# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0314/T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.021 0.286 0.467 0.003 0.019 0.007 0.003 0.007 0.005 0.007 0.008 0.023 0.001 0.003 0.030 2 S 0.047 0.030 0.341 0.489 0.008 0.046 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.012 0.001 0.001 0.008 3 I 0.014 0.038 0.080 0.693 0.026 0.103 0.005 0.003 0.001 0.002 0.015 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 4 T 0.004 0.109 0.022 0.283 0.008 0.474 0.001 0.021 0.003 0.004 0.021 0.032 0.015 0.001 0.001 0.001 5 S 0.002 0.017 0.005 0.038 0.005 0.272 0.001 0.007 0.005 0.006 0.562 0.029 0.048 0.001 0.001 0.002 6 T 0.005 0.077 0.015 0.025 0.001 0.017 0.001 0.005 0.002 0.001 0.177 0.590 0.080 0.001 0.002 0.001 7 D 0.003 0.011 0.021 0.037 0.001 0.049 0.004 0.002 0.003 0.002 0.038 0.233 0.579 0.002 0.003 0.011 8 I 0.003 0.009 0.031 0.017 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.043 0.039 0.821 0.002 0.004 0.008 9 C 0.002 0.003 0.011 0.014 0.001 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.048 0.861 0.001 0.002 0.003 10 Q 0.001 0.006 0.003 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.913 0.001 0.001 0.003 11 A 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.907 0.009 0.002 0.007 12 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.930 0.007 0.010 0.003 13 D 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.935 0.003 0.010 0.011 14 A 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.799 0.044 0.006 0.104 15 L 0.007 0.002 0.060 0.002 0.004 0.006 0.196 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.459 0.207 0.028 0.013 16 K 0.003 0.059 0.103 0.011 0.001 0.005 0.028 0.027 0.002 0.001 0.006 0.009 0.344 0.006 0.338 0.057 17 G 0.034 0.013 0.046 0.063 0.001 0.007 0.004 0.001 0.063 0.009 0.009 0.008 0.183 0.005 0.006 0.549 18 F 0.343 0.009 0.242 0.039 0.031 0.015 0.122 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.098 0.059 0.002 0.016 19 V 0.010 0.060 0.305 0.247 0.013 0.049 0.013 0.109 0.001 0.001 0.018 0.015 0.086 0.004 0.061 0.007 20 G 0.005 0.059 0.036 0.399 0.069 0.094 0.026 0.008 0.066 0.042 0.018 0.013 0.058 0.013 0.003 0.090 21 F 0.133 0.095 0.091 0.388 0.041 0.035 0.026 0.047 0.009 0.005 0.036 0.021 0.040 0.007 0.016 0.010 22 N 0.011 0.051 0.140 0.163 0.018 0.340 0.012 0.063 0.023 0.037 0.025 0.041 0.041 0.002 0.014 0.019 23 R 0.056 0.083 0.047 0.091 0.032 0.177 0.006 0.029 0.024 0.022 0.295 0.042 0.073 0.002 0.005 0.015 24 K 0.039 0.087 0.040 0.048 0.148 0.036 0.113 0.010 0.011 0.005 0.112 0.125 0.020 0.194 0.003 0.009 25 T 0.007 0.075 0.128 0.079 0.001 0.009 0.005 0.135 0.004 0.001 0.006 0.020 0.017 0.001 0.508 0.006 26 G 0.014 0.021 0.116 0.111 0.001 0.024 0.003 0.001 0.240 0.040 0.005 0.004 0.018 0.001 0.001 0.402 27 R 0.629 0.066 0.094 0.199 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 28 Y 0.004 0.003 0.342 0.632 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.001 0.009 0.100 0.878 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.004 0.006 0.984 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.001 0.006 0.015 0.875 0.023 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.001 0.077 0.012 0.767 0.015 0.095 0.001 0.009 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 33 S 0.003 0.090 0.005 0.230 0.026 0.560 0.001 0.011 0.007 0.005 0.029 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.005 0.089 0.025 0.109 0.032 0.176 0.008 0.023 0.006 0.005 0.450 0.044 0.021 0.003 0.002 0.002 35 D 0.005 0.210 0.027 0.060 0.016 