# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.156 0.104 0.069 0.004 0.020 0.043 0.038 0.022 0.028 0.032 0.034 0.028 0.041 0.009 0.074 0.061 0.009 0.055 0.042 0.097 0.019 2 S 0.032 0.114 0.066 0.113 0.010 0.027 0.049 0.050 0.022 0.019 0.024 0.026 0.039 0.059 0.043 0.049 0.014 0.008 0.054 0.019 0.049 0.114 3 I 0.010 0.147 0.077 0.049 0.003 0.031 0.028 0.038 0.029 0.042 0.039 0.062 0.036 0.055 0.015 0.071 0.026 0.016 0.037 0.052 0.113 0.024 4 T 0.013 0.221 0.134 0.162 0.008 0.035 0.045 0.041 0.023 0.014 0.015 0.032 0.025 0.034 0.017 0.046 0.010 0.005 0.015 0.021 0.043 0.041 5 S 0.017 0.171 0.116 0.136 0.019 0.230 0.029 0.080 0.011 0.013 0.013 0.022 0.017 0.019 0.012 0.023 0.006 0.005 0.006 0.016 0.031 0.008 6 T 0.009 0.024 0.158 0.052 0.008 0.408 0.022 0.272 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 7 D 0.002 0.012 0.020 0.015 0.001 0.025 0.050 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 8 I 0.003 0.017 0.033 0.013 0.001 0.095 0.033 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 9 C 0.001 0.008 0.046 0.006 0.001 0.037 0.025 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 10 Q 0.001 0.004 0.035 0.004 0.001 0.014 0.036 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.002 0.006 0.072 0.007 0.001 0.027 0.055 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.003 0.005 0.144 0.007 0.001 0.024 0.043 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.005 0.004 0.122 0.005 0.001 0.011 0.113 0.731 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.006 0.009 0.267 0.005 0.001 0.018 0.285 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 15 L 0.018 0.055 0.410 0.030 0.001 0.030 0.258 0.163 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 16 K 0.097 0.031 0.305 0.046 0.013 0.038 0.235 0.145 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.007 0.002 0.013 0.014 0.001 0.019 0.003 0.009 0.005 17 G 0.071 0.054 0.109 0.041 0.010 0.037 0.260 0.133 0.009 0.007 0.009 0.017 0.009 0.021 0.007 0.025 0.045 0.004 0.087 0.009 0.021 0.015 18 F 0.018 0.119 0.148 0.054 0.003 0.051 0.066 0.064 0.021 0.014 0.023 0.037 0.032 0.027 0.012 0.052 0.097 0.013 0.062 0.012 0.028 0.049 19 V 0.015 0.138 0.124 0.089 0.004 0.034 0.034 0.043 0.022 0.019 0.032 0.053 0.037 0.042 0.022 0.063 0.064 0.024 0.036 0.014 0.038 0.053 20 G 0.028 0.090 0.083 0.060 0.021 0.038 0.058 0.059 0.020 0.020 0.041 0.056 0.032 0.031 0.023 0.038 0.048 0.111 0.026 0.020 0.041 0.055 21 F 0.012 0.106 0.194 0.076 0.004 0.032 0.051 0.049 0.019 0.011 0.016 0.030 0.021 0.017 0.014 0.038 0.038 0.156 0.016 0.016 0.019 0.064 22 N 0.033 0.123 0.098 0.082 0.012 0.039 0.068 0.047 0.011 0.006 0.011 0.020 0.015 0.008 0.008 0.025 0.029 0.247 0.009 0.016 0.022 0.070 23 R 0.042 0.066 0.274 0.049 0.016 0.078 0.040 0.050 0.006 0.003 0.008 0.012 0.006 0.007 0.004 0.022 0.031 0.141 0.017 0.013 0.022 0.094 24 K 0.030 