# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.019 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.017 0.094 0.604 2 S 0.030 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.006 0.090 0.735 3 I 0.021 0.006 0.006 0.004 0.007 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.003 0.064 0.541 4 T 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.003 0.293 0.544 5 S 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.005 0.061 0.686 6 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.009 0.217 0.679 7 D 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.376 0.570 8 I 0.131 0.283 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.089 0.467 9 C 0.041 0.756 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.032 0.151 10 Q 0.059 0.625 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.098 0.192 11 A 0.062 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.009 0.113 12 A 0.056 0.837 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.007 0.078 13 D 0.083 0.730 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.012 0.138 14 A 0.147 0.576 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.021 0.176 15 L 0.228 0.541 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.038 0.117 16 K 0.106 0.431 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.066 0.086 0.217 17 G 0.100 0.260 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.037 0.034 0.430 18 F 0.441 0.179 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.109 0.015 0.015 0.188 19 V 0.038 0.282 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.010 0.005 0.456 0.005 0.018 0.143 20 G 0.035 0.170 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.017 0.097 0.020 0.350 0.010 0.025 0.231 21 F 0.077 0.151 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.003 0.017 0.025 0.065 0.017 0.007 0.236 0.009 0.032 0.298 22 N 0.031 0.084 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.228 0.012 0.025 0.006 0.002 0.001 0.216 0.006 0.040 0.319 23 R 0.058 0.053 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.110 0.016 0.078 0.587 24 K 0.083 0.029 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.021 0.308 0.445 25 T 0.099 0.042 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.021 0.218 0.532 26 G 0.086 0.144 0.013 0.004 0.033 0.010 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.042 0.058 0.456 27 R 0.079 0.018 0.109 0.004 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.013 0.226 0.428 28 Y 0.022 0.007 0.002 0.002 0.017 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.531 0.004 0.078 0.310 29 I 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.025 0.347 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.002 0.035 0.126 30 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 0.002 0.006 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.021 0.028 0.759 0.001 0.015 0.096 31 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.053 0.124 0.027 0.651 0.002 0.018 0.091 32 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.007 0.008 0.005 0.659 0.004 0.039 0.253 33 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.080 0.022 0.050 0.023 0.005 0.003 0.380 0.007 0.081 0.282 34 E 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.007 0.083 0.738 35 D 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.015 0.345 0.497 36 S 0.382 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.038 0.148 0.374 37 F 0.083 0.118 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.288 0.444 38 G 0.230 0.045 0.049 0.002 0.018 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.010 0.049 0.059 0.104 0.390 39 M 0.115 0.061 0.044 0.014 0.004 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.151 0.008 0.128 0.433 40 D 0.029 0.040 0.003 0.001 0.033 0.014 0.082 0.011 0.003 0.007 0.079 0.011 0.009 0.011 0.002 0.001 0.143 0.004 0.082 0.435 41 V 0.035 0.065 0.003 0.001 0.004 0.011 0.009 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.162 0.009 0.150 0.532 42 A 0.044 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.014 0.436 0.291 43 D 0.267 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.057 0.128 0.337 44 D 0.123 0.144 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.100 0.575 45 S 0.158 0.066 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.068 0.324 0.316 46 I 0.426 0.047 0.070 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.054 0.098 0.232 47 T 0.054 0.066 0.009 0.003 0.010 0.008 0.026 0.003 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.202 0.010 0.223 0.366 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 49 T 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.004 0.168 0.464 50 S 0.141 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.012 0.110 0.501 51 E 0.264 0.045 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.012 0.094 0.408 52 F 0.129 0.098 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.348 0.011 0.079 0.312 53 V 0.053 0.078 0.003 0.001 0.003 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.076 0.032 0.444 0.008 0.052 0.215 54 W 0.026 0.066 0.008 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.042 0.013 0.333 0.006 0.061 0.406 55 S 0.019 0.050 0.004 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.004 0.003 0.022 0.022 0.024 0.046 0.003 0.002 0.429 0.008 0.065 0.285 56 S 0.015 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.098 0.006 0.076 0.733 57 V 0.045 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.010 0.140 0.564 58 R 0.053 0.086 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.017 0.231 0.533 59 D 0.059 0.176 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.121 0.591 60 D 0.070 0.287 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.139 0.449 61 V 0.167 0.238 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.022 0.144 0.351 62 M 0.037 0.486 0.007 0.002 0.017 0.020 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.113 0.008 0.039 0.232 63 R 0.049 0.430 0.010 0.001 0.024 0.012 0.087 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 0.008 0.035 0.269 64 L 0.046 0.566 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.010 0.028 0.266 65 G 0.049 0.486 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.013 0.072 0.340 66 R 0.056 0.474 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.040 0.358 67 E 0.019 0.589 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.044 0.321 68 Q 0.023 0.559 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.090 0.299 69 L 0.011 0.858 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.107 70 Q 0.005 0.888 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.089 71 I 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.042 72 L 0.011 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 73 L 0.010 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 74 E 0.023 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.049 75 Q 0.087 0.781 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.004 0.080 76 N 0.166 0.546 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.011 0.207 77 I 0.040 0.310 0.184 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.014 0.420 78 N 0.031 0.251 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.022 0.057 0.521 79 E 0.203 0.156 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.043 0.103 0.452 80 R 0.222 0.356 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.035 0.053 0.292 81 L 0.097 0.379 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.146 0.033 0.051 0.248 82 N 0.072 0.142 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.096 0.029 0.146 0.492 83 I 0.062 0.085 0.038 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.023 0.086 0.493 84 G 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.015 0.106 0.601 85 E 0.288 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.013 0.088 0.509 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 L 0.008 0.011 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.005 0.059 0.280 88 L 0.030 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.005 0.081 0.312 89 V 0.012 0.035 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.754 0.002 0.024 0.155 90 Y 0.010 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.007 0.005 0.725 0.002 0.025 0.150 91 L 0.009 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.006 0.008 0.004 0.741 0.002 0.016 0.153 92 R 0.007 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.004 0.540 0.007 0.069 0.276 93 R 0.016 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.002 0.338 0.022 0.068 0.447 94 Q 0.048 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.019 0.100 0.678 95 D 0.378 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.049 0.061 0.442 96 L 0.304 0.042 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.008 0.041 0.502 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 E 0.015 0.010 0.001 0.001 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.003 0.091 0.798 99 I 0.116 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.004 0.050 0.503 100 T 0.032 0.428 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.003 0.033 0.319 101 A 0.027 0.509 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.005 0.050 0.251 102 Q 0.033 0.609 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.005 0.035 0.223 103 R 0.033 0.604 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.103 0.010 0.033 0.203 104 Q 0.064 0.557 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.020 0.020 0.277 105 L 0.097 0.455 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.022 0.017 0.253 106 R 0.084 0.382 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.024 0.028 0.376