# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.408 0.203 0.060 0.153 0.023 0.029 0.010 0.036 0.005 0.001 2 S 0.062 0.387 0.352 0.025 0.062 0.058 0.017 0.003 0.025 0.005 0.001 3 I 0.030 0.625 0.191 0.023 0.077 0.032 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 4 T 0.052 0.363 0.360 0.043 0.113 0.039 0.003 0.001 0.019 0.005 0.001 5 S 0.470 0.112 0.165 0.060 0.088 0.043 0.016 0.007 0.031 0.009 0.001 6 T 0.949 0.008 0.010 0.023 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 7 D 0.914 0.003 0.009 0.051 0.001 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 8 I 0.906 0.007 0.007 0.072 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 C 0.918 0.013 0.025 0.028 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.913 0.007 0.017 0.049 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.870 0.009 0.018 0.082 0.004 0.006 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 12 A 0.925 0.008 0.016 0.038 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 13 D 0.950 0.003 0.006 0.031 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.769 0.013 0.010 0.192 0.004 0.005 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 15 L 0.492 0.075 0.148 0.221 0.008 0.023 0.013 0.003 0.015 0.001 0.001 16 K 0.490 0.072 0.182 0.137 0.023 0.016 0.061 0.007 0.009 0.004 0.001 17 G 0.270 0.026 0.034 0.085 0.137 0.004 0.047 0.306 0.003 0.089 0.001 18 F 0.315 0.173 0.281 0.100 0.035 0.056 0.010 0.003 0.021 0.004 0.002 19 V 0.182 0.424 0.147 0.144 0.020 0.033 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 20 G 0.164 0.061 0.107 0.042 0.201 0.015 0.063 0.167 0.010 0.170 0.001 21 F 0.305 0.260 0.145 0.164 0.049 0.030 0.010 0.004 0.025 0.006 0.002 22 N 0.160 0.121 0.194 0.166 0.042 0.108 0.125 0.008 0.064 0.011 0.002 23 R 0.419 0.054 0.110 0.124 0.042 0.030 0.148 0.044 0.015 0.012 0.002 24 K 0.452 0.132 0.150 0.173 0.020 0.026 0.018 0.006 0.018 0.004 0.001 25 T 0.190 0.185 0.237 0.288 0.031 0.013 0.025 0.004 0.022 0.004 0.001 26 G 0.027 0.017 0.081 0.021 0.119 0.005 0.108 0.422 0.004 0.197 0.001 27 R 0.058 0.493 0.306 0.049 0.054 0.018 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 28 Y 0.010 0.608 0.277 0.008 0.044 0.025 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 29 I 0.007 0.677 0.259 0.003 0.010 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 30 V 0.009 0.746 0.149 0.002 0.016 0.040 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 31 R 0.013 0.588 0.268 0.005 0.018 0.072 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 32 F 0.039 0.486 0.236 0.024 0.110 0.052 0.009 0.002 0.042 0.002 0.001 33 S 0.055 0.254 0.245 0.037 0.314 0.031 0.007 0.007 0.020 0.030 0.001 34 E 0.672 0.077 0.075 0.092 0.028 0.018 0.011 0.005 0.013 0.008 0.001 35 D 0.432 0.070 0.119 0.254 0.031 0.041 0.024 0.005 0.018 0.005 0.001 36 S 0.479 0.094 0.074 0.224 0.034 0.023 0.031 0.014 0.021 0.004 0.002 37 F 0.194 0.068 0.141 0.436 0.032 0.008 0.086 0.019 0.008 0.006 0.001 38 G 0.052 0.010 0.031 0.041 0.043 0.005 0.187 0.522 0.004 0.105 0.001 39 M 0.089 0.478 0.294 0.015 0.067 0.020 0.006 0.002 0.024 0.004 0.001 40 D 0.167 0.132 0.440 0.025 0.026 0.161 0.012 0.003 0.025 0.004 0.006 41 V 0.424 0.254 0.089 0.143 0.016 0.036 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 42 A 0.425 0.143 0.203 0.100 0.062 0.023 0.011 0.008 0.015 0.011 0.001 43 D 0.353 0.102 0.124 0.217 0.045 0.053 0.051 0.005 0.043 0.005 0.001 44 D 0.388 0.072 0.095 0.257 0.045 0.021 0.084 0.021 0.012 0.004 0.001 45 S 0.319 0.158 0.150 0.236 0.069 0.018 0.019 0.013 0.011 0.008 0.001 46 I 0.217 0.332 0.247 0.103 0.032 0.032 0.008 0.002 0.025 0.002 0.001 47 T 0.068 0.294 0.348 0.003 0.027 0.037 0.024 0.001 0.195 0.003 0.001 48 P 0.158 0.004 0.698 0.012 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 49 T 0.417 0.118 0.212 0.112 0.050 0.031 0.017 0.020 0.013 0.007 0.002 50 S 0.333 0.209 0.164 0.110 0.118 0.015 0.023 0.011 0.009 0.007 0.001 51 E 0.244 0.410 0.144 0.061 0.097 0.013 0.010 0.002 0.015 0.002 0.001 52 F 0.175 0.420 0.267 0.032 0.042 0.035 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 53 V 0.126 0.620 0.087 0.044 