# TARGET T0314 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.205 0.050 0.023 0.337 0.012 0.012 0.071 0.062 0.064 0.037 2 S 0.199 0.145 0.039 0.003 0.431 0.003 0.008 0.063 0.031 0.027 0.052 3 I 0.185 0.110 0.032 0.008 0.232 0.012 0.020 0.204 0.079 0.039 0.078 4 T 0.043 0.135 0.087 0.049 0.090 0.023 0.042 0.346 0.088 0.075 0.023 5 S 0.030 0.044 0.020 0.011 0.058 0.007 0.013 0.576 0.190 0.040 0.013 6 T 0.004 0.020 0.011 0.017 0.010 0.018 0.023 0.769 0.115 0.010 0.003 7 D 0.011 0.007 0.003 0.001 0.013 0.002 0.017 0.865 0.058 0.016 0.007 8 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.859 0.098 0.023 0.004 9 C 0.002 0.025 0.007 0.006 0.007 0.008 0.019 0.839 0.077 0.009 0.002 10 Q 0.003 0.011 0.006 0.004 0.005 0.003 0.017 0.795 0.109 0.039 0.007 11 A 0.002 0.005 0.004 0.003 0.004 0.004 0.021 0.788 0.135 0.032 0.003 12 A 0.005 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.010 0.714 0.215 0.024 0.004 13 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.037 0.691 0.250 0.008 0.001 14 A 0.008 0.005 0.002 0.002 0.006 0.009 0.087 0.550 0.199 0.124 0.007 15 L 0.099 0.205 0.037 0.007 0.165 0.010 0.017 0.099 0.082 0.196 0.082 16 K 0.027 0.039 0.037 0.083 0.020 0.093 0.139 0.211 0.156 0.157 0.039 17 G 0.023 0.099 0.167 0.127 0.061 0.026 0.023 0.146 0.107 0.198 0.023 18 F 0.154 0.079 0.028 0.040 0.206 0.043 0.081 0.185 0.085 0.064 0.035 19 V 0.101 0.111 0.046 0.060 0.220 0.060 0.126 0.101 0.048 0.078 0.049 20 G 0.138 0.130 0.087 0.061 0.289 0.021 0.021 0.066 0.030 0.088 0.068 21 F 0.208 0.099 0.039 0.023 0.244 0.029 0.027 0.038 0.034 0.155 0.104 22 N 0.106 0.172 0.147 0.103 0.261 0.032 0.026 0.040 0.029 0.038 0.046 23 R 0.047 0.163 0.133 0.055 0.106 0.029 0.044 0.167 0.136 0.095 0.025 24 K 0.038 0.044 0.049 0.046 0.052 0.091 0.211 0.205 0.093 0.147 0.024 25 T 0.035 0.291 0.152 0.078 0.088 0.049 0.125 0.072 0.036 0.057 0.017 26 G 0.044 0.052 0.088 0.227 0.041 0.032 0.015 0.038 0.040 0.259 0.166 27 R 0.092 0.373 0.045 0.008 0.371 0.016 0.032 0.028 0.012 0.014 0.010 28 Y 0.300 0.040 0.004 0.001 0.629 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.020 29 I 0.223 0.115 0.011 0.004 0.620 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.013 30 V 0.296 0.110 0.016 0.003 0.490 0.005 0.004 0.005 0.002 0.007 0.063 31 R 0.247 0.167 0.037 0.005 0.413 0.005 0.008 0.016 0.008 0.015 0.079 32 F 0.159 0.190 0.086 0.045 0.206 0.027 0.027 0.056 0.041 0.080 0.083 33 S 0.082 0.279 0.184 0.083 0.219 0.026 0.023 0.040 0.023 0.020 0.020 34 E 0.026 0.039 0.023 0.052 0.033 0.036 0.063 0.248 0.352 0.102 0.027 35 D 