# TARGET T0314 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.812 0.135 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 2 S 0.805 0.139 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 3 I 0.630 0.166 0.091 0.069 0.035 0.008 0.001 4 T 0.690 0.170 0.070 0.044 0.017 0.009 0.001 5 S 0.568 0.199 0.114 0.080 0.031 0.007 0.001 6 T 0.659 0.235 0.080 0.020 0.006 0.001 0.001 7 D 0.627 0.209 0.085 0.054 0.022 0.003 0.001 8 I 0.648 0.177 0.073 0.063 0.029 0.010 0.001 9 C 0.431 0.246 0.173 0.116 0.030 0.004 0.001 10 Q 0.620 0.279 0.076 0.020 0.005 0.001 0.001 11 A 0.449 0.168 0.136 0.158 0.075 0.013 0.001 12 A 0.550 0.181 0.107 0.100 0.047 0.015 0.001 13 D 0.506 0.295 0.128 0.055 0.014 0.002 0.001 14 A 0.437 0.308 0.145 0.077 0.026 0.006 0.001 15 L 0.084 0.081 0.129 0.221 0.283 0.184 0.019 16 K 0.139 0.223 0.248 0.240 0.111 0.034 0.005 17 G 0.180 0.210 0.158 0.169 0.167 0.099 0.017 18 F 0.076 0.093 0.142 0.218 0.216 0.188 0.066 19 V 0.044 0.043 0.062 0.168 0.270 0.331 0.083 20 G 0.086 0.115 0.128 0.149 0.204 0.211 0.107 21 F 0.072 0.060 0.085 0.179 0.218 0.262 0.123 22 N 0.229 0.183 0.132 0.175 0.150 0.105 0.025 23 R 0.197 0.205 0.214 0.199 0.123 0.051 0.010 24 K 0.300 0.208 0.146 0.149 0.123 0.063 0.011 25 T 0.282 0.309 0.242 0.120 0.036 0.010 0.001 26 G 0.121 0.226 0.214 0.231 0.150 0.054 0.004 27 R 0.060 0.251 0.264 0.246 0.139 0.037 0.003 28 Y 0.011 0.036 0.067 0.180 0.354 0.304 0.049 29 I 0.002 0.003 0.010 0.032 0.106 0.487 0.361 30 V 0.005 0.003 0.005 0.019 0.067 0.316 0.585 31 R 0.007 0.014 0.025 0.055 0.112 0.267 0.520 32 F 0.003 0.007 0.015 0.039 0.093 0.276 0.567 33 S 0.003 0.010 0.015 0.037 0.083 0.272 0.580 34 E 0.005 0.016 0.031 0.082 0.152 0.352 0.362 35 D 0.008 0.021 0.038 0.080 0.217 0.362 0.274 36 S 0.012 0.028 0.050 0.105 0.180 0.329 0.296 37 F 0.013 0.026 0.042 0.083 0.174 0.356 0.306 38 G 0.017 0.040 0.067 0.142 0.208 0.273 0.254 39 M 0.020 0.049 0.080 0.158 0.217 0.271 0.205 40 D 0.044 0.061 0.094 0.141 0.209 0.272 0.179 41 V 0.045 0.055 0.057 0.108 0.192 0.284 0.259 42 A 0.040 0.049 0.075 0.145 0.208 0.259 0.223 43 D 0.030 0.063 0.085 0.126 0.184 0.262 0.251 44 D 0.032 0.058 0.074 0.146 0.187 0.247 0.258 45 S 0.021 0.042 0.063 0.123 0.191 0.270 0.291 46 I 0.047 0.050 0.060 0.093 0.161 0.304 0.284 47 T 0.063 0.074 0.071 0.127 0.208 0.272 0.185 48 P 0.043 0.084 0.127 0.171 0.178 0.218 0.180 49 T 0.016 0.042 0.078 0.142 0.155 0.261 0.306 50 S 0.016 0.034 0.051 0.115 0.193 0.319 0.272 51 E 0.008 0.013 0.026 0.065 0.174 0.335 0.379 52 F 0.008 0.011 0.023 0.048 0.106 0.307 0.498 53 V 0.011 0.020 0.040 0.082 0.147 0.394 0.306 54 