0.032 0.042 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 54 W 0.116 0.403 0.271 0.048 0.053 0.058 0.010 0.002 0.038 0.002 0.001 55 S 0.124 0.342 0.270 0.043 0.121 0.034 0.014 0.003 0.041 0.006 0.001 56 S 0.261 0.174 0.370 0.058 0.052 0.044 0.013 0.006 0.013 0.006 0.003 57 V 0.357 0.242 0.189 0.116 0.031 0.024 0.009 0.003 0.025 0.004 0.001 58 R 0.320 0.156 0.227 0.101 0.049 0.040 0.034 0.009 0.034 0.029 0.001 59 D 0.476 0.046 0.078 0.154 0.029 0.024 0.139 0.022 0.020 0.011 0.001 60 D 0.444 0.113 0.119 0.181 0.029 0.036 0.054 0.007 0.014 0.001 0.002 61 V 0.319 0.329 0.162 0.123 0.019 0.023 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 62 M 0.151 0.442 0.244 0.030 0.066 0.017 0.009 0.002 0.030 0.008 0.001 63 R 0.157 0.298 0.377 0.021 0.025 0.067 0.014 0.002 0.036 0.002 0.002 64 L 0.348 0.146 0.357 0.083 0.018 0.022 0.009 0.001 0.014 0.002 0.001 65 G 0.362 0.059 0.253 0.025 0.075 0.021 0.032 0.061 0.009 0.102 0.001 66 R 0.927 0.010 0.018 0.026 0.003 0.005 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 67 E 0.954 0.010 0.014 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.962 0.010 0.010 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.975 0.007 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.989 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.990 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.980 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.875 0.014 0.012 0.088 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 74 E 0.772 0.016 0.036 0.115 0.006 0.015 0.027 0.006 0.005 0.003 0.001 75 Q 0.339 0.118 0.171 0.263 0.034 0.025 0.027 0.012 0.007 0.004 0.001 76 N 0.169 0.050 0.131 0.106 0.026 0.240 0.165 0.012 0.093 0.008 0.001 77 I 0.737 0.057 0.053 0.077 0.008 0.039 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 78 N 0.756 0.008 0.019 0.178 0.003 0.017 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 79 E 0.686 0.059 0.040 0.152 0.022 0.009 0.022 0.004 0.006 0.001 0.001 80 R 0.583 0.077 0.092 0.204 0.005 0.012 0.013 0.001 0.012 0.001 0.001 81 L 0.517 0.142 0.162 0.117 0.015 0.017 0.006 0.001 0.019 0.003 0.001 82 N 0.148 0.056 0.100 0.101 0.014 0.255 0.243 0.016 0.060 0.005 0.001 83 I 0.263 0.137 0.124 0.434 0.013 0.012 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 84 G 0.179 0.037 0.194 0.072 0.092 0.010 0.057 0.216 0.005 0.137 0.002 85 E 0.101 0.315 0.394 0.003 0.065 0.015 0.015 0.001 0.084 0.006 0.001 86 P 0.129 0.005 0.664 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 87 L 0.139 0.336 0.400 0.022 0.032 0.044 0.006 0.003 0.016 0.001 0.002 88 L 0.182 0.428 0.270 0.016 0.019 0.053 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 89 V 0.118 0.662 0.131 0.009 0.038 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 90 Y 0.122 0.560 0.141 0.022 0.038 0.056 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 91 L 0.099 0.561 0.185 0.031 0.042 0.046 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 92 R 0.128 0.291 0.377 0.033 0.041 0.074 0.020 0.003 0.030 0.003 0.001 93 R 0.412 0.167 0.151 0.139 0.026 0.043 0.025 0.004 0.028 0.003 0.001 94 Q 0.498 0.151 0.166 0.095 0.033 0.017 0.017 0.003 0.015 0.004 0.001 95 D 0.286 0.041 0.086 0.398 0.014 0.068 0.066 0.008 0.029 0.002 0.003 96 L 0.082 0.213 0.420 0.006 0.018 0.028 0.046 0.001 0.184 0.001 0.001 97 P 0.343 0.004 0.543 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 98 E 0.351 0.253 0.245 0.046 0.038 0.031 0.009 0.005 0.018 0.002 0.002 99 I 0.142 0.375 0.358 0.018 0.017 0.063 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 100 T 0.319 0.406 0.102 0.089 0.025 0.028 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 101 A 0.117 0.410 0.180 0.018 0.222 0.020 0.009 0.004 0.014 0.006 0.001 102 Q 0.199 0.493 0.151 0.048 0.039 0.035 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 103 R 0.197 0.377 0.202 0.045 0.078 0.038 0.021 0.003 0.036 0.004 0.001 104 Q 0.204 0.273 0.306 0.036 0.038 0.060 0.021 0.002 0.056 0.003 0.001 105 L 0.404 0.097 0.307 0.092 0.009 0.059 0.008 0.002 0.017 0.001 0.003 106 R 0.436 0.169 0.160 0.094 0.046 0.023 0.032 0.006 0.022 0.012 0.001