# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.013 0.002 0.104 0.087 0.121 0.119 0.003 0.001 0.074 0.455 2 S 0.024 0.008 0.001 0.069 0.075 0.115 0.119 0.001 0.001 0.105 0.482 3 I 0.012 0.020 0.002 0.094 0.080 0.100 0.122 0.003 0.001 0.076 0.489 4 T 0.110 0.370 0.003 0.031 0.024 0.031 0.077 0.010 0.002 0.070 0.271 5 S 0.086 0.674 0.003 0.008 0.004 0.008 0.030 0.017 0.001 0.026 0.142 6 T 0.042 0.583 0.002 0.010 0.005 0.009 0.036 0.006 0.001 0.058 0.248 7 D 0.013 0.801 0.004 0.006 0.006 0.007 0.021 0.004 0.001 0.054 0.083 8 I 0.032 0.883 0.002 0.002 0.002 0.003 0.009 0.010 0.001 0.012 0.044 9 C 0.021 0.750 0.005 0.006 0.004 0.004 0.012 0.006 0.001 0.097 0.093 10 Q 0.008 0.897 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.017 0.057 11 A 0.037 0.857 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.002 0.017 0.050 12 A 0.049 0.546 0.040 0.004 0.001 0.003 0.025 0.016 0.023 0.150 0.143 13 D 0.175 0.100 0.052 0.004 0.002 0.005 0.069 0.007 0.040 0.212 0.333 14 A 0.183 0.032 0.018 0.009 0.002 0.006 0.086 0.014 0.011 0.130 0.511 15 L 0.175 0.015 0.004 0.012 0.003 0.006 0.115 0.006 0.003 0.069 0.594 16 K 0.022 0.010 0.001 0.044 0.004 0.012 0.145 0.001 0.001 0.033 0.728 17 G 0.006 0.005 0.001 0.042 0.016 0.057 0.137 0.004 0.001 0.073 0.661 18 F 0.018 0.006 0.001 0.096 0.052 0.086 0.129 0.002 0.001 0.125 0.485 19 V 0.009 0.005 0.002 0.209 0.072 0.165 0.078 0.001 0.001 0.065 0.391 20 G 0.049 0.007 0.003 0.126 0.058 0.134 0.080 0.002 0.001 0.109 0.431 21 F 0.060 0.004 0.002 0.133 0.076 0.117 0.093 0.003 0.002 0.095 0.416 22 N 0.051 0.002 0.004 0.060 0.038 0.090 0.122 0.002 0.004 0.083 0.545 23 R 0.061 0.001 0.002 0.031 0.038 0.067 0.139 0.005 0.002 0.044 0.610 24 K 0.051 0.001 0.001 0.022 0.034 0.054 0.133 0.002 0.001 0.046 0.656 25 T 0.005 0.001 0.001 0.034 0.061 0.105 0.133 0.001 0.001 0.037 0.623 26 G 0.001 0.001 0.001 0.055 0.109 0.282 0.101 0.002 0.001 0.062 0.388 27 R 0.001 0.001 0.001 0.146 0.199 0.214 0.056 0.001 0.001 0.059 0.323 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.234 0.261 0.390 0.012 0.001 0.001 0.047 0.056 29 I 0.001 0.001 0.001 0.257 0.266 0.229 0.019 0.001 0.001 0.060 0.168 30 V 0.001 0.001 0.001 0.368 0.300 0.208 0.019 0.001 0.001 0.025 0.080 31 R 0.013 0.002 0.001 0.257 0.141 0.255 0.058 0.002 0.001 0.089 0.182 32 F 0.106 0.012 0.002 0.200 0.055 0.072 0.091 0.005 0.003 0.105 0.349 33 S 0.104 0.037 0.005 0.081 0.024 0.046 0.137 0.007 0.005 0.124 0.429 34 E 0.094 0.042 0.007 0.047 0.015 0.025 0.144 0.006 0.004 0.099 0.518 35 D 0.184 0.059 0.004 0.041 0.038 0.043 0.126 0.014 0.002 0.157 