W 0.015 0.023 0.038 0.107 0.254 0.410 0.153 55 S 0.037 0.092 0.160 0.253 0.251 0.169 0.039 56 S 0.184 0.248 0.244 0.188 0.098 0.033 0.006 57 V 0.348 0.285 0.180 0.120 0.047 0.016 0.004 58 R 0.567 0.253 0.104 0.053 0.018 0.004 0.001 59 D 0.598 0.243 0.103 0.040 0.012 0.003 0.001 60 D 0.592 0.232 0.094 0.055 0.020 0.007 0.001 61 V 0.354 0.225 0.185 0.133 0.075 0.026 0.003 62 M 0.317 0.195 0.159 0.163 0.114 0.046 0.006 63 R 0.354 0.260 0.173 0.120 0.066 0.024 0.003 64 L 0.203 0.147 0.143 0.193 0.187 0.113 0.014 65 G 0.225 0.226 0.195 0.186 0.112 0.049 0.007 66 R 0.417 0.264 0.159 0.095 0.047 0.016 0.002 67 E 0.435 0.224 0.140 0.105 0.065 0.027 0.004 68 Q 0.312 0.149 0.121 0.163 0.144 0.098 0.014 69 L 0.276 0.144 0.136 0.190 0.155 0.085 0.015 70 Q 0.335 0.225 0.169 0.144 0.089 0.033 0.005 71 I 0.331 0.165 0.125 0.141 0.139 0.084 0.015 72 L 0.221 0.138 0.115 0.161 0.172 0.161 0.032 73 L 0.258 0.161 0.149 0.184 0.132 0.100 0.017 74 E 0.292 0.234 0.173 0.147 0.099 0.048 0.007 75 Q 0.202 0.192 0.159 0.174 0.177 0.085 0.011 76 N 0.181 0.174 0.177 0.221 0.159 0.077 0.011 77 I 0.142 0.119 0.147 0.220 0.218 0.132 0.023 78 N 0.335 0.263 0.156 0.134 0.077 0.030 0.005 79 E 0.175 0.155 0.180 0.209 0.176 0.088 0.017 80 R 0.144 0.090 0.081 0.123 0.223 0.283 0.056 81 L 0.092 0.080 0.087 0.156 0.208 0.265 0.111 82 N 0.135 0.135 0.133 0.171 0.183 0.180 0.063 83 I 0.063 0.063 0.085 0.161 0.227 0.285 0.115 84 G 0.094 0.082 0.097 0.160 0.200 0.244 0.123 85 E 0.101 0.132 0.158 0.187 0.188 0.161 0.072 86 P 0.128 0.146 0.148 0.198 0.181 0.145 0.053 87 L 0.050 0.063 0.071 0.137 0.222 0.309 0.149 88 L 0.050 0.077 0.136 0.219 0.244 0.210 0.064 89 V 0.052 0.055 0.076 0.144 0.226 0.336 0.112 90 Y 0.056 0.089 0.153 0.250 0.256 0.167 0.029 91 L 0.090 0.085 0.099 0.170 0.254 0.250 0.053 92 R 0.242 0.280 0.213 0.171 0.071 0.022 0.002 93 R 0.289 0.259 0.193 0.155 0.080 0.021 0.002 94 Q 0.463 0.285 0.154 0.073 0.020 0.005 0.001 95 D 0.743 0.185 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001 96 L 0.591 0.195 0.125 0.065 0.020 0.003 0.001 97 P 0.771 0.156 0.050 0.018 0.005 0.001 0.001 98 E 0.677 0.179 0.082 0.042 0.016 0.004 0.001 99 I 0.627 0.141 0.096 0.087 0.039 0.010 0.001 100 T 0.683 0.195 0.085 0.028 0.008 0.001 0.001 101 A 0.729 0.143 0.061 0.041 0.021 0.004 0.001 102 Q 0.740 0.152 0.067 0.030 0.009 0.002 0.001 103 R 0.802 0.133 0.045 0.017 0.003 0.001 0.001 104 Q 0.850 0.114 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 105 L 0.848 0.105 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 106 R 0.883 0.092 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001