# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.017 0.017 0.047 0.039 0.044 0.037 0.004 0.001 0.004 0.719 2 S 0.042 0.009 0.009 0.053 0.039 0.066 0.149 0.003 0.001 0.005 0.625 3 I 0.114 0.011 0.018 0.130 0.047 0.085 0.104 0.002 0.001 0.010 0.479 4 T 0.049 0.014 0.004 0.108 0.056 0.097 0.281 0.002 0.001 0.006 0.383 5 S 0.033 0.007 0.004 0.054 0.011 0.020 0.115 0.001 0.001 0.004 0.751 6 T 0.008 0.012 0.001 0.021 0.005 0.009 0.291 0.001 0.001 0.004 0.649 7 D 0.027 0.021 0.001 0.007 0.004 0.007 0.528 0.001 0.001 0.016 0.389 8 I 0.062 0.288 0.002 0.010 0.004 0.011 0.408 0.002 0.001 0.008 0.205 9 C 0.035 0.776 0.001 0.007 0.004 0.010 0.039 0.003 0.001 0.004 0.121 10 Q 0.025 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.104 11 A 0.018 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.071 12 A 0.027 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 13 D 0.024 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.046 14 A 0.032 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.037 15 L 0.091 0.855 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.032 16 K 0.049 0.715 0.026 0.002 0.005 0.006 0.015 0.040 0.001 0.002 0.141 17 G 0.146 0.455 0.024 0.015 0.012 0.011 0.011 0.108 0.001 0.002 0.214 18 F 0.351 0.281 0.144 0.015 0.010 0.013 0.015 0.016 0.001 0.005 0.150 19 V 0.026 0.159 0.049 0.129 0.138 0.125 0.035 0.011 0.001 0.001 0.326 20 G 0.022 0.057 0.010 0.172 0.116 0.184 0.043 0.005 0.001 0.002 0.387 21 F 0.051 0.063 0.010 0.148 0.185 0.255 0.047 0.003 0.001 0.004 0.233 22 N 0.021 0.045 0.002 0.121 0.179 0.291 0.071 0.004 0.001 0.003 0.264 23 R 0.031 0.032 0.004 0.096 0.154 0.175 0.086 0.004 0.001 0.008 0.410 24 K 0.071 0.043 0.005 0.052 0.085 0.122 0.164 0.004 0.001 0.020 0.435 25 T 0.081 0.022 0.004 0.028 0.081 0.091 0.229 0.008 0.001 0.030 0.424 26 G 0.203 0.015 0.018 0.045 0.073 0.072 0.155 0.005 0.001 0.039 0.375 27 R 0.096 0.010 0.050 0.058 0.106 0.144 0.144 0.002 0.001 0.020 0.369 28 Y 0.012 0.003 0.010 0.131 0.302 0.301 0.063 0.001 0.001 0.003 0.174 29 I 0.004 0.002 0.002 0.149 0.235 0.398 0.039 0.001 0.001 0.002 0.169 30 V 0.002 0.002 0.001 0.180 0.280 0.429 0.020 0.001 0.001 0.001 0.085 31 R 0.003 0.002 0.001 0.145 0.186 0.365 0.032 0.001 0.001 0.001 0.265 32 F 0.005 0.002 0.001 0.143 0.178 0.394 0.062 0.001 0.001 0.004 0.210 33 S 0.013 0.003 0.001 0.105 0.145 0.214 0.178 0.001 0.001 0.006 0.333 34 E 0.004 0.002 0.001 0.029 0.024 0.040 0.077 0.001 0.001 0.004 0.819 35 D 0.020 0.007 0.001 0.018 0.030 0.037 0.391 0.001 0.001 0.020 0.476 36 S 0.301 0.028 0.002 0.007 0.010 