0.332 36 S 0.142 0.063 0.003 0.034 0.018 0.029 0.132 0.011 0.001 0.127 0.440 37 F 0.068 0.088 0.002 0.037 0.024 0.053 0.155 0.007 0.001 0.054 0.510 38 G 0.049 0.077 0.002 0.034 0.045 0.078 0.160 0.006 0.001 0.057 0.490 39 M 0.039 0.045 0.004 0.035 0.037 0.061 0.165 0.006 0.002 0.055 0.551 40 D 0.083 0.125 0.007 0.053 0.027 0.058 0.133 0.015 0.004 0.111 0.384 41 V 0.343 0.075 0.019 0.026 0.009 0.016 0.080 0.008 0.010 0.132 0.281 42 A 0.127 0.061 0.011 0.044 0.011 0.025 0.121 0.010 0.005 0.084 0.501 43 D 0.136 0.029 0.002 0.019 0.011 0.024 0.105 0.008 0.001 0.074 0.591 44 D 0.085 0.013 0.002 0.046 0.021 0.036 0.147 0.006 0.001 0.097 0.547 45 S 0.016 0.004 0.001 0.037 0.025 0.057 0.162 0.003 0.001 0.049 0.644 46 I 0.028 0.003 0.001 0.047 0.038 0.053 0.141 0.001 0.001 0.059 0.627 47 T 0.039 0.008 0.002 0.055 0.060 0.075 0.176 0.004 0.001 0.076 0.505 48 P 0.093 0.015 0.002 0.032 0.014 0.030 0.156 0.005 0.002 0.052 0.599 49 T 0.093 0.052 0.002 0.045 0.020 0.036 0.155 0.016 0.001 0.076 0.502 50 S 0.107 0.092 0.003 0.046 0.021 0.049 0.143 0.010 0.001 0.074 0.455 51 E 0.032 0.043 0.002 0.102 0.061 0.137 0.110 0.007 0.001 0.094 0.410 52 F 0.024 0.025 0.003 0.103 0.092 0.138 0.104 0.003 0.001 0.124 0.384 53 V 0.033 0.027 0.003 0.103 0.123 0.145 0.105 0.003 0.001 0.085 0.373 54 W 0.037 0.043 0.003 0.071 0.079 0.124 0.110 0.003 0.002 0.065 0.463 55 S 0.062 0.054 0.004 0.034 0.055 0.085 0.129 0.007 0.003 0.066 0.501 56 S 0.090 0.197 0.006 0.020 0.019 0.033 0.096 0.010 0.005 0.069 0.454 57 V 0.128 0.525 0.005 0.004 0.005 0.007 0.037 0.011 0.002 0.027 0.249 58 R 0.061 0.691 0.002 0.003 0.003 0.004 0.021 0.006 0.001 0.021 0.187 59 D 0.043 0.660 0.005 0.005 0.003 0.005 0.026 0.005 0.001 0.062 0.185 60 D 0.047 0.727 0.003 0.004 0.005 0.006 0.023 0.007 0.001 0.077 0.101 61 V 0.032 0.700 0.005 0.004 0.006 0.006 0.026 0.006 0.001 0.086 0.128 62 M 0.019 0.889 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.018 0.050 63 R 0.017 0.858 0.001 0.003 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.030 0.073 64 L 0.015 0.792 0.010 0.003 0.002 0.003 0.017 0.004 0.003 0.088 0.062 65 G 0.017 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.028 0.027 66 R 0.017 0.893 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.035 0.038 67 E 0.012 0.902 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.021 0.045 68 Q 0.007 0.916 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.004 0.001 0.015 0.037 69 L 0.035 0.865 0.003 0.006 0.004 0.005 0.012 0.008 0.001 0.021 0.041 70 Q 0.054 0.652 0.009 0.019 0.010 0.020 0.029 0.005 0.003 0.092 