0.084 0.367 0.076 0.007 0.018 0.116 0.062 0.004 0.002 0.004 0.012 0.005 0.003 0.002 0.019 0.019 0.068 0.019 0.011 0.017 0.054 25 T 0.084 0.108 0.141 0.128 0.008 0.022 0.266 0.013 0.004 0.003 0.005 0.004 0.003 0.004 0.002 0.027 0.020 0.023 0.024 0.017 0.041 0.054 26 G 0.301 0.041 0.043 0.044 0.073 0.009 0.103 0.005 0.006 0.002 0.003 0.006 0.005 0.009 0.002 0.055 0.029 0.003 0.159 0.017 0.058 0.028 27 R 0.011 0.050 0.015 0.034 0.001 0.004 0.010 0.004 0.012 0.007 0.008 0.005 0.009 0.008 0.018 0.075 0.090 0.001 0.418 0.029 0.055 0.135 28 Y 0.003 0.029 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.020 0.014 0.024 0.027 0.024 0.006 0.184 0.159 0.001 0.062 0.139 0.175 0.092 29 I 0.002 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.032 0.013 0.023 0.034 0.024 0.156 0.198 0.002 0.146 0.089 0.104 0.115 30 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.030 0.036 0.028 0.036 0.007 0.115 0.042 0.007 0.019 0.307 0.259 0.047 31 R 0.001 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.038 0.037 0.023 0.029 0.030 0.018 0.094 0.035 0.024 0.002 0.452 0.137 0.035 32 F 0.001 0.023 0.012 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 0.050 0.026 0.028 0.022 0.029 0.016 0.092 0.019 0.016 0.001 0.370 0.185 0.059 33 S 0.003 0.159 0.022 0.100 0.016 0.010 0.004 0.006 0.031 0.028 0.032 0.032 0.034 0.020 0.010 0.086 0.035 0.163 0.002 0.100 0.088 0.019 34 E 0.009 0.033 0.470 0.085 0.016 0.157 0.014 0.026 0.012 0.012 0.013 0.008 0.014 0.011 0.007 0.020 0.009 0.015 0.001 0.014 0.020 0.033 35 D 0.018 0.089 0.177 0.037 0.007 0.021 0.285 0.223 0.007 0.007 0.007 0.011 0.007 0.009 0.003 0.022 0.010 0.019 0.002 0.009 0.022 0.009 36 S 0.047 0.114 0.232 0.063 0.007 0.110 0.228 0.085 0.004 0.004 0.007 0.004 0.004 0.004 0.003 0.019 0.012 0.004 0.006 0.006 0.019 0.017 37 F 0.051 0.159 0.211 0.088 0.011 0.033 0.229 0.062 0.006 0.004 0.005 0.005 0.003 0.009 0.002 0.037 0.012 0.004 0.020 0.010 0.031 0.009 38 G 0.136 0.092 0.079 0.072 0.049 0.042 0.184 0.062 0.005 0.003 0.005 0.004 0.005 0.008 0.006 0.021 0.010 0.006 0.160 0.007 0.021 0.021 39 M 0.012 0.172 0.149 0.105 0.005 0.044 0.054 0.059 0.010 0.006 0.010 0.012 0.008 0.017 0.005 0.039 0.030 0.007 0.126 0.019 0.047 0.063 40 D 0.013 0.191 0.084 0.158 0.015 0.032 0.044 0.096 0.012 0.006 0.007 0.026 0.015 0.011 0.005 0.037 0.023 0.038 0.065 0.031 0.045 0.047 41 V 0.017 0.065 0.316 0.053 0.007 0.121 0.049 0.107 0.012 0.004 0.007 0.012 0.011 0.011 0.010 0.037 0.021 0.018 0.025 0.016 0.022 0.059 42 A 0.010 0.066 0.236 0.052 0.005 0.012 0.263 0.171 0.007 0.003 0.006 0.021 0.010 0.012 0.003 0.020 0.013 0.017 0.009 0.029 0.019 0.017 43 D 0.045 0.119 0.168 0.107 0.013 0.041 0.169 0.086 0.007 0.004 0.011 0.015 0.008 0.011 0.004 0.025 0.022 0.010 0.015 0.052 0.046 0.022 44 D 0.063 0.054 0.414 0.055 0.017 0.034 0.140 0.068 0.007 0.004 0.007 0.007 0.005 0.011 0.004 0.015 