# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.012 0.113 0.083 0.102 0.104 0.012 0.486 2 S 0.088 0.010 0.120 0.071 0.108 0.097 0.010 0.497 3 I 0.051 0.010 0.171 0.087 0.120 0.063 0.006 0.492 4 T 0.024 0.016 0.092 0.067 0.102 0.189 0.004 0.505 5 S 0.028 0.018 0.051 0.028 0.081 0.112 0.005 0.676 6 T 0.019 0.018 0.020 0.007 0.022 0.252 0.003 0.659 7 D 0.040 0.037 0.007 0.004 0.007 0.501 0.006 0.398 8 I 0.069 0.473 0.017 0.006 0.012 0.178 0.007 0.239 9 C 0.008 0.912 0.006 0.004 0.007 0.011 0.002 0.051 10 Q 0.009 0.910 0.006 0.004 0.009 0.013 0.003 0.045 11 A 0.020 0.938 0.004 0.002 0.005 0.006 0.003 0.020 12 A 0.027 0.934 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.018 13 D 0.064 0.890 0.003 0.003 0.002 0.005 0.015 0.018 14 A 0.129 0.803 0.009 0.002 0.002 0.005 0.032 0.018 15 L 0.335 0.480 0.039 0.006 0.007 0.018 0.081 0.033 16 K 0.254 0.388 0.129 0.029 0.019 0.022 0.084 0.077 17 G 0.148 0.118 0.250 0.024 0.031 0.043 0.070 0.316 18 F 0.078 0.039 0.473 0.043 0.062 0.056 0.020 0.228 19 V 0.016 0.028 0.326 0.105 0.100 0.054 0.008 0.364 20 G 0.010 0.011 0.156 0.064 0.106 0.061 0.005 0.587 21 F 0.031 0.013 0.282 0.142 0.158 0.081 0.006 0.288 22 N 0.025 0.016 0.080 0.125 0.135 0.118 0.007 0.494 23 R 0.040 0.010 0.067 0.075 0.152 0.101 0.011 0.543 24 K 0.048 0.010 0.033 0.044 0.061 0.433 0.012 0.360 25 T 0.056 0.011 0.023 0.040 0.041 0.215 0.027 0.588 26 G 0.116 0.030 0.100 0.167 0.096 0.101 0.073 0.316 27 R 0.169 0.003 0.156 0.073 0.134 0.234 0.014 0.218 28 Y 0.013 0.001 0.151 0.256 0.256 0.055 0.003 0.266 29 I 0.006 0.001 0.122 0.239 0.549 0.018 0.001 0.063 30 V 0.002 0.001 0.256 0.314 0.363 0.009 0.001 0.055 31 R 0.002 0.002 0.218 0.269 0.366 0.016 0.001 0.127 32 F 0.003 0.002 0.170 0.202 0.471 0.032 0.001 0.119 33 S 0.008 0.004 0.099 0.125 0.364 0.097 0.003 0.299 34 E 0.015 0.005 0.049 0.046 0.154 0.120 0.006 0.605 35 D 0.058 0.016 0.021 0.025 0.047 0.270 0.018 0.545 36 S 0.411 0.024 0.024 0.019 0.030 0.265 0.033 0.194 37 F 0.184 0.100 0.042 0.049 0.045 0.212 0.033 0.335 38 G 0.128 0.057 0.093 0.055 0.090 0.127 0.029 0.420 39 M 0.052 0.110 0.145 0.116 0.141 0.108 0.007 0.321 40 D 0.041 0.078 0.063 0.106 0.217 0.134 0.013 0.347 41 V 0.060 0.097 0.128 0.111 0.231 0.081 0.007 0.285 42 A 0.044 0.164 0.089 0.146 0.204 0.207 0.012 0.134 43 D 0.131 0.151 0.066 0.076 0.123 0.122 0.032 0.298 44 D 0.141 0.147 0.059 0.041 0.053 0.085 0.031 0.442 45 S 0.183 0.038 0.043 0.023 0.040 0.473 0.041 0.160 46 I 0.324 0.067 0.043 0.025 0.038 0.115 0.060 0.327 47 T 0.082 0.059 0.156 0.089 0.091 0.138 0.017 0.368 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 49 T 0.015 0.014 0.051 0.038 0.153 0.229 0.006 0.494 50 S 0.090 0.028 0.034 0.032 0.046 0.160 0.013 0.596 51 E 0.163 0.076 0.046 0.046 0.075 0.164 0.011 0.419 52 F 0.163 0.129 0.070 0.081 0.125 0.125 0.008 0.298 53 V 0.099 0.150 0.068 0.142 