# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.120 0.081 0.130 0.099 0.092 0.099 0.059 0.055 0.036 0.021 2 S 0.245 0.249 0.090 0.196 0.109 0.056 0.032 0.011 0.006 0.004 0.002 3 I 0.089 0.054 0.041 0.067 0.077 0.098 0.157 0.125 0.129 0.091 0.072 4 T 0.088 0.333 0.126 0.200 0.105 0.062 0.045 0.017 0.013 0.006 0.005 5 S 0.084 0.104 0.104 0.194 0.140 0.114 0.124 0.059 0.040 0.024 0.012 6 T 0.554 0.176 0.084 0.091 0.048 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 7 D 0.140 0.159 0.177 0.255 0.123 0.072 0.048 0.014 0.007 0.003 0.001 8 I 0.031 0.066 0.138 0.131 0.062 0.060 0.125 0.096 0.129 0.101 0.060 9 C 0.041 0.052 0.152 0.106 0.103 0.149 0.203 0.085 0.060 0.033 0.015 10 Q 0.031 0.057 0.520 0.248 0.088 0.033 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 11 A 0.012 0.031 0.145 0.070 0.075 0.108 0.222 0.124 0.104 0.069 0.039 12 A 0.013 0.025 0.163 0.102 0.072 0.090 0.165 0.098 0.112 0.092 0.067 13 D 0.057 0.075 0.424 0.143 0.103 0.081 0.066 0.023 0.014 0.008 0.005 14 A 0.034 0.093 0.369 0.202 0.134 0.092 0.052 0.012 0.007 0.003 0.002 15 L 0.013 0.025 0.066 0.038 0.019 0.024 0.091 0.093 0.180 0.217 0.231 16 K 0.089 0.126 0.118 0.199 0.173 0.130 0.091 0.032 0.020 0.013 0.008 17 G 0.106 0.151 0.215 0.158 0.099 0.077 0.077 0.042 0.036 0.023 0.016 18 F 0.044 0.049 0.058 0.109 0.091 0.093 0.161 0.103 0.109 0.096 0.087 19 V 0.041 0.047 0.035 0.062 0.058 0.084 0.153 0.119 0.146 0.136 0.120 20 G 0.074 0.122 0.087 0.158 0.122 0.097 0.105 0.067 0.069 0.050 0.049 21 F 0.051 0.047 0.038 0.072 0.059 0.065 0.119 0.113 0.152 0.147 0.137 22 N 0.166 0.150 0.059 0.191 0.144 0.104 0.085 0.040 0.030 0.018 0.012 23 R 0.179 0.155 0.063 0.164 0.125 0.102 0.089 0.046 0.037 0.022 0.017 24 K 0.270 0.137 0.085 0.137 0.098 0.083 0.078 0.039 0.035 0.022 0.016 25 T 0.132 0.198 0.105 0.226 0.129 0.079 0.066 0.028 0.020 0.011 0.006 26 G 0.112 0.067 0.035 0.087 0.089 0.098 0.144 0.106 0.112 0.086 0.064 27 R 0.042 0.106 0.102 0.290 0.208 0.118 0.073 0.029 0.018 0.009 0.005 28 Y 0.007 0.016 0.019 0.060 0.079 0.114 0.235 0.176 0.151 0.097 0.047 29 I 0.009 0.017 0.023 0.083 0.078 0.078 0.143 0.138 0.161 0.141 0.128 30 V 0.010 0.014 0.020 0.036 0.047 0.066 0.169 0.169 0.201 0.161 0.105 31 R 0.023 0.060 0.073 0.208 0.180 0.134 0.126 0.075 0.064 0.037 0.021 32 F 0.010 0.013 0.011 0.025 0.030 0.046 0.113 0.137 0.205 0.214 0.196 33 S 0.051 0.112 0.067 0.207 0.157 0.120 0.126 0.065 0.048 0.027 0.019 34 E 0.149 0.131 0.069 0.145 0.124 0.100 0.102 0.064 0.054 0.039 0.025 35 D 0.109 0.104 0.072 0.172 0.138 0.115 0.108 0.060 0.054 0.039 0.030 36 S 