0.071 0.006 0.025 0.015 0.005 0.079 0.411 0.044 0.004 0.016 0.006 36 S 0.016 0.021 0.042 0.028 0.130 0.018 0.176 0.008 0.015 0.006 0.061 0.029 0.070 0.318 0.010 0.051 37 F 0.018 0.024 0.145 0.040 0.002 0.014 0.009 0.195 0.005 0.002 0.016 0.035 0.058 0.002 0.425 0.009 38 G 0.014 0.024 0.070 0.050 0.003 0.012 0.011 0.003 0.130 0.061 0.015 0.010 0.076 0.005 0.003 0.512 39 M 0.587 0.018 0.061 0.225 0.001 0.011 0.003 0.005 0.003 0.001 0.012 0.018 0.043 0.001 0.003 0.007 40 D 0.010 0.030 0.201 0.130 0.011 0.470 0.012 0.003 0.004 0.007 0.008 0.033 0.068 0.002 0.001 0.010 41 V 0.010 0.103 0.042 0.263 0.043 0.099 0.014 0.013 0.002 0.001 0.297 0.019 0.083 0.004 0.003 0.006 42 A 0.006 0.108 0.074 0.188 0.038 0.105 0.025 0.033 0.010 0.007 0.049 0.224 0.079 0.028 0.016 0.010 43 D 0.013 0.048 0.055 0.063 0.009 0.176 0.028 0.036 0.012 0.014 0.078 0.049 0.259 0.014 0.113 0.031 44 D 0.041 0.130 0.059 0.056 0.003 0.026 0.023 0.012 0.050 0.012 0.172 0.072 0.136 0.025 0.031 0.154 45 S 0.219 0.074 0.165 0.067 0.003 0.022 0.051 0.004 0.016 0.003 0.020 0.129 0.096 0.013 0.033 0.084 46 I 0.038 0.034 0.694 0.081 0.002 0.006 0.015 0.002 0.004 0.001 0.003 0.004 0.026 0.002 0.005 0.083 47 T 0.038 0.043 0.384 0.406 0.010 0.046 0.020 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.018 0.001 0.002 0.018 48 P 0.016 0.047 0.079 0.263 0.026 0.476 0.008 0.015 0.002 0.007 0.030 0.005 0.019 0.001 0.001 0.004 49 T 0.005 0.096 0.014 0.109 0.004 0.377 0.002 0.023 0.009 0.005 0.302 0.033 0.018 0.001 0.001 0.002 50 S 0.008 0.472 0.029 0.086 0.001 0.023 0.002 0.004 0.018 0.002 0.034 0.298 0.019 0.001 0.002 0.004 51 E 0.028 0.030 0.326 0.446 0.001 0.011 0.003 0.003 0.005 0.001 0.028 0.030 0.060 0.001 0.007 0.020 52 F 0.012 0.005 0.747 0.162 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.033 0.001 0.001 0.011 53 V 0.008 0.035 0.099 0.762 0.008 0.033 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.031 0.002 0.001 0.004 54 W 0.002 0.044 0.032 0.799 0.009 0.074 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 55 S 0.007 0.045 0.046 0.602 0.013 0.171 0.003 0.014 0.005 0.007 0.039 0.006 0.033 0.001 0.002 0.007 56 S 0.018 0.105 0.038 0.223 0.029 0.308 0.007 0.012 0.007 0.008 0.129 0.057 0.048 0.003 0.001 0.006 57 V 0.013 0.156 0.047 0.121 0.034 0.146 0.018 0.024 0.005 0.003 0.191 0.134 0.083 0.011 0.007 0.007 58 R 0.007 0.094 0.068 0.071 0.010 0.134 0.018 0.041 0.009 0.006 0.123 0.153 0.185 0.011 0.051 0.018 59 D 0.017 0.048 0.055 0.051 0.003 0.096 0.011 0.015 0.018 0.012 0.150 0.109 0.340 0.004 0.023 0.049 60 D 0.065 0.135 0.070 0.055 0.001 0.033 0.010 0.005 0.020 0.003 0.072 0.189 0.273 0.009 0.009 0.051 61 V 0.035 0.048 0.272 0.125 0.001 0.017 0.011 0.003 0.003 0.001 0.025 0.054 0.355 0.004 0.016 0.029 62 M 0.012 0.010 0.429 0.119 0.003 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.336 0.001 0.003 0.026 63 R 0.025 0.025 0.084 0.202 0.142 0.096 0.052 0.003 0.002 0.002 0.028 0.017 0.243 0.065 0.001 0.014 64 L 0.006 0.066 0.052 0.204 0.011 0.104 0.007 0.114 0.001 0.001 0.039 0.051 0.280 0.002 0.057 0.004 65 G 0.001 0.017 0.008 0.027 0.001 0.216 0.001 0.007 0.015 0.042 0.098 0.053 0.484 0.001 0.002 0.026 66 R 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.154 0.565 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.429 0.498 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 0.953 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.016 0.001 0.005 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.954 0.006 0.031 0.001 74 