0.101 0.169 0.223 0.234 0.106 219 E 0.045 0.088 0.131 0.192 0.215 0.235 0.094 220 P 0.032 0.076 0.117 0.172 0.219 0.258 0.126 221 A 0.017 0.063 0.133 0.227 0.287 0.212 0.061 222 R 0.005 0.034 0.112 0.205 0.288 0.268 0.087 223 V 0.001 0.002 0.004 0.020 0.119 0.493 0.361 224 T 0.002 0.026 0.115 0.312 0.341 0.180 0.024 225 L 0.004 0.049 0.195 0.310 0.286 0.132 0.024 226 V 0.001 0.002 0.006 0.018 0.103 0.544 0.328 227 A 0.001 0.001 0.003 0.026 0.176 0.571 0.223 228 E 0.005 0.099 0.323 0.372 0.152 0.043 0.006 229 Q 0.002 0.023 0.136 0.406 0.340 0.090 0.004 230 I 0.001 0.002 0.005 0.040 0.257 0.615 0.080 231 A 0.004 0.037 0.170 0.400 0.331 0.058 0.001 232 E 0.154 0.471 0.259 0.088 0.023 0.005 0.001 233 L 0.048 0.156 0.301 0.323 0.138 0.031 0.001 234 K 0.167 0.232 0.249 0.222 0.103 0.026 0.001 235 G 0.556 0.288 0.087 0.040 0.020 0.008 0.001 236 L 0.090 0.122 0.212 0.281 0.209 0.080 0.007 237 S 0.245 0.371 0.191 0.110 0.053 0.026 0.005 238 Y 0.094 0.227 0.280 0.248 0.115 0.032 0.004 239 E 0.494 0.312 0.126 0.047 0.017 0.004 0.001 240 E 0.144 0.343 0.309 0.152 0.043 0.008 0.001 241 V 0.015 0.032 0.069 0.226 0.371 0.268 0.020 242 C 0.023 0.112 0.232 0.352 0.225 0.054 0.003 243 E 0.104 0.438 0.299 0.118 0.033 0.007 0.001 244 Q 0.005 0.027 0.115 0.352 0.356 0.137 0.007 245 T 0.001 0.002 0.006 0.029 0.180 0.621 0.160 246 T 0.007 0.056 0.187 0.379 0.273 0.092 0.006 247 K 0.023 0.211 0.357 0.271 0.111 0.026 0.002 248 N 0.002 0.009 0.044 0.171 0.409 0.339 0.026 249 A 0.019 0.016 0.017 0.053 0.212 0.570 0.112 250 E 0.063 0.207 0.255 0.286 0.156 0.031 0.001 251 K 0.076 0.196 0.314 0.297 0.099 0.017 0.001 252 L 0.081 0.094 0.091 0.150 0.236 0.320 0.028 253 F 0.083 0.102 0.135 0.272 0.298 0.106 0.003 254 N 0.411 0.311 0.178 0.075 0.021 0.004 0.001 255 L 0.437 0.271 0.186 0.081 0.022 0.003 0.001 256 N 0.758 0.171 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 257 S 0.704 0.194 0.068 0.025 0.007 0.001 0.001