# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.001 0.001 0.006 0.056 0.921 2 S 0.266 0.017 0.006 0.026 0.079 0.606 3 I 0.243 0.040 0.009 0.031 0.093 0.583 4 T 0.134 0.032 0.011 0.038 0.131 0.654 5 S 0.022 0.003 0.049 0.575 0.102 0.249 6 T 0.003 0.001 0.049 0.892 0.033 0.023 7 D 0.002 0.001 0.033 0.927 0.026 0.009 8 I 0.002 0.001 0.046 0.927 0.016 0.008 9 C 0.003 0.001 0.043 0.916 0.024 0.012 10 Q 0.004 0.001 0.058 0.852 0.058 0.027 11 A 0.006 0.003 0.064 0.765 0.096 0.066 12 A 0.010 0.008 0.093 0.602 0.210 0.076 13 D 0.010 0.002 0.197 0.354 0.372 0.064 14 A 0.011 0.002 0.225 0.380 0.304 0.079 15 L 0.047 0.014 0.140 0.311 0.346 0.141 16 K 0.060 0.005 0.064 0.146 0.408 0.317 17 G 0.181 0.006 0.063 0.088 0.368 0.294 18 F 0.640 0.030 0.020 0.070 0.120 0.119 19 V 0.806 0.014 0.009 0.043 0.056 0.073 20 G 0.731 0.011 0.007 0.032 0.133 0.085 21 F 0.691 0.015 0.008 0.029 0.153 0.103 22 N 0.403 0.014 0.009 0.025 0.400 0.149 23 R 0.182 0.010 0.022 0.016 0.698 0.072 24 K 0.232 0.018 0.032 0.012 0.612 0.093 25 T 0.165 0.009 0.037 0.018 0.639 0.132 26 G 0.348 0.009 0.016 0.005 0.462 0.160 27 R 0.749 0.004 0.003 0.002 0.070 0.172 28 Y 0.946 0.002 0.001 0.001 0.016 0.034 29 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 30 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 31 R 0.955 0.002 0.001 0.003 0.008 0.032 32 F 0.741 0.008 0.002 0.008 0.043 0.198 33 S 0.366 0.016 0.010 0.009 0.276 0.324 34 E 0.089 0.012 0.142 0.041 0.517 0.198 35 D 0.035 0.005 0.219 0.040 0.587 0.113 36 S 0.026 0.004 0.340 0.037 0.541 0.053 37 F 0.044 0.015 0.142 0.066 0.541 0.193 38 G 0.062 0.027 0.040 0.042 0.363 0.467 39 M 0.119 0.029 0.011 0.016 0.209 0.616 40 D 0.207 0.049 0.020 0.027 0.210 0.486 41 V 0.120 0.027 0.260 0.105 0.278 0.211 42 A 0.125 0.019 0.233 0.110 0.297 0.217 43 D 0.094 0.010 0.350 0.070 0.360 0.116 44 D 0.050 0.006 0.189 0.061 0.490 0.204 45 S 0.100 0.020 0.104 0.053 0.465 0.258 46 I 0.201 0.086 0.026 0.026 0.326 0.336 47 T 0.196 0.040 0.009 0.013 0.221 0.521 48 P 0.165 0.026 0.023 0.014 0.301 0.471 49 T 0.093 0.015 0.207 0.038 0.394 0.253 50 S 0.139 0.006 0.267 0.038 0.365 0.185 51 E 0.276 0.006 0.308 0.046 0.248 0.116 52 F 0.549 0.024 0.061 0.047 0.158 0.160 53 V 0.733 0.020 0.013 0.033 0.093 0.109 54 W 0.738 0.018 0.010 0.037 0.084 0.115 55 S 0.585 0.015 0.011 0.041 0.137 0.211 56 S 0.345 0.014 0.022 0.053 0.295 0.271 57 V 0.170 0.017 0.072 0.105 0.405 0.230 58 R 0.134 0.017 0.071 0.106 0.445 0.227 59 D 0.077 0.007 0.119 0.170 0.488 0.140 60 D 0.107 0.007 0.071 0.205 0.412 0.199 61 V 0.318 0.015 0.057 0.195 0.225 0.190 62 M 0.471 0.016 0.031 0.180 0.112 0.190 63 R 0.389 0.019 0.024 0.165 0.134 0.269 64 L 0.184 0.015 0.010 0.206 0.147 0.438 65 G 0.047 0.008 0.003 0.123 0.090 0.729 66 R 0.004 0.001 0.015 0.932 0.024 0.025 67 E 0.004 0.001 0.016 0.951 0.016 0.013 68 Q 0.004 0.001 0.014 0.968 0.010 0.004 69 L 0.006 0.001 0.005 0.975 0.008 0.006 70 Q 0.006 0.001 0.007 0.974 0.008 0.005 71 I 0.008 0.001 0.007 0.970 0.010 0.004 72 L 0.007 0.001 0.007 0.966 0.013 0.006 73 L 0.009 0.001 0.008 0.954 0.019 0.009 74 E 0.008 0.001 0.016 0.913 0.029 0.033 75 Q 0.011 0.004 0.018 0.685 0.061 0.222 76 N 0.017 0.009 0.016 0.110 0.247 0.601 77 I 0.024 0.009 0.052 0.246 0.397 0.271 78 N 0.029 0.006 0.088 0.151 0.550 0.176 79 E 0.062 0.012 0.143 0.130 0.503 0.149 80 R 0.153 0.025 0.094 0.136 0.236 0.356 81 L 0.147 0.050 0.053 0.177 0.182 0.391 82 N 0.103 0.027 0.013 0.052 0.413 0.392 83 I 0.056 0.013 0.018 0.095 0.430 0.387 84 G 0.037 0.008 0.015 0.085 0.492 0.363 85 E 0.084 0.014 0.029 0.083 0.536 0.253 86 P 0.120 0.012 0.035 0.151 0.270 0.412 87 L 0.366 0.017 0.052 0.255 0.159 0.151 88 L 0.534 0.006 0.050 0.260 0.093 0.057 89 V 0.691 0.004 0.035 0.189 0.046 0.035 90 Y 0.603 0.008 0.028 0.235 0.058 0.067 91 L 0.457 0.017 0.021 0.237 0.086 0.183 92 R 0.201 0.015 0.021 0.153 0.223 0.387 93 R 0.022 0.005 0.286 0.237 0.319 0.130 94 Q 0.025 0.003 0.216 0.149 0.445 0.162 95 D 0.022 0.010 0.226 0.137 0.446 0.159 96 L 0.019 0.009 0.032 0.105 0.383 0.453 97 P 0.068 0.005 0.055 0.233 0.254 0.385 98 E 0.264 0.013 0.058 0.324 0.169 0.173 99 I 0.565 0.010 0.025 0.265 0.064 0.072 100 T 0.641 0.004 0.013 0.218 0.052 0.071 101 A 0.595 0.004 0.011 0.269 0.040 0.082 102 Q 0.521 0.003 0.014 0.298 0.050 0.115 103 R 0.333 0.005 0.023 0.370 0.069 0.201 104 Q 0.270 0.008 0.023 0.232 0.090 0.376 105 L 0.091 0.007 0.025 0.256 0.079 0.541 106 R 0.005 0.001 0.001 0.005 0.017 0.972