0.224 0.086 0.014 0.218 54 W 0.063 0.221 0.061 0.132 0.225 0.037 0.010 0.251 55 S 0.084 0.145 0.045 0.127 0.233 0.064 0.021 0.281 56 S 0.042 0.064 0.016 0.037 0.059 0.050 0.013 0.719 57 V 0.090 0.079 0.020 0.030 0.083 0.155 0.018 0.526 58 R 0.071 0.077 0.016 0.016 0.029 0.326 0.018 0.447 59 D 0.074 0.153 0.010 0.011 0.015 0.096 0.015 0.625 60 D 0.089 0.215 0.014 0.009 0.014 0.124 0.014 0.521 61 V 0.150 0.385 0.022 0.017 0.034 0.149 0.014 0.230 62 M 0.054 0.691 0.022 0.033 0.043 0.040 0.011 0.108 63 R 0.077 0.629 0.017 0.030 0.046 0.032 0.010 0.157 64 L 0.069 0.641 0.028 0.042 0.048 0.027 0.011 0.134 65 G 0.096 0.501 0.015 0.027 0.041 0.044 0.022 0.254 66 R 0.064 0.497 0.034 0.016 0.037 0.054 0.013 0.284 67 E 0.020 0.592 0.007 0.008 0.010 0.074 0.006 0.283 68 Q 0.061 0.679 0.006 0.004 0.006 0.047 0.012 0.185 69 L 0.031 0.871 0.009 0.004 0.005 0.011 0.006 0.062 70 Q 0.005 0.939 0.010 0.003 0.005 0.004 0.002 0.032 71 I 0.005 0.949 0.005 0.003 0.004 0.003 0.002 0.029 72 L 0.015 0.937 0.004 0.003 0.006 0.004 0.005 0.026 73 L 0.019 0.936 0.005 0.002 0.005 0.004 0.005 0.025 74 E 0.060 0.855 0.006 0.003 0.003 0.006 0.019 0.047 75 Q 0.329 0.523 0.021 0.005 0.003 0.010 0.063 0.046 76 N 0.402 0.318 0.022 0.008 0.005 0.015 0.087 0.144 77 I 0.088 0.196 0.420 0.024 0.030 0.036 0.032 0.173 78 N 0.031 0.147 0.089 0.022 0.043 0.285 0.016 0.366 79 E 0.106 0.173 0.097 0.015 0.031 0.118 0.029 0.430 80 R 0.129 0.225 0.084 0.013 0.017 0.250 0.020 0.262 81 L 0.141 0.245 0.238 0.049 0.029 0.080 0.042 0.176 82 N 0.170 0.092 0.095 0.064 0.056 0.112 0.045 0.366 83 I 0.075 0.059 0.266 0.080 0.132 0.056 0.017 0.315 84 G 0.036 0.060 0.061 0.055 0.134 0.198 0.025 0.431 85 E 0.136 0.021 0.047 0.054 0.071 0.166 0.015 0.490 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 87 L 0.035 0.015 0.065 0.147 0.317 0.184 0.009 0.229 88 L 0.131 0.059 0.075 0.181 0.182 0.072 0.008 0.292 89 V 0.024 0.058 0.062 0.284 0.401 0.030 0.004 0.136 90 Y 0.048 0.073 0.063 0.254 0.436 0.033 0.003 0.090 91 L 0.030 0.093 0.078 0.305 0.380 0.022 0.006 0.086 92 R 0.030 0.131 0.050 0.291 0.329 0.033 0.011 0.125 93 R 0.067 0.132 0.056 0.126 0.292 0.041 0.024 0.261 94 Q 0.063 0.104 0.029 0.075 0.116 0.085 0.033 0.496 95 D 0.068 0.037 0.012 0.017 0.024 0.074 0.078 0.690 96 L 0.460 0.016 0.020 0.020 0.020 0.053 0.029 0.381 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 98 E 0.007 0.006 0.015 0.032 0.080 0.130 0.002 0.726 99 I 0.166 0.111 0.067 0.070 0.117 0.070 0.005 0.394 100 T 0.058 0.150 0.047 0.142 0.201 0.092 0.005 0.305 101 A 0.059 0.268 0.039 0.123 0.157 0.047 0.005 0.303 102 Q 0.064 0.391 0.042 0.074 0.187 0.053 0.010 0.180 103 R 0.065 0.537 0.018 0.075 0.080 0.046 0.019 0.160 104 Q 0.069 0.638 0.018 0.039 0.042 0.023 0.024 0.147 105 L 0.164 0.385 0.035 0.044 0.071 0.039 0.038 0.223 106 R 0.117 0.352 0.039 0.058 0.070 0.055 0.027 0.282