0.155 0.112 0.060 0.145 0.120 0.105 0.104 0.064 0.057 0.043 0.033 37 F 0.135 0.072 0.036 0.092 0.081 0.092 0.132 0.100 0.110 0.087 0.062 38 G 0.210 0.165 0.074 0.135 0.097 0.078 0.077 0.048 0.047 0.036 0.033 39 M 0.069 0.052 0.032 0.061 0.058 0.073 0.118 0.105 0.142 0.141 0.149 40 D 0.084 0.138 0.075 0.199 0.146 0.103 0.092 0.049 0.044 0.033 0.034 41 V 0.057 0.053 0.035 0.064 0.059 0.064 0.101 0.100 0.143 0.154 0.169 42 A 0.110 0.088 0.074 0.130 0.113 0.101 0.114 0.070 0.077 0.062 0.062 43 D 0.124 0.131 0.091 0.179 0.132 0.105 0.101 0.051 0.039 0.027 0.020 44 D 0.210 0.140 0.084 0.174 0.122 0.091 0.078 0.036 0.028 0.020 0.015 45 S 0.215 0.159 0.069 0.148 0.104 0.080 0.079 0.043 0.040 0.031 0.030 46 I 0.041 0.031 0.022 0.048 0.043 0.057 0.108 0.101 0.158 0.180 0.212 47 T 0.074 0.146 0.075 0.158 0.127 0.102 0.106 0.063 0.061 0.045 0.042 48 P 0.124 0.121 0.074 0.154 0.116 0.095 0.102 0.064 0.062 0.047 0.040 49 T 0.090 0.065 0.031 0.094 0.100 0.098 0.130 0.107 0.113 0.095 0.076 50 S 0.140 0.107 0.049 0.159 0.140 0.124 0.117 0.061 0.052 0.031 0.019 51 E 0.066 0.079 0.058 0.162 0.136 0.124 0.137 0.082 0.072 0.050 0.034 52 F 0.025 0.022 0.024 0.049 0.052 0.068 0.141 0.148 0.187 0.166 0.120 53 V 0.033 0.060 0.052 0.116 0.099 0.097 0.143 0.116 0.127 0.092 0.065 54 W 0.015 0.024 0.024 0.055 0.066 0.081 0.142 0.138 0.182 0.159 0.114 55 S 0.077 0.112 0.085 0.194 0.159 0.126 0.120 0.057 0.041 0.019 0.010 56 S 0.210 0.138 0.067 0.145 0.111 0.094 0.099 0.055 0.042 0.025 0.014 57 V 0.161 0.138 0.065 0.118 0.102 0.103 0.115 0.068 0.061 0.041 0.026 58 R 0.263 0.231 0.108 0.165 0.090 0.057 0.043 0.018 0.013 0.008 0.004 59 D 0.362 0.209 0.101 0.142 0.082 0.048 0.030 0.012 0.008 0.004 0.002 60 D 0.264 0.133 0.110 0.145 0.099 0.087 0.084 0.036 0.023 0.012 0.006 61 V 0.084 0.079 0.101 0.209 0.167 0.127 0.112 0.051 0.037 0.020 0.012 62 M 0.041 0.038 0.077 0.071 0.077 0.115 0.196 0.128 0.125 0.083 0.049 63 R 0.045 0.085 0.244 0.322 0.167 0.076 0.040 0.011 0.007 0.003 0.001 64 L 0.039 0.055 0.100 0.071 0.061 0.074 0.150 0.119 0.146 0.109 0.078 65 G 0.062 0.149 0.118 0.199 0.151 0.122 0.110 0.043 0.027 0.013 0.006 66 R 0.088 0.080 0.120 0.142 0.142 0.153 0.155 0.058 0.037 0.017 0.006 67 E 0.233 0.123 0.240 0.130 0.088 0.069 0.064 0.025 0.016 0.007 0.004 68 Q 0.017 0.053 0.163 0.210 0.144 0.137 0.154 0.057 0.039 0.018 0.007 69 L 0.008 0.014 0.051 0.030 0.019 0.028 0.110 0.131 0.218 0.224 0.165 70 Q 0.014 0.038 0.233 0.277 0.215 0.127 0.060 0.018 0.011 0.005 0.002 71 I 0.009 0.032 0.271 0.105 0.097 0.109 0.169 0.085 0.067 0.038 0.019 72 L 0.010 0.021 