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.514 0.305 0.013 0.147 75 Q 0.019 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.524 0.008 0.378 0.037 76 N 0.008 0.005 0.050 0.001 0.001 0.013 0.029 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.482 0.028 0.005 0.360 77 I 0.089 0.016 0.027 0.010 0.002 0.039 0.028 0.011 0.001 0.001 0.100 0.055 0.572 0.019 0.021 0.008 78 N 0.004 0.153 0.048 0.019 0.002 0.043 0.024 0.006 0.008 0.003 0.028 0.191 0.388 0.020 0.035 0.028 79 E 0.024 0.017 0.037 0.043 0.002 0.016 0.018 0.007 0.008 0.002 0.101 0.038 0.540 0.010 0.051 0.087 80 R 0.045 0.068 0.390 0.038 0.005 0.008 0.056 0.002 0.011 0.001 0.007 0.028 0.106 0.051 0.014 0.170 81 L 0.051 0.024 0.609 0.135 0.002 0.010 0.016 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.070 0.002 0.038 0.028 82 N 0.014 0.014 0.127 0.037 0.109 0.430 0.111 0.003 0.004 0.018 0.013 0.006 0.062 0.019 0.001 0.034 83 I 0.031 0.087 0.019 0.066 0.003 0.090 0.002 0.205 0.003 0.001 0.416 0.018 0.041 0.001 0.015 0.004 84 G 0.004 0.371 0.049 0.104 0.001 0.012 0.003 0.002 0.111 0.015 0.008 0.273 0.018 0.001 0.001 0.026 85 E 0.195 0.019 0.233 0.291 0.002 0.060 0.006 0.003 0.002 0.001 0.026 0.019 0.130 0.001 0.003 0.010 86 P 0.006 0.042 0.669 0.136 0.001 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.013 0.037 0.001 0.001 0.003 87 L 0.006 0.083 0.046 0.687 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.038 0.047 0.001 0.001 0.001 88 L 0.002 0.020 0.058 0.819 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.052 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.008 0.048 0.761 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.129 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.042 0.027 0.798 0.010 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.070 0.002 0.001 0.005 91 L 0.003 0.031 0.021 0.812 0.014 0.055 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.001 0.002 0.003 92 R 0.003 0.065 0.055 0.227 0.037 0.441 0.008 0.025 0.003 0.009 0.023 0.007 0.075 0.004 0.005 0.013 93 R 0.009 0.033 0.010 0.042 0.071 0.195 0.022 0.018 0.004 0.006 0.464 0.019 0.054 0.043 0.004 0.006 94 Q 0.011 0.216 0.036 0.040 0.002 0.014 0.005 0.124 0.009 0.003 0.128 0.216 0.066 0.004 0.115 0.011 95 D 0.023 0.062 0.074 0.048 0.001 0.040 0.008 0.004 0.066 0.024 0.014 0.121 0.213 0.004 0.016 0.282 96 L 0.184 0.013 0.193 0.037 0.001 0.085 0.011 0.002 0.002 0.002 0.072 0.034 0.345 0.001 0.003 0.015 97 P 0.011 0.077 0.139 0.060 0.001 0.105 0.003 0.005 0.001 0.001 0.141 0.164 0.285 0.001 0.001 0.004 98 E 0.008 0.070 0.028 0.233 0.002 0.059 0.002 0.002 0.005 0.001 0.050 0.132 0.395 0.002 0.001 0.009 99 I 0.002 0.018 0.071 0.119 0.001 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 0.056 0.645 0.001 0.002 0.003 100 T 0.002 0.030 0.063 0.118 0.002 0.037 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.035 0.680 0.001 0.002 0.008 101 A 0.002 0.007 0.013 0.101 0.002 0.064 0.003 0.002 0.001 0.001 0.038 0.018 0.739 0.004 0.002 0.005 102 Q 0.003 0.044 0.041 0.089 0.008 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.028 0.028 0.667 0.026 0.011 0.015 103 R 0.006 0.016 0.040 0.120 0.004 0.019 0.012 0.013 0.003 0.001 0.017 0.017 0.646 0.011 0.043 0.031 104 Q 0.014 0.032 0.090 0.071 0.011 0.075 0.032 0.005 0.009 0.005 0.016 0.020 0.478 0.029 0.011 0.101 105 L 0.031 0.031 0.060 0.047 0.063 0.075 0.138 0.010 0.002 0.002 0.075 0.029 0.330 0.063 0.018 0.024 106 R 0.010 0.125 0.098 0.057 0.024 0.037 0.051 0.095 0.007 0.004 0.061 0.069 0.182 0.053 0.091 0.037