0.015 0.007 0.018 0.012 0.021 0.020 45 S 0.057 0.123 0.190 0.058 0.009 0.016 0.254 0.071 0.010 0.003 0.006 0.010 0.006 0.011 0.005 0.027 0.015 0.011 0.057 0.016 0.024 0.021 46 I 0.046 0.253 0.198 0.104 0.007 0.031 0.121 0.013 0.006 0.005 0.005 0.008 0.006 0.012 0.010 0.021 0.008 0.010 0.045 0.008 0.021 0.063 47 T 0.009 0.313 0.091 0.226 0.017 0.024 0.013 0.008 0.009 0.005 0.007 0.014 0.006 0.012 0.002 0.032 0.019 0.012 0.119 0.019 0.031 0.012 48 P 0.005 0.113 0.058 0.700 0.015 0.011 0.008 0.007 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.006 0.007 0.009 0.007 0.002 0.006 0.023 49 T 0.022 0.132 0.234 0.177 0.015 0.079 0.090 0.025 0.018 0.007 0.007 0.020 0.014 0.011 0.007 0.033 0.031 0.007 0.007 0.020 0.029 0.016 50 S 0.017 0.114 0.129 0.124 0.017 0.035 0.260 0.054 0.012 0.006 0.017 0.017 0.011 0.011 0.005 0.035 0.035 0.009 0.011 0.029 0.034 0.020 51 E 0.018 0.075 0.121 0.079 0.007 0.022 0.152 0.059 0.026 0.009 0.015 0.035 0.025 0.019 0.011 0.099 0.117 0.002 0.014 0.029 0.036 0.031 52 F 0.033 0.119 0.053 0.035 0.004 0.019 0.110 0.045 0.022 0.026 0.030 0.016 0.019 0.029 0.058 0.056 0.089 0.015 0.021 0.020 0.065 0.117 53 V 0.009 0.110 0.053 0.028 0.002 0.010 0.014 0.019 0.025 0.018 0.029 0.038 0.029 0.033 0.012 0.143 0.112 0.016 0.052 0.077 0.119 0.050 54 W 0.016 0.119 0.051 0.075 0.005 0.012 0.026 0.015 0.018 0.025 0.028 0.022 0.021 0.028 0.040 0.068 0.053 0.038 0.040 0.042 0.070 0.188 55 S 0.007 0.169 0.044 0.100 0.011 0.029 0.015 0.018 0.022 0.018 0.021 0.051 0.021 0.025 0.009 0.071 0.038 0.066 0.025 0.082 0.120 0.037 56 S 0.015 0.143 0.124 0.295 0.015 0.053 0.027 0.036 0.013 0.008 0.009 0.011 0.018 0.012 0.024 0.029 0.017 0.032 0.005 0.020 0.021 0.071 57 V 0.012 0.168 0.203 0.122 0.007 0.039 0.061 0.051 0.007 0.007 0.009 0.019 0.008 0.011 0.005 0.032 0.026 0.027 0.005 0.091 0.065 0.027 58 R 0.027 0.187 0.139 0.271 0.018 0.067 0.082 0.085 0.003 0.003 0.005 0.010 0.006 0.005 0.003 0.014 0.009 0.011 0.007 0.013 0.021 0.015 59 D 0.029 0.071 0.279 0.087 0.012 0.215 0.084 0.125 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.002 0.011 0.009 0.004 0.010 0.010 0.015 0.017 60 D 0.024 0.077 0.102 0.051 0.005 0.051 0.148 0.433 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.011 0.022 0.004 0.023 0.006 0.010 0.014 61 V 0.018 0.116 0.113 0.065 0.001 0.069 0.092 0.362 0.003 0.001 0.003 0.004 0.004 0.004 0.005 0.013 0.020 0.005 0.023 0.009 0.012 0.057 62 M 0.013 0.092 0.120 0.055 0.003 0.053 0.082 0.397 0.003 0.002 0.004 0.008 0.004 0.007 0.002 0.019 0.017 0.013 0.039 0.017 0.028 0.023 63 R 0.022 0.072 0.100 0.060 0.008 0.056 0.123 0.358 0.004 0.001 0.002 0.007 0.004 0.005 0.003 0.016 0.010 0.008 0.046 0.017 0.017 0.059 64 L 0.011 0.157 0.141 0.190 0.002 0.066 0.081 0.187 0.004 0.004 0.003 0.004 0.003 0.005 0.003 0.013 0.012 0.014 0.019 0.020 0.035 0.027 65 G 0.075 0.095 0.114 0.112 0.020 