# TARGET T0314 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.48375 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.353 0.261 0.071 0.122 0.031 0.042 0.006 0.046 0.004 0.001 2 S 0.051 0.410 0.391 0.024 0.046 0.048 0.010 0.002 0.014 0.002 0.002 3 I 0.021 0.658 0.199 0.015 0.065 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 4 T 0.030 0.357 0.440 0.024 0.083 0.044 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 5 S 0.497 0.130 0.141 0.043 0.111 0.037 0.007 0.004 0.020 0.009 0.001 6 T 0.969 0.003 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.910 0.003 0.008 0.061 0.002 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 8 I 0.914 0.004 0.005 0.071 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 C 0.944 0.008 0.017 0.023 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.959 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.935 0.003 0.006 0.049 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.976 0.001 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.892 0.003 0.002 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.527 0.039 0.069 0.331 0.004 0.012 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 16 K 0.557 0.052 0.126 0.098 0.018 0.013 0.104 0.015 0.010 0.005 0.001 17 G 0.395 0.029 0.046 0.093 0.126 0.003 0.032 0.172 0.003 0.100 0.001 18 F 0.403 0.137 0.250 0.090 0.034 0.052 0.011 0.003 0.013 0.003 0.006 19 V 0.186 0.384 0.153 0.160 0.016 0.026 0.008 0.001 0.064 0.001 0.001 20 G 0.162 0.037 0.108 0.034 0.120 0.008 0.034 0.150 0.004 0.342 0.001 21 F 0.428 0.187 0.120 0.157 0.034 0.027 0.014 0.003 0.023 0.005 0.001 22 N 0.182 0.074 0.150 0.241 0.035 0.102 0.145 0.012 0.048 0.011 0.002 23 R 0.317 0.069 0.164 0.174 0.068 0.029 0.105 0.049 0.011 0.012 0.002 24 K 0.323 0.229 0.212 0.107 0.032 0.035 0.023 0.009 0.024 0.005 0.001 25 T 0.147 0.227 0.209 0.300 0.034 0.013 0.040 0.003 0.024 0.002 0.001 26 G 0.023 0.016 0.081 0.021 0.178 0.003 0.075 0.371 0.002 0.230 0.001 27 R 0.041 0.531 0.282 0.053 0.072 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 28 Y 0.005 0.645 0.249 0.005 0.050 0.020 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 29 I 0.004 0.693 0.262 0.001 0.011 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 30 V 0.004 0.819 0.101 0.002 0.020 0.025 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 31 R 0.008 0.610 0.292 0.003 0.022 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 32 F 0.022 0.546 0.198 0.023 0.092 0.056 0.009 0.002 0.051 0.001 0.001 33 S 0.041 0.282 0.215 0.025 0.372 0.017 0.004 0.005 0.011 0.027 0.001 34 E 0.518 0.140 0.089 0.125 0.075 0.017 0.007 0.005 0.012 0.013 0.001 35 D 0.247 0.142 0.205 0.224 0.070 0.047 0.026 0.005 0.027 0.007 0.001 36 S 0.459 0.123 0.087 0.179 0.059 0.022 0.032 0.015 0.019 0.004 0.001 37 F 0.164 0.119 0.128 0.426 0.065 0.008 0.059 0.013 0.011 0.006 0.001 38 G 0.065 0.021 0.048 0.055 0.095 0.005 0.125 0.363 0.004 0.218 0.001 39 M 0.077 0.527 0.245 0.021 0.072 0.022 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 40 D 0.121 0.155 0.391 0.025 0.018 0.215 0.027 0.002 0.039 0.002 0.005 41 V 0.336 0.326 0.125 0.118 0.016 0.041 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 42 A 0.305 0.194 0.290 0.069 0.060 0.038 0.012 0.005 0.016 0.011 0.001 43 D 0.397 0.115 0.139 0.183 0.047 0.041 0.043 0.005 0.025 0.004 0.001 44 D 0.402 0.101 0.094 0.247 0.066 0.011 0.050 0.016 0.009 0.003 0.001 45 S 0.260 0.175 0.184 0.211 0.079 0.019 0.028 0.021 0.012 0.012 0.001 46 I 0.129 0.420 0.262 0.072 0.039 0.034 0.008 0.001 0.032 0.002 0.001 47 T 0.027 0.350 0.343 0.003 0.024 0.038 0.013 0.001 0.200 0.001 0.001 48 P 0.092 0.008 0.809 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 49 T 0.341 0.140 0.270 0.095 0.064 0.037 0.021 0.012 0.013 0.006 0.001 50 S 0.420 0.173 0.111 0.125 0.116 0.010 0.014 0.014 0.005 0.009 0.001 51 E 0.130 0.466 0.147 0.076 0.143 0.010 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 52 F 0.066 0.500 0.279 0.024 0.084 0.023 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 53 V 0.055 0.719 0.089 0.023 0.038 0.034 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 