0.107 71 I 0.080 0.342 0.019 0.027 0.013 0.018 0.074 0.009 0.007 0.101 0.310 72 L 0.145 0.169 0.041 0.048 0.014 0.021 0.097 0.029 0.020 0.158 0.260 73 L 0.309 0.084 0.007 0.028 0.011 0.016 0.092 0.014 0.004 0.079 0.355 74 E 0.062 0.025 0.003 0.024 0.010 0.023 0.107 0.002 0.002 0.032 0.710 75 Q 0.010 0.010 0.002 0.021 0.014 0.032 0.123 0.003 0.001 0.023 0.762 76 N 0.139 0.035 0.007 0.034 0.026 0.040 0.130 0.008 0.004 0.074 0.503 77 I 0.175 0.029 0.004 0.036 0.014 0.020 0.105 0.016 0.002 0.092 0.507 78 N 0.150 0.024 0.002 0.029 0.007 0.017 0.114 0.004 0.001 0.059 0.591 79 E 0.050 0.013 0.002 0.084 0.018 0.040 0.123 0.005 0.001 0.073 0.592 80 R 0.034 0.008 0.001 0.055 0.030 0.050 0.156 0.002 0.001 0.066 0.596 81 L 0.012 0.003 0.001 0.069 0.074 0.101 0.126 0.003 0.001 0.044 0.566 82 N 0.095 0.015 0.002 0.054 0.041 0.057 0.129 0.002 0.001 0.064 0.539 83 I 0.022 0.005 0.002 0.041 0.046 0.082 0.156 0.006 0.001 0.063 0.575 84 G 0.075 0.065 0.002 0.030 0.022 0.046 0.127 0.004 0.002 0.048 0.579 85 E 0.067 0.048 0.003 0.041 0.095 0.145 0.133 0.013 0.001 0.080 0.373 86 P 0.017 0.100 0.002 0.053 0.082 0.167 0.108 0.002 0.001 0.055 0.412 87 L 0.009 0.098 0.002 0.052 0.208 0.380 0.042 0.004 0.001 0.050 0.155 88 L 0.010 0.111 0.002 0.059 0.272 0.280 0.036 0.002 0.001 0.043 0.184 89 V 0.006 0.086 0.003 0.051 0.288 0.398 0.023 0.002 0.001 0.031 0.112 90 Y 0.022 0.066 0.007 0.061 0.243 0.306 0.029 0.003 0.003 0.116 0.144 91 L 0.055 0.044 0.018 0.056 0.191 0.218 0.050 0.009 0.010 0.151 0.197 92 R 0.205 0.044 0.004 0.039 0.088 0.136 0.075 0.014 0.004 0.088 0.303 93 R 0.134 0.012 0.003 0.027 0.040 0.059 0.080 0.002 0.002 0.045 0.594 94 Q 0.006 0.006 0.002 0.024 0.030 0.054 0.102 0.001 0.001 0.017 0.758 95 D 0.076 0.125 0.002 0.019 0.025 0.039 0.098 0.009 0.001 0.048 0.558 96 L 0.152 0.153 0.006 0.019 0.015 0.012 0.088 0.013 0.002 0.206 0.336 97 P 0.023 0.578 0.003 0.013 0.011 0.016 0.053 0.005 0.001 0.027 0.269 98 E 0.046 0.689 0.003 0.008 0.009 0.021 0.024 0.008 0.001 0.009 0.183 99 I 0.023 0.721 0.003 0.016 0.017 0.017 0.022 0.007 0.001 0.033 0.141 100 T 0.068 0.585 0.010 0.012 0.015 0.022 0.032 0.013 0.005 0.102 0.136 101 A 0.131 0.421 0.034 0.021 0.016 0.021 0.037 0.025 0.013 0.110 0.172 102 Q 0.181 0.150 0.028 0.021 0.021 0.038 0.077 0.017 0.018 0.080 0.368 103 R 0.136 0.056 0.007 0.022 0.023 0.037 0.092 0.005 0.003 0.050 0.569 104 Q 0.037 0.028 0.004 0.020 0.017 0.033 0.103 0.004 0.002 0.037 0.717 105 L 0.061 0.019 0.005 0.015 0.018 0.030 0.114 0.008 0.002 0.042 0.685 106 R 0.107 0.025 0.003 0.017 0.016 0.025 0.094 0.007 0.002 0.042 0.663