0.107 0.069 0.290 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.011 0.010 0.005 0.011 0.023 0.019 0.020 66 R 0.009 0.047 0.097 0.042 0.002 0.468 0.036 0.238 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.013 0.008 0.011 0.009 67 E 0.001 0.009 0.039 0.023 0.001 0.034 0.035 0.831 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 68 Q 0.005 0.017 0.023 0.012 0.001 0.046 0.048 0.801 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.006 0.010 0.010 69 L 0.002 0.012 0.021 0.011 0.001 0.042 0.008 0.848 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.005 0.010 0.001 0.005 0.003 0.009 0.009 70 Q 0.002 0.005 0.021 0.004 0.001 0.026 0.010 0.845 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.006 0.007 0.001 0.014 0.018 0.020 0.006 71 I 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.006 0.005 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 72 L 0.001 0.004 0.044 0.006 0.001 0.008 0.017 0.869 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 73 L 0.004 0.011 0.115 0.006 0.001 0.018 0.028 0.747 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.006 0.003 0.002 0.013 0.018 0.010 74 E 0.007 0.008 0.336 0.006 0.001 0.013 0.150 0.437 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.008 0.009 0.006 75 Q 0.024 0.026 0.241 0.016 0.001 0.022 0.293 0.330 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.007 0.009 0.006 76 N 0.109 0.133 0.173 0.051 0.009 0.049 0.109 0.295 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.006 0.004 0.006 0.021 0.004 0.008 0.007 77 I 0.016 0.072 0.384 0.069 0.002 0.108 0.037 0.220 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.008 0.008 0.005 0.031 0.003 0.006 0.013 78 N 0.019 0.064 0.168 0.038 0.007 0.055 0.172 0.397 0.002 0.001 0.003 0.005 0.004 0.004 0.001 0.007 0.009 0.009 0.013 0.003 0.009 0.010 79 E 0.015 0.047 0.180 0.033 0.003 0.097 0.093 0.445 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.002 0.008 0.010 0.005 0.021 0.003 0.004 0.013 80 R 0.012 0.063 0.260 0.032 0.001 0.028 0.162 0.368 0.003 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.002 0.005 0.004 0.013 0.006 0.003 0.004 0.016 81 L 0.021 0.124 0.243 0.112 0.002 0.024 0.195 0.134 0.006 0.002 0.006 0.009 0.005 0.011 0.002 0.016 0.015 0.006 0.025 0.011 0.015 0.016 82 N 0.142 0.095 0.167 0.060 0.064 0.021 0.198 0.077 0.006 0.002 0.005 0.007 0.004 0.010 0.002 0.009 0.006 0.031 0.036 0.008 0.020 0.031 83 I 0.027 0.129 0.350 0.150 0.005 0.044 0.079 0.034 0.008 0.003 0.004 0.007 0.005 0.006 0.004 0.019 0.010 0.012 0.070 0.006 0.014 0.015 84 G 0.092 0.133 0.238 0.067 0.030 0.039 0.246 0.014 0.005 0.002 0.002 0.009 0.005 0.007 0.002 0.012 0.006 0.004 0.012 0.006 0.014 0.053 85 E 0.008 0.280 0.077 0.278 0.006 0.082 0.012 0.016 0.008 0.004 0.004 0.005 0.005 0.005 0.002 0.034 0.021 0.005 0.117 0.008 0.020 0.005 86 P 0.013 0.048 0.099 0.465 0.016 