# TARGET T0314 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.003 0.011 0.011 0.157 0.778 2 S 0.151 0.027 0.012 0.022 0.115 0.674 3 I 0.211 0.041 0.010 0.031 0.116 0.591 4 T 0.214 0.038 0.011 0.042 0.123 0.570 5 S 0.149 0.027 0.021 0.222 0.199 0.381 6 T 0.049 0.006 0.042 0.395 0.287 0.221 7 D 0.035 0.008 0.043 0.477 0.288 0.149 8 I 0.023 0.006 0.038 0.678 0.187 0.069 9 C 0.008 0.002 0.031 0.710 0.174 0.075 10 Q 0.008 0.007 0.031 0.725 0.150 0.080 11 A 0.003 0.003 0.042 0.870 0.060 0.022 12 A 0.004 0.002 0.077 0.839 0.060 0.018 13 D 0.004 0.002 0.146 0.654 0.134 0.061 14 A 0.008 0.006 0.155 0.550 0.191 0.091 15 L 0.026 0.007 0.035 0.310 0.407 0.215 16 K 0.036 0.006 0.026 0.138 0.456 0.337 17 G 0.199 0.015 0.023 0.109 0.395 0.259 18 F 0.541 0.032 0.022 0.057 0.201 0.146 19 V 0.662 0.028 0.014 0.030 0.112 0.154 20 G 0.550 0.010 0.022 0.025 0.221 0.172 21 F 0.427 0.026 0.027 0.022 0.279 0.219 22 N 0.209 0.022 0.043 0.026 0.476 0.225 23 R 0.098 0.008 0.062 0.020 0.644 0.168 24 K 0.107 0.021 0.067 0.023 0.569 0.213 25 T 0.191 0.027 0.030 0.010 0.530 0.212 26 G 0.213 0.004 0.009 0.004 0.424 0.345 27 R 0.647 0.015 0.002 0.001 0.114 0.221 28 Y 0.912 0.006 0.001 0.001 0.023 0.057 29 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.007 0.029 30 V 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 31 R 0.939 0.003 0.001 0.001 0.011 0.045 32 F 0.753 0.005 0.001 0.003 0.031 0.208 33 S 0.588 0.018 0.004 0.013 0.146 0.232 34 E 0.318 0.029 0.065 0.071 0.358 0.160 35 D 0.078 0.010 0.167 0.089 0.564 0.093 36 S 0.055 0.011 0.258 0.155 0.477 0.044 37 F 0.030 0.011 0.204 0.293 0.354 0.108 38 G 0.072 0.013 0.024 0.062 0.354 0.476 39 M 0.155 0.018 0.019 0.032 0.271 0.505 40 D 0.221 0.125 0.021 0.042 0.227 0.364 41 V 0.138 0.034 0.270 0.158 0.318 0.083 42 A 0.052 0.007 0.368 0.180 0.319 0.073 43 D 0.036 0.005 0.451 0.202 0.264 0.043 44 D 0.047 0.008 0.355 0.179 0.345 0.065 45 S 0.072 0.012 0.116 0.137 0.486 0.177 46 I 0.078 0.023 0.070 0.052 0.493 0.284 47 T 0.071 0.039 0.018 0.025 0.460 0.387 48 P 0.046 0.036 0.057 0.034 0.485 0.343 49 T 0.021 0.009 0.428 0.045 0.377 0.121 50 S 0.017 0.002 0.664 0.024 0.249 0.044 51 E 0.053 0.004 0.628 0.031 0.251 0.033 52 F 0.211 0.015 0.245 0.049 0.361 0.120 53 V 0.401 0.015 0.050 0.050 0.297 0.187 54 W 0.497 0.022 0.020 0.035 0.190 0.236 55 S 0.315 0.023 0.008 0.041 0.244 0.370 56 S 0.111 0.011 0.014 0.057 0.370 0.437 57 V 0.053 0.010 0.042 0.088 0.501 0.306 58 R 0.061 0.009 0.082 0.142 0.478 0.227 59 D 0.098 0.009 0.120 0.241 0.374 0.157 60 D 0.166 0.017 0.072 0.367 0.184 0.193 61 V 0.311 0.028 0.055 0.375 0.110 0.121 62 M 0.250 0.009 0.044 0.419 0.129 0.150 63 R 0.204 0.014 0.030 0.532 0.102 0.118 64 L 0.121 0.011 0.030 0.579 0.093 0.167 65 G 0.088 0.005 0.010 0.756 0.040 0.102 66 R 0.034 0.001 0.009 0.881 0.028 0.048 67 E 0.016 0.002 0.003 0.917 0.021 0.041 68 Q 0.006 0.001 0.003 0.944 0.012 0.033 69 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 71 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 72 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.004 73 L 0.001 0.001 0.009 0.963 0.018 0.008 74 E 0.005 0.002 0.018 0.867 0.071 0.037 75 Q 0.010 0.005 0.030 0.712 0.131 0.113 76 N 0.029 0.043 0.021 0.332 0.180 0.395 77 I 0.017 0.016 0.014 0.097 0.266 0.592 78 N 0.007 0.014 0.051 0.071 0.475 0.383 79 E 0.012 0.009 0.162 0.139 0.520 0.158 80 R 0.040 0.021 0.111 0.093 0.547 0.189 81 L 0.083 0.094 0.037 0.072 0.426 0.288 82 N 0.054 0.058 0.006 0.024 0.722 0.137 83 I 0.029 0.020 0.019 0.096 0.759 0.077 84 G 0.018 0.005 0.018 0.055 0.836 0.068 85 E 0.078 0.018 0.021 0.095 0.705 0.084 86 P 0.183 0.029 0.028 0.283 0.191 0.287 87 L 0.270 0.036 0.065 0.387 0.127 0.115 88 L 0.458 0.012 0.081 0.265 0.095 0.089 89 V 0.634 0.010 0.042 0.159 0.056 0.099 90 Y 0.651 0.014 0.049 0.127 0.077 0.082 91 L 0.739 0.013 0.020 0.061 0.060 0.107 92 R 0.596 0.010 0.025 0.057 0.149 0.164 93 R 0.164 0.005 0.201 0.083 0.389 0.157 94 Q 0.083 0.005 0.092 0.065 0.468 0.287 95 D 0.046 0.009 0.053 0.047 0.384 0.462 96 L 0.024 0.009 0.004 0.036 0.277 0.650 97 P 0.014 0.002 0.006 0.037 0.125 0.816 98 E 0.277 0.018 0.037 0.305 0.113 0.250 99 I 0.452 0.004 0.030 0.345 0.061 0.108 100 T 0.321 0.005 0.035 0.529 0.041 0.069 101 A 0.313 0.006 0.036 0.529 0.043 0.073 102 Q 0.249 0.007 0.077 0.535 0.062 0.071 103 R 0.108 0.005 0.163 0.496 0.107 0.121 104 Q 0.074 0.008 0.108 0.361 0.136 0.313 105 L 0.036 0.023 0.042 0.206 0.107 0.586 106 R 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.974