54 W 0.073 0.479 0.261 0.039 0.051 0.060 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 55 S 0.080 0.396 0.245 0.030 0.129 0.033 0.020 0.003 0.058 0.005 0.001 56 S 0.279 0.134 0.424 0.042 0.043 0.043 0.008 0.006 0.010 0.004 0.007 57 V 0.351 0.237 0.174 0.154 0.029 0.023 0.007 0.003 0.019 0.003 0.001 58 R 0.272 0.214 0.222 0.083 0.063 0.029 0.043 0.009 0.032 0.032 0.001 59 D 0.496 0.041 0.081 0.139 0.033 0.022 0.134 0.027 0.014 0.011 0.001 60 D 0.503 0.079 0.112 0.146 0.031 0.034 0.066 0.012 0.015 0.002 0.001 61 V 0.513 0.181 0.109 0.149 0.010 0.023 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 62 M 0.363 0.236 0.257 0.047 0.032 0.022 0.013 0.002 0.022 0.006 0.001 63 R 0.459 0.162 0.211 0.041 0.017 0.056 0.022 0.002 0.026 0.003 0.002 64 L 0.727 0.035 0.144 0.066 0.004 0.010 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 65 G 0.658 0.022 0.087 0.052 0.029 0.010 0.034 0.074 0.004 0.031 0.001 66 R 0.936 0.011 0.018 0.020 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 67 E 0.943 0.013 0.021 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.964 0.008 0.008 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.979 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.992 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.981 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.937 0.007 0.009 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.743 0.011 0.025 0.175 0.006 0.009 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 75 Q 0.262 0.106 0.201 0.319 0.043 0.028 0.023 0.006 0.010 0.002 0.001 76 N 0.103 0.061 0.142 0.114 0.037 0.210 0.222 0.020 0.085 0.005 0.001 77 I 0.676 0.081 0.062 0.082 0.008 0.060 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 78 N 0.717 0.006 0.014 0.229 0.002 0.017 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 79 E 0.587 0.069 0.033 0.227 0.029 0.012 0.027 0.005 0.011 0.001 0.001 80 R 0.528 0.151 0.115 0.128 0.010 0.023 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 81 L 0.402 0.195 0.218 0.122 0.018 0.023 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 82 N 0.141 0.113 0.125 0.101 0.030 0.269 0.121 0.007 0.085 0.007 0.001 83 I 0.347 0.099 0.077 0.426 0.012 0.015 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 84 G 0.328 0.012 0.125 0.091 0.043 0.006 0.063 0.187 0.003 0.140 0.002 85 E 0.174 0.278 0.339 0.007 0.060 0.014 0.011 0.001 0.110 0.004 0.002 86 P 0.115 0.005 0.679 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 87 L 0.205 0.291 0.338 0.041 0.046 0.034 0.016 0.006 0.020 0.001 0.001 88 L 0.185 0.476 0.214 0.019 0.039 0.044 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 89 V 0.119 0.700 0.106 0.014 0.029 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 90 Y 0.127 0.585 0.102 0.030 0.042 0.047 0.006 0.001 0.060 0.001 0.001 91 L 0.108 0.499 0.251 0.025 0.044 0.043 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 92 R 0.155 0.317 0.288 0.045 0.066 0.063 0.026 0.004 0.032 0.003 0.001 93 R 0.450 0.148 0.146 0.148 0.025 0.038 0.018 0.004 0.020 0.002 0.001 94 Q 0.471 0.154 0.176 0.117 0.035 0.012 0.015 0.003 0.012 0.004 0.001 95 D 0.268 0.041 0.116 0.338 0.014 0.070 0.116 0.011 0.020 0.004 0.003 96 L 0.048 0.289 0.427 0.004 0.018 0.020 0.014 0.001 0.177 0.001 0.001 97 P 0.263 0.004 0.664 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 98 E 0.439 0.161 0.281 0.041 0.020 0.032 0.006 0.004 0.013 0.001 0.002 99 I 0.261 0.388 0.245 0.027 0.021 0.041 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 100 T 0.347 0.374 0.122 0.063 0.044 0.022 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 101 A 0.388 0.218 0.176 0.028 0.143 0.017 0.009 0.006 0.008 0.007 0.001 102 Q 0.550 0.201 0.107 0.077 0.023 0.023 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 103 R 0.503 0.199 0.149 0.036 0.051 0.017 0.017 0.003 0.020 0.004 0.001 104 Q 0.571 0.115 0.167 0.071 0.016 0.028 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 105 L 0.467 0.104 0.187 0.163 0.012 0.035 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 106 R 0.473 0.131 0.174 0.086 0.041 0.021 0.033 0.009 0.016 0.016 0.001