0.053 0.033 0.067 0.010 0.004 0.003 0.008 0.022 0.010 0.009 0.017 0.021 0.001 0.009 0.004 0.009 0.080 87 L 0.005 0.082 0.030 0.044 0.001 0.019 0.059 0.091 0.027 0.023 0.024 0.029 0.017 0.023 0.009 0.075 0.193 0.004 0.023 0.076 0.130 0.017 88 L 0.008 0.037 0.021 0.027 0.001 0.016 0.025 0.089 0.045 0.014 0.020 0.021 0.053 0.040 0.018 0.133 0.146 0.003 0.031 0.037 0.066 0.151 89 V 0.002 0.020 0.009 0.006 0.001 0.005 0.006 0.038 0.023 0.029 0.043 0.028 0.024 0.037 0.021 0.115 0.190 0.014 0.014 0.123 0.197 0.055 90 Y 0.003 0.014 0.016 0.008 0.001 0.006 0.006 0.049 0.054 0.026 0.031 0.047 0.064 0.049 0.016 0.096 0.088 0.036 0.012 0.081 0.129 0.168 91 L 0.003 0.032 0.038 0.014 0.001 0.005 0.010 0.052 0.039 0.033 0.045 0.025 0.034 0.041 0.013 0.091 0.044 0.090 0.006 0.166 0.141 0.077 92 R 0.013 0.068 0.111 0.046 0.006 0.012 0.037 0.059 0.030 0.020 0.021 0.028 0.038 0.048 0.015 0.075 0.035 0.031 0.006 0.088 0.113 0.101 93 R 0.020 0.128 0.257 0.063 0.009 0.026 0.051 0.047 0.012 0.021 0.018 0.019 0.018 0.019 0.010 0.028 0.008 0.068 0.005 0.062 0.087 0.025 94 Q 0.052 0.076 0.335 0.146 0.013 0.028 0.136 0.042 0.008 0.009 0.009 0.010 0.010 0.012 0.002 0.025 0.008 0.008 0.009 0.018 0.034 0.012 95 D 0.187 0.129 0.107 0.041 0.028 0.030 0.364 0.018 0.003 0.004 0.002 0.004 0.002 0.006 0.003 0.009 0.005 0.002 0.012 0.007 0.021 0.017 96 L 0.005 0.341 0.072 0.166 0.003 0.255 0.007 0.018 0.004 0.003 0.003 0.002 0.004 0.004 0.002 0.014 0.007 0.001 0.072 0.003 0.011 0.003 97 P 0.006 0.047 0.156 0.393 0.021 0.100 0.029 0.177 0.003 0.002 0.002 0.006 0.007 0.006 0.002 0.007 0.007 0.001 0.005 0.003 0.005 0.015 98 E 0.005 0.049 0.036 0.035 0.002 0.060 0.176 0.529 0.008 0.002 0.004 0.008 0.005 0.008 0.003 0.012 0.012 0.001 0.015 0.007 0.013 0.010 99 I 0.004 0.098 0.027 0.070 0.001 0.094 0.035 0.513 0.010 0.006 0.004 0.007 0.015 0.012 0.006 0.015 0.019 0.003 0.011 0.006 0.020 0.025 100 T 0.003 0.031 0.056 0.029 0.001 0.038 0.018 0.600 0.013 0.004 0.007 0.014 0.013 0.013 0.003 0.026 0.033 0.004 0.007 0.036 0.033 0.017 101 A 0.003 0.014 0.042 0.017 0.001 0.018 0.037 0.759 0.008 0.002 0.003 0.004 0.009 0.007 0.003 0.012 0.020 0.003 0.004 0.004 0.010 0.019 102 Q 0.004 0.015 0.114 0.012 0.001 0.026 0.081 0.624 0.005 0.002 0.004 0.009 0.009 0.009 0.002 0.011 0.015 0.004 0.003 0.013 0.021 0.018 103 R 0.015 0.023 0.130 0.013 0.001 0.021 0.066 0.603 0.004 0.003 0.005 0.007 0.005 0.008 0.001 0.011 0.012 0.007 0.005 0.018 0.027 0.015 104 Q 0.023 0.037 0.230 0.022 0.002 0.030 0.081 0.433 0.004 0.002 0.003 0.006 0.006 0.007 0.003 0.014 0.012 0.005 0.012 0.014 0.017 0.037 105 L 0.021 0.108 0.269 0.071 0.002 0.038 0.105 0.238 0.005 0.004 0.004 0.006 0.006 0.009 0.003 0.016 0.017 0.009 0.015 0.012 0.022 0.022 106 R 0.052 0.124 0.239 0.107 0.015 0.050 0.090 0.169 0.005 0.003 0.004 0.007 0.006 0.009 0.003 0.017 0.011 0.009 0.026 0.012 0.025 0.018