0.014 0.310 0.002 0.001 0.058 0.267 37 F 0.228 0.225 0.008 0.013 0.022 0.028 0.185 0.006 0.001 0.015 0.269 38 G 0.238 0.141 0.013 0.015 0.032 0.044 0.130 0.010 0.001 0.024 0.353 39 M 0.099 0.114 0.069 0.020 0.032 0.083 0.063 0.003 0.001 0.007 0.510 40 D 0.025 0.045 0.003 0.027 0.062 0.068 0.097 0.008 0.001 0.001 0.663 41 V 0.091 0.043 0.008 0.016 0.027 0.033 0.034 0.002 0.001 0.004 0.741 42 A 0.027 0.098 0.003 0.043 0.078 0.186 0.227 0.003 0.001 0.008 0.327 43 D 0.107 0.097 0.003 0.041 0.040 0.076 0.239 0.006 0.001 0.011 0.380 44 D 0.204 0.202 0.003 0.043 0.021 0.023 0.039 0.009 0.001 0.006 0.449 45 S 0.215 0.180 0.012 0.026 0.043 0.052 0.177 0.011 0.001 0.022 0.262 46 I 0.227 0.155 0.047 0.046 0.045 0.085 0.103 0.019 0.001 0.015 0.257 47 T 0.089 0.124 0.021 0.131 0.134 0.208 0.065 0.009 0.001 0.003 0.215 48 P 0.003 0.003 0.002 0.005 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.971 49 T 0.046 0.015 0.004 0.073 0.076 0.265 0.120 0.002 0.001 0.007 0.392 50 S 0.155 0.023 0.004 0.054 0.043 0.069 0.062 0.003 0.001 0.007 0.579 51 E 0.108 0.060 0.002 0.093 0.088 0.131 0.106 0.003 0.001 0.008 0.400 52 F 0.112 0.025 0.005 0.081 0.123 0.224 0.122 0.004 0.001 0.010 0.295 53 V 0.102 0.049 0.008 0.171 0.156 0.243 0.068 0.004 0.001 0.006 0.193 54 W 0.026 0.033 0.011 0.084 0.185 0.255 0.051 0.004 0.001 0.003 0.348 55 S 0.032 0.012 0.004 0.055 0.185 0.254 0.062 0.003 0.001 0.003 0.390 56 S 0.006 0.001 0.002 0.013 0.021 0.030 0.023 0.001 0.001 0.001 0.900 57 V 0.009 0.002 0.001 0.028 0.040 0.095 0.295 0.001 0.001 0.008 0.521 58 R 0.179 0.007 0.002 0.014 0.015 0.027 0.283 0.001 0.001 0.041 0.431 59 D 0.180 0.047 0.002 0.014 0.009 0.013 0.205 0.001 0.001 0.018 0.509 60 D 0.137 0.051 0.004 0.010 0.011 0.011 0.238 0.001 0.001 0.015 0.522 61 V 0.140 0.125 0.007 0.017 0.026 0.047 0.264 0.002 0.001 0.017 0.355 62 M 0.056 0.301 0.005 0.031 0.085 0.116 0.132 0.002 0.001 0.004 0.267 63 R 0.064 0.310 0.004 0.011 0.027 0.062 0.084 0.004 0.001 0.004 0.431 64 L 0.132 0.400 0.015 0.022 0.056 0.119 0.039 0.005 0.001 0.003 0.209 65 G 0.106 0.249 0.005 0.014 0.030 0.044 0.090 0.012 0.001 0.003 0.446 66 R 0.034 0.224 0.023 0.020 0.009 0.029 0.038 0.004 0.001 0.003 0.615 67 E 0.010 0.202 0.002 0.009 0.007 0.009 0.040 0.002 0.001 0.001 0.718 68 Q 0.072 0.464 0.001 0.016 0.015 0.043 0.183 0.017 0.001 0.015 0.173 69 L 0.032 0.877 0.002 0.007 0.004 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.055 70 Q 0.009 0.957 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 71 I 0.010 0.959 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 