0.097 0.094 0.078 0.086 0.182 0.126 0.136 0.100 0.069 73 L 0.007 0.023 0.081 0.055 0.055 0.088 0.245 0.148 0.141 0.100 0.056 74 E 0.060 0.113 0.353 0.244 0.125 0.060 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 75 Q 0.058 0.071 0.149 0.130 0.121 0.134 0.180 0.074 0.046 0.024 0.012 76 N 0.165 0.223 0.133 0.170 0.105 0.080 0.068 0.024 0.017 0.009 0.005 77 I 0.024 0.034 0.036 0.046 0.046 0.067 0.153 0.131 0.171 0.151 0.141 78 N 0.257 0.210 0.155 0.185 0.103 0.049 0.024 0.007 0.005 0.002 0.001 79 E 0.194 0.200 0.162 0.219 0.103 0.061 0.036 0.012 0.007 0.004 0.002 80 R 0.057 0.053 0.052 0.103 0.102 0.123 0.187 0.112 0.098 0.067 0.047 81 L 0.034 0.029 0.038 0.043 0.039 0.065 0.137 0.126 0.171 0.164 0.155 82 N 0.054 0.154 0.200 0.192 0.139 0.095 0.076 0.033 0.028 0.018 0.011 83 I 0.035 0.049 0.049 0.080 0.063 0.086 0.157 0.126 0.147 0.121 0.087 84 G 0.264 0.136 0.056 0.126 0.115 0.101 0.097 0.044 0.032 0.018 0.011 85 E 0.169 0.128 0.068 0.136 0.102 0.094 0.116 0.065 0.057 0.038 0.027 86 P 0.079 0.095 0.075 0.154 0.145 0.132 0.129 0.069 0.061 0.039 0.023 87 L 0.018 0.017 0.015 0.033 0.030 0.044 0.120 0.150 0.228 0.198 0.147 88 L 0.022 0.052 0.065 0.204 0.203 0.175 0.140 0.062 0.043 0.023 0.012 89 V 0.014 0.027 0.050 0.070 0.065 0.079 0.150 0.145 0.176 0.138 0.085 90 Y 0.013 0.023 0.041 0.114 0.121 0.125 0.204 0.137 0.120 0.068 0.036 91 L 0.007 0.013 0.020 0.028 0.034 0.051 0.121 0.149 0.224 0.203 0.150 92 R 0.040 0.130 0.153 0.274 0.189 0.108 0.066 0.021 0.012 0.005 0.002 93 R 0.094 0.127 0.094 0.165 0.132 0.123 0.133 0.064 0.041 0.019 0.008 94 Q 0.346 0.172 0.089 0.149 0.098 0.064 0.048 0.017 0.010 0.004 0.002 95 D 0.267 0.255 0.122 0.186 0.085 0.044 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 96 L 0.046 0.053 0.032 0.067 0.074 0.096 0.170 0.150 0.149 0.103 0.058 97 P 0.389 0.246 0.095 0.107 0.060 0.045 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 98 E 0.245 0.165 0.140 0.197 0.120 0.070 0.042 0.012 0.006 0.002 0.001 99 I 0.072 0.047 0.059 0.071 0.067 0.093 0.177 0.123 0.127 0.097 0.067 100 T 0.085 0.130 0.182 0.323 0.154 0.068 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 101 A 0.081 0.082 0.195 0.106 0.091 0.107 0.140 0.077 0.064 0.039 0.019 102 Q 0.049 0.116 0.324 0.243 0.124 0.066 0.046 0.015 0.009 0.005 0.002 103 R 0.081 0.082 0.177 0.129 0.116 0.128 0.146 0.061 0.044 0.025 0.010 104 Q 0.147 0.160 0.296 0.212 0.089 0.047 0.029 0.009 0.006 0.003 0.002 105 L 0.153 0.140 0.229 0.111 0.074 0.069 0.087 0.046 0.044 0.031 0.017 106 R 0.274 0.221 0.133 0.138 0.083 0.061 0.047 0.018 0.014 0.007 0.004