0.030 0.078 0.099 0.055 0.055 0.047 0.129 0.218 0.185 0.086 0.019 36 S 0.083 0.085 0.059 0.042 0.086 0.053 0.118 0.177 0.135 0.110 0.051 37 F 0.052 0.283 0.119 0.058 0.158 0.043 0.036 0.066 0.061 0.070 0.054 38 G 0.098 0.035 0.035 0.071 0.091 0.028 0.016 0.037 0.058 0.369 0.162 39 M 0.253 0.131 0.032 0.010 0.357 0.005 0.008 0.034 0.041 0.072 0.057 40 D 0.092 0.108 0.064 0.059 0.178 0.031 0.072 0.182 0.082 0.062 0.072 41 V 0.059 0.088 0.040 0.018 0.090 0.012 0.036 0.314 0.196 0.120 0.026 42 A 0.110 0.156 0.081 0.019 0.188 0.015 0.028 0.184 0.072 0.104 0.044 43 D 0.055 0.133 0.069 0.048 0.109 0.062 0.098 0.214 0.115 0.067 0.029 44 D 0.058 0.080 0.057 0.030 0.084 0.013 0.031 0.188 0.210 0.187 0.063 45 S 0.041 0.205 0.077 0.024 0.126 0.026 0.080 0.188 0.114 0.101 0.018 46 I 0.221 0.158 0.034 0.006 0.303 0.005 0.015 0.030 0.027 0.107 0.094 47 T 0.039 0.373 0.276 0.055 0.162 0.020 0.023 0.024 0.009 0.008 0.010 48 P 0.106 0.255 0.142 0.034 0.174 0.016 0.025 0.069 0.044 0.067 0.068 49 T 0.080 0.173 0.100 0.034 0.164 0.031 0.058 0.136 0.124 0.070 0.032 50 S 0.054 0.124 0.080 0.026 0.126 0.027 0.055 0.198 0.168 0.112 0.031 51 E 0.117 0.093 0.024 0.010 0.218 0.017 0.060 0.202 0.135 0.082 0.041 52 F 0.137 0.117 0.047 0.028 0.230 0.023 0.023 0.105 0.078 0.136 0.076 53 V 0.147 0.144 0.046 0.015 0.279 0.019 0.056 0.132 0.065 0.051 0.045 54 W 0.132 0.231 0.113 0.027 0.197 0.012 0.014 0.045 0.047 0.104 0.078 55 S 0.067 0.373 0.249 0.035 0.191 0.007 0.010 0.024 0.010 0.012 0.022 56 S 0.061 0.306 0.197 0.041 0.129 0.021 0.027 0.113 0.040 0.042 0.023 57 V 0.019 0.042 0.049 0.066 0.026 0.070 0.119 0.359 0.168 0.066 0.018 58 R 0.016 0.096 0.065 0.065 0.036 0.070 0.085 0.349 0.143 0.065 0.009 59 D 0.047 0.069 0.036 0.023 0.052 0.022 0.049 0.242 0.133 0.254 0.073 60 D 0.117 0.144 0.048 0.011 0.178 0.013 0.017 0.231 0.092 0.087 0.063 61 V 0.087 0.050 0.017 0.012 0.100 0.017 0.028 0.398 0.162 0.068 0.060 62 M 0.063 0.158 0.062 0.018 0.147 0.010 0.013 0.361 0.089 0.058 0.021 63 R 0.061 0.073 0.020 0.005 0.100 0.004 0.022 0.558 0.097 0.035 0.026 64 L 0.018 0.044 0.014 0.007 0.043 0.008 0.022 0.700 0.117 0.019 0.009 65 G 0.017 0.023 0.015 0.007 0.022 0.003 0.010 0.776 0.094 0.026 0.008 66 R 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.882 0.085 0.005 0.001 67 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.937 0.045 0.002 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.047 0.004 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.074 0.003 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.935 0.056 