72 L 0.020 0.949 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 73 L 0.009 0.961 0.004 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 74 E 0.040 0.859 0.005 0.002 0.002 0.008 0.005 0.017 0.001 0.001 0.061 75 Q 0.084 0.757 0.026 0.003 0.004 0.008 0.012 0.025 0.001 0.001 0.080 76 N 0.137 0.428 0.018 0.008 0.015 0.009 0.045 0.078 0.001 0.004 0.258 77 I 0.071 0.373 0.236 0.009 0.008 0.010 0.045 0.006 0.001 0.004 0.237 78 N 0.014 0.295 0.008 0.037 0.034 0.046 0.100 0.015 0.001 0.003 0.448 79 E 0.178 0.226 0.007 0.013 0.016 0.016 0.098 0.011 0.001 0.013 0.421 80 R 0.232 0.365 0.016 0.011 0.012 0.018 0.102 0.011 0.001 0.013 0.220 81 L 0.111 0.385 0.024 0.062 0.046 0.047 0.096 0.018 0.001 0.008 0.203 82 N 0.141 0.187 0.012 0.050 0.039 0.037 0.111 0.024 0.001 0.010 0.388 83 I 0.131 0.105 0.062 0.037 0.020 0.031 0.041 0.007 0.001 0.006 0.558 84 G 0.073 0.059 0.017 0.056 0.030 0.060 0.140 0.010 0.001 0.007 0.546 85 E 0.129 0.030 0.024 0.057 0.023 0.047 0.075 0.003 0.001 0.007 0.606 86 P 0.005 0.008 0.002 0.012 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.949 87 L 0.039 0.043 0.002 0.114 0.067 0.211 0.132 0.001 0.001 0.009 0.380 88 L 0.123 0.201 0.001 0.087 0.046 0.089 0.045 0.003 0.001 0.003 0.403 89 V 0.038 0.553 0.001 0.076 0.078 0.080 0.014 0.003 0.001 0.001 0.156 90 Y 0.051 0.595 0.003 0.037 0.042 0.102 0.024 0.002 0.001 0.002 0.141 91 L 0.039 0.473 0.005 0.050 0.095 0.191 0.025 0.006 0.001 0.001 0.113 92 R 0.055 0.523 0.008 0.059 0.069 0.097 0.025 0.010 0.001 0.001 0.153 93 R 0.078 0.301 0.011 0.026 0.038 0.062 0.035 0.015 0.001 0.003 0.432 94 Q 0.084 0.236 0.020 0.033 0.030 0.073 0.068 0.015 0.001 0.004 0.439 95 D 0.187 0.084 0.012 0.019 0.020 0.028 0.070 0.030 0.001 0.009 0.541 96 L 0.292 0.096 0.072 0.031 0.014 0.034 0.068 0.006 0.001 0.008 0.379 97 P 0.006 0.009 0.003 0.007 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.956 98 E 0.049 0.039 0.003 0.064 0.042 0.090 0.119 0.001 0.001 0.004 0.589 99 I 0.095 0.118 0.003 0.051 0.042 0.086 0.073 0.002 0.001 0.003 0.527 100 T 0.039 0.341 0.002 0.111 0.093 0.134 0.070 0.002 0.001 0.002 0.206 101 A 0.039 0.352 0.002 0.035 0.048 0.103 0.053 0.001 0.001 0.002 0.366 102 Q 0.049 0.483 0.002 0.058 0.059 0.141 0.042 0.005 0.001 0.003 0.158 103 R 0.067 0.504 0.007 0.021 0.034 0.057 0.047 0.009 0.001 0.003 0.250 104 Q 0.103 0.446 0.009 0.016 0.031 0.041 0.039 0.017 0.001 0.004 0.293 105 L 0.141 0.368 0.027 0.019 0.033 0.057 0.039 0.015 0.001 0.005 0.295 106 R 0.069 0.251 0.019 0.022 0.036 0.054 0.051 0.014 0.001 0.003 0.482