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.935 0.051 0.001 0.001 72 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.857 0.087 0.011 0.001 73 L 0.003 0.006 0.002 0.002 0.007 0.005 0.026 0.755 0.176 0.017 0.002 74 E 0.010 0.012 0.002 0.002 0.013 0.008 0.079 0.598 0.128 0.142 0.007 75 Q 0.020 0.458 0.171 0.014 0.143 0.020 0.047 0.062 0.023 0.037 0.006 76 N 0.312 0.098 0.063 0.022 0.150 0.010 0.018 0.073 0.026 0.066 0.162 77 I 0.063 0.069 0.029 0.021 0.073 0.034 0.045 0.267 0.281 0.078 0.040 78 N 0.050 0.123 0.052 0.080 0.142 0.034 0.036 0.238 0.150 0.070 0.026 79 E 0.032 0.039 0.024 0.020 0.038 0.029 0.057 0.294 0.254 0.175 0.039 80 R 0.059 0.095 0.032 0.014 0.126 0.021 0.090 0.231 0.129 0.169 0.033 81 L 0.123 0.249 0.049 0.020 0.258 0.015 0.024 0.046 0.042 0.112 0.062 82 N 0.089 0.303 0.224 0.036 0.232 0.006 0.007 0.019 0.014 0.036 0.034 83 I 0.031 0.077 0.048 0.045 0.050 0.057 0.107 0.330 0.191 0.047 0.017 84 G 0.031 0.034 0.041 0.046 0.030 0.046 0.079 0.140 0.141 0.345 0.068 85 E 0.072 0.264 0.185 0.027 0.228 0.010 0.018 0.099 0.035 0.041 0.021 86 P 0.050 0.159 0.035 0.006 0.103 0.008 0.034 0.428 0.122 0.040 0.015 87 L 0.055 0.067 0.019 0.006 0.098 0.007 0.014 0.426 0.192 0.096 0.019 88 L 0.044 0.042 0.009 0.005 0.083 0.013 0.034 0.602 0.129 0.026 0.014 89 V 0.146 0.041 0.010 0.003 0.203 0.007 0.026 0.452 0.066 0.017 0.028 90 Y 0.138 0.036 0.010 0.008 0.204 0.011 0.024 0.291 0.111 0.119 0.048 91 L 0.120 0.165 0.038 0.011 0.261 0.019 0.028 0.189 0.077 0.059 0.034 92 R 0.048 0.425 0.128 0.025 0.126 0.013 0.027 0.074 0.033 0.078 0.023 93 R 0.035 0.038 0.012 0.010 0.068 0.010 0.032 0.344 0.379 0.055 0.018 94 Q 0.007 0.046 0.037 0.021 0.021 0.024 0.044 0.452 0.307 0.035 0.006 95 D 0.023 0.021 0.010 0.008 0.025 0.014 0.092 0.154 0.127 0.496 0.030 96 L 0.093 0.372 0.109 0.007 0.169 0.005 0.009 0.106 0.052 0.047 0.032 97 P 0.033 0.154 0.060 0.017 0.084 0.015 0.042 0.409 0.139 0.027 0.021 98 E 0.045 0.175 0.063 0.006 0.130 0.006 0.015 0.395 0.119 0.038 0.008 99 I 0.130 0.032 0.007 0.004 0.115 0.006 0.022 0.541 0.086 0.024 0.033 100 T 0.091 0.044 0.018 0.024 0.108 0.027 0.042 0.518 0.067 0.026 0.035 101 A 0.051 0.114 0.036 0.011 0.155 0.009 0.010 0.481 0.087 0.030 0.015 102 Q 0.106 0.048 0.015 0.009 0.146 0.010 0.022 0.444 0.123 0.043 0.034 103 R 0.038 0.106 0.048 0.033 0.092 0.051 0.071 0.389 0.120 0.035 0.016 104 Q 0.106 0.118 0.027 0.005 0.168 0.005 0.027 0.279 0.103 0.101 0.061 105 L 0.119 0.122 0.031 0.011 0.167 0.017 0.034 0.194 0.136 0.113 0.057 106 R 0.063 0.117 0.059 0.044 0.125 0.044 0